Name: Visualizzazione delle dinamiche microbiche del ciclo del metano nelle zone umide costiere (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Scopri come rilevare i geni microbici del ciclo del metano nelle zone umide costiere utilizzando PCR ottimizzata e visualizzazione GIS. Questo metodo consente di mappare la distribuzione spaziale e stagionale influenzata da fattori ambientali.

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<table><tbody><tr><td>Provette per PCR da 0,2 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>Provette per PCR da 0,5 mL</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu; Punte a L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Punta per pipetta Rack o sistema di ricarica Punte Natural; 10&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>Provetta da centrifuga da 15 ml</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu; Punte a L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Punta per pipette Rack o sistema di ricarica Punte Natural; 200&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>1000 &mu; Punte a L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! 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visualizzazione delle dinamiche microbiche del ciclo del metano nelle zone umide costiere

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Per comprendere la distribuzione e l'abbondanza dei geni correlati al ciclo CH4 (mcrA, pmoA1, pmoA2 e mmoX) nelle zone umide costiere del Texas meridionale, l'eDNA estratto da ciascun campione è stato analizzato mediante cPCR e qPCR. I primer universali per ciascun biomarcatore sono stati selezionati per eseguire la cPCR da studi precedenti (Tabella 1)22,34,35,36,37 e sono state apportate modifiche per ottimizzare le temperature e le concentrazioni di ricott...

Visualizzazione delle dinamiche microbiche del ciclo del metano nelle zone umide costiere

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

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Environment

Ambiente

L'analisi cytometric di flusso si è dimostrato prezioso per l'indagine di colture pure e monitoraggio dinamiche comunità microbica. Presentiamo tre flussi di lavoro completi, dal campionamento all'analisi dei dati, delle colture pure e complessa comunità nel medio chiaro anche come matrici impegnativi, rispettivamente.

Caratterizzante Microbiome Dynamics – flusso Cytometry basato su flussi di lavoro da colture Pure di comunità naturali

Questo protocollo descrive un singolo throughput per complementari tecniche analitiche e omiche che culmina in una caratterizzazione completamente accoppiato di sostanza organica naturale e proteomica microbica in ecosistemi differenti. Questo approccio permette confronti robusti per identificare vie metaboliche e trasformazioni importanti per descrivere la produzione di gas serra e predire le risposte al cambiamento ambientale.

Singolo-velocità effettiva complementari ad alta risoluzione tecniche analitiche per la caratterizzazione di miscele complesse di sostanza organica naturale

Viene presentato un protocollo per la generazione di paesaggi chimici dinamici mediante fotolisi all'interno di configurazioni microfluidiche e millifluidiche. Questa metodologia è adatta per studiare diversi processi biologici, tra cui il comportamento motile, l'assorbimento di nutrienti o l'adattamento alle sostanze chimiche dei microrganismi, sia a livello di singola cellula che di popolazione.

Generazione di paesaggi chimici dinamici e controllati per studiare il comportamento microbico

Qui, miriamo a visualizzare la zonazione della produttività biologica nella baia di Narragansett, Rhode Island, sulla base del modello di bilancio di massa dell'azoto. I risultati informeranno la gestione dei nutrienti nelle regioni costiere per ridurre l'ipossia e l'eutrofizzazione.

Visualizzazione delle zone di produttività in base al modello di bilancio di massa dell'azoto nella baia di Narragansett, Rhode Island

Questo studio dimostra un approccio per misurare le concentrazioni di gas metano in campioni acquosi utilizzando analizzatori ottici portatili accoppiati a una camera di iniezione in un circuito chiuso. I risultati sono simili alla gascromatografia convenzionale, presentando un'alternativa pratica e a basso costo, particolarmente adatta per studi sul campo a distanza.

Misurazione del metano disciolto negli ecosistemi acquatici utilizzando un analizzatore di gas per spettroscopia ottica

Viene descritto un protocollo per la preparazione di un semplice ecosistema modello che ricrea il gradiente di contrasto metano-ossigeno presente nell'habitat naturale dei batteri aerobi ossidanti il metano, consentendo lo studio della loro fisiologia in un contesto spazialmente risolto. Vengono inoltre descritte le modifiche ai comuni saggi biochimici per l'uso con l'ecosistema modello basato sull'agarosio.

Ecosistema modello basato sull'agarosio per la coltivazione di metanotrofi in un gradiente contatore metano-ossigeno

Qui presentiamo un protocollo che delinea come campionare esemplari di legno per la valutazione complessiva delle loro strutture di crescita. Vengono descritte le tecniche di preparazione e visualizzazione macro e microscopiche necessarie per generare set di dati anatomici e dendroecologici del legno ben replicati e altamente risolti.

Un punto di vista tecnico in Modern Tree-Ring Research - Come superare Dendroecological e legno anatomiche sfide

Questo manoscritto descrive un approccio automatizzato di selezione delle dimensioni del gel per purificare i frammenti di DNA per il sequenziamento di nuova generazione. La tecnologia Ranger fornisce l'automazione completa dell'intero processo di caricamento del gel di agarosio, analisi elettroforetica e recupero di frammenti di DNA mirati, consentendo librerie di sequenziamento di nuova generazione ad alta produttività e di alta qualità.

Automated Gel Selection Size per migliorare la qualità delle Biblioteche di sequenziamento di nuova generazione Preparato da campioni di acqua ambientale

Viene fornito un protocollo per quantificare i geni rRNA 16S batterici e i trascritti dai sedimenti costieri tramite PCR in tempo reale. La metodologia comprende la co-estrazione di DNA e RNA; preparazione di RNA privo di DNA; e quantificazione del gene e della trascrizione dell'rRNA 16S tramite RT-q-PCR, inclusa la costruzione di curve standard.

DNA-RNA simultanea Estrazione da sedimenti costieri e la quantificazione dei geni 16S rRNA e trascrizioni da Real-time PCR

Gli acidi grassi dei fosfolipidi forniscono informazioni sulla struttura delle comunità microbiche del suolo. Vi presentiamo i metodi per l'estrazione di campioni di terreno con una miscela monofase cloroformio, frazionamento dei lipidi estratti utilizzando colonne di estrazione in fase solida, e metanolisi per la produzione di esteri metilici degli acidi grassi, che vengono analizzati mediante gascromatografia capillare.

Estrazione e l&#39;analisi delle microbica fosfolipidi acidi grassi nei terreni

Scopri come rilevare i geni microbici del ciclo del metano nelle zone umide costiere utilizzando PCR ottimizzata e visualizzazione GIS. Questo metodo consente di mappare la distribuzione spaziale e stagionale influenzata da fattori ambientali.

Visualizzazione delle dinamiche microbiche del ciclo del metano nelle zone umide costiere

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