ペプチド自己組織化を研究するためのフーリエ変換赤外分光法

要約

出典: Neves, R., et al. 1,2-ジチオラン修飾自己組織化ペプチドの合成と特性評価。J. Vis. Exp. (2018)

このビデオでは、フーリエ変換赤外分光法を使用して、アミロイドペプチドの自己組織化をベータシートに富む超分子構造に示します。屈折率の高い結晶に赤外線ビームを通過させ、結晶とサンプルの界面を横切るエネルギー吸収を記録します。サンプルタンパク質の二次構造は、赤外スペクトルの特定の領域で特徴的な吸収ピークを分析することによって同定され、超分子アセンブリの形成の同定に役立ちます。

プロトコル

1. 超分子自己組織化構造の特性評価

1. アミロイド線維の形成
   1. 自己組織化溶液を調製するには、分析天びんを使用してペプチド粉末1mgを計量します。1.5 mL微量遠心チューブで20%アセトニトリルと10 mM(4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸(HEPES)の混合物(pH 7.5)に溶解し、最終濃度は1 mg/mLのペプチドアセンブリ混合物になります。組み立て液をボルテックスし、室温で組み立てます。
2. アミロイド線維の分光学的特性評価
   数
   1. 日ごとにフーリエ変換赤外(FTIR)分光法によるペプチドアセンブリプロセスを追跡します。1670 ^cm-1を中心とする広いピークは、サンプル中の未組み立てペプチドから生じるIRシグネチャです。ペプチドアセンブリサンプルは、通常、組み立てられていない広いピークが消失して成熟に達するまでに1〜2週間かかります。
      1. 8〜10 μLのアセンブリ溶液のアリコートをATRダイヤモンド結晶上に薄膜として乾燥させます。乾燥膜が形成されるにつれて、1640〜1630 ^cm-1の大きくて広い水のピークの消失を監視します。
      2. 1500-1800 ^cm-1のIRスペクトルを取得し、2 ^cm-1の解像度で平均50スキャンします。各サンプルスキャンの前にバックグラウンドスキャンを取得して減算します。βシートアセンブリのIRシグネチャは、1625〜1635 ^cm-1の間の鋭いピークです(図1A)。

結果

図 1.1,2‐ジチオラン修飾ペプチドの超分子特性化(A)10MM HEPES、pH 7.5、20%CH₃CNで組み立てられた1 mg / mLの1,2-ジチオラン-KLVFFAQ-NH₂繊維のFT-IR。1627 ^cm-1のピークは、βシートコンフォメーションで組み立てられたペプチドと一致しています。(B)10 mM HEPES、pH 7.5、20%CH₃CNで組み立てられた1 mg / mLの1,2-ジチオラン-KLVFFAQ-NH

材料

この記事で使用された材料の一覧

名前	会社	カタログ番号	コメント
アセトニトリル	フィッシャーサイエンティフィ	A998-4	燃性;目を刺激する;個人用保護具を使用してください。ヒュームフードの下でのみ使用してください。裸火や高温の表面から遠ざけてください。接触した場合は、少なくとも15分間水ですすぎ、医師の診察を受けてください
4-(2-ヒドロキシエチル)ピペラジン-1-エタンスルホン酸	Acros Organics	AC172571000	吸入しないでください。屋外または換気の良い場所で使用してください
ーリエ変換赤外分光計	Alpha Tensor、ブルカー