Name: Software per la Mappatura dei Parametri Microgliali (MMPS): Uno strumento open-source e facile da usare per lanalisi quantitativa della morfologia della microglia (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-07-24T12:55:00.000+00:00
Duration: 8 min 35 s
Description: Scopri MMPS, un software open-source Python per l'analisi quantitativa della morfologia microgliale tramite immunofluorescenza. Questo strumento semi-automatizzato rileva cambiamenti morfologici nell'attivazione microgliale senza richiedere competenze di programmazione.

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<table><tbody><tr><td>12-well plate</td><td>Fisher Scientific</td><td>07-200-82</td><td>Piastra utilizzata per l'incubazione e il lavaggio delle sezioni di tessuto.</td></tr><tr><td>Foglio di alluminio</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-101</td><td>Usato per proteggere campioni fluorescenti dall'esposizione alla luce.</td></tr><tr><td>Buffer di recupero dell'antigene (10&times;)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4955-58</td><td>Usato per migliorare l'accessibilità agli antigeni durante la colorazione immunofluorescente.</td></tr><tr><td>Anticorpo primario anti-Iba1</td><td>FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation</td><td>019-19741</td><td>Anticorpo primario utilizzato per la marcatura immunofluorescente delle microglia.</td></tr><tr><td>Criostato</td><td>Fisher Scientific</td><td>95-710-0L</td><td>Strumento utilizzato per sezionare il tessuto cerebrale congelato a spessori definiti.</td></tr><tr><td>Donkey anti-Rabbit IgG, Alexa Fluor 555</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A-21428</td><td>Anticorpo secondario fluorescente utilizzato per la visualizzazione degli anticorpi primari conigli.</td></tr><tr><td>Siero di asino</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-413-115</td><td>Reagente di blocco utilizzato per ridurre il legame non specifico degli anticorpi.</td></tr><tr><td>Sistema di imaging EVOS FL Auto 2</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMAFD2000</td><td>Microscopio a fluorescenza utilizzato per l'acquisizione delle immagini.</td></tr><tr><td>Fiji (ImageJ) 2.16.0</td><td>NIH</td><td>fiji.sc</td><td>Piattaforma di elaborazione delle immagini utilizzata per le analisi della morfologia a valle e i plugin.</td></tr><tr><td>Fluoromount-G</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4959-52</td><td>Medium di montaggio utilizzato per preservare la fluorescenza e fissare le lamelle.</td></tr><tr><td>Isoflurano</td><td>EntirelyPets Pharmacy</td><td>MWI502017</td><td>Anestetico inalatorio utilizzato durante le procedure sugli animali.</td></tr><tr><td>Lipopolisaccaride</td><td>Millipore Sigma</td><td>L2630</td><td>Usato per indurre neuroinfiammazione sistemica e attivazione microgliale nei roditori.</td></tr><tr><td>Matplotlib</td><td>https://pypi.org/project/matplotlib/</td><td></td><td>Libreria di plotting Python utilizzata per la visualizzazione dei dati e la generazione di figure.</td></tr><tr><td>MMPS (Software per la mappatura dei parametri microgliali) v1.00</td><td>Questo lavoro</td><td>https://github.com/NeurodegenerativePharmaceuticalLab/Mapping-Microglia-Parameters-Software/releases/tag/v1.00</td><td>Piattaforma software open-source sviluppata per l'analisi della morfologia microgliale.</td></tr><tr><td>Net wells</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS3477</td><td>Inserti utilizzati per contenere sezioni di tessuto libere durante le procedure di colorazione.</td></tr><tr><td>Numpy</td><td>https://pypi.org/project/numpy/</td><td></td><td>Libreria Python utilizzata per i calcoli numerici all'interno di MMPS.</td></tr><tr><td>Obiettivo (4&times;)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4922</td><td>Obiettivo a bassa magnificazione utilizzato per l'orientamento anatomico e l'identificazione della regione.</td></tr><tr><td>Obiettivo (40&times;)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4625</td><td>Obiettivo ad alta magnificazione utilizzato per l'imaging della morfologia microgliale.</td></tr><tr><td>opencv-python</td><td>https://pypi.org/project/opencv-python/</td><td></td><td>Libreria di visione artificiale utilizzata per le funzioni di elaborazione delle immagini all'interno di MMPS.</td></tr><tr><td>Paraformaldeide</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>169650025</td><td>Fissativo utilizzato per la perfusione e la conservazione del tessuto prima della sezione.</td></tr><tr><td>Permount</td><td>Fisher Scientific</td><td>SP15-100</td><td>Medium di montaggio permanente utilizzato per la conservazione delle diapositive.</td></tr><tr><td>Soluzione salina tamponata con fosfato</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP3991</td><td>Soluzione tampone utilizzata per il lavaggio dei tessuti e la preparazione dei reagenti.</td></tr><tr><td>Pillow</td><td>https://pypi.org/project/Pillow/</td><td></td><td>Libreria di imaging Python utilizzata per le operazioni di elaborazione delle immagini.</td></tr><tr><td>PyQt5</td><td>https://pypi.org/project/PyQt5/</td><td></td><td>Framework GUI Python utilizzato per generare l'interfaccia utente grafica di MMPS.</td></tr><tr><td>Python 3.11</td><td>Python Software Foundation</td><td>python.org</td><td>Ambiente di linguaggio di programmazione utilizzato per sviluppare ed eseguire MMPS.</td></tr><tr><td>R 4.3.2</td><td>R Foundation for Statistical Computing</td><td>r-project.org</td><td>Software statistico utilizzato per l'analisi dei dati e la generazione di grafici.</td></tr><tr><td>Scikit-image</td><td>https://pypi.org/project/scikit-image/</td><td></td><td>Libreria di analisi delle immagini Python utilizzata per l'elaborazione delle immagini e la segmentazione.</td></tr><tr><td>Scipy</td><td>https://pypi.org/project/scipy/</td><td></td><td>Pacchetto di calcolo scientifico Python utilizzato per il filtraggio e le operazioni di elaborazione delle immagini.</td></tr><tr><td>Ratti Sprague-Dawley</td><td>Evingo</td><td>002</td><td>Animali sperimentali utilizzati per la validazione del modello di neuroinfiammazione.</td></tr><tr><td>Saccarosio</td><td>Fisher Scientific</td><td>S5-3</td><td>Crioprotettore utilizzato prima del congelamento del tessuto cerebrale.</td></tr><tr><td>Tifffile</td><td>https://pypi.org/project/tifffile/</td><td></td><td>Pacchetto Python utilizzato per leggere e scrivere file di immagini TIFF.</td></tr><tr><td>Tissue-Tek O.C.T. Compound</td><td>Sakura Finetek</td><td>4583</td><td>Medium di incorporazione utilizzato per la criosezionalizzazione di campioni di tessuto congelato.</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP151-100</td><td>Detergente utilizzato per la permeabilizzazione della membrana durante l'immunofluorescenza.</td></tr></tbody></table>

software per la mappatura dei parametri microgliali (mmps): uno strumento open-source e facile da usare per l'analisi quantitativa della morfologia della microglia

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): An Open-Source, User-Friendly Tool for Quantitative Microglia Morphology Analysis

Software per la Mappatura dei Parametri Microgliali (MMPS): Uno strumento open-source e facile da usare per l'analisi quantitativa della morfologia della microglia

Microglia are myeloid-derived immune cells of the central nervous system that mediate tissue degradation and remodeling following neurological injury and ...

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Fonte: Etienne, F.  et al. Imaging a due fotoni dell'attrazione dei processi microgliali verso ATP o serotonina in fette cerebrali acute. J. Vis. Exp. (2019)Questo video dimostra l'uso della microscopia a due fotoni per studiare l'attrazione dei processi microgliali verso un composto iniettato in fette di cervello. Fornisce una panoramica della preparazione di fette di cervello di topo, dell'iniezione di un composto di prova chemioattrattivo e dell'imaging di microglia marcate in fluorescenza...

Microscopia a due fotoni per lo studio dell'attrazione del processo microgliale verso un composto in una fetta di cervello di topo

Una chiave per il successo indagini di biologia microglia è la conservazione dei immunofunction microglia ex vivo durante l'isolamento dal tessuto del sistema nervoso centrale. Isolare microglia via rotanti risultati si stringono in colture cellulari altamente puri e immunofunctional come valutato da immagini fluorescenti, immunocitochimica, ed ELISA dopo l'attivazione della microglia con il lipopolisaccaride stimoli pro-infiammatori (LPS) e Pam 3 CSK 4 (Pam).

Isolamento della corticale Microglia con Immunofenotipo conservato e funzionalità dal murini neonati

Microglia sono le cellule immunitarie residenti del sistema nervoso centrale (CNS) con una elevata capacità di fagocitare o fagocitare materiale nel loro ambiente extracellulare. Qui, un saggio largamente applicabile, affidabile e altamente quantitativa per la visualizzazione e la misurazione microglia-mediata fagocitazione dei componenti sinaptiche è descritto.

Un test Engulfment: un protocollo per valutare le interazioni tra sistema nervoso centrale fagociti e neuroni

Attivazione microglia e microgliosis sono risposte chiave per neurodegenerazione cronica. Qui vi presentiamo i metodi per in vivo, la visualizzazione a lungo termine della retina CX3CR1-GFP + cellule microgliali di oftalmoscopia confocale, e per la soglia e le analisi morfometrica per identificare e quantificare la loro attivazione. Monitoriamo modifiche microgliali durante fasi iniziali di glaucoma all'età.

In Vivo Dynamics of Retinal microglia attivazione durante neurodegenerazione: confocale oftalmoscopico Imaging e Morfometria cellulare in mouse Glaucoma

Questo protocollo fornisce un'analisi delle subpopulazioni del macrofage nel sistema nervoso centrale del mouse adulto mediante citometria a flusso ed è utile per lo studio di marcatori multipli espressi da queste cellule.

Analisi dei Macrofagi Microglia e dei Monociti dal Sistema Nervoso Centrale dalla Citometria del Flusso

Le microglia sono cellule immunitarie del cervello che rilevare e reagiscono alla fisiologia cerebrale alterata attraverso cambiamenti morfologici che può essere valutata quantitativamente. Questo protocollo illustra un ImageJ basato su protocollo di analisi per rappresentare le microglia morfologia come dati in continuo secondo metriche come ramificazione delle cellule, la complessità e la forma.

Quantificare la morfologia di Microglia da microfotografie di Immunohistochemistry preparato tessuto usando ImageJ

Questo protocollo descrive un flusso di lavoro passo-passo per la costaintura immunofluorescente di IBA1 e TMEM119, oltre all'analisi della densità microgliale, della distribuzione e della morfologia, nonché dell'infiltrazione delle cellule mieloidi periferiche nel tessuto cerebrale del topo.

Immunofluorescenza Colorazione utilizzando IBA1 e TMEM119 per densità microgliale, morfologia e infiltrazione delle cellule mieloidi periferiche nel cervello del mouse

Qui, descriviamo un protocollo che combina l'iniezione di virus adeno-associato con l'impianto di finestre craniche per l'imaging simultaneo delle dinamiche microgliali e dell'attività neuronale nei topi svegli.

Imaging simultaneo delle dinamiche microgliali e dell'attività neuronale in topi svegli

Qui presentiamo due protocolli per quantificare l'inghiottimento microgliale delle sinapsi vGLUT1-positive e dei sinaptosomi grezzi marcati con pHRodo Red utilizzando la citometria a flusso.

Quantificazione dell'inghiottimento microgliale di materiale sinaptico mediante citometria a flusso

Questo articolo dimostra un metodo per visualizzare e quantificare la motilità della microglia e il contatto con i punti postsinaptici nella retina utilizzando la microscopia confocale a disco rotante.

Imaging dal vivo e caratterizzazione della dinamica della microglia e delle interazioni con le sinapsi nella retina murina malata

Questo protocollo combina la citometria a flusso e il sequenziamento dell'RNA a singola cellula per isolare e caratterizzare gli stati delle cellule microgliali nel cervelletto dei cervelli di topo postnatale precoce. Utilizza la dissociazione enzimatica, la centrifugazione Percoll e l'immunocolorazione per rivelare l'eterogeneità delle microglia e migliorare la comprensione del loro ruolo nello sviluppo e nella malattia cerebellare.

Citometria a flusso e analisi di singole cellule per caratterizzare l'attivazione della microglia nello sviluppo precoce del cervello di topo postnatale

Scopri MMPS, un software open-source Python per l'analisi quantitativa della morfologia microgliale tramite immunofluorescenza. Questo strumento semi-automatizzato rileva cambiamenti morfologici nell'attivazione microgliale senza richiedere competenze di programmazione.

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Software per la Mappatura dei Parametri Microgliali (MMPS): Uno strumento open-source e facile da usare per l'analisi quantitativa della morfologia della microglia

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