Name: Una guida passo passo allisolamento e allanalisi della superficie fogliare e dellRNA apoplastico utilizzando le rosette di Arabidopsis (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Impara a isolare e analizzare RNA apoplastico e di superficie fogliare in Arabidopsis. Questo metodo combina elettroforesi shell ad alta risoluzione e sequenziamento Illumina per studiare le dinamiche dell'RNA in risposta a stress biotici.

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<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14-30 nt ssRNA marcatore ladder</td><td>Takara</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>Provette per microcentrifuga da 1,5 mL</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>Siringa senza ago da 10 mL</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>Provette Falcon da 15 mL</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% Mini-PROTEAN TBE-Urea Gel, 10 pozzetti/12 pozzetti, 30 & micro; L/20 &micro; L</td><td>Bio-Rad</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>Inserti per vassoi a 36 celle</td><td>Mercato della vera foglia</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di acrilammide e bis-acrilammide al 40%, 37,5:1</td><td>Bio-Rad</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>Pentole rotonde da 4 pollici</td><td>Mercato della vera foglia</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Provette Falcon da 50 mL</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>Siringa senza ago da 50 mL</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>Piastra a 96 pozzetti fondo nero</td><td>Grenier</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.22 &mu; m filtro per siringhe</td><td>Sudario</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0,45 &mu; m filtro per siringhe</td><td>Sudario</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>Persolfato di ammonio (APS)&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Trasmissione A3678</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro di calcio&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Visualizzazione del materiale C1016</td><td></td></tr><tr><td>Cloroformio (senza RNasi)</td><td>Macron Chimica Fine</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>Cupole in plastica trasparente</td><td>Hummert Internazionale</td><td>11 3348</td><td>Qualsiasi cupola di plastica può essere utilizzata per coprire le piante e mantenere l'umidità</td></tr><tr><td>Bastone con punta in cotone per uso medico</td><td>Uline</td><td>S-21102</td><td></td></tr><tr><td>Etanolo (senza RNASI)</td><td>Laboratori Decon, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>Caffettiera French Press, 24 fl oz</td><td>Picco di neve</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>Vassoio di coltivazione senza fori 10 x 20</td><td>Mercato della vera foglia</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Secchiello per il ghiaccio&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanolo</td><td>Termo Scientifico</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>Rotore ad angolo fisso JA-14</td><td>Beckman Coulter; modello: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>Salviette Kimwipes</td><td>KCWW, Kimberly-Clark</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Lader di ssRNA a basso intervallo</td><td>NEB</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MES idratare</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Visualizzazione del materiale M8250</td><td></td></tr><tr><td>Lettore di micropiastre</td><td>BioTek</td><td>&nbsp; Sinergia H1</td><td></td></tr><tr><td>Miracolo-Gro</td><td>Miracolo-Gro</td><td>24-8-16</td><td>È un alimento vegetale per tutti gli usi. A seconda della fonte di terreno utilizzata per coltivare le piante, l'applicazione può essere regolata.</td></tr><tr><td>Nalgene flacone centifugo 250 mL (senza tappo)</td><td>Nalgene</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>Asciugamani di carta</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp; M Lab Film</td><td>Parafilm</td><td>S-25929</td><td></td></tr><tr><td>Bicchiere in plastica (500 mL)</td><td>Uline</td><td>S-21658</td><td></td></tr><tr><td>Glicogeno libero da RNasi (20 mg/mL)</td><td>Termo Scientifico</td><td>R0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP Fungicida Biologico</td><td>BioWorks</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>Forbici</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silwet L-77</td><td>Laboratori fitotecnici</td><td>S7777</td><td>È possibile utilizzare Silwet L-77 di qualsiasi marca. Tuttavia, Silwet perde la sua efficacia nel corso del tempo. L'ideale è sostituirlo una volta all'anno.</td></tr><tr><td>Cloruro di sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Pennello per capelli in nylon morbido</td><td>NOI. Fornitura d'arte</td><td>n. 6</td><td></td></tr><tr><td>Flacone spray</td><td>Uline</td><td>S-7272</td><td>È possibile utilizzare qualsiasi flacone spray, ma le impostazioni dello spray devono essere sulla doccia.</td></tr><tr><td>Sungro Professional Mix di Coltivazione</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Miscela di propagazione Sungro</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR Gold Nucleic Acid Gel Stain (10.000x concentrato in DMSO)</td><td>Termo Scientifico</td><td>Episodio 11494</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Termo Scientifico</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>Reagente TRIzol</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>Acqua ultrapura priva di DNASI/RNASI</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>Urea</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>Camera a vuoto, 0,20 piedi cubi</td><td>SP Scienceware - Prodotti Bel-Art - Strumento H-B</td><td>F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>Pompa a vuoto, 3,5 CFM</td><td>Prodotti per il vuoto ideali</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>Bilancia</td><td>Cantone di Escali</td><td>WBB480535</td><td>Questo è solo un esempio. È possibile utilizzare qualsiasi bilancia.</td></tr></tbody></table>

una guida passo passo all'isolamento e all'analisi della superficie fogliare e dell'rna apoplastico utilizzando le rosette di arabidopsis

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

Una guida passo passo all'isolamento e all'analisi della superficie fogliare e dell'RNA apoplastico utilizzando le rosette di Arabidopsis

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

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Immunologia e Infezioni

Questo video mostra una procedura per isolare protoplasti intatti da tessuti di 14-giorno-vecchie piantine di Arabidopsis. Dato che il protoplasti isolati rimangono intatte per almeno 96 ore e sono isolati da piantine invece di piante mature di un mese-vecchia, questa procedura accelera i test che richiedono protoplasti intatti.

Isolamento di protoplasti da tessuti di 14-giorni di età piantine di Arabidopsis thaliana</em

Cella di analisi specifica di<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Foglie usando fluorescenza activated cell sorting

Riportiamo un metodo semplice ed efficace per isolare gli embrioni nelle prime fasi di sviluppo...

Isolamento efficiente e rapida di embrioni nelle prime fasi di<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Semi

Questo protocollo descrive un metodo semplice per estrarre e frazionare i trascritti dai tessuti vegetali sulla base del numero di ribosomi legati. Permette una stima globale dell'attività traduttiva e la determinazione dello stato traduzionale di specifici mRNA.

Un metodo facile per piante polysome Profiling

Qui presentiamo un protocollo di cattura di interazione applicato ai protoplasti a foglia di Arabidopsis thaliana . Questo metodo si basa fondamentalmente sulla creazione di reticolazione UV in vivo e consente l'isolamento e l'identificazione delle proteine ​​legate alla mRNA da un ambiente fisiologico.

Cattura di Interactome mRNA da protoplasti vegetali

Qui, presentiamo un protocollo per lo studio di comportamento di sviluppo di pianta e soprattutto fenotipi in maniera riproducibile. Vi mostriamo come fornire variabile e allo stesso tempo luce stabile condizione. Adeguata analisi dipendono dal numero di campione sufficiente e valide valutazioni statistiche.

Analisi del comportamento di crescita di Arabidopsis thaliana in diverse qualità di luce

Qui, presentiamo un metodo di screening modificato che può essere ampiamente utilizzato per vagliare rapidamente i soppressori del silenziamento dell'RNA negli agenti patogeni delle piante.

Screening e identificazione dei soppressori del silenziamento dell'RNA da parte degli effetti segreti dei patogeni vegetali

Tradurre la purificazione dell'affinità di ribosomi (TRAP) offre la possibilità di sezionare programmi di sviluppo con una minima elaborazione di organi e tessuti. Il protocollo produce RNA di alta qualità da cellule mirate con una sottounità ribosomica denominata GFP (Proteina fluorescente verde). Gli strumenti di analisi a valle, come qRT-PCR o RNA-seq, rivelano profili di espressione specifici del tessuto e del tipo di cellula.

Tradurre la purificazione dell'affinità del ribosoma (TRAP) per studiare lo sviluppo della radice di Arabidopsis thaliana su una scala specifica del tipo di cella

La fattibilità e l'efficacia dei metodi scRNA-seq ad alto rendimento annunciano un'era a singola cellula nella ricerca sulle piante. Presentata qui è una procedura robusta e completa per isolare specifici tipi di cellule radice di Arabidopsis thaliana e la successiva costruzione e analisi della libreria di trascrittomi.

Analisi dell'isolamento e del trascrittoma di tipi di cellule vegetali

Questo protocollo descrive un metodo ottimizzato per isolare vescicole extracellulari (EV) dalle foglie di Arabidopsis thaliana al fine di supportare analisi molecolari e funzionali a valle.

Isolamento e purificazione delle vescicole extracellulari vegetali dalle foglie di Arabidopsis utilizzando un metodo ottimizzato di raccolta apoplastica

Impara a isolare e analizzare RNA apoplastico e di superficie fogliare in Arabidopsis. Questo metodo combina elettroforesi shell ad alta risoluzione e sequenziamento Illumina per studiare le dinamiche dell'RNA in risposta a stress biotici.

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