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古細菌の細胞壁は、ペプチドグリカンを欠いているため、細菌の細胞壁とは異なります。
古細菌の細胞壁の最も一般的なタイプはS層であり、原形質膜に固定された単一のタンパク質または糖タンパク質分子の連動コピーで構成されています。
これらの表層タンパク質は、三量体、正方晶、六角形などの高度に組織化された対称性に自己組織化し、結晶様の格子を形成します。
古細菌の中には、Methanosarcina 種に見られるようにメタノコンドロイチンの多糖層や、Methanospirillum 種に追加のタンパク質層など、S層の上に追加の層が含まれているものもあります。
メタン生成菌は、シュードムレインと呼ばれる多糖類でできた細胞壁を持っています。
シュードムレイン骨格は、N-アセチルグルコサミンとN-アセチルタロサミヌロン酸の代替ユニットを持ち、β-1,3グリコシド結合によって結合しています。これらの鎖は、L-アミノ酸からなるペプチド架橋によって相互接続されています。
これらの構造的特徴により、シュードムレインはリゾチームやペニシリンに耐性を持ち、極端な環境での安定性を提供します。
Ignicoccusなどの一部の種は細胞壁を欠いており、代わりにエネルギー生産と栄養素交換のためのタンパク質複合体を含む外膜を持っています。
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