Methods to Assess Microbial Communities

微生物群集とは、共有された生息地内で共存し相互作用する細菌、古細菌、微生物真核生物のコンソーシアムです。

微生物群集の構造は、しばしばリッチネス、相対的な存在ごと、均一性で記述されます。

サンプルにおいて、リッチネスは検出された分類群の数であり、相対個体数は各分類群の割合を定量化します。均等性とは、個体が分類群全体に均一に分布していることを示します。

現在、培養に依存しない分子アプローチが微生物群集のプロファイリングに用いられています。

メタゲノミクスは土壌などの環境サンプルからDNAを研究し、主に微生物群集の構成をプロファイリングするために用いられます。

メタトランスクリプトミクスはmRNA発現の評価を可能にし、酵素生成や油分分解などの活性微生物機能のスナップショットを提供します。

メタプロテオミクスとメタボロミクスは環境中のタンパク質や代謝物を特定し、微生物が栄養分解や生地球化学的循環などのプロセスにどのように関与するかを明らかにします。