Name: Analisi dellespressione di oncogeni con alterazioni del pH in una linea cellulare duttale pancreatica (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: Scopri come l'analisi RNA-seq rivela l'espressione di oncogeni nelle cellule duttali pancreatiche in condizioni di pH ridotto. Questo metodo avanza la ricerca sull'adenocarcinoma duttale pancreatico.

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<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
<li>Schneider, A., Whitcomb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hereditary+pancreatitis%3A+a+model+for+inflammatory+diseases+of+the+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Best+Pract+Res+Clin+Gastroenterol%22%5BJournal%5D)">Hereditary pancreatitis: a model for inflammatory diseases of the pancreas.</a> Best Pract Res Clin Gastroenterol. 16 (3), 347-363 (2002).</li>
<li>Boedtkjer, E., Pedersen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+acidic+tumor+microenvironment+as+a+driver+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">The acidic tumor microenvironment as a driver of cancer.</a> Annu Rev Physiol. 82, 103-126 (2020).</li>
<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
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<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
<li>Kato,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidic+extracellular+microenvironment+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell+Int%22%5BJournal%5D)">Acidic extracellular microenvironment and cancer.</a> Cancer Cell Int. 13 (1), 89(2013).</li>
<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Provette da centrifuga graduate da 15 ml (Falcon)&nbsp;</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500031</td><td>utilizzato per la preparazione del campione&nbsp;</td></tr><tr><td>Provette da centrifuga graduate da 50 ml (Falcon)</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500041</td><td>utilizzato per la preparazione dei campioni&nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer Strumento</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>per la valutazione della qualità dell'RNA&nbsp;</td></tr><tr><td>Soluzione antibiotica antimicotica 100x liquido</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>Utilizzato per prevenire la contaminazione&nbsp;</td></tr><tr><td>Raschietto cellulare con lama girevole</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>Raschiatura e raccolta delle celle</td></tr><tr><td>CO2 incubatore&nbsp;</td><td>New Brunswick</td><td>Galaxy 170 S</td><td>utilizzato per incubare la cultura</td></tr><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM), alto glucosio</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td><td>Terreno utilizzato per la coltura delle cellule</td></tr><tr><td>Soluzione salina tamponata con fosfato di Dulbecco 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>lavaggio delle cellule</td></tr><tr><td>Galaxy&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>Strumento online per l'elaborazione dei dati NSG&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS (origine: Australia)</td><td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>Utilizzato per la crescita delle cellule&nbsp;</td></tr><tr><td>Linea cellulare epiteliale duttale pancreatica umana (HPDEC/ H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>Linea cellulare duttale pancreatica</td></tr><tr><td>Ion Total RNA-Seq Kit v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>4475936</td><td>Kit di preparazione del campione di RNA</td></tr><tr><td>Flusso</td><td></td><td></td><td></td>d'aria laminare</tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>Fosfato di sodio preparazione del tampone&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 Preparato</td> tampone <td>monobasico Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>Sodio fosfato&nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>Sequencer&nbsp;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Surface (piastra a 6 pozzetti)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>Coltura delle cellule&nbsp;</td></tr><tr><td>Centrifuga refrigerata da banco</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>Utilizzato per centrifugazione</td></tr><tr><td>RiboMinus Eukaryote System v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA depletion kit&nbsp;</td></tr><tr><td>Mini kit Rneasy&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Kit per isolare l'RNA totale dalle cellule&nbsp;</td></tr><tr><td>Termociclatore</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>reazione PCR&nbsp;</td></tr><tr><td>Bagno d'acqua&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>Scongelamento del campione</td></tr></tbody></table>

analisi dell'espressione di oncogeni con alterazioni del ph in una linea cellulare duttale pancreatica

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

Modificazioni morfologiche L'incubazione di cellule duttali pancreatiche umane in un mezzo acido ha alterato la morfologia delle cellule. Un modello cellulare confluente e strettamente impacchettato ha portato a cellule disperse in condizioni acide e la morte cellulare diventa prominente con il tempo. Rispetto alle normali cellule contenenti il mezzo, le cellule duttali si sono ridotte e sono diminuite di dimensioni. Un drastico cambiamento nel tasso di mortalità è stato osservato dopo 6 ore di incuba...

Analisi dell'espressione di oncogeni con alterazioni del pH in una linea cellulare duttale pancreatica

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

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Migliore comprensione della biologia del cancro pancreatico è criticamente necessaria per consentire lo sviluppo di migliori opzioni terapeutiche per il trattamento di cancro al pancreas. Per rispondere a questa esigenza, abbiamo dimostrato un modello ortotopico di cancro al pancreas, che consente il monitoraggio non invasivo di progressione del cancro...

Bioluminescente modello ortotopico di cancro al pancreas Progressione

Qui, descriviamo un metodo per l'isolamento di cellule nel microambiente del pancreas da tessuto embrionale, neonatale e adulto di topo, concentrandosi sull'isolamento di cellule mesenchimali. Questo metodo consente la profilazione dell'espressione genica cellulare e della secrezione proteica al fine di chiarire i segnali estrinseci che regolano lo sviluppo, la funzione e la tumorigenesi del pancreas.

Isolare e analisi cellule del pancreas Mesenchima mediante citometria di flusso

Isolamento primario delle cellule acinose, modulazione di espressione o attività di proteina, cultura e applicazioni a valle sono abbondantemente utili nell'ex vivo uno studio del metaplasia acinoso--duttale (ADM), un evento iniziale nello sviluppo del cancro del pancreas.

Che imita e manipolare Metaplasia acinoso--Ductal pancreatico nella coltura cellulare 3-dimensionale

Questo protocollo utilizza una reazione a catena di polimerasi in tempo reale basata su sonda (PCR), un saggio SRB (sulforhodamine B), una clonazione di 3 regioni non tradotte (3' UTR) e un analisi luciferasi per verificare i geni bersaglio di un miRNA di interesse e per comprendere le funzioni dei miRNA.

Un protocollo in vitro per la valutazione dei livelli, delle funzioni e dei geni target associati nelle cellule tumorali

Questo articolo descrive un metodo per identificare le alterazioni clonali e subclonali tra campioni diversi di un determinato paziente. Anche se gli esperimenti qui descritti si concentrano su un tipo di tumore specifico, l'approccio è ampiamente applicabile ad altri tumori solidi.

Analisi comparativa delle lesioni attraverso un approccio di sequenziamento mirato

Qui presentiamo un protocollo per testare l'efficacia delle terapie mirate selezionate in base alla trucco genomico di un tumore. Il protocollo descrive l'identificazione e la convalida dei riarrangiamenti strutturali del DNA, l'innesto dei tumori dei pazienti nei topi e il test delle risposte ai farmaci corrispondenti.

Test delle terapie mirate nel cancro utilizzando l'analisi dell'alterazione strutturale del DNA e gli Xenogrini derivati dal paziente

Il succo pancreatico è una preziosa fonte di biomarcatori per il cancro del pancreas umano. Descriviamo qui un metodo per la procedura di raccolta intraoperatoria. Per superare la sfida di adottare questa procedura in modelli murini, suggeriamo un campione alternativo, il liquido interstiziale tumorale, e descriviamo qui due protocolli per il suo isolamento.

Isolamento di fluidi prossimali per studiare il microambiente tumorale dell'adenocarcinoma pancreatico

Le cellule metaplastiche pancreatiche sono precursori di cellule maligne che danno origine ai tumori pancreatici. Tuttavia, isolare le cellule pancreatiche vitali intatte è difficile. Qui presentiamo un metodo efficiente per la dissociazione del tessuto pancreatico. Le cellule possono quindi essere utilizzate per il sequenziamento di RNA a singola cellula (scRNA-seq) o per la co-coltura bi- o tridimensionale.

Dissezione del tessuto pancreatico per isolare singole cellule vitali

L'obiettivo di questo protocollo è determinare i livelli autofagici nel cancro del pancreas e nelle cellule acinose pancreatiche attraverso l'immunofluorescenza LC3 e la quantificazione dei punti LC3.

Valutazione dei livelli di autofagia in due diversi modelli di cellule pancreatiche utilizzando l'immunofluorescenza LC3

Il presente protocollo descrive la riprogrammazione dell'adenocarcinoma duttale pancreatico (PDAC) e delle cellule epiteliali duttali pancreatiche normali in cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC). Forniamo una procedura ottimizzata e dettagliata, passo dopo passo, dalla preparazione dei lentivirus alla creazione di linee iPSC stabili.

Riprogrammazione dell'adenocarcinoma duttale pancreatico alla pluripotenza

Il cancro al pancreas rimane uno dei tumori più difficili da trattare. Pertanto, è fondamentale che i modelli preclinici che valutano l'efficacia del trattamento siano riproducibili e clinicamente rilevanti. Questo protocollo descrive una semplice procedura di co-coltura per generare sferoidi desmoplastici riproducibili e clinicamente rilevanti.

Sferoidi tridimensionali tridimensionali per cancro al pancreas desmoplastico in crescita da co-coltura

Scopri come l'analisi RNA-seq rivela l'espressione di oncogeni nelle cellule duttali pancreatiche in condizioni di pH ridotto. Questo metodo avanza la ricerca sull'adenocarcinoma duttale pancreatico.

Analisi dell'espressione di oncogeni con alterazioni del pH in una linea cellulare duttale pancreatica

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