Name: Tendenze di ricerca globali e attuali del sequenziamento di singole cellule nel cancro: uno studio bibliometrico e di visualizzazione (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: Esplora le tendenze globali del sequenziamento di singole cellule nella ricerca sul cancro attraverso un'analisi bibliometrica. Identifica hotspot di ricerca e termini emergenti come eterogeneità intra-tumorale ed evoluzione clonale per guidare futuri studi.

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<ol><li>Kocarnik, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+incidence%2C+mortality%2C+years+of+life+lost%2C+years+lived+with+disability%2C+and+disability-adjusted+life+years+for+29+cancer+groups+from+2010+to+2019%3A+A+systematic+analysis+for+the+global+burden+of+disease+study+2019%5BTitle%5D)+AND+%22JAMA+Oncol%22%5BJournal%5D)">Cancer incidence, mortality, years of life lost, years lived with disability, and disability-adjusted life years for 29 cancer groups from 2010 to 2019: A systematic analysis for the global burden of disease study 2019.</a> JAMA Oncol. 8 (3), 420-444 (2022).</li>
<li>Soerjomataram, I., Bray, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Planning+for+tomorrow%3A+Global+cancer+incidence+and+the+role+of+prevention+2020-2070%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Planning for tomorrow: Global cancer incidence and the role of prevention 2020-2070.</a> Nat Rev Clin Oncol. 18 (10), 663-672 (2021).</li>
<li>Bray, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+statistics+2022%3A+Globocan+estimates+of+incidence+and+mortality+worldwide+for+36+cancers+in+185+countries%5BTitle%5D)+AND+%22CA+Cancer+J+Clin%22%5BJournal%5D)">Global cancer statistics 2022: Globocan estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries.</a> CA Cancer J Clin. 74 (3), 229-263 (2024).</li>
<li>Zhang, Y., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+history+and+advances+in+cancer+immunotherapy%3A+Understanding+the+characteristics+of+tumor-infiltrating+immune+cells+and+their+therapeutic+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Immunol%22%5BJournal%5D)">The history and advances in cancer immunotherapy: Understanding the characteristics of tumor-infiltrating immune cells and their therapeutic implications.</a> Cell Mol Immunol. 17 (8), 807-821 (2020).</li>
<li>Xu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+epigenetic+modifications+in+cancer%3A+From+the+impacts+and+mechanisms+to+the+treatment+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and epigenetic modifications in cancer: From the impacts and mechanisms to the treatment potential.</a> Exp Mol Med. 55 (7), 1357-1370 (2023).</li>
<li>Hanahan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hallmarks+of+cancer%3A+New+dimensions%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Hallmarks of cancer: New dimensions.</a> Cancer Discov. 12 (1), 31-46 (2022).</li>
<li>Kashyap, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+tumor+heterogeneity%3A+From+data+acquisition+to+metric+generation%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Quantification of tumor heterogeneity: From data acquisition to metric generation.</a> Trends Biotechnol. 40 (6), 647-676 (2022).</li>
<li>Vredevoogd, D. W., Peeper, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+in+functional+genetic+screens%3A+Friend+or+foe%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity in functional genetic screens: Friend or foe.</a> Front Immunol. 14, 1162706(2023).</li>
<li>Jovic, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+technologies+and+applications%3A+A+brief+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview.</a> Clin Transl Med. 12 (3), e694(2022).</li>
<li>Hong, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+sequencing%3A+New+technologies+and+applications+in+cancer+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hematol+Oncol%22%5BJournal%5D)">RNA sequencing: New technologies and applications in cancer research.</a> J Hematol Oncol. 13 (1), 166(2020).</li>
<li>Moed, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+developments+in+the+use+of+citation+analysis+in+research+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Immunol+Ther+Exp+%28Warsz%29%22%5BJournal%5D)">New developments in the use of citation analysis in research evaluation.</a> Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 57 (1), 13-18 (2009).</li>
<li>Ninkov, A., Frank, J. R., Maggio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bibliometrics%3A+Methods+for+studying+academic+publishing%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect+Med+Educ%22%5BJournal%5D)">Bibliometrics: Methods for studying academic publishing.</a> Perspect Med Educ. 11 (3), 173-176 (2022).</li>
<li>Li, X., Wang, L., Wang, L., Feng, Z., Peng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+of+hepatocellular+carcinoma+reveals+cell+interactions+and+cell+heterogeneity+in+the+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Gen+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing of hepatocellular carcinoma reveals cell interactions and cell heterogeneity in the microenvironment.</a> Int J Gen Med. 14, 10141-10153 (2021).</li>
<li>Li, Y., Jin, J., Bai, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+biology+deciphered+by+single-cell+transcriptomic+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Cancer biology deciphered by single-cell transcriptomic sequencing.</a> Protein Cell. 13 (3), 167-179 (2022).</li>
<li>Bai, X., Li, Y., Zeng, X., Zhao, Q., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+technology+in+tumor+research%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing technology in tumor research.</a> Clin Chim Acta. 518, 101-109 (2021).</li>
<li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Worldwide+research+trends+on+tumor+burden+and+immunotherapy%3A+A+bibliometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Surg%22%5BJournal%5D)">Worldwide research trends on tumor burden and immunotherapy: A bibliometric analysis.</a> Int J Surg. 110 (3), 1699-1710 (2024).</li>
<li>Ghorbani, B. D. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGhorbani%2C+BD+%22A+scientometrics+research+perspective+in+applied+linguistics%22">A scientometrics research perspective in applied linguistics</a>. Meihami, H., Esfandiari, R. , Springer Nature. Switzerland, Cham. 197-234 (2024).</li>
<li>Chen, C. M., Leydesdorff, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterns+of+connections+and+movements+in+dual-map+overlays%3A+A+new+method+of+publication+portfolio+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Assoc+Inf+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Patterns of connections and movements in dual-map overlays: A new method of publication portfolio analysis.</a> J Assoc Inf Sci Technol. 65 (2), 334-351 (2014).</li>
<li>Shen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+and+mapping+the+research+status%2C+hotspots%2C+and+frontiers+of+biological+wound+dressings%3A+An+in-depth+data-driven+assessment%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm%22%5BJournal%5D)">Analyzing and mapping the research status, hotspots, and frontiers of biological wound dressings: An in-depth data-driven assessment.</a> Int J Pharm. 629, 122385(2022).</li>
<li>Small, H., Sweeney, E., Greenlee, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clustering+the+science+citation+index+using+co-citations+.2.+Mapping+science%5BTitle%5D)+AND+%22Scientometrics%22%5BJournal%5D)">Clustering the science citation index using co-citations .2. Mapping science.</a> Scientometrics. 8 (5-6), 321-340 (1985).</li>
<li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions%2C+technologies%2C+and+species%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li>
<li>Stuart, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+integration+of+single-cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive integration of single-cell data.</a> Cell. 177 (7), 1888-1902.e21 (2019).</li>
<li>Baysoy, A., Bai, Z., Satija, R., Fan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+technological+landscape+and+applications+of+single-cell+multi-omics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The technological landscape and applications of single-cell multi-omics.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (10), 695-713 (2023).</li>
<li>Macosko, E. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+parallel+genome-wide+expression+profiling+of+individual+cells+using+nanoliter+droplets%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets.</a> Cell. 161 (5), 1202-1214 (2015).</li>
<li>Tirosh, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+multicellular+ecosystem+of+metastatic+melanoma+by+single-cell+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%28New+York%2C+N.Y.%29%22%5BJournal%5D)">Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq.</a> Science (New York, N.Y.). 352 (6282), 189-196 (2016).</li>
<li>Martinez-Simon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Covid-19+publications+in+anaesthesiology+journals%3A+A+bibliometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Anaesth%22%5BJournal%5D)">Covid-19 publications in anaesthesiology journals: A bibliometric analysis.</a> Br J Anaesth. 128 (3), e239-e241 (2022).</li>
<li>Wen, L., Tang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+in+stem+cell+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing in stem cell biology.</a> Genome Biol. 17, 71(2016).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+in+cancer+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing in cancer research.</a> J Exp Clin Cancer Res. 40 (1), 81(2021).</li>
<li>Tang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MRNA-seq+whole-transcriptome+analysis+of+a+single-cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">MRNA-seq whole-transcriptome analysis of a single-cell.</a> Nat Methods. 6 (5), 377-382 (2009).</li>
<li>Navin, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour+evolution+inferred+by+single-cell+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Tumour evolution inferred by single-cell sequencing.</a> Nature. 472 (7341), 90-94 (2011).</li>
<li>Tang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+exome+sequencing+reveals+multiple+subclones+in+metastatic+colorectal+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma.</a> Genome Med. 13 (1), 148(2021).</li>
<li>Song, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+of+human+primary+prostate+cancer+reveals+the+heterogeneity+of+tumor-associated+epithelial+cell+states%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis of human primary prostate cancer reveals the heterogeneity of tumor-associated epithelial cell states.</a> Nat Commun. 13 (1), 141(2022).</li>
<li>Zheng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomic+profiling+unravels+the+adenoma-initiation+role+of+protein+tyrosine+kinases+during+colorectal+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Signal+Transduct+Target+Ther%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomic profiling unravels the adenoma-initiation role of protein tyrosine kinases during colorectal tumorigenesis.</a> Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 60(2022).</li>
<li>Chan, T. J., Zhang, X., Mak, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biophysical+informatics+reveals+distinctive+phenotypic+signatures+and+functional+diversity+of+single-cell+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Biophysical informatics reveals distinctive phenotypic signatures and functional diversity of single-cell lineages.</a> Bioinformatics. 39 (1), btac833(2023).</li>
<li>Chen, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics+reveals+regulators+underlying+immune+cell+diversity+and+immune+subtypes+associated+with+prognosis+in+nasopharyngeal+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma.</a> Cell Res. 30 (11), 1024-1042 (2020).</li>
<li>Small, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-citation+in+scientific+literature+-+new+measure+of+relationship+between+2+documents%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Inf+Sci%22%5BJournal%5D)">Co-citation in scientific literature - new measure of relationship between 2 documents.</a> J Am Soc Inf Sci. 24 (4), 265-269 (1973).</li>
<li>Villani, A. -C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+new+types+of+human+blood+dendritic+cells%2C+monocytes%2C+and+progenitors%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%28New+York%2C+N.Y.%29%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors.</a> Science (New York, N.Y.). 356 (6335), eaah4573(2017).</li>
<li>Sun, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identifying+phenotype-associated+subpopulations+by+integrating+bulk+and+single-cell+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 527-538 (2022).</li>
<li>Pe'er, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Tumor heterogeneity.</a> Cancer Cell. 39 (8), 1015-1017 (2021).</li>
<li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics+links+malignant+T+cells+to+the+tumor+immune+landscape+in+cutaneous+T-cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics links malignant T cells to the tumor immune landscape in cutaneous T-cell lymphoma.</a> Nat Commun. 13 (1), 1158(2022).</li>
<li>Yan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+phylogeny+and+evolution+of+critical+cytogenetic+aberrations+in+multiple+myeloma+at+single-cell+level+by+qm-fish%5BTitle%5D)+AND+%22Blood+Adv%22%5BJournal%5D)">Clonal phylogeny and evolution of critical cytogenetic aberrations in multiple myeloma at single-cell level by qm-fish.</a> Blood Adv. 6 (2), 441-451 (2022).</li>
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<table><tbody><tr><td>bibliometrix package</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>bibliometrix 4.3.0</td><td>Un grafico forestale che consente più intervalli di confidenza per riga, caratteri personalizzati per ogni elemento di testo, intervalli di confidenza personalizzati, testo mescolato con espressioni e altro ancora.</td></tr><tr><td>CiteSpace</td><td>Chaomei Chen, Università Drexel</td><td>CiteSpace 6.2.R4 (64-bit) beta Basic</td><td>&zwnj; CiteSpace&zwnj; è uno strumento di analisi della letteratura scientifica. La sua funzione principale è quella di analizzare le conoscenze di base nella letteratura scientifica attraverso mezzi visivi, mostrando la struttura, le regole e la distribuzione delle conoscenze scientifiche. Le funzioni principali di CiteSpace includono: analisi della collaborazione di ricerca &zwnj;, giudizio di importanti riviste &zwnj;, estrazione di argomenti principali e così via.</td></tr><tr><td>dplyr</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>dplyr 1.1.4</td><td>dbplyr è il back-end del database per dplyr. Consente di utilizzare tabelle di database remote come se fossero frame di dati in memoria convertendo automaticamente il codice dplyr in SQL.</td></tr><tr><td>esquisse</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>esquisse 2.0.1</td><td>Questo componente aggiuntivo ti consente di esplorare in modo interattivo i tuoi dati visualizzandoli con il pacchetto ggplot2. Consente di disegnare grafici a barre, curve, grafici a dispersione, istogrammi, boxplot e oggetti sf, quindi esportare il grafico o recuperare il codice per riprodurre il grafico.</td></tr><tr><td>forcats</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>forcats 1.0.0</td><td>R utilizza fattori per gestire variabili categoriche, variabili che hanno un insieme fisso e noto di valori possibili. I fattori sono utili anche per riordinare i vettori dei caratteri per migliorare la visualizzazione. L'obiettivo del pacchetto forcats è quello di fornire una suite di strumenti che risolvono problemi comuni con fattori, tra cui la modifica dell'ordine dei livelli o dei valori.</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggplot2 3.5.1</td><td>ggplot2 è un sistema per la creazione dichiarativa di grafica, basato su The Grammar of Graphics. Fornisci i dati, dici a ggplot2 come mappare le variabili all'estetica, quali primitive grafiche usare e lui si prende cura dei dettagli.</td></tr><tr><td>ggpmisc</td><td>Rete di archiviazione R completa (CRAN)</td><td>ggpmisc 0.6.1</td><td>Pacchetto ' ggpmisc' (Estensioni varie di ' ggplot2') è un insieme di estensioni del pacchetto R ' ggplot2' (>= 3.0.0) con enfasi sulle annotazioni e sul tracciato relativi ai modelli adattati. Le stime degli oggetti di adattamento del modello possono essere visualizzate nei grafici grafici come testo, tabelle o equazioni. I valori previsti, i residui, le deviazioni e i pesi possono essere tracciati per varie funzioni di adattamento del modello.</td></tr><tr><td>ggsci</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggsci 3.2.0</td><td>ggsci offre una raccolta di tavolozze di colori ggplot2 ispirate a riviste scientifiche, librerie di visualizzazione dei dati, film di fantascienza e programmi TV.</td></tr><tr><td>openxlsx</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>openxlsx 4.2.7.1</td><td>Questo pacchetto R semplifica la creazione di file .xlsx fornendo un'interfaccia di alto livello per la scrittura, lo stile e la modifica dei fogli di lavoro. Attraverso l'uso di Rcpp, i tempi di lettura/scrittura sono paragonabili ai pacchetti xlsx e XLConnect con l'ulteriore vantaggio di rimuovere la dipendenza da Java.</td></tr><tr><td>readxl</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>readxl 1.4.3</td><td>Il pacchetto readxl semplifica l'estrazione dei dati da Excel e in R. Rispetto a molti dei pacchetti esistenti (ad esempio gdata, xlsx, xlsReadWrite) readxl non ha dipendenze esterne, quindi è facile da installare e utilizzare su tutti i sistemi operativi. È progettato per funzionare con dati tabulari.</td></tr><tr><td>reshape2</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>reshape2 1.4.4</td><td>Reshape2 è un riavvio del pacchetto reshape. Sono passati più di cinque anni dalla prima versione di reshape, e in quel periodo ho imparato moltissimo sulla programmazione R e su come lavorare con i dati in R. Reshape2 utilizza questa conoscenza per creare un nuovo pacchetto per rimodellare i dati che è molto più mirato e molto più veloce.</td></tr><tr><td>stringr</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>stringr 1.5.1</td><td>Le stringhe non sono componenti affascinanti e di alto profilo di R, ma svolgono un ruolo importante in molte attività di pulizia e preparazione dei dati. Il pacchetto stringr fornisce un insieme coerente di funzioni progettate per rendere il lavoro con le corde il più semplice possibile.</td></tr><tr><td>tidytext</td><td>Rete di archiviazione R completa (CRAN)</td><td>tidytext 0.4.2</td><td>L'utilizzo dei principi di dati ordinati può rendere molte attività di text mining più facili, più efficaci e coerenti con strumenti già ampiamente utilizzati. Gran parte dell'infrastruttura necessaria per il text mining con frame di dati ordinati esiste già in pacchetti come dplyr, broom, tidyr e ggplot2. In questo pacchetto, forniamo funzioni e set di dati di supporto per consentire la conversione di testo da e verso formati ordinati e per passare senza problemi tra strumenti ordinati e pacchetti di text mining esistenti. Dai un'occhiata al nostro libro per saperne di più sul text mining utilizzando i principi dei dati ordinati</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>tidyverse 2.0.0</td><td>Il tidyverse è una raccolta di pacchetti R progettati per la scienza dei dati. Tutti i pacchetti condividono una filosofia di progettazione, una grammatica e strutture dati di base.</td></tr><tr><td>VennDiagram</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>VennDiagram 1.7.3</td><td>VennDiagram è un pacchetto R per la generazione di diagrammi di Venn personalizzabili ad alta risoluzione con un massimo di quattro set e diagrammi di Eulero con un massimo di tre set. Include la gestione di diversi casi speciali, tra cui il ridimensionamento a due casi, e un'ampia personalizzazione della forma e della struttura della trama.</td></tr><tr><td>VOSviewer</td><td>&nbsp; Centro per gli Studi Scientifici e Tecnologici, Università di Leiden, Paesi Bassi</td><td>VOSviewer versione 1.6.19</td><td>VOSviewer è uno strumento software per la costruzione e la visualizzazione di reti bibliometriche. Queste reti possono ad esempio includere riviste, ricercatori o singole pubblicazioni, e possono essere costruite sulla base di citazioni, accoppiamenti bibliografici, co-citazioni o relazioni di co-autorialità. VOSviewer offre anche funzionalità di text mining che possono essere utilizzate per costruire e visualizzare reti di co-occorrenza di termini importanti estratti da un corpus di letteratura scientifica.</td></tr></tbody></table>

tendenze di ricerca globali e attuali del sequenziamento di singole cellule nel cancro: uno studio bibliometrico e di visualizzazione

Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study

Trend di crescita annuale delle pubblicazioni e delle citazioni Dal 2010 al 2023, nel database WoSCC sono state identificate un totale di 6.767 pubblicazioni relative al sequenziamento di singole cellule nel cancro. Un totale di 602 studi pubblicati tra il 2010 e il 2023 sono stati esclusi dall'analisi, seguiti dall'esclusione di cinque studi non pubblicati in inglese. Inoltre, 480 articoli sono stati esclusi in base a criteri di esclusione predefiniti, comprendenti 361 abstract di riunioni, 83 materi...

Tendenze di ricerca globali e attuali del sequenziamento di singole cellule nel cancro: uno studio bibliometrico e di visualizzazione

Cancer poses a significant challenge to human health due to its complex biological systems, necessitating in-depth analysis. Single-cell sequencing has ...

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sequenziamento cella singola è uno strumento sempre più popolare e accessibile per affrontare le modifiche genomiche ad alta risoluzione. Forniamo un protocollo che utilizza un'unica sequenza cella per identificare il numero di copia alterazioni in singole cellule.

Rilevamento di Copy Number Alterazioni Utilizzando Sequencing Single Cell

Cella singola sequenza rivela eterogeneità genotipica nei sistemi biologici, ma le attuali tecnologie mancano la velocità effettiva necessaria per la profonda analisi della funzione e della composizione della Comunità. Qui, descriviamo un workflow di microfluidica per sequenziamento &gt; 50.000 unicellulare genomi da diverse popolazioni cellulari.

Una piattaforma di Microfluidic ad altissima velocità di trasmissione per il sequenziamento del genoma di cella singola

L'eterogeneità intratumorale è una caratteristica intrinseca dei tumori, compresi i gliomi. Abbiamo sviluppato un protocollo semplice ed efficiente che utilizza una combinazione di tamponi e centrifugazione a gradiente per isolare singoli nuclei da tessuti di glioma freschi congelati per studi di sequenziamento di RNA a nucleo singolo e ATAC.

Isolamento dei nuclei da tumori cerebrali freschi congelati per RNA-seq a nucleo singolo e ATAC-seq

Qui, gli autori mostrano l'utilità di MULTI-seq per la fenotipizzazione e il successivo accoppiato scRNA-seq e scATAC-seq nel caratterizzare i profili di accessibilità trascrittomica e cromatina nella retina.

Analisi multiplexata dell'espressione genica retinica e dell'accessibilità alla cromatina utilizzando scRNA-Seq e scATAC-Seq

Qui viene presentato un protocollo in cui vengono combinati più strumenti bioinformatici per studiare le funzioni biologiche dei TMEM200A nel cancro. Inoltre, validiamo sperimentalmente le previsioni bioinformatiche.

Analisi multiomica del TMEM200A come biomarcatore pan-tumorale

Questo protocollo delinea la procedura per dissociare rapidamente campioni di tumore umano e di topo per il sequenziamento dell'RNA a singola cellula.

Dissociazione di campioni di tessuto tumorale umano e di topo per il sequenziamento dell'RNA a singola cellula

Questo protocollo delinea i metodi per coltivare, manipolare e analizzare i CAF murini, inclusi saggi funzionali in vitro/in vivo , trascrittomica e analisi computazionale. Inoltre, descrive una piattaforma web-based sviluppata per analizzare i trascrittomi pubblicamente disponibili di componenti stromali ed epiteliali micro-sezionati a cattura laser da una collezione di tumori umani del cancro al seno.

Fibroblasti associati al cancro da tumori mammari di topo come strumenti per studi molecolari e computazionali

Le cellule tumorali circolanti (CTC) sono fondamentali per lo studio della progressione e delle metastasi del cancro. Questo articolo presenta un protocollo integrato ad alta produttività per l'arricchimento di CTC e il sequenziamento di CTC singolo, migliorando l'efficienza di cattura e la purezza delle CTC riducendo al contempo i costi di contaminazione e sequenziamento, facendo progredire la ricerca oncologica di precisione e le applicazioni cliniche.

Tecnologia di selezione delle cellule tumorali circolanti ad alto rendimento e sequenziamento di singole cellule basata sulla microfluidica

Questo protocollo presenta un metodo dettagliato per isolare sospensioni monocellulari di alta qualità sia da tessuto polmonare murino sano che da quello con tumori. Questo protocollo può essere applicato a scRNA-seq, analisi della citometria a flusso e isolamento cellulare primario.

Preparazione ottimizzata del tessuto polmonare intero portante di tumori murini per la citometria di flusso e il sequenziamento dell'RNA a singola cellula

Questo manoscritto descrive i protocolli clinici per due pannelli di sequenziamento di nuova generazione. Un pannello interroga le neoplasie ematologiche, mentre l'altro pannello prende di mira i geni comunemente mutati nei tumori solidi. La classificazione molecolare delle mutazioni driver nelle neoplasie umane offre preziose informazioni prognostiche e predittive.

Successivo sequenziamento di nuova generazione per il rilevamento di Actionable mutazioni nei tumori solidi e liquidi

Esplora le tendenze globali del sequenziamento di singole cellule nella ricerca sul cancro attraverso un'analisi bibliometrica. Identifica hotspot di ricerca e termini emergenti come eterogeneità intra-tumorale ed evoluzione clonale per guidare futuri studi.

Tendenze di ricerca globali e attuali del sequenziamento di singole cellule nel cancro: uno studio bibliometrico e di visualizzazione (Video) | JoVE Journal

Tendenze di ricerca globali e attuali del sequenziamento di singole cellule nel cancro: uno studio bibliometrico e di visualizzazione

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