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	<li>Vogelstein, B., Gillespie, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparative+and+analytical+purification+of+DNA+from+agarose.">Preparative and analytical purification of DNA from agarose.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 76 (2), 615-619 (1979).</li><li>Boom, W. R., Adriaanse, H. M. A., Kievits, T., Lens, P. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Process+for+isolating+nucleic+acid.">Process for isolating nucleic acid.</a> US patent. , (1993).</li><li>Guerry, P., LeBlanc, D. J., Falkow, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=General+method+for+the+isolation+of+plasmid+deoxyribonucleic+acid.">General method for the isolation of plasmid deoxyribonucleic acid.</a> J Bacteriol. 116 (2), 1064-1066 (1973).</li><li>Borodina, T. A., Lehrach, H., Soldatov, A. V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+purification+on+homemade+silica+spin-columns.">DNA purification on homemade silica spin-columns.</a> Anal Biochem. 321 (1), 135-137 (2003).</li><li>Liao, P. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+mitochondria+from+cells+and+tissues.">Isolation of mitochondria from cells and tissues.</a> Methods Cell Biol. 155, 3-31 (2020).</li><li>Terp, S. K., Pedersen, I. S., Stoico, M. P. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+cell-free+DNA:+evaluation+of+efficiency,+quantity,+and+quality.">Extraction of cell-free DNA: evaluation of efficiency, quantity, and quality.</a> J Mol Diagn. 26 (4), 310-319 (2024).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+and+application+of+an+efficient+plant+DNA+extraction+protocol+for+laboratory+and+field+testing.">Evaluation and application of an efficient plant DNA extraction protocol for laboratory and field testing.</a> J Zhejiang Univ Sci B. 22 (2), 99-111 (2021).</li><li>Espy, M. J., Patel, R., Paya, C. V., Smith, T. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+three+methods+for+extraction+of+viral+nucleic+acids+from+blood+cultures.">Comparison of three methods for extraction of viral nucleic acids from blood cultures.</a> J Clin Microbiol. 33 (1), 41-44 (1995).</li><li>Pueschel, L., Li, H., Hymes, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Streamlined+purification+of+plasmid+DNA+from+prokaryotic+cultures.">Streamlined purification of plasmid DNA from prokaryotic cultures.</a> J Vis Exp. (47), e2407 (2011).</li><li>. QIAvac accessories Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/lab-essentials/vacuum-manifolds-and-accessories/qiavac-accessories">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/lab-essentials/vacuum-manifolds-and-accessories/qiavac-accessories</a> (2025)</li><li>Clark, P., Greenizen, K. E., Doyle, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multifunctional+vacuum+manifold.">Multifunctional vacuum manifold.</a> US patent. , (2009).</li><li>. QIAcube Connect DNA and RNA extraction instrument Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/instruments-equipment/qiacube-connect">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/instruments-equipment/qiacube-connect</a> (2025)</li><li>. NucleoVac 24 vacuum manifold&#8212;vacuum processing of nucleic acid purification columns Available from: <a target="_blank" href="https://www.takarabio.com/products/nucleic-acid-purification/accessories-and-components/htp-accessories/nucleovac-24-vacuum-manifold">https://www.takarabio.com/products/nucleic-acid-purification/accessories-and-components/htp-accessories/nucleovac-24-vacuum-manifold</a> (2025)</li><li>. QIAquick 96 PCR purification kits Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/dna-clean-up/qiaquick-96-pcr-purification-kits">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/dna-clean-up/qiaquick-96-pcr-purification-kits</a> (2025)</li></ol>

```html
<table><tbody><tr><td>3D Printer Filament</td><td>NIT, Russia</td><td>-</td><td>PETG o PLA raccomandati</td></tr><tr><td>Buffer N3</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>19064</td><td></td></tr><tr><td>Buffer P1</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>19051</td><td></td></tr><tr><td>Buffer P2</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>19052</td><td></td></tr><tr><td>Creality Ender-3 S1 Pro</td><td>Creality, China</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Elution Buffer&nbsp;</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf Centrifuge 5702</td><td>Eppendorf, Germany</td><td>22626001</td><td>Rotore ad angolo fisso</td></tr><tr><td>Eppendorf Centrifuge 5804 R</td><td>Eppendorf, Germany</td><td>22625080</td><td>Rotore con piatto a cestello oscillante</td></tr><tr><td>Ethidium Bromide&nbsp;</td><td>Biolabmix, Russia</td><td>EtBr-10</td><td></td></tr><tr><td>Frit of 1000 &mu;L Filter Pipette Tip</td><td>GenFollower, China</td><td>E-FTB1000</td><td>Parte delle Filter Columns&nbsp;</td></tr><tr><td>Miniprep Without Filter Barrier Spin Column</td><td>JVLAB, China</td><td>-</td><td>Parte delle Filter Columns&nbsp;</td></tr><tr><td>Phenol Red</td><td>Lenreactiv, Russia</td><td>200125</td><td></td></tr><tr><td>PrusaSlicer</td><td>Prusa Research, Czech Republic</td><td></td><td></td></tr><tr><td>QIAprep 2.0 Spin Miniprep Columns</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>27115</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>19101</td><td></td></tr><tr><td>Wash Buffer</td><td>Qiagen, Netherlands</td><td>19065</td><td></td></tr></tbody></table>
```

estrazione del dna a colonna a media velocità utilizzando rack a 24 pozzi

Medium-Throughput Column DNA Extraction Using 24-Well Racks

Estrazione del DNA a colonna a media velocità utilizzando rack a 24 pozzi

Silica-membrane spin column extraction is the standard for high-quality DNA purification but is labor-intensive and difficult to scale manually beyond ...

La nostra ricerca si concentra su piste stampate in 3D per l'estrazione parallela di DNA e RNA mediante colonnine di centrifugazione, creando un ponte tra metodi manuali e automatizzati. Questo approccio affronta i limiti dei metodi manuali con colonnine, che richiedono molto lavoro, consentendo l'elaborazione simultanea di fino a 116 campioni di DNA o RNA. Per iniziare, utilizzare una stampante 3D a fusione di filamento con un ugello da 0,4 millimetri per stampare il supporto.Utilizzare un filamento in polilattide generico, o PLA, polietilene tereftalato glicole, o PETG, o acrilonitrile butadiene stirene, o ABS, con riempimento al 100%. Impostare l'altezza dello strato a 0,1 millimetro e attivare la levigatura della superficie. Regolare le impostazioni di stampa per garantire tenuta all'acqua e stabilità meccanica.Verificare l'impermeabilità dei supporti prima del primo utilizzo. Riempire il serbatoio stampato con etanolo al 70% per testarlo prima dell'uso. Centrifugare per durate progressivamente crescenti per confermare l'assenza di perdite o danni strutturali.Dopo aver effettuato con successo il test utilizzando la colla, unire i componenti del serbatoio di base per formare un'unità sigillata. Inoculare Escherichia coli, o trasformanti E. coli, in tre-cinque millilitri di brodo lisogenico, o mezzo LB, contenente antibiotici appropriati. Incubare la coltura per 12-16 ore a 37 gradi Celsius sotto agitazione.Centrifugare a 2000 G per 10 minuti per raccogliere le cellule. Eliminare il soprannadante. Aggiungere 250 microlitri di tampone di risospensione al pellet.Risospendere completamente il pellet mediante vortex o pipettaggio. Aggiungere 250 microlitri di buffer di lisi. Mescolare delicatamente capovolgendo il tubo da quattro a sei volte o oscillando la piastra a 24 pozzetti.Aggiungere 350 microlitri di tampone di neutralizzazione e mescolare. Osservare la formazione di un precipitato bianco per confermare l'avvenuta neutralizzazione. Aggiungere il tampone di lisi in un tubo contenente polvere di biossido di titanio.Aggiungere un rapporto volumetrico da due a uno tra volume e massa. Aggiungere 250 microlitri di sospensione di biossido di titanio al lisato e mescolare agitando il tubo.Aggiungere 350 microlitri di tampone di neutralizzazione e mescolare accuratamente. Centrifugare a 2000 G per 10 minuti. Osservare il pellet cellulare completamente precipitato in presenza di biossido di titanio e il sopranatante completamente trasparente.In assenza di biossido di titanio, osservare la presenza di sedimenti residui nel soprannatante. Raccogliere il soprannatante senza disturbare il precipitato e trasferirlo sulla colonna di legame. Posizionare le colonne di legame del DNA nel supporto a strati del rack.Posizionare i tappi delle colonne negli appositi alloggiamenti per fissarli durante la centrifugazione. Inserire le colonne di chiarifica o filtrazione nel livello superiore sopra le colonne di legame. Trasferire il lisato neutralizzato preparato nelle colonne di filtrazione.Posizionare il rack assemblato in un rotore a secchielli oscillanti. Centrifugare a 2000 G per un minuto a temperatura ambiente. Dopo aver rimosso il rack dalla centrifuga, rimuovere e scartare lo strato della colonna filtrante.Scartare il flusso in eccesso dal serbatoio in un contenitore per rifiuti. Riassemblare il supporto con le colonne di legame. Aggiungere da 500 a 700 microlitri di tampone di lavaggio a ciascuna colonna di legame.Centrifugare a 2000 G per un minuto. Scartare il flusso passato dal serbatoio e ripetere il passaggio di lavaggio come precedentemente dimostrato. Rimuovere le colonne di legame dal rack e trasferirle in provette di raccolta da due millilitri.Centrifugare a 10.000 G o superiore per un minuto per asciugare la membrana. Trasferire le colonne in provette pulite da 1,5 millilitri. Aggiungere 50 microlitri di tampone di eluizione o acqua direttamente sulla membrana e incubare le colonne per un minuto a temperatura ambiente.Centrifugare a 10.000 G o superiore per un minuto per eluire il DNA. Il rendimento totale di plasmide non ha mostrato differenze significative tra il metodo convenzionale e l'estrazione utilizzando le configurazioni del portaprovette. La conferma del plasmide è stata preservata con distribuzioni simili di forme rilassate, lineari e a superelica.La distribuzione del colorante era limitata all'area di scarico direttamente al di sotto delle colonne caricate, senza segnale visibile nei pozzetti adiacenti o sulle punte delle colonne vicine, indicando che il design del rack riduce la probabilità di schizzi e di trasferimento tra colonne. L'amplificazione è stata rilevata solo negli eluiti provenienti dalle colonne alle quali era stato aggiunto l'amplicone. Questa particella consente ai ricercatori di ottenere DNA plasmidico di alta qualità per applicazioni successive, tra cui clonaggio, sequenziamento e analisi PCR.La considerazione più importante durante l'esecuzione di questo protocollo è prevenire la contaminazione incrociata mantenendo un serbatoio stagno, senza sovrapposizioni, stampato in 3D. Inoltre, seguendo questa procedura, questi supporti possono essere utilizzati per qualsiasi analisi di estrazione di acidi nucleici basata su colonne.

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Biologia

Descriviamo un metodo per l'estrazione di alto peso molecolare del DNA genomico da biomassa planctonica concentrati su filtri 0,22 micron Sterivex, seguita da centrifugazione in gradiente di cesio cloruro di densità per la purificazione.

Estrazione del DNA da 0,22 Filtri mM Sterivex e cloruro di Cesio densità centrifugazione gradiente

Forniamo un protocollo migliore per l'estrazione del DNA alto peso molecolare da stuoie microbica hypersaline. Cellule microbiche sono separate dalla matrice tappetino prima dell'estrazione del DNA e la purificazione. Questo aumenta la concentrazione, la qualità e le dimensioni del DNA. Il protocollo può essere utilizzato per altri campioni refrattari.

Estrazione di DNA ad alta peso molecolare da Mats microbica

TruTip è una tecnologia semplice estrazione degli acidi nucleici in cui una porosa, monolitica matrice legante viene inserito in una punta di pipetta. Conseguentemente, il formato preparazione del campione è compatibile con gli strumenti di manipolazione più liquidi, e può essere utilizzato per molte applicazioni cliniche medio-alto throughput e tipi di campione.

Ad alta velocità, l&#39;estrazione automatizzata di DNA e RNA da campioni clinici utilizzando la tecnologia TruTip su Robot Gestione liquidi comuni

Questo manoscritto descrive un approccio automatizzato di selezione delle dimensioni del gel per purificare i frammenti di DNA per il sequenziamento di nuova generazione. La tecnologia Ranger fornisce l'automazione completa dell'intero processo di caricamento del gel di agarosio, analisi elettroforetica e recupero di frammenti di DNA mirati, consentendo librerie di sequenziamento di nuova generazione ad alta produttività e di alta qualità.

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Questo protocollo di estrazione modificato migliora RNA e DNA raccolti dalle regioni più precisamente mirati di interesse in blocchi di tessuto istopatologici.

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Ottimizzazione e analisi comparativa dei metodi di arricchimento del DNA organologico vegetale adatti per la sequenziazione di nuova generazione

Lungo-ha letto sequenze notevolmente facilitano l'assemblaggio di complessi genomi e caratterizzazione di variazione strutturale. Descriviamo un metodo per generare sequenze ultra-lunghi di piattaforme nanopore di sequenziamento. L'approccio adotta un'estrazione di DNA ottimizzata seguita da preparazioni di libreria modificata per generare centinaia di kilobase letture con moderata copertura da cellule umane.

Sequenziamento di lettura ultra-lungo per analisi di DNA Genomic intero

Questo protocollo descrive la trasflessazione di plasmide ad alto rendimento delle cellule dei mammiferi in una piastra di 384 pozzetto che utilizza la tecnologia di espulsione acustica delle goccioline. L'erogazione e il multiplexing del DNA, che richiedono molto tempo e richiedono errori, ma anche il reagente di trasfezione, sono basati su software ed eseguiti da un dispositivo nanodispenser. Le cellule vengono poi semiate in questi pozzi precompilati.

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Metodi modificati per il caricamento di piastre di estrazione del DNA ad alta velocità effettiva riducono il potenziale di contaminazione

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99 Views.  Research Institute of Systems Biology and Medicine of Rospotrebnadzor. La nostra ricerca si concentra su binari stampati in 3D per colonne di centrifugazione parallela, estrazione di DNA e RNA, collegando metodi manuali e automatizzati. Questo articolo affronta la limitazione dei metodi manuali laboriosi della colonna di centrifugazione consentendo l'elaborazione simultanea di un massimo di 116 campioni di DNA o RNA. Per iniziare, utilizzare una stampante 3D a filamento fuso con un ugello da 0,4 millimetri per stampare il rack.Utilizzare polilattide gener...

Estrazione del DNA a colonna a media velocità utilizzando rack a 24 pozzi

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