Name: Estrazione di acidi desossiribonucleici a genoma intero da specie di Mycobacterium tramite la tecnica del bromuro di cetiltrimetilammonio (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-12T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: Impara l'estrazione di DNA genomico da specie di Mycobacterium con il metodo CTAB. Questa tecnica produce DNA di alta purezza adatto per sequenziamento e studi molecolari avanzati.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>FBouso, J. M., Planet, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+non-tuberculous+mycobacteria+whole+genomes+using+an+optimized+DNA+extraction+protocol+for+long-read+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Complete non-tuberculous mycobacteria whole genomes using an optimized DNA extraction protocol for long-read sequencing.</a> BMC Genomics. 20 (1), 793(2019).</li>
<li>Daffé, M., Marrakchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+structure+of+the+mycobacterial+envelope%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Unraveling the structure of the mycobacterial envelope.</a> Microbiol Spectr. 7 (4), 7.4.1(2019).</li>
<li>Wayne, L. G., Sohaskey, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonreplicating+persistence+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Nonreplicating persistence of Mycobacterium tuberculosis.</a> Annu Rev Microbiol. 55 (1), 139-163 (2001).</li>
<li>Mohammadi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimal+DNA+isolation+method+for+detection+of+non-tuberculous+mycobacteria+by+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biomed+Res%22%5BJournal%5D)">Optimal DNA isolation method for detection of non-tuberculous mycobacteria by polymerase chain reaction.</a> Adv Biomed Res. 6 (1), 133(2017).</li>
<li>Van Soolingen, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occurrence+and+stability+of+insertion+sequences+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+strains%3A+Evaluation+of+an+insertion+sequence-dependent+DNA+polymorphism+as+a+tool+in+the+epidemiology+of+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Occurrence and stability of insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis.</a> J Clin Microbiol. 29 (11), 2578-2586 (1991).</li>
<li>Wilson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+genomic+DNA+from+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Preparation of genomic DNA from bacteria.</a> Curr Protoc Mol Biol. 56 (1), 2.4.1-2.4.5 (2001).</li>
<li>Van Embden, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strain+identification+of+Mycobacterium+tuberculosis+by+DNA+fingerprinting%3A+Recommendations+for+a+standardized+methodology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: Recommendations for a standardized methodology.</a> J Clin Microbiol. 31 (2), 406-409 (1993).</li>
<li>Wang, W. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+analysis+of+Mycobacterium+tuberculosis+isolates+and+construction+of+a+Beijing+lineage+reference+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">Genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis isolates and construction of a Beijing lineage reference genome.</a> Genome Biol Evol. 12 (2), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Epperson, L. E., Strong, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+scalable%2C+efficient%2C+and+safe+method+to+prepare+high+quality+DNA+from+mycobacteria+and+other+challenging+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Tuberc+Other+Mycobact+Dis%22%5BJournal%5D)">A scalable, efficient, and safe method to prepare high quality DNA from mycobacteria and other challenging cells.</a> J Clin Tuberc Other Mycobact Dis. 19, 100150(2020).</li>
<li>Warren, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safe+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+extraction+method+that+does+not+compromise+integrity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Safe Mycobacterium tuberculosis DNA extraction method that does not compromise integrity.</a> J Clin Microbiol. 44 (1), 254-256 (2006).</li>
<li>Amaro, A., Duarte, E., Amado, A., Ferronha, H., Botelho, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+three+DNA+extraction+methods+for+Mycobacterium+bovis%2C+Mycobacterium+tuberculosis+and+Mycobacterium+avium+subsp.+avium%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of three DNA extraction methods for Mycobacterium bovis, Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium subsp. avium.</a> Lett Appl Microbiol. 47 (1), 8-11 (2008).</li>
<li>Arslan, N., Demiray-Gurbuz, E., Ozkutuk, N., Esen, N., Özkütük, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+four+different+DNA+isolation+methods+from+MGIT+culture+for+long-read+whole+genome+sequencing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Jundishapur+J+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of four different DNA isolation methods from MGIT culture for long-read whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis.</a> Jundishapur J Microbiol. 17 (9), e148070(2024).</li>
<li>Opperman, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterium+avium+DNA+extraction%3A+Implications+for+NTM+identification+and+amplicon+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+J+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Mycobacterium avium DNA extraction: Implications for NTM identification and amplicon sequencing.</a> South Afr J Infect Dis. 40 (1), 5(2025).</li>
<li>Froenicke, L. Illumina and Aviti sample and library requirements. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/illumina-aviti-sample-and-library-requirements (2015).</li>
<li>Froenicke, L. PacBio Revio and Sequel II library prep & sequencing. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/pacbio-revio-and-sequel-ii-library-prep-sequencing (2016).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet-based+whole+genome+amplification+for+sequencing+minute+amounts+of+purified+Mycobacterium+tuberculosis+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Droplet-based whole genome amplification for sequencing minute amounts of purified Mycobacterium tuberculosis DNA.</a> Sci Rep. 14, 9931(2024).</li>
<li>Doig, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat-killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat-killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+investigation+of+key+factors+of+nucleic+acid+precipitation+toward+optimized+DNA%2FRNA+isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">A systematic investigation of key factors of nucleic acid precipitation toward optimized DNA/RNA isolation.</a> Biotechniques. 68 (4), 191-199 (2020).</li>
<li>Green, M. R., Sambrook, J., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGreen%2C+MR+%22Molecular+cloning%3A+A+laboratory+manual%22">Molecular cloning: A laboratory manual</a>. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. N.Y. (2012).</li>
<li>Van Soolingen, D., Hermans, P. W., De Haas, P. E., Van Embden, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insertion+element+IS1081-associated+restriction+fragment+length+polymorphisms+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+species%3A+A+reliable+tool+for+recognizing+Mycobacterium+bovis+BCG%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Insertion element IS1081-associated restriction fragment length polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex species: A reliable tool for recognizing Mycobacterium bovis BCG.</a> J Clin Microbiol. 30 (7), 1772-1777 (1992).</li>
<li>Doig, C., Seagar, A. L., Watt, B., Forbes, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat+killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+potential+of+Oxford+Nanopore+Technologies+sequencing+for+Mycobacterium+tuberculosis+sequencing%3A+An+assessment+of+R10+flowcells+and+V14+chemistry%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Exploring the potential of Oxford Nanopore Technologies sequencing for Mycobacterium tuberculosis sequencing: An assessment of R10 flowcells and V14 chemistry.</a> PLOS ONE. 19 (6), e0303938(2024).</li>
<li>Chang, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+DNA+sequencing+to+quantify+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+and+diagnose+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Metagenomic DNA sequencing to quantify Mycobacterium tuberculosis DNA and diagnose tuberculosis.</a> Sci Rep. 12, 16972(2022).</li>
<li>Forbes, J. D., Knox, N. C., Ronholm, J., Pagotto, F., Reimer, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomics%3A+The+next+culture-independent+game+changer%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Metagenomics: The next culture-independent game changer.</a> Front Microbiol. 8, 1069(2017).</li>
<li>Marshall, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+of+isolation+and+identification+of+non-tuberculous+mycobacteria+from+environmental+samples%3A+A+scoping+review%5BTitle%5D)+AND+%22Tuberculosis%22%5BJournal%5D)">Methods of isolation and identification of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples: A scoping review.</a> Tuberculosis. 138, 102291(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Punte da 1 mL per pipette</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 & micro; Punte a L pipette</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10% Dodecilsolfato di Sodio (SDS)</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>71736-100 ML</td><td></td></tr><tr><td>Tubi di polipropilene da 15 mL</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tubi da 2 ml e tubi da 1,5 ml</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 & micro; Punte per pipette l</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2-PROPANOLO, BIOREAGENTE, PER MOLECULAR B&;</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>I9516-1L&nbsp;</td><td>Conserva tra -20 e gradi; C</td></tr><tr><td>37&deg; Incubatore C</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>S6546 - 100 ML</td><td></td></tr><tr><td>65 e degna; Incubatore C</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gel di agarosio</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sistema di documentazione del gel UV Bio-Rad,</td><td>BioRad</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Centrifuga (per tubi da 15 ml da 50 ml) e Microfuge (per tubi da 2 ml)</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CLOROFORMIO PER L'ANALISI EMPARTA & reg; ACS</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>1070242500</td><td></td></tr><tr><td>Cloroformio/isoamil alcol (24:1)</td><td></td><td></td><td>In una cappa fumi, mescola 384 ml di cloroformio e 16 ml di alcol isoamilico</td></tr><tr><td>Soluzione CTAB/NaCl</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>52370-100 G</td><td>Sciogliere 4,1 g di NaCl in 80 ml di acqua distillata. Durante la mescola, aggiungi 10 g di CTAB. Soluzione termica a 65°Deg; Incubatore C. Regola il volume a 100 ml con acqua distillata. Conserva a temperatura ambiente fino a 6 mesi.</td></tr><tr><td>Scala DNA 1 Kb</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ALCOL ETILICO, PURO, 200 PROOF, PER MOL&</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>E7023-500ML</td><td>Mescola 75 ml di etanolo assoluto e 25 ml di acqua distillata</td></tr><tr><td>Lisozima (10 mg/ml)</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>10837059001</td><td>Ricostituire la lisozima liofilizzata (portata a temperatura ambiente) con acqua distillata a 10 mg/ml</td></tr><tr><td>Media Middlebrook 7H9</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>M0178</td><td>Segui le linee guida del produttore per la preparazione del mezzo liquido</td></tr><tr><td>ARRICCHIMENTO MIDDLEBROOK OADC 6 x 100 ml F&nbsp;</td><td>BD</td><td>212240</td><td></td></tr><tr><td>Substrati per il Tubo Indicatore di Crescita dei Micobatteri (MGIT)</td><td>BD</td><td>245122</td><td></td></tr><tr><td>Sistema NanoDrop</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pipetta P10</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pipetta P1000</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pipetta P200</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Proteinasi K, ricombussolato, PCR grd 2x250mg&nbsp;</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>3115801001</td><td>Ricostituire la fiala di proteinasi K liofilizzata con acqua distillata a 10 mg/ml. Congelare le aliquote in tubi da 2 ml a -20 &deg; C</td></tr><tr><td>Sicuro per SYBR</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filtro tampone Tris/EDTA (TE) pH 8.0</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>8890-OP o 382499997</td><td></td></tr><tr><td>Vortice</td><td>Qualsiasi fornitore</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

estrazione di acidi desossiribonucleici a genoma intero da specie di mycobacterium tramite la tecnica del bromuro di cetiltrimetilammonio

Whole-Genome Deoxyribonucleic Acid Extraction from Mycobacterium Species via the Cetyltrimethylammonium Bromide Technique

Estrazione di acidi desossiribonucleici a genoma intero da specie di Mycobacterium tramite la tecnica del bromuro di cetiltrimetilammonio

Efficient and reliable DNA extraction is a fundamental step in molecular biology, providing high-quality genetic material for downstream applications such ...

whole-genome-deoxyribonucleic-acid-extraction-from-mycobacterium

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Descriviamo un metodo per l'estrazione di alto peso molecolare del DNA genomico da biomassa planctonica concentrati su filtri 0,22 micron Sterivex, seguita da centrifugazione in gradiente di cesio cloruro di densità per la purificazione.

Estrazione del DNA da 0,22 Filtri mM Sterivex e cloruro di Cesio densità centrifugazione gradiente

Una metodologia per isolare ad alto peso molecolare del DNA genomico e di alta qualità da parte della comunità microbica del suolo è descritta.

Estrazione di DNA ad alta peso molecolare genomico da terreni e sedimenti

Questo video dimostra il protocollo per l'estrazione del DNA da fissati in formalina materiale in paraffina. Questa è una di più giorni procedura di sezioni di tessuto in cui sono deparaffinate con xilene, reidratato con etanolo e trattati con proteinasi K per purificare e isolare il DNA per le successive analisi del gene-specifici o genoma.

Estrazione DNA da materiale in paraffina per le analisi genetiche ed epigenetiche

Forniamo un protocollo migliore per l'estrazione del DNA alto peso molecolare da stuoie microbica hypersaline. Cellule microbiche sono separate dalla matrice tappetino prima dell'estrazione del DNA e la purificazione. Questo aumenta la concentrazione, la qualità e le dimensioni del DNA. Il protocollo può essere utilizzato per altri campioni refrattari.

Estrazione di DNA ad alta peso molecolare da Mats microbica

Preparazione del campione di<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Estratti di studi di risonanza magnetica nucleare metabolomica

Qui vi presentiamo un nuovo approccio per identificare virus vegetali con genomi di DNA double-strand. Usiamo metodi standard per estrarre RNA e DNA da foglie infette e svolgere il sequenziamento di nuova generazione. Strumenti bioinformatici assemblare sequenze in contigs, identificano contigs che rappresenta il genoma del virus e assegnano genomi a gruppi tassonomici.

Combinando l'analisi di DNA in un'estrazione di greggio virione con l'analisi del RNA dalle foglie infette per scoprire nuovi Virus genomi

Qui descritto è un protocollo di estrazione del DNA che utilizza perline magnetiche per produrre estrazioni di DNA di alta qualità dalle zanzare. Queste estrazioni sono adatte per un approccio di sequenziamento di nuova generazione a valle.

Un protocollo di estrazione del DNA delle zanzare a base di perline magnetiche per il sequenziamento di nuova generazione

Presentiamo il processo di isolamento, propagazione e caratterizzazione dei batteri che degradano gli idrocarburi dagli habitat acquatici. Il protocollo delinea l'isolamento batterico, l'identificazione con il metodo 16S rRNA e il test del loro potenziale di degradazione degli idrocarburi. Questo articolo aiuterebbe i ricercatori a caratterizzare la biodiversità microbica nei campioni ambientali e in particolare a selezionare i microbi con potenziale di biorisanamento.

Isolamento, propagazione e identificazione di specie batteriche con proprietà metabolizzanti di idrocarburi da habitat acquatici

Questo protocollo dimostra che il beadbeating combinato con la purificazione delle microsfere per la cattura del DNA fornisce un metodo rapido e coerente per estrarre il DNA da campioni di Mycobacterium tuberculosis , rendendolo una scelta efficace per le applicazioni di sequenziamento di nuova generazione.

Estrazione del DNA micobatterico mediante battitura del tallone in tampone personalizzato seguita da flusso di lavoro NGS

Presentiamo un metodo ottimizzato per l'estrazione del DNA dall'espettorato decontaminato utilizzando un metodo di estrazione basato su matrice combinato con una purificazione a microsfere magnetiche per il sequenziamento mirato a valle di nuova generazione del Mycobacterium tuberculosis.

Estrazione del DNA basata su matrice per il sequenziamento mirato di nuova generazione su campioni di espettorato decontaminato

Qui, presentiamo un metodo di chip di microarray di DNA per identificare le specie di Mycobacterium , che migliorerà l'accuratezza diagnostica e l'efficienza delle malattie correlate per uso clinico.

Identificazione delle specie di Mycobacterium mediante il metodo del chip DNA Microarray

Impara l'estrazione di DNA genomico da specie di Mycobacterium con il metodo CTAB. Questa tecnica produce DNA di alta purezza adatto per sequenziamento e studi molecolari avanzati.

Estrazione di acidi desossiribonucleici a genoma intero da specie di Mycobacterium tramite la tecnica del bromuro di cetiltrimetilammonio (Video) | JoVE Journal

Estrazione di acidi desossiribonucleici a genoma intero da specie di Mycobacterium tramite la tecnica del bromuro di cetiltrimetilammonio

Esplora altri video