Name: Preparazione e elaborazione delle arterie calcificate con morfologia e RNA preservati per la profilazione spaziale digitale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-01-23T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Scopri un protocollo di analisi spaziale del trascrittoma per tessuti vascolari calcificati utilizzando il sistema Nanostring GeoMx DSP. Questo metodo preserva la morfologia e l'integrità dell'RNA per studi di biologia vascolare.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+spatial+transcriptomic+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Advances in spatial transcriptomic data analysis.</a> Genome Res. 31 (10), 1706-1718 (2021).</li>
<li>Schmitd, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+and+transcriptomic+analysis+of+perineural+invasion+in+oral+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial and transcriptomic analysis of perineural invasion in oral cancer.</a> Clin Cancer Res. 28 (16), 3557-3572 (2022).</li>
<li>Bassiouni, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+analysis+of+a+diverse+patient+cohort+reveals+a+conserved+architecture+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic analysis of a diverse patient cohort reveals a conserved architecture in triple-negative breast cancer.</a> Cancer Res. 83 (1), 34-48 (2023).</li>
<li>Hirz, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+immune+suppressive+human+prostate+tumor+microenvironment+via+integrated+single-cell+and+spatial+transcriptomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dissecting the immune suppressive human prostate tumor microenvironment via integrated single-cell and spatial transcriptomic analyses.</a> Nat Commun. 14 (1), 663(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+spatial+transcriptome+analysis+reveals+the+cellular+heterogeneity+of+liver+metastatic+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer.</a> Sci Adv. 9 (24), eadf5464(2023).</li>
<li>Eyers, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+spatial+profiling+of+the+microenvironment+of+muscle+invasive+bladder+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer.</a> Commun Biol. 7 (1), 737(2024).</li>
<li>Del Rossi, N., Chen, J. G., Yuan, G. C., Dries, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+spatial+transcriptomics+data+using+giotto%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analyzing spatial transcriptomics data using giotto.</a> Curr Protoc. 2 (4), e405(2022).</li>
<li>Sona, S., Bradley, M., Ting, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+single-cell+RNA-seq+and+spatial+gene+expression+integration+and+interactive+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization.</a> STAR Protoc. 4 (1), 102047(2023).</li>
<li>Ibarra-Lopez, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+profiling+of+protein+and+rna+expression+in+tissue%3A+An+approach+to+fine-tune+virtual+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Spatial profiling of protein and rna expression in tissue: An approach to fine-tune virtual microdissection.</a> J Vis Exp. (185), e62651(2022).</li>
<li>Mancinelli, L., Schoedel, K. E., Weiss, K. R., Intini, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+to+enable+spatial+transcriptomics+of+bone+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Methods to enable spatial transcriptomics of bone tissues.</a> J Vis Exp. (207), e66850(2024).</li>
<li>Sun, P., Li, M., Ye, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+decipher+complex+spatial+transcriptomics+data+using+stminer%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using stminer.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103838(2025).</li>
<li>Luo, Z., Schmitz, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+preparing+fresh+frozen+soybean+tissues+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103790(2025).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+gene+expression+of+human+coronary+arteries+revealed+the+molecular+features+of+diffuse+intimal+thickening+in+explanted+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial gene expression of human coronary arteries revealed the molecular features of diffuse intimal thickening in explanted hearts.</a> Int J Mol Sci. 26 (5), 1949(2025).</li>
<li>Pelisek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swiss+vascular+biobank%3A+Evaluation+of+optimal+extraction+method+and+admission+solution+for+preserving+RNA+from+human+vascular+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Med%22%5BJournal%5D)">Swiss vascular biobank: Evaluation of optimal extraction method and admission solution for preserving RNA from human vascular tissue.</a> J Clin Med. 12 (15), 5109(2023).</li>
<li>Nam, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+fixation+and+storage+of+human+tissue+samples+on+nucleic+acid+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Korean+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of fixation and storage of human tissue samples on nucleic acid preservation.</a> Korean J Pathol. 48 (1), 36(2014).</li>
<li>Juwayria,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microarray+integrated+spatial+transcriptomics+%28MIST%29+for+affordable+and+robust+digital+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Syst+Biol+Appl%22%5BJournal%5D)">Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology.</a> NPJ Syst Biol Appl. 10 (1), 142(2024).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+benchmarking+of+imaging+spatial+transcriptomics+platforms+in+ffpe+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in ffpe tissues.</a> bioRxiv. , (2023).</li>
<li>Smith, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rigor+and+reproducibility+of+spatial+transcriptomics+performed+on+clinically+sourced+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Rigor and reproducibility of spatial transcriptomics performed on clinically sourced human tissues.</a> Lab Invest. 104190, (2025).</li>
<li>Amancherla, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+responses+to+rejection+in+the+transplanted+human+heart+revealed+through+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Bolen, M., Xue, Q. -S., Tansey, M. G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBolen%2C+M+%22Ffpe+tissue+microarray+protocol%22">Ffpe tissue microarray protocol</a>. , (2024).</li>
<li>Wisner, L., Larsen, B., Maguire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manual+construction+of+a+tissue+microarray+using+the+tape+method+and+a+handheld+microarrayer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Manual construction of a tissue microarray using the tape method and a handheld microarrayer.</a> J Vis Exp. (184), e63086(2022).</li>
<li>Zhao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+a+critical+role+of+novel+pro-inflammatory+endothelial+cells+in+mediating+adverse+remodeling+in+coronary+artery-on-a-chip%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals a critical role of novel pro-inflammatory endothelial cells in mediating adverse remodeling in coronary artery-on-a-chip.</a> Sci Adv. 7 (34), eabg1694(2021).</li>
<li>Fu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+coronary+perivascular+adipose+tissue+from+end-stage+heart+failure+patients+identifies+SPP1%2B+macrophage+subpopulation+as+a+target+for+alleviating+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of coronary perivascular adipose tissue from end-stage heart failure patients identifies SPP1+ macrophage subpopulation as a target for alleviating fibrosis.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 43 (11), 2143-2164 (2023).</li>
<li>Mao, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+coronary+heterogeneity+and+identifies+CD133%2B+TRPV4high+endothelial+subpopulation+in+regulating+flow-induced+vascular+tone+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals coronary heterogeneity and identifies CD133+ TRPV4high endothelial subpopulation in regulating flow-induced vascular tone in mice.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 44 (3), 653-665 (2024).</li>
<li>Li, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+the+carotid+artery+and+femoral+artery+of+rats+exposed+to+hindlimb+unloading%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading.</a> Cell Mol Life Sci. 82 (1), 50(2025).</li>
<li>Deroo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vein+wall+cell+atlas+of+murine+venous+thrombosis+determined+by+single-cell+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing.</a> Commun Biol. 6 (1), 130(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM), glucosio alto, piruvato &nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione tampone di acido tampone 4-(2-2-idrossietil)-1-piperazina, etanolosulfonico (HEPES), 1 M</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15630080</td><td></td></tr><tr><td>Penicillina-Streptomicina (P/S), 10.000 U/mL</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>Formalina Bufferizzata Neutra al 10% (NBF)</td><td>Millipore Sigma</td><td>65346-M</td><td></td></tr><tr><td>Etilene-diammina-acido tetraacetico (EDTA)</td><td>Millipore Sigma</td><td>3620</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di stabilizzazione RNAlater</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7024</td><td>Soluzione di stabilizzazione dell'RNA (RSS)</td></tr><tr><td>Perossido di idrogeno (H2O2)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322335</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di recupero del bersaglio</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322001</td><td></td></tr><tr><td>Proteasi Plus</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322331</td><td>Integratore enzimatico digestivo</td></tr><tr><td>DapB (controllo negativo)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>310043</td><td></td></tr><tr><td>RNAscope wash buffer (kit di analisi RNAscope 2.5 HD Red ISH)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>320058</td><td></td></tr><tr><td>AMP1</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324511</td><td></td></tr><tr><td>AMP2</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324512</td><td></td></tr><tr><td>AMP3</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324513</td><td></td></tr><tr><td>AMP4</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324514</td><td></td></tr><tr><td>AMP5 Rosso</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324515</td><td></td></tr><tr><td>AMP6 Rosso</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324516</td><td></td></tr><tr><td>Fast Red A</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324517</td><td></td></tr><tr><td>Human Ppib</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>313901</td><td></td></tr><tr><td>Gill' s ematossilina</td><td>Millipore Sigma</td><td>GHS132</td><td></td></tr><tr><td>Prelevato di antigeni, Tris/EDTA pH 9</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>00-4956-58</td><td></td></tr><tr><td>Proteinasi K</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di ibridazione-Hs WTA</td><td>Nanostringa</td><td>121401102</td><td></td></tr><tr><td>Hybrislip</td><td></td><td></td><td>Scivolamento di ibridazione</td></tr><tr><td>Soluzione ibridazione-Buffer R</td><td>Nanostringa</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Rabbit anti-CD45&nbsp;</td><td>Segnalazione cellulare</td><td>1317</td><td></td></tr><tr><td>Buffer W</td><td>Nanostringa</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Capra anti-coniglio IgG-AF647</td><td>Jackson Immunoresearch</td><td>111-605-144</td><td></td></tr><tr><td>Mouse anti-SMA-AF488&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>53-9760</td><td></td></tr><tr><td>Syto83&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S11364</td><td></td></tr><tr><td>Lama chirurgica</td><td>BD in Biologia</td><td>371110</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost&nbsp; Più vetri per microscopio</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1255015</td><td></td></tr><tr><td>Penna ImmEdge</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lame a microtomo</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22-500-125</td><td></td></tr><tr><td>RNase AWAY</td><td></td><td></td><td>Soluzione inattivante RNasi</td></tr><tr><td><forte>Equipaggiamento</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Forno ibrido HybEZ & nbsp;</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>321710</td><td></td></tr><tr><td>GeoMx Digital Spatial Profiler</td><td>Nanostring&nbsp;</td><td>Modello: GeoMx DSP Piattaforma di accesso dati: GeoMx DSP Control Center (Versione 3.1.2.12)</td><td>Impostazione della scansione del canale: per il FITC, il tempo di esplosione è 300 ms, mentre il fluorofero è AlexaFluro 488; per il canale Cy3, il tempo di esposizione è di 50 ms, mentre il fluoroforio è Syto83; e per il canale Cy5, il tempo di esposizione è di 300 ms, mentre il fluoroforio è AlexaFluor 647.</td></tr></tbody></table>

preparazione e elaborazione delle arterie calcificate con morfologia e rna preservati per la profilazione spaziale digitale

Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling

Preparazione e elaborazione delle arterie calcificate con morfologia e RNA preservati per la profilazione spaziale digitale

Spatial transcriptomics maps whole-transcriptome profiles directly onto tissue sections, correlating between cellular neighborhoods and gene expression ...

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