Name: Analisi proteomica comparativa di interi reni, midollo e tubuli corticali nella patogenesi diabetica del danno renale nei topi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-02T14:35:00.000+00:00
Duration: 10 min 31 s
Description: Scopri l'analisi proteomica comparativa di reni, midollo e tubuli corticali per studiare i meccanismi molecolari della nefropatia diabetica nei topi. Questo metodo consente di identificare proteine a bassa abbondanza.

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<ol><li>Ding, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidemiological+patterns+of+chronic+kidney+disease+attributed+to+type+2+diabetes+from+1990-2019%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Epidemiological patterns of chronic kidney disease attributed to type 2 diabetes from 1990-2019.</a> Front Endocrinol. 15, 1383777(2024).</li>
<li>Liu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+trends+in+the+burden+of+chronic+kidney+disease+attributable+to+type+2+diabetes%3A+an+age-period-cohort+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes+Obes+Metab%22%5BJournal%5D)">Global trends in the burden of chronic kidney disease attributable to type 2 diabetes: an age-period-cohort analysis.</a> Diabetes Obes Metab. 26 (2), 602-610 (2024).</li>
<li>Xie, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+burden+and+influencing+factors+of+chronic+kidney+disease+due+to+type+2+diabetes+in+adults+aged+20-59+years%2C+1990-2019%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Global burden and influencing factors of chronic kidney disease due to type 2 diabetes in adults aged 20-59 years, 1990-2019.</a> Sci Rep. 13 (1), 20234(2023).</li>
<li>Giunti, S., Barit, D., Cooper, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+diabetic+nephropathy%3A+role+of+hypertension%5BTitle%5D)+AND+%22Hypertension%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of diabetic nephropathy: role of hypertension.</a> Hypertension. 48 (4), 519-526 (2006).</li>
<li>Thomas, M. C., Burns, W. C., Cooper, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tubular+changes+in+early+diabetic+nephropathy%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Chronic+Kidney+Dis%22%5BJournal%5D)">Tubular changes in early diabetic nephropathy.</a> Adv Chronic Kidney Dis. 12 (2), 177-186 (2005).</li>
<li>Thomas, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diabetic+kidney+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Dis+Primers%22%5BJournal%5D)">Diabetic kidney disease.</a> Nat Rev Dis Primers. 1, 15018(2015).</li>
<li>Nath, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tubulointerstitial+changes+as+a+major+determinant+in+the+progression+of+renal+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Kidney+Dis%22%5BJournal%5D)">Tubulointerstitial changes as a major determinant in the progression of renal damage.</a> Am J Kidney Dis. 20 (1), 1-17 (1992).</li>
<li>Bonventre, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+we+target+tubular+damage+to+prevent+renal+function+decline+in+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Can we target tubular damage to prevent renal function decline in diabetes.</a> Semin Nephrol. 32 (5), 452-462 (2012).</li>
<li>Powell, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Renal+tubulointerstitial+fibrosis+in+OVE26+type+1+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nephron+Exp+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Renal tubulointerstitial fibrosis in OVE26 type 1 diabetic mice.</a> Nephron Exp Nephrol. 111 (1), e11-e19 (2008).</li>
<li>Cummins, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+mass+spectrometry+of+diabetic+kidney+tubules+identifies+GRAP+as+a+novel+regulator+of+TGF-beta+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Quantitative mass spectrometry of diabetic kidney tubules identifies GRAP as a novel regulator of TGF-beta signaling.</a> Biochim Biophys Acta. (4), 653-661 (2010).</li>
<li>Barati, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+expression+of+endoplasmic+reticulumstress-response+proteins+in+different+renal+tubule+subtypes+of+OVE26+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stress+Chaperones%22%5BJournal%5D)">Differential expression of endoplasmic reticulumstress-response proteins in different renal tubule subtypes of OVE26 diabetic mice.</a> Cell Stress Chaperones. 21 (1), 155-166 (2016).</li>
<li>Zheleznova, N. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mitochondrial+proteomic+analysis+reveals+deficiencies+in+oxygen+utilization+in+medullary+thick+ascending+limb+of+Henle+in+the+Dahl+salt-sensitive+rat%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Genomics%22%5BJournal%5D)">Mitochondrial proteomic analysis reveals deficiencies in oxygen utilization in medullary thick ascending limb of Henle in the Dahl salt-sensitive rat.</a> Physiol Genomics. 44 (17), 829-842 (2012).</li>
<li>Nordquist, L., Palm, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diabetes-induced+alterations+in+renal+medullary+microcirculation+and+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Diabetes+Rev%22%5BJournal%5D)">Diabetes-induced alterations in renal medullary microcirculation and metabolism.</a> Curr Diabetes Rev. 3 (1), 53-65 (2007).</li>
<li>dos Santos, E. A., Li, L. -P., Ji, L., Prasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+changes+with+diabetes+in+renal+medullary+hemodynamics+as+evaluated+by+fiberoptic+probes+and+BOLD+magnetic+resonance+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Invest+Radiol%22%5BJournal%5D)">Early changes with diabetes in renal medullary hemodynamics as evaluated by fiberoptic probes and BOLD magnetic resonance imaging.</a> Invest Radiol. 42 (3), 157-162 (2007).</li>
<li>Cummins, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Mass+Spectrometry+Normalization+in+UrineBiomarker+Analysis+in+Nephrotic+Syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Glomerular+Dis%22%5BJournal%5D)">Quantitative Mass Spectrometry Normalization in UrineBiomarker Analysis in Nephrotic Syndrome.</a> Glomerular Dis. (3), 121-131 (2022).</li>
<li>Carlson, E. C., Audette, J. L., Klevay, L. M., Nguyen, H., Epstein, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructural+and+functional+analyses+of+nephropathy+in+calmodulin-induced+diabetic+transgenic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Anat+Rec%22%5BJournal%5D)">Ultrastructural and functional analyses of nephropathy in calmodulin-induced diabetic transgenic mice.</a> Anat Rec. 247 (1), 9-19 (1997).</li>
<li>Zheng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+late-stage+diabetic+nephropathy+in+OVE26+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Development of late-stage diabetic nephropathy in OVE26 diabetic mice.</a> Diabetes. 53 (12), 3248-3257 (2004).</li>
<li>Wang, F., Veth, T., Kuipers, M., Altelaar, M., Stecker, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+suspension+trapping+method+for+phosphoproteomics+sample+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Optimized suspension trapping method for phosphoproteomics sample preparation.</a> Anal Chem. 95 (25), 9471-9479 (2023).</li>
<li>Mather, A., Pollock, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glucose+handling+by+the+kidney%5BTitle%5D)+AND+%22Kidney+Int+Suppl%22%5BJournal%5D)">Glucose handling by the kidney.</a> Kidney Int Suppl. 120, S1-S6 (2011).</li>
<li>Ross, B. D., Espinal, J., Silva, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glucose+metabolism+in+renal+tubular+function%5BTitle%5D)+AND+%22Kidney+Int%22%5BJournal%5D)">Glucose metabolism in renal tubular function.</a> Kidney Int. 29 (1), 54-67 (1986).</li>
<li>Roger, F., Martin, P. Y., Rousselot, M., Favre, H., Féraille, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+shrinkage+triggers+the+activation+of+mitogen-activated+protein+kinases+by+hypertonicity+in+the+rat+kidney+medullary+thick+ascending+limb+of+the+Henle%27s+loop%3A+requirement+of+p38+kinase+for+the+regulatory+volume+increase+response%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cell shrinkage triggers the activation of mitogen-activated protein kinases by hypertonicity in the rat kidney medullary thick ascending limb of the Henle's loop: requirement of p38 kinase for the regulatory volume increase response.</a> J Biol Chem. 274 (48), 34103-34110 (1999).</li>
<li>Yang, J., Lane, P. H., Pollock, J. S., Carmines, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PKC-dependent+superoxide+production+by+the+renal+medullary+thick+ascending+limb+from+diabetic+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Renal+Physiol%22%5BJournal%5D)">PKC-dependent superoxide production by the renal medullary thick ascending limb from diabetic rats.</a> Am J Physiol Renal Physiol. 297 (5), F1220-F1228 (2009).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Collagenasi tipo 1A</td><td>Millipore Signal</td><td>C9891</td><td></td></tr><tr><td>Exploris 480 Orbitrap&nbsp;</td><td>Thermofisher</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/BRE725539</td><td></td></tr><tr><td>Filtro per celle MS Falcon, 100 &; m</td><td>VWR</td><td>21008-950</td><td></td></tr><tr><td>Filtro per celle Falcon, 70 &; m</td><td>VWR</td><td>21008-952</td><td></td></tr><tr><td>Gibco PBS pH 7,4&nbsp;</td><td>Thermo</td><td>1001023</td><td></td></tr><tr><td>Halt Cocktail di inibitori della proteasi e della fosfatasi</td><td>VWR</td><td>PI78440</td><td></td></tr><tr><td>Iodoacetamide</td><td>Sigma Aldrich</td><td>I1149</td><td></td></tr><tr><td>MetaboAnalyst 6.0&nbsp;</td><td>MetaboAnalyst 6.0&nbsp;</td><td>https://www.metaboanalyst.ca/</td> <td>piattaforma di analisi dei dati di metabolomica</td></tr><tr><td>NanoDrop 2000&nbsp;</td><td>Colonna Thermofisher</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>Oasis HLB&nbsp;</td><td>Waters</td><td>186002034</td><td></td></tr><tr><td>PEAKS 12.0</td><td>Bioinformatics Solutions Inc</td><td></td><td>Software di analisi dati LC-MS/MS Pestello</td></tr><tr><td>per microprovette da 1,5 mL</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC0782485</td><td></td></tr><tr><td>Trappola per sospensioni (S-trap)</td><td>Protifi</td><td>C02-micro-10</td><td></td></tr><tr><td>TCEP</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>20490</td><td></td></tr><tr><td>TEABC</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td></td></tr><tr><td>Tripsina proteasi,</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>90057</td><td></td></tr><tr><td>Pulitore ad ultrasuoni</td> di grado MS <td>Cole-Parmer &nbsp;</td><td>Modello 0884900</td><td></td></tr></tbody></table>

analisi proteomica comparativa di interi reni, midollo e tubuli corticali nella patogenesi diabetica del danno renale nei topi

Comparative Proteomic Analysis of Whole Kidney, Medulla, and Cortical Tubules in Diabetic Pathogenesis of Kidney Injury in Mice

Complessivamente, le identificazioni proteiche totali per ciascun tipo di campione sono state: 1) rene intero (1438), 2) midollo (2145) e tubuli corticali (1859). Dopo l'elaborazione dei dati in MetaboAnalyst 6.0, il filtraggio dei dati e l'imputazione, le identificazioni delle proteine analizzate per ciascun compartimento renale sono state: rene intero (455), midollo (997) e tubuli corticali (896). La Figura 4 mostra i cambiamenti proteomici globali nel rene di topo diabetico OVE26. L'anali...

Analisi proteomica comparativa di interi reni, midollo e tubuli corticali nella patogenesi diabetica del danno renale nei topi

Defining the sequence of events in renal disease is the cornerstone of clinical practice in the nephrologist toolkit. Tissue proteomic analyses are a ...

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L'isolato rene perfuso mouse (MIPK) è una tecnica per mantenere un rene mouse sotto ex vivo condizioni perfusi e funzionali per 1 ora. I buffer e tecnica chirurgica sono descritte in dettaglio.

La tecnica del rene perfusi mouse isolato

Questo protocollo descrive un work-up completo del rene che deve essere eseguito in modelli murini di malattia glomerulare. I metodi consentono di dettagliate analisi funzionali, strutturali e meccanicistiche della funzione glomerulare, che può essere applicato a tutti i modelli murini di malattia glomerulare.

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Questo articolo presenta un protocollo per rilevare l'espressione di microRNA nei reni di un modello murino di insufficienza renale acuta utilizzando la reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa quantitativa in tempo reale. Questo protocollo enfatizza un modello murino di danno renale ischemico e l'attenta estrazione di campioni di microRNA.

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Presentiamo qui protocolli per purificazione per affinità di complessi proteici e la loro separazione dal blu PAGE nativa, seguiti da proteine ​​correlazione profilatura mediante un'etichetta disponibile spettrometria di massa quantitativa. Questo metodo è utile per risolvere interattomi in distinti complessi proteici.

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Scopri l'analisi proteomica comparativa di reni, midollo e tubuli corticali per studiare i meccanismi molecolari della nefropatia diabetica nei topi. Questo metodo consente di identificare proteine a bassa abbondanza.

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