ビジュアル分析手法と免疫学的データの解析を容易に

Summary

視覚的な分析（VA）は、対話的にデータを分析の新しいアプローチです。このビデオでは、我々はハイスループット生物学的実験によってもたらされるデータの過負荷の問題を議論し、そのような問題に対する解決策として、VA提案する。ビデオでは、内と場札と呼ばれるVAツールを使用して免疫学的データセット間の分析を示しています。

Abstract

視覚的な分析（VA）は、インタラクティブな視覚的なディスプレイを介して大規模なデータセットを分析する新しい方法として浮上している。我々は、ユーティリティと生物学的データセットの分析のVAアプローチの柔軟性を示した。免疫学におけるこれらのデータセットの例としては、フローサイトメトリー、ルミネックスのデータ、およびジェノタイピング（例えば、一塩基多型）のデータが含まれています。伝統的な情報の可視化のアプローチとは対照的に、VAは、アナリストは、リアルタイムのデータの探査のプロセスに関与できるようにすることで、アナリストの手で分析力を復元。我々は、いくつかのVAツールを評価した後、タブローというVAソフトウェアを選択する。解析作業データセット内との間で分析の2つのタイプは、アプローチペア解析と呼ばれるを使用してビデオのプレゼンテーションで示された。 VAで定義されているようなペアの分析には、、VAツールの専門家が分析中に、ドメイン専門家とのサイドバイサイドの動作する​​分析手法です。ドメインの専門家は、データの重要性を理解し、収集したデータは対応するかもしれないという疑問を求める人です。ツールの専門家は、これらの質問に答える可能性のあるデータのパターンを見つけることができるようにビジュアライゼーションを作成します。仮説生成とデータの迅速な視覚的な表示との間の短い遅れ時間は、VA方式の主な利点です。

Protocol

1。タブローで探査ベースの分析

1. あなたは、データセットを持っていて、データ内の列の間に様々な関係を探求したい。
   1. （図1）"は、データへの接続"をクリックして、データセットをインポートします。データソースの種類を選択して、データセットをインポートする手順に従ってください。
   2. （図1）対策の棚は、データセットから数値列が含まれている間寸法の棚は、カテゴリ列が含まれていることを確認してください。それがnumeratedされている場合、時々そのようなサブジェクト識別子と、ディメンション列は尺度として表示されることがあります。それを右クリックして、寸法に変更し、"ディメンションへの変換"を選択します。図1では、このような刺激の濃度レベルと対象の識別子などのデータセットからカテゴリの列が正しく寸法の棚に配置され、サイトカインの観察された濃度は、正しく対策の棚に配置されます。
   3. （図2）分析プロセス中に、計算フィールドが必要な場合は、単に右のディメンションまたはメジャーシェルフのいずれかでクリックし、"計算フィールドを作成"を選択します。関数や数学的演算子と組み合わせてフィールドを持つ式ボックスに演算入力。図2は、PFD2、PFD3、およびPFD4値を集約することで> 2をPFDはという新しいフィールドを作成する方法を示します。
   4. （図3）次元と関心の測定で一般的には、場札の2次元プロットを生成します。インターフェイスはシンプルなドラッグ＆ドロップ操作を....

Discussion

現代の生物医学研究におけるハイスループット技術の出現は、分析のより効率的な方法を必要とする研究データの爆発につながった。視覚的な分析（VA）は、インタラクティブな視覚インタフェース（1）により促進分析推論の科学である。 VAのアプローチは、コンピュータによってパターンを検出する従来のアプローチとは逆に人間のアナリストの手で分析能力を、復元します。視覚的な分析はこのような防衛研究（1）とハリケーンの動向（2）など、さまざまな分野での研究に適用されている。これまでのところ、生物学におけるVAのアプリケーション（3）のほんの一例があります。我々は、VAは解析ツールの生物学者の兵器庫に追加できるアプローチであることがこのビデオの記事で示した。多くのVAソフトウェアは、市販であるものに学術の研究室で開発中のものに至るまで可能です。新生児の先天性免疫（4）私たちの仕事のために、我々は研究室で利用可能なスプレッドシート形式のデータセットを解析する上でので、その適合性のタブローを選びました。我々はビデオの資料に記載いくつかは他のVAツールは、生物学的データの他のタイプのためのより適切かもしれない。我々は表1の人気VAツールのいくつかの機能と特徴を列挙。.......