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<ol><li>Lawson, T., Blatt, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stomatal+size%2C+speed%2C+and+responsiveness+impact+on+photosynthesis+and+water+use+efficiency%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Stomatal size, speed, and responsiveness impact on photosynthesis and water use efficiency.</a> Plant Physiol. 164 (4), 1556-1570 (2014).</li>
<li>Smith, E. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+photosynthetic+efficiency+toward+food+security%3A+Strategies%2C+advances%2C+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Plant%22%5BJournal%5D)">Improving photosynthetic efficiency toward food security: Strategies, advances, and perspectives.</a> Mol Plant. 16 (10), 1547-1563 (2023).</li>
<li>Flexas, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((What+can+we+learn+from+the+ecophysiology+of+plants+inhabiting+extreme+environments%3F+from+%26%2334%3Bsherplants%26%2334%3B+to+%26%2334%3Bshercrops.%26%2334%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Botany%22%5BJournal%5D)">What can we learn from the ecophysiology of plants inhabiting extreme environments? from &#34;sherplants&#34; to &#34;shercrops.&#34.</a> J Exp Botany. 76 (17), 4831-4848 (2025).</li>
<li>Wu, S., Zhao, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+clear+nail+polish+to+make+Arabidopsis+epidermal+impressions+for+measuring+the+change+of+stomatal+aperture+size+in+immune+response%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Pattern+Recognit+Recept.%3A+Methods+Protoc%22%5BJournal%5D)">Using clear nail polish to make Arabidopsis epidermal impressions for measuring the change of stomatal aperture size in immune response.</a> Plant Pattern Recognit Recept.: Methods Protoc. 1578, 243-248 (2017).</li>
<li>Kübarsepp, L., Laanisto, L., Niinemets, Ü, Talts, E., Tosens, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Are+stomata+in+ferns+and+allies+sluggish%3F+Stomatal+responses+to+CO%2C+humidity+and+light+and+their+scaling+with+size+and+density%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Are stomata in ferns and allies sluggish? Stomatal responses to CO, humidity and light and their scaling with size and density.</a> New Phytol. 225 (1), 183-195 (2020).</li>
<li>Pathoumthong, P., Zhang, Z., Roy, S. J., El Habti, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+non-destructive+method+to+phenotype+stomatal+traits%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Methods%22%5BJournal%5D)">Rapid non-destructive method to phenotype stomatal traits.</a> Plant Methods. 19 (1), 36(2023).</li>
<li>Warner, C. A., Biedrzycki, M. L., Jacobs, S. S., Wisser, R. J., Caplan, J. L., Sherrier, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optical+clearing+technique+for+plant+tissues+allowing+deep+imaging+and+compatible+with+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">An optical clearing technique for plant tissues allowing deep imaging and compatible with fluorescence microscopy.</a> Plant Physiol. 166 (4), 1684-1687 (2014).</li>
<li>Petruzzellis, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plasticity+of+functional+traits+of+tree+of+heaven+is+higher+in+exotic+than+in+native+habitats%5BTitle%5D)+AND+%22Trees%22%5BJournal%5D)">Plasticity of functional traits of tree of heaven is higher in exotic than in native habitats.</a> Trees. 33 (2), 411-420 (2019).</li>
<li>Kurihara, D., Mizuta, Y., Nagahara, S., Sato, Y., Higashiyama, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+clearing+of+plant+tissues+for+fluorescence+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Optical clearing of plant tissues for fluorescence imaging.</a> J Vis Exp. (179), e63428(2022).</li>
<li>Hériché, M., Arnould, C., Wipf, D., Courty, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+plant+tissues%3A+advances+and+promising+clearing+practices%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Imaging plant tissues: advances and promising clearing practices.</a> Trends Plant Sci. 27 (6), 601-615 (2022).</li>
<li>Ensikat, H. J., Malekhosseini, M., Rust, J., Weigend, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualisation+of+calcium+oxalate+crystal+macropatterns+in+plant+leaves+using+an+improved+fast+preparation+method%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Visualisation of calcium oxalate crystal macropatterns in plant leaves using an improved fast preparation method.</a> J Microsc. 290 (3), 168-177 (2023).</li>
<li>Li, Y. M., Fei, T., Zhang, H. X., Xie, Z. S., Li, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Observation+of+the+development+of+leaf+vein+and+stomata+and+identification+of+candidate+transcription+factors+related+to+vein%2Fstoma+development+in+grapevine+leaf+%28Vitis+vinifera+L.%29%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Hortic%22%5BJournal%5D)">Observation of the development of leaf vein and stomata and identification of candidate transcription factors related to vein/stoma development in grapevine leaf (Vitis vinifera L.).</a> Sci Hortic. 307, 111-518 (2023).</li>
<li>Richardson, D. S., Lichtman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clarifying+tissue+clearing%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Clarifying tissue clearing.</a> Cell. 162 (2), 246-257 (2015).</li>
<li>Ariel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+beginner%27s+guide+to+tissue+clearing%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">A beginner's guide to tissue clearing.</a> Int J Biochem Cell Biol. 84, 35-39 (2017).</li>
<li>García-Gutiérrez, E., Ortega-Escalona, F., Angeles, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel%2C+rapid+technique+for+clearing+leaf+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">A novel, rapid technique for clearing leaf tissues.</a> Appl Plant Sci. 8 (9), e11391(2020).</li>
<li>Sai, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((StomaAI%3A+an+efficient+and+user-friendly+tool+for+measurement+of+stomatal+pores+and+density+using+deep+computer+vision%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">StomaAI: an efficient and user-friendly tool for measurement of stomatal pores and density using deep computer vision.</a> New Phytol. 238 (2), 904-915 (2023).</li>
<li>Liu, C., Sack, L., Li, Y., Zhang, J., Yu, K., Zhang, Q., He, N., Yu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relationships+of+stomatal+morphology+to+the+environment+across+plant+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Relationships of stomatal morphology to the environment across plant communities.</a> Nat Commun. 14, 42136(2023).</li>
<li>Lawson, T., Vialet-Chabrand, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Speedy+stomata%2C+photosynthesis+and+plant+water+use+efficiency%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytolt%22%5BJournal%5D)">Speedy stomata, photosynthesis and plant water use efficiency.</a> New Phytolt. 221 (1), 93-98 (2019).</li>
<li>Stein, R. A., Sheldon, N. D., Smith, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((comparing+methodologies+for+stomatal+analyses+in+the+context+of+elevated+modern+CO2%5BTitle%5D)+AND+%22Life%22%5BJournal%5D)">comparing methodologies for stomatal analyses in the context of elevated modern CO2.</a> Life. 14 (1), 78(2024).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>R Core Team. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R%3A+A+language+and+environment+for+statistical+computing%22">R: A language and environment for statistical computing</a>. , R Foundation for Statistical Computing. Vienna, Austria. (2025).</li>
<li>Gibbs, J. A., Burgess, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+deep+learning+for+the+analysis+of+stomata%3A+a+review+of+current+methods+and+future+directions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Application of deep learning for the analysis of stomata: a review of current methods and future directions.</a> J Exp Bot. 75 (21), 6704-6718 (2024).</li>
<li>Wang, J., Renninger, H. J., Ma, Q., Jin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+stomatal+and+guard+cell+metrics+for+plant+physiology+and+growth+using+StoManager1%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Measuring stomatal and guard cell metrics for plant physiology and growth using StoManager1.</a> Plant Physiol. 195 (1), 378-394 (2024).</li>
<li>Rikisahedew, J. J., Niinemets, Ü, Scodeller, R., Tosens, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+structural+traits+in+Triticum+aestivum+and+Zea+mays+for+C+and+C+photosynthetic+differentiation+using+free-hand+and+semi-thin+sections%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Assessing structural traits in Triticum aestivum and Zea mays for C and C photosynthetic differentiation using free-hand and semi-thin sections.</a> J Vis Exp. (209), e66843(2024).</li>
<li>Poole, I., Weyers, J. D. B., Lawson, T., Raven, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Variations+in+stomatal+density+and+index%3A+implications+for+palaeo+climatic+reconstructions%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Environ%22%5BJournal%5D)">Variations in stomatal density and index: implications for palaeo climatic reconstructions.</a> Plant Cell Environ. 19 (6), 705-712 (1996).</li>
<li>Smith, S., Weyers, J. D. B., Berry, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Variation+in+stomatal+characteristics+over+the+lower+surface+of+Commelina+communis+leaves%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Environ%22%5BJournal%5D)">Variation in stomatal characteristics over the lower surface of Commelina communis leaves.</a> Plant Cell Environ. 12 (6), 653-659 (1989).</li>
<li>Niewiadomski, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comprehensive+illustrated+protocol+for+clearing%2C+mounting%2C+and+imaging+leaf+venation+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">A comprehensive illustrated protocol for clearing, mounting, and imaging leaf venation networks.</a> Appl Plant Sci. 13 (2), (2025).</li>
<li>Wang, J., Renninger, H. J., Ma, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Labeled+temperate+hardwood+tree+stomatal+image+datasets+from+seven+taxa+of+Populus+and+17+hardwood+species%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Data%22%5BJournal%5D)">Labeled temperate hardwood tree stomatal image datasets from seven taxa of Populus and 17 hardwood species.</a> Sci Data. 11 (1), (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Disinfettante detergente liquido NaClO &lt; 5%</td><td>Domestos, GB</td><td>H000023244</td><td>  Bruciature cutanee </td></tr><tr><td>Disodico fosfato idrogeno diidrato (Na2HPO4. 2H2O) </td><td>PENTA, CZ</td><td>10028-24-7</td><td>NA</td></tr><tr><td>Etanolo, absunti al 100% di a.r.</td><td>Chem-Lab NV, BE</td><td>CL00.0505.1000</td><td>  Altamente infiammabile </td></tr><tr><td>Fiala di vetro 2 mL</td><td>VWR Life Science, USA</td><td>548-0045</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione al 50% di glutaraldeide</td><td>VWR Life Science, USA</td><td>23H2856331</td><td>Fatale se inalata. Tossico se ingerito.  Indossa guanti protettivi,   abbigliamento,   occhiali.</td></tr><tr><td>Vedute per microscopio</td><td>Normax, PT</td><td>5470308A</td><td>NA</td></tr><tr><td>Top coat per la cura delle unghie ad asciugare veloce</td><td>B<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/69615/69615eq3.jpg" style="margin: auto; ">K (INEZA), LT</td><td>LT-02244</td><td>NA</td></tr><tr><td>Nikon Eclipse E600 e Nikon DS0Fi1 5 MP</td><td>Nikon Corporation, Giappone</td><td>https://www.microscopyu.com/museum/eclipse-e600</td><td>NA</td></tr><tr><td>Piotetta e punte a pipetta</td><td>Termoscientifica, FI</td><td>KJ16047</td><td>NA</td></tr><tr><td>Lame in acciaio a filo singolo</td><td>Strumenti di Oxford</td><td>51-1625-0182</td><td>NA</td></tr><tr><td>Diidrogeno fosfato diidrato (NaH2PO4 . 2H2O) puro</td><td>PENTA, CZ</td><td>13472-35-0</td><td>NA</td></tr><tr><td>Pellet di idrossido di sodio (NaOH) puri</td><td>Merck KGaA, DE</td><td>1310-73-2</td><td>Ustioni gravi. </td></tr><tr><td>Nastro trasparente per la cancelleria</td><td>FOROFIS, LV</td><td>91231</td><td>NA</td></tr><tr><td>Blu toluidina, grado generale</td><td>ThermoFisher Scientific, GB</td><td>2045836</td><td>NA</td></tr></tbody></table>

caratterizzazione dei tratti stomatici ed epidermici tramite peel, clearing e analisi delle immagini basate su ia

Characterizing Stomatal and Epidermal Traits Using Peels, Clearing, and AI-Based Image Analysis

Caratterizzazione dei tratti stomatici ed epidermici tramite peel, clearing e analisi delle immagini basate su IA

Accurate characterization of stomatal morphology and surrounding epidermal traits is essential for understanding stomatal function. A comparative protocol ...

characterizing-stomatal-epidermal-traits-using-peels-clearing-ai

Research

Ricerca

JoVE Journal

Developmental Biology

Biologia dello sviluppo

Abbiamo sviluppato un protocollo semplice e riproducibile per l'accesso risposta stomatica di batteri vivi. Questo metodo riduce ferimento e la manipolazione della foglia rispetto all'utilizzo di bucce epidermica riferito in precedenza.

Valutazione della risposta stomatica a Live cellule batteriche utilizzando Imaging Whole Leaf

Descriviamo un protocollo mediante diapositive da camera e media per immobilizzare cotiledoni di impianto per l'imaging confocale dell'epidermide più giorni di sviluppo, documentazione differenziazione stomatica. Proteine ​​fluoroforo-tag possono essere monitorati in modo dinamico attraverso l'espressione e la localizzazione subcellulare, aumentare la comprensione dei ruoli possibili durante la divisione cellulare e la differenziazione delle cellule-tipo.

A lungo termine, ad alta risoluzione confocale Lapse Imaging Tempo di<em&gt; Cotyledon Arabidopsis</emEpidermide&gt; durante la germinazione

Svelare come la fisiologia e la morfologia sono collegati permette una più profonda comprensione meccanicistica funzionamento di foglie delle piante. Vi presentiamo sia una procedura per ricavare i parametri di regolazione degli stomi da misure conduttanza stomatica e correlazioni con tradizionali tratti fogliari funzionali.

Relative conduttanza stomatica a Leaf tratti funzionali

Questo protocollo descrive un metodo di preparazione arricchite stomatica cellule di guardia che è utile per gli studi biologici fisiologici e altri.

Gli stomi nastro-Peel: Un metodo migliore per la preparazione del campione di cellule di guardia

Forniamo un metodo per identificare i modulatori della traspirazione fogliare mediante lo screening su larga scala di una libreria composta.

Identificazione di nuovi regolatori della traspirazione vegetale mediante screening termico su larga scala in Helianthus Annuus

Questo articolo descrive due metodi di fenotipizzazione senza l'uso di peeling epidermici per caratterizzare i geni che controllano lo sviluppo stomatico. Il primo metodo dimostra come analizzare un fenotipo stomatico utilizzando un'epidermide vegetale colorata con O-colorata con toluidina blu. Il secondo metodo descrive come identificare i ligandi stomatici e monitorare le loro attività biologiche.

Identificazione dei geni coinvolti nello sviluppo stomatale tramite punteggio del fenotipo epidermico

Diversi metodi comunemente usati sono introdotti qui per studiare gli eventi di traffico di membrana di una chinasi del recettore della membrana plasmatica. Questo manoscritto descrive protocolli dettagliati tra cui la preparazione del materiale vegetale, il trattamento farmacologico e la configurazione dell'imaging confocale.

Metodi basati su immagini per studiare eventi di traffico di membrana in cellule di lignaggio stomatico

Qui, presentiamo un metodo semplice per l'osservazione diretta e la misurazione automatizzata delle risposte stomatiche all'invasione batterica in Arabidopsis thaliana. Questo metodo sfrutta un dispositivo di imaging stomatico portatile, insieme a una pipeline di analisi delle immagini progettata per le immagini delle foglie catturate dal dispositivo.

Osservazione diretta e misurazione automatizzata delle risposte stomatiche a Pseudomonas syringae pv. pomodoro DC3000 in Arabidopsis thaliana

Viene presentato un metodo per l'imaging a basso costo delle piante per misurare i fenotipi, insieme alle migliori pratiche per l'acquisizione delle immagini e una pipeline di analisi delle immagini per quantificare i tratti delle piante. Questi metodi sono stati applicati per misurare i fenotipi del mais (Zea mays) in condizioni di caldo, siccità e stress abiotico combinato.

Imaging e analisi per la quantificazione dei fenotipi di stress abiotico del mais (Zea mays)

Il manoscritto qui fornisce un semplice insieme di metodi per analizzare la secrezione e la diffusione di fluorescenza ligandi marcati nel Xenopus. Ciò fornisce un contesto per valutare la capacità di altre proteine ​​di modificare la distribuzione ligando e permettendo esperimenti che possono dare comprensione dei meccanismi che regolano gradienti morphogen.

Utilizzando Analisi confocale di<em&gt; Xenopus laevis</em&gt; Per Indagare modulatori di Wnt e Shh morphogen gradienti

Centre of Estonian Rural Research and Knowledge.  This protocol presents a comparative method to assess stomatal and epidermal traits in two distinct species using epidermal peels, clearing techniques, and AI-assisted image analysis. The goal is to enable high-throughput, reproducible quantification of cellular structures underlying stomatal function for agricultural applications and broad plant research.

Caratterizzazione dei tratti stomatici ed epidermici tramite peel, clearing e analisi delle immagini basate su IA

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