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チャールズ・ダーウィンは、異なる種間の進化的関係を木の枝に例えたことで有名ですが、それらはすべて共通の祖先に由来します。
歴史的に、樹木上の生物の位置は、葉、背骨、目の存在など、観察可能な特性や表現型に基づいて単純に決定されていました。
絶滅した種は、化石記録に保存されている表現型の特徴を使用して、同様の方法で樹木に配置することができます。
ダーウィンが『種の起源について』を出版した直後の1866年、ヘッケルは、植物、動物、原生生物(植物でも動物でもない)の3つの生命の「王国」を、容易に観察できる表現型に基づいて提案した。
最終的に、植物と動物の区別は、以前に提案されていたほど重要ではないことがわかりました。
したがって、1937年に、生命の系統樹は、膜結合した核を持つ真核生物と膜結合していない原核生物という2つの大きな「帝国」を含むように進化しました。
しかし、このパラダイムは、原核生物を木の上に置くことに関しては、いくつかの困難をもたらしました:1つの棒状の微生物は、表現型的に他の微生物と区別するのが困難です。
遺伝子解析、特に16S rRNAシーケンシングの進歩により、伝統的に原核生物として分類されていた生物が遺伝的に異なる進化的起源を持つことが判明したとき、この系統はすぐに崩壊しました。
それで、生命の樹は1990年に再び進化し、原核生物は2つの領域に分けられました-現代の生命の系統樹の3つのドメイン、バクテリア、古細菌、真核生物をもたらしました。
これらのドメインの最初のドメインであるバクテリアは、膜結合核を欠く単細胞の原核生物で構成されています。
次のドメインである古細菌も、そのユニークな進化の歴史によって細菌と区別される単細胞の原核生物で構成されています。
最後に、真核生物は、膜結合した核によって区別される単細胞生物と多細胞生物で構成されています。このドメインには、菌類、植物、動物が含まれます。
生命の進化の系統樹は、実際の樹と同様に「生きた」比喩であり、多くの生物の分類、さらには古細菌と細菌の区別さえも、しばしば論争され、時には変更される。
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