Name: Estrazione degli istoni da campioni clinici per profilazione epigenetica tramite spettrometria di massa (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Impara l'estrazione degli istoni da campioni clinici per profilazione epigenetica tramite spettrometria di massa. Questo metodo consente di quantificare fino a 50 modifiche post-traduzionali da soli 1000 cellule.

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<table><tbody><tr><td><forte>Sostanze chimiche</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histolemon RS per l'istologia</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Acetonitrile (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Bicarbonato di ammonio (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Persolfato di ammonio (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Inibitore della proteasi dell'aprotinina</td><td>Sigma Aldrich & nbsp;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Nucleasi benzonasi</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisacrilammide 30% 37,5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Tampone A 0,1% di acido formico in ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Buffer B 0,1% acido formico /80% acetonitrile in ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Resina C18</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>Diametro di 47 mm</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Dithiotreitol (DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Etanolo</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Leucepitina&nbsp; Inibitore della proteasi</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-Tetrametil etilendiamina (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Buffer campione LDS NuPAGE</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - soluzione salina tamponata con fosfato & nbsp;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Fenoilianato (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Inibitore della proteasi del fenilmetilsulfonilfluoruro (PMSF)</td><td>Sigma Aldrich & nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Anidride propionica (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Umano di Istona Ricombinante H3.1</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 & micro; G/& Micro; L</td></tr><tr><td>Tripsina di grado sequenziante</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>Inibitore della deacetliasi di sodio butirato (NaBut)</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Dodecilsolfato di sodio (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Bicarbonato di trietilammonio</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Acido trifluoroacetico (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Detersivo Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td><forte>Kit/ Attrezzatura/Software</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Micropiastra a 96 pozzi</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>Non pirogenico, privo di Rnase/Dnase</td></tr><tr><td>Bilancia</td><td>Kern</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuga da banco</td><td>Laboratorio Biofuge Hareus</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Dispositivo di Sonicazione a Biorupttore</td><td>Diagenode</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sonificatore Digitale Branson 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filtro cellulare 100 & micro; m</td><td>Falcone</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Concentrator plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Omogeneizzatore Dounce (es. & nbsp; Dounce, Wheaton...)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td>1 mL Smagliatore di tessuti</td></tr><tr><td>Cromatografia liquida EASY-nLC 1200</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Colonna HPLC C18 a spruzzo facile</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 & micro; m, 100&nbsp; &Aring;, 75 &micro; m x 25 cm</td></tr><tr><td>Script EpiProfile2.0</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Software delle Figi</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Motore di ricerca MaxQuant</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestello A (sciolto)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (stretto)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sistema Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ruota rotante</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Bisturi</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Forbici</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Tappeto di sigillatura</td><td>Corning</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>Compatibile con l'automazione</td></tr><tr><td>Centrifuga a rotore oscillante</td><td>Beckman coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Termomixer compatto</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Vortice</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Software Xcalibur</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

estrazione degli istoni da campioni clinici per profilazione epigenetica tramite spettrometria di massa

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Estrazione degli istoni da campioni clinici per profilazione epigenetica tramite spettrometria di massa

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

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Combinando nativa e reticolazione cromatina immunoprecipitazione con alta risoluzione di Spettrometria di Massa, l'approccio ChroP permette di sezionare il composito dell'architettura proteomica delle modificazioni degli istoni, le varianti e le proteine ​​non istoniche Synergizing a domini di cromatina funzionalmente distinte.

L&#39;approccio ChroP Combina ChIP e Spettrometria di Massa a sezionare Locus-specifiche proteomica Paesaggi della cromatina

Questo protocollo descrive un flusso di lavoro completamente integrato per la caratterizzazione di istone modificazioni post-traslazionali utilizzando la spettrometria di massa (MS). Il flusso di lavoro prevede la purificazione istone da colture di cellule o tessuti, istone derivatizzazione e la digestione, analisi MS utilizzando nano-flusso cromatografia liquida e le istruzioni per l'analisi dei dati. Il protocollo è stato progettato per il completamento entro 2 - 3 giorni.

Flusso di lavoro completo per l&#39;analisi dell&#39;istone modificazioni post-traduzionali Utilizzando Bottom-up Spettrometria di Massa: Da istone estrazione all&#39;analisi dei dati

Lo scopo di questo articolo è quello di fornire una guida completa, sistematica per la purificazione efficiente degli istoni H3 e H4 e la quantificazione dei residui degli istoni acetilati.

Purificazione di H3 e H4 proteine istoniche e la quantificazione degli istoni acetilati marchi nelle cellule e tessuto cerebrale

Il protocollo è stato sviluppato per estrarre efficacemente istoni intatti dai materiali fogliari di sorgo per la profilazione di modifiche post-tras trasunzionali istone che possono servire come potenziali marcatori epigenetici per aiutare le colture resistenti alla siccità ingegneristica.

Isolamento dell'istono dal tessuto fogliare di sorgo per la profilazione della spettrometria di massa dall'alto verso il basso dei potenziali marcatori epigenetici

Questo protocollo delinea come un sistema di coltura cellulare tridimensionale può essere utilizzato per modellare, trattare e analizzare le modifiche della cromatina in uno stato quasi fisiologico.

Quantificazione a livello globale delle modifiche post-traduzionali degli istoni in un modello di coltura cellulare 3D del tessuto epatico

Un flusso di lavoro analitico basato sulla cromatografia liquida, sulla spettrometria di mobilità ionica intrappolata e sulla spettrometria di massa a tempo di volo (LC-TIMS-TOF MS/MS) per un'analisi "bottom-up" ad alta affidabilità e altamente riproducibile delle modificazioni istoniche e l'identificazione in base ai parametri principali (tempo di ritenzione [RT], sezione d'urto di collisione [CCS] e rapporto massa-carica [m/z] accurato).

Screening della modificazione degli istoni mediante cromatografia liquida, spettrometria di mobilità ionica intrappolata e spettrometria di massa a tempo di volo

Questo metodo descrive una strategia semplice e veloce per la caratterizzazione e l'indagine della proteoforma istonica.

Presentazione delle proteoforme istoniche con l'elettroforesi su gel 2D-TAU

Qui presentiamo un protocollo per automatizzare l'analisi post-traduzionale delle modifiche degli istoni a singola cellula utilizzando una strategia di marcatura isotopica a due plex e la digestione ArgC. Questo flusso di lavoro consente un profiling quantitativo, riproducibile e ad alta sensibilità dell'eterogeneità della cromatina e delle risposte epigenetiche a risoluzione di singola cellula.

Preparazione automatica del campione per l'analisi multiplexata delle modifiche post-traduzionali delle istane a singola (sc-hPTM2)

Qui, presentiamo un'elettroforesi bidimensionale (2DE) accoppiata alla spettrometria di massa (MS) per separare e identificare adenoma pituitario umano tessuto proteoma, che presenta un modello 2DE buona e riproducibili. Molte proteine sono osservati in ogni spot 2DE analizzando nel complesso cancro proteoma con l'uso di MS ad alta sensibilità.

Elettroforesi bidimensionale accoppiata con spettrometria di massa per un'analisi del proteoma di tessuto umano Adenoma pituitario

L'ottenimento di DNA genomico di alta qualità dai tessuti del tumore è un primo passo essenziale per analizzare le alterazioni genetiche mediante sequenziamento di nuova generazione. In questo articolo, presentiamo un metodo semplice e rapido per arricchire le cellule del tumore e ottenere DNA intatto dal tocco impronta campioni citologici.

Metodo semplice e veloce per ottenere alta qualità tumore del DNA da campioni clinico-patologiche utilizzando Touch Imprint citologia

Impara l'estrazione degli istoni da campioni clinici per profilazione epigenetica tramite spettrometria di massa. Questo metodo consente di quantificare fino a 50 modifiche post-traduzionali da soli 1000 cellule.

Estrazione degli istoni da campioni clinici per profilazione epigenetica tramite spettrometria di massa

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