Name: Preparazione e elaborazione delle arterie calcificate con morfologia e RNA preservati per la profilazione spaziale digitale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-01-23T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Scopri un protocollo di analisi spaziale del trascrittoma per tessuti vascolari calcificati utilizzando il sistema Nanostring GeoMx DSP. Questo metodo preserva la morfologia e l'integrità dell'RNA per studi di biologia vascolare.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+spatial+transcriptomic+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Advances in spatial transcriptomic data analysis.</a> Genome Res. 31 (10), 1706-1718 (2021).</li>
<li>Schmitd, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+and+transcriptomic+analysis+of+perineural+invasion+in+oral+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial and transcriptomic analysis of perineural invasion in oral cancer.</a> Clin Cancer Res. 28 (16), 3557-3572 (2022).</li>
<li>Bassiouni, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+analysis+of+a+diverse+patient+cohort+reveals+a+conserved+architecture+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic analysis of a diverse patient cohort reveals a conserved architecture in triple-negative breast cancer.</a> Cancer Res. 83 (1), 34-48 (2023).</li>
<li>Hirz, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+immune+suppressive+human+prostate+tumor+microenvironment+via+integrated+single-cell+and+spatial+transcriptomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dissecting the immune suppressive human prostate tumor microenvironment via integrated single-cell and spatial transcriptomic analyses.</a> Nat Commun. 14 (1), 663(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+spatial+transcriptome+analysis+reveals+the+cellular+heterogeneity+of+liver+metastatic+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer.</a> Sci Adv. 9 (24), eadf5464(2023).</li>
<li>Eyers, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+spatial+profiling+of+the+microenvironment+of+muscle+invasive+bladder+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer.</a> Commun Biol. 7 (1), 737(2024).</li>
<li>Del Rossi, N., Chen, J. G., Yuan, G. C., Dries, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+spatial+transcriptomics+data+using+giotto%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analyzing spatial transcriptomics data using giotto.</a> Curr Protoc. 2 (4), e405(2022).</li>
<li>Sona, S., Bradley, M., Ting, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+single-cell+RNA-seq+and+spatial+gene+expression+integration+and+interactive+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization.</a> STAR Protoc. 4 (1), 102047(2023).</li>
<li>Ibarra-Lopez, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+profiling+of+protein+and+rna+expression+in+tissue%3A+An+approach+to+fine-tune+virtual+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Spatial profiling of protein and rna expression in tissue: An approach to fine-tune virtual microdissection.</a> J Vis Exp. (185), e62651(2022).</li>
<li>Mancinelli, L., Schoedel, K. E., Weiss, K. R., Intini, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+to+enable+spatial+transcriptomics+of+bone+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Methods to enable spatial transcriptomics of bone tissues.</a> J Vis Exp. (207), e66850(2024).</li>
<li>Sun, P., Li, M., Ye, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+decipher+complex+spatial+transcriptomics+data+using+stminer%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using stminer.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103838(2025).</li>
<li>Luo, Z., Schmitz, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+preparing+fresh+frozen+soybean+tissues+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103790(2025).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+gene+expression+of+human+coronary+arteries+revealed+the+molecular+features+of+diffuse+intimal+thickening+in+explanted+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial gene expression of human coronary arteries revealed the molecular features of diffuse intimal thickening in explanted hearts.</a> Int J Mol Sci. 26 (5), 1949(2025).</li>
<li>Pelisek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swiss+vascular+biobank%3A+Evaluation+of+optimal+extraction+method+and+admission+solution+for+preserving+RNA+from+human+vascular+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Med%22%5BJournal%5D)">Swiss vascular biobank: Evaluation of optimal extraction method and admission solution for preserving RNA from human vascular tissue.</a> J Clin Med. 12 (15), 5109(2023).</li>
<li>Nam, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+fixation+and+storage+of+human+tissue+samples+on+nucleic+acid+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Korean+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of fixation and storage of human tissue samples on nucleic acid preservation.</a> Korean J Pathol. 48 (1), 36(2014).</li>
<li>Juwayria,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microarray+integrated+spatial+transcriptomics+%28MIST%29+for+affordable+and+robust+digital+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Syst+Biol+Appl%22%5BJournal%5D)">Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology.</a> NPJ Syst Biol Appl. 10 (1), 142(2024).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+benchmarking+of+imaging+spatial+transcriptomics+platforms+in+ffpe+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in ffpe tissues.</a> bioRxiv. , (2023).</li>
<li>Smith, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rigor+and+reproducibility+of+spatial+transcriptomics+performed+on+clinically+sourced+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Rigor and reproducibility of spatial transcriptomics performed on clinically sourced human tissues.</a> Lab Invest. 104190, (2025).</li>
<li>Amancherla, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+responses+to+rejection+in+the+transplanted+human+heart+revealed+through+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Bolen, M., Xue, Q. -S., Tansey, M. G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBolen%2C+M+%22Ffpe+tissue+microarray+protocol%22">Ffpe tissue microarray protocol</a>. , (2024).</li>
<li>Wisner, L., Larsen, B., Maguire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manual+construction+of+a+tissue+microarray+using+the+tape+method+and+a+handheld+microarrayer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Manual construction of a tissue microarray using the tape method and a handheld microarrayer.</a> J Vis Exp. (184), e63086(2022).</li>
<li>Zhao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+a+critical+role+of+novel+pro-inflammatory+endothelial+cells+in+mediating+adverse+remodeling+in+coronary+artery-on-a-chip%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals a critical role of novel pro-inflammatory endothelial cells in mediating adverse remodeling in coronary artery-on-a-chip.</a> Sci Adv. 7 (34), eabg1694(2021).</li>
<li>Fu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+coronary+perivascular+adipose+tissue+from+end-stage+heart+failure+patients+identifies+SPP1%2B+macrophage+subpopulation+as+a+target+for+alleviating+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of coronary perivascular adipose tissue from end-stage heart failure patients identifies SPP1+ macrophage subpopulation as a target for alleviating fibrosis.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 43 (11), 2143-2164 (2023).</li>
<li>Mao, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+coronary+heterogeneity+and+identifies+CD133%2B+TRPV4high+endothelial+subpopulation+in+regulating+flow-induced+vascular+tone+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals coronary heterogeneity and identifies CD133+ TRPV4high endothelial subpopulation in regulating flow-induced vascular tone in mice.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 44 (3), 653-665 (2024).</li>
<li>Li, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+the+carotid+artery+and+femoral+artery+of+rats+exposed+to+hindlimb+unloading%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading.</a> Cell Mol Life Sci. 82 (1), 50(2025).</li>
<li>Deroo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vein+wall+cell+atlas+of+murine+venous+thrombosis+determined+by+single-cell+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing.</a> Commun Biol. 6 (1), 130(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM), glucosio alto, piruvato &nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione tampone di acido tampone 4-(2-2-idrossietil)-1-piperazina, etanolosulfonico (HEPES), 1 M</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15630080</td><td></td></tr><tr><td>Penicillina-Streptomicina (P/S), 10.000 U/mL</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>Formalina Bufferizzata Neutra al 10% (NBF)</td><td>Millipore Sigma</td><td>65346-M</td><td></td></tr><tr><td>Etilene-diammina-acido tetraacetico (EDTA)</td><td>Millipore Sigma</td><td>3620</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di stabilizzazione RNAlater</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7024</td><td>Soluzione di stabilizzazione dell'RNA (RSS)</td></tr><tr><td>Perossido di idrogeno (H2O2)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322335</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di recupero del bersaglio</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322001</td><td></td></tr><tr><td>Proteasi Plus</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322331</td><td>Integratore enzimatico digestivo</td></tr><tr><td>DapB (controllo negativo)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>310043</td><td></td></tr><tr><td>RNAscope wash buffer (kit di analisi RNAscope 2.5 HD Red ISH)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>320058</td><td></td></tr><tr><td>AMP1</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324511</td><td></td></tr><tr><td>AMP2</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324512</td><td></td></tr><tr><td>AMP3</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324513</td><td></td></tr><tr><td>AMP4</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324514</td><td></td></tr><tr><td>AMP5 Rosso</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324515</td><td></td></tr><tr><td>AMP6 Rosso</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324516</td><td></td></tr><tr><td>Fast Red A</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324517</td><td></td></tr><tr><td>Human Ppib</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>313901</td><td></td></tr><tr><td>Gill' s ematossilina</td><td>Millipore Sigma</td><td>GHS132</td><td></td></tr><tr><td>Prelevato di antigeni, Tris/EDTA pH 9</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>00-4956-58</td><td></td></tr><tr><td>Proteinasi K</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di ibridazione-Hs WTA</td><td>Nanostringa</td><td>121401102</td><td></td></tr><tr><td>Hybrislip</td><td></td><td></td><td>Scivolamento di ibridazione</td></tr><tr><td>Soluzione ibridazione-Buffer R</td><td>Nanostringa</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Rabbit anti-CD45&nbsp;</td><td>Segnalazione cellulare</td><td>1317</td><td></td></tr><tr><td>Buffer W</td><td>Nanostringa</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Capra anti-coniglio IgG-AF647</td><td>Jackson Immunoresearch</td><td>111-605-144</td><td></td></tr><tr><td>Mouse anti-SMA-AF488&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>53-9760</td><td></td></tr><tr><td>Syto83&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S11364</td><td></td></tr><tr><td>Lama chirurgica</td><td>BD in Biologia</td><td>371110</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost&nbsp; Più vetri per microscopio</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1255015</td><td></td></tr><tr><td>Penna ImmEdge</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lame a microtomo</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22-500-125</td><td></td></tr><tr><td>RNase AWAY</td><td></td><td></td><td>Soluzione inattivante RNasi</td></tr><tr><td><forte>Equipaggiamento</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Forno ibrido HybEZ & nbsp;</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>321710</td><td></td></tr><tr><td>GeoMx Digital Spatial Profiler</td><td>Nanostring&nbsp;</td><td>Modello: GeoMx DSP Piattaforma di accesso dati: GeoMx DSP Control Center (Versione 3.1.2.12)</td><td>Impostazione della scansione del canale: per il FITC, il tempo di esplosione è 300 ms, mentre il fluorofero è AlexaFluro 488; per il canale Cy3, il tempo di esposizione è di 50 ms, mentre il fluoroforio è Syto83; e per il canale Cy5, il tempo di esposizione è di 300 ms, mentre il fluoroforio è AlexaFluor 647.</td></tr></tbody></table>

preparazione e elaborazione delle arterie calcificate con morfologia e rna preservati per la profilazione spaziale digitale

Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling

Preparazione e elaborazione delle arterie calcificate con morfologia e RNA preservati per la profilazione spaziale digitale

Spatial transcriptomics maps whole-transcriptome profiles directly onto tissue sections, correlating between cellular neighborhoods and gene expression ...

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Questo video mostra una procedura che utilizza la colorazione Sudan IV per colorare i depositi di grasso nell'arco aortico del topo prelevato per visualizzare le placche aterosclerotiche e determinare l'estensione dell'aterosclerosi.

Colorazione Sudan IV: una procedura per la colorazione di placche aterosclerotiche cariche di lipidi nell'arco aortico di topo prelevato

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Abbiamo sviluppato due serie di tracciare combinazioni a Rosa26 tdtomato (ubiquitariamente espresso in tutte le cellule) / Cre (specificamente indicato nella condrociti) topi: uno con 2.3Col1a1-GFP (specifico per osteoblasti) e uno con immunofluorescenza (specifico per le cellule ossee). I dati dimostrano la trasformazione diretta di condrociti in cellule ossee.

Co-localizzazione di marcatori di cellule lignaggio e il segnale di pomodoro

Vi proponiamo un protocollo standardizzato per caratterizzare la composizione cellulare delle lesioni aterosclerotiche murine di stadio avanzato compreso di metodi sistematici di dissezione animale, inclusione di tessuti, taglio, colorazione e analisi delle arterie brachiocefaliche dai topi di atheroprone del muscolo liscio delle cellule lignaggio traccia.

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I modelli Murine di aterosclerosi sono strumenti utili per studiare le vie patogene a livello molecolare, ma richiedono una quantificazione standardizzata dello sviluppo delle lesioni. Questo protocollo descrive un metodo ottimizzato per determinare le dimensioni della lesione nei vasi arteriosi principali, tra cui la radice aortica, l'arco aortico e l'arteria brachiocefalica.

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Qui, presentiamo protocolli ottimizzati di pulizia dei tessuti per visualizzare l'aorta murina in tre dimensioni (3D). Delineiamo procedure all'avanguardia per l'immunocolorazione, la pulizia ottica e l'imaging con l'intento di definire la prossimità anatomica del sistema nervoso periferico con le placche aterosclerotiche e l'avventizia nell'aterosclerosi.

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Sono stati processati campioni di tessuto di endarterectomia coronarica per isolare singoli nuclei utilizzando un protocollo di dissociazione ottimizzato. L'integrità dei nuclei isolati è stata convalidata attraverso tre approcci complementari: colorazione di esclusione blu di tripano per valutare l'integrità della membrana, microscopia confocale basata su DAPI per confermare la morfologia nucleare e citometria a flusso per quantificare la resa e la purezza nucleare.

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Aspirazione cuscinetto adiposo è un preferito, l'approccio mini-invasivo di costo e bassa rispetto ad altri metodi per rilevare amiloide per la diagnosi di amiloidosi sistemica. In questo articolo video dimostra uno schema procedurale per l'esecuzione di aspirazione di grasso pad con l'elaborazione appropriata del campione per l'esito diagnostico ottimale.

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