Name: Una coltura organoide bidimensionale su estratto di invasina o membrana basale per studiare le interazioni ospite-batteri (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-13T14:40:00.000+00:00
Duration: 8 min 21 s
Description: Scopri come coltivare organoidi intestinali umani come monostrati polarizzati per studiare le interazioni ospite-batteri con Escherichia coli AIEC. Questo metodo consente di analizzare le risposte epiteliali e la traslocazione batterica in vitro.

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<ol><li>McCoy, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+Models+for+Investigating+Intestinal+Host-Pathogen+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Sci%22%5BJournal%5D)">In vitro Models for Investigating Intestinal Host-Pathogen Interactions.</a> Adv Sci. 11 (8), 2306727(2023).</li>
<li>Sambuy, Y., De Angelis, I., Ranaldi, G., Scarino, M. L., Stammati, A., Zucco, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Caco-2+cell+line+as+a+model+of+the+intestinal+barrier%3A+influence+of+cell+and+culture-related+factors+on+Caco-2+cell+functional+characteristics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Biol+Toxicol%22%5BJournal%5D)">The Caco-2 cell line as a model of the intestinal barrier: influence of cell and culture-related factors on Caco-2 cell functional characteristics.</a> Cell Biol Toxicol. 21 (1), 1-26 (2005).</li>
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<li>Puschhof, J., Pleguezuelos-Manzano, C., Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organoids+and+organs-on-chips%3A+Insights+into+human+gut-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Organoids and organs-on-chips: Insights into human gut-microbe interactions.</a> Cell Host Microbe. 29 (6), 867-878 (2021).</li>
<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+Development+and+Disease+with+Organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Modeling Development and Disease with Organoids.</a> Cell. 165 (7), 1586-1597 (2016).</li>
<li>Kim, M., Fèvre, C., Lavina, M., Disson, O., Lecuit, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+live+imaging+of+bacteria-cell+interactions+in+genetically+modified+mouse+small+intestinal+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for live imaging of bacteria-cell interactions in genetically modified mouse small intestinal organoids.</a> STAR Protoc. 5 (1), 102773(2024).</li>
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<li>Moon, C., VanDussen, K. L., Miyoshi, H., Stappenbeck, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+primary+mouse+intestinal+epithelial+cell+monolayer+culture+system+to+evaluate+factors+that+modulate+IgA+transcytosis%5BTitle%5D)+AND+%22Mucosal+Immunol%22%5BJournal%5D)">Development of a primary mouse intestinal epithelial cell monolayer culture system to evaluate factors that modulate IgA transcytosis.</a> Mucosal Immunol. 7 (4), 818-828 (2014).</li>
<li>VanDussen, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+an+enhanced+human+gastrointestinal+epithelial+culture+system+to+facilitate+patient-based+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Development of an enhanced human gastrointestinal epithelial culture system to facilitate patient-based assays.</a> Gut. 64 (6), 911-920 (2015).</li>
<li>Pleguezuelos-Manzano, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dual+RNA+sequencing+of+a+co-culture+model+of+Pseudomonas+aeruginosa+and+human+2D+upper+airway+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Dual RNA sequencing of a co-culture model of Pseudomonas aeruginosa and human 2D upper airway organoids.</a> Sci Rep. 15 (1), 2222(2025).</li>
<li>Wijnakker, J. J. A. P. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrin-activating+Yersinia+protein+Invasin+sustains+long-term+expansion+of+primary+epithelial+cells+as+2D+organoid+sheets%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Integrin-activating Yersinia protein Invasin sustains long-term expansion of primary epithelial cells as 2D organoid sheets.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2420595121(2025).</li>
<li>Darfeuille-Michaud, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presence+of+adherent+Escherichia+coli+strains+in+ileal+mucosa+of+patients+with+Crohn%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Presence of adherent Escherichia coli strains in ileal mucosa of patients with Crohn's disease.</a> Gastroenterology. 115 (6), 1405-1413 (1998).</li>
<li>Darfeuille-Michaud, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+prevalence+of+adherent-invasive+Escherichia+coli+associated+with+ileal+mucosa+in+Crohn%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">High prevalence of adherent-invasive Escherichia coli associated with ileal mucosa in Crohn's disease.</a> Gastroenterology. 127 (2), 412-421 (2004).</li>
<li>Pleguezuelos-Manzano, C., Puschhof, J., van den Brink, S., Geurts, V., Beumer, J., Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+and+culture+of+human+intestinal+organoids+derived+from+adult+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Immunol%22%5BJournal%5D)">Establishment and culture of human intestinal organoids derived from adult stem cells.</a> Curr Protoc Immunol. 130 (1), e106(2020).</li>
<li>Anilionyte, O., Liang, H., Ma, X., Yang, L., Zhou, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short%2C+auto-inducible+promoters+for+well-controlled+protein+expression+in+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Short, auto-inducible promoters for well-controlled protein expression in Escherichia coli.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (16), 7007-7015 (2018).</li>
<li>Chen, S., Einspanier, R., Schoen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transepithelial+electrical+resistance+%28TEER%29%3A+a+functional+parameter+to+monitor+the+quality+of+oviduct+epithelial+cells+cultured+on+filter+supports%5BTitle%5D)+AND+%22Histochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Transepithelial electrical resistance (TEER): a functional parameter to monitor the quality of oviduct epithelial cells cultured on filter supports.</a> Histochem Cell Biol. 144 (5), 509-515 (2015).</li>
<li>In, J. G., Foulke-Abel, J., Clarke, E., Kovbasnjuk, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+colonoid+monolayers+to+study+interactions+between+pathogens%2C+commensals%2C+and+host+intestinal+epithelium%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Human colonoid monolayers to study interactions between pathogens, commensals, and host intestinal epithelium.</a> J Vis Exp. (146), e59357(2019).</li>
<li>Quereda, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+dual+microscopy-based+assay+to+assess+Listeria+monocytogenes+cellular+entry+and+vacuolar+escape%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A dual microscopy-based assay to assess Listeria monocytogenes cellular entry and vacuolar escape.</a> Appl Environ Microbiol. 82 (1), 211-217 (2016).</li>
<li>Schulte, M., Grotheer, L., Hensel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bright+individuals%3A+Applications+of+fluorescent+protein-based+reporter+systems+in+single-cell+cellular+microbiology%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bright individuals: Applications of fluorescent protein-based reporter systems in single-cell cellular microbiology.</a> Mol Microbiol. 121 (3), 605-617 (2024).</li>
<li>Sharma, A., Puhar, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gentamicin+protection+assay+to+determine+the+number+of+intracellular+bacteria+during+infection+of+human+TC7+intestinal+epithelial+cells+by+Shigella+flexneri%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-protocol%22%5BJournal%5D)">Gentamicin protection assay to determine the number of intracellular bacteria during infection of human TC7 intestinal epithelial cells by Shigella flexneri.</a> Bio-protocol. 9 (13), e3292(2019).</li>
<li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+expansion+of+epithelial+organoids+from+human+colon%2C+adenoma%2C+adenocarcinoma%2C+and+Barrett%27s+epithelium%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li>
<li>Fujii, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+intestinal+organoids+maintain+self-renewal+capacity+and+cellular+diversity+in+niche-inspired+culture+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Human intestinal organoids maintain self-renewal capacity and cellular diversity in niche-inspired culture conditions.</a> Cell Stem Cell. 23 (6), 787-793 (2018).</li>
<li>He, G. -W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+human+intestinal+organoid+model+reveals+interleukin-22-dependency+of+paneth+cell+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Optimized human intestinal organoid model reveals interleukin-22-dependency of paneth cell formation.</a> Cell Stem Cell. 29 (9), 1333-1345 (2022).</li>
<li>Ding, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toll-like+receptor+9+pathway+mediates+Schlafen%E2%81%BA-MDSC+polarization+during+Helicobacter-induced+gastric+metaplasias%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Toll-like receptor 9 pathway mediates Schlafen⁺-MDSC polarization during Helicobacter-induced gastric metaplasias.</a> Gastroenterology. 163 (2), 411-425 (2022).</li>
<li>Alonso-Roman, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organ-on-chip+models+for+infectious+disease+research%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Organ-on-chip models for infectious disease research.</a> Nature Microbiol. 9 (4), 891-904 (2024).</li>
<li>Jalili-Firoozinezhad, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+complex+human+gut+microbiome+cultured+in+an+anaerobic+intestine-on-a-chip%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biomed+Eng%22%5BJournal%5D)">A complex human gut microbiome cultured in an anaerobic intestine-on-a-chip.</a> Nature Biomed Eng. 3 (7), 520-531 (2019).</li>
<li>Vllahu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+promotes+stomach+epithelial+defense+by+stimulating+the+secretion+of+antimicrobial+peptides+in+the+mucus%5BTitle%5D)+AND+%22Gut+Microbes%22%5BJournal%5D)">Inflammation promotes stomach epithelial defense by stimulating the secretion of antimicrobial peptides in the mucus.</a> Gut Microbes. 16 (1), 2390680(2024).</li>
<li>Aguilar, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((et+al.Helicobacter+pylori+shows+tropism+to+gastric+differentiated+pit+cells+dependent+on+urea+chemotaxis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Commun%22%5BJournal%5D)">et al.Helicobacter pylori shows tropism to gastric differentiated pit cells dependent on urea chemotaxis.</a> Nature Commun. 13 (1), 1-14 (2022).</li>
<li>Llanos-Chea, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteriophage+therapy+testing+against+Shigella+flexneri+in+a+novel+human+intestinal+organoid-derived+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22J+Ped+Gastroenterol+Nutr%22%5BJournal%5D)">Bacteriophage therapy testing against Shigella flexneri in a novel human intestinal organoid-derived infection model.</a> J Ped Gastroenterol Nutr. 68 (4), 509-516 (2019).</li>
<li>Horsley, H., Dharmasena, D., Malone-Lee, J., Rohn, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+urine-dependent+human+urothelial+organoid+offers+a+potential+alternative+to+rodent+models+of+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">A urine-dependent human urothelial organoid offers a potential alternative to rodent models of infection.</a> Sci Rep. 8 (1), 1238(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>A83-01 (inibitore TGF-& beta)</td><td>Tocris</td><td>2939</td><td></td></tr><tr><td>Escherichia coli LF82 aderente-invasiva</td><td>generoso dono di Nicolas Barnich</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DMEM/F12 avanzato</td><td>Invitrogen</td><td>12634-010</td><td></td></tr><tr><td>B27 senza vitamina A</td><td>Invitrogen</td><td>12587010</td><td></td></tr><tr><td>Kit cDNA</td><td>Biosistemi applicati</td><td>4387406</td><td>Il manuale è disponibile qui: https://documents.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN 0017977_highcap_cDNA_RT_UG.pdf</td></tr><tr><td>Contatore cellulari</td><td>DeNovix</td><td>H2796</td><td></td></tr><tr><td>Contatore cellulari</td><td>Leica</td><td>Stellaris</td><td></td></tr><tr><td>Spallini 24 mm x 50 mm</td><td>Menzel-Gl&auml; Zer.</td><td>BB024050S1</td><td></td></tr><tr><td>Estratto di membrana basale Cultrex (BME)</td><td>R& D Systems, Bio-Techne</td><td>3533-001-02</td><td></td></tr><tr><td>DAPI</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>10236276001</td><td></td></tr><tr><td>Bisturi usa e getta Sterile N&deg; 10</td><td>Swann Morton</td><td>3033838</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Gibco</td><td>11965092</td><td></td></tr><tr><td>Figi</td><td>Figi</td><td></td><td>Fiji è ad accesso aperto e può essere scaricata qui: https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>Glutamax</td><td>Gibco</td><td>35050-061</td><td></td></tr><tr><td>hEGF</td><td>Peprotech</td><td>AF-100-15</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Gibco</td><td>15630-080</td><td></td></tr><tr><td>Invasina</td><td>su misura secondo Wijnakker et al. PNAS 2024</td><td></td><td></td></tr><tr><td>LB</td><td>Thermofisher</td><td>CM0996</td><td></td></tr><tr><td>LB Agar</td><td>Thermofisher</td><td>CM1116</td><td></td></tr><tr><td>Camera Malassez</td><td>KOVA</td><td>87144E</td><td></td></tr><tr><td>Vedute per microscopio</td><td>Skycraft</td><td>18901</td><td></td></tr><tr><td>Voltohmmetro a celle di Milli (misurazione TEER)</td><td>Merck</td><td>MERS00002</td><td></td></tr><tr><td>Mezzo di montaggio</td><td>Laboratori Vectors</td><td>Vectashield H-1000-10</td><td></td></tr><tr><td>N-acetilcisteina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9165</td><td></td></tr><tr><td>Nicotinamide</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>N0636</td><td></td></tr><tr><td>Noggin UPE</td><td>IPA Therapeutics</td><td>N002</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di paraformaldeide 4%</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>1.00496</td><td></td></tr><tr><td>Faloidina 647</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>65906-10NMOL</td><td></td></tr><tr><td>plasmide pMB1-spect-PthrC-eGFP</td><td>Addgene</td><td>107408</td><td></td></tr><tr><td>Prostaglandina E2</td><td>Tocris</td><td>2296</td><td></td></tr><tr><td>Macchina qPCR</td><td>Biorad</td><td>C1000-Touch</td><td></td></tr><tr><td>Inibitore della rho chinasi</td><td>AbMole</td><td>M1817</td><td></td></tr><tr><td>Kit di estrazione RNA</td><td>Qiagen</td><td>74534</td><td>Il manuale è disponibile qui: https://www.qiagen.com/us/resources/resourcedetail?id=bf60203 F-291D-48AE-8206-86B0696B28C0& lang=en</td></tr><tr><td>R-spo3 UPE</td><td>IPA Therapeutics</td><td>R001</td><td></td></tr><tr><td>SB202190 (inibitore di p38)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7076</td><td></td></tr><tr><td>Spectinomicina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9007</td><td></td></tr><tr><td>Piastra di sospensione per la coltura organoide</td><td>Greiner</td><td>665102</td><td></td></tr><tr><td>SYBR verde</td><td>Biorad</td><td>170-8887</td><td>Il manuale è disponibile qui: https://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/4106212.pdf</td></tr><tr><td>Termociclatore</td><td>Biorad</td><td>T100</td><td></td></tr><tr><td>Inserto per coltura cellulare</td><td>Transwells 24w 3 & micro; m pores, Greiner</td><td>662631</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>Triple</td><td>Gibco, Thermo Fisher Scientific</td><td>12605-010</td><td></td></tr><tr><td>Surrogato Wnt</td><td>U-Protein Express</td><td>Ordine personalizzato</td><td>&nbsp; https://www.life-sciences-europe.com/organisation/protein-express-immunoprecise-group-utrecht-netherlands-west-europe-2001-30404.html</td></tr></tbody></table>

una coltura organoide bidimensionale su estratto di invasina o membrana basale per studiare le interazioni ospite-batteri

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