トリパノソーマにおけるRNA編集に対する薬剤をスクリーニングするためのレポーターとして、RNA触媒

Houtan Moshiri; Vaibhav Mehta; Reza Salavati

doi:10.3791/51712

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方法論記事

トリパノソーマにおけるRNA編集に対する薬剤をスクリーニングするためのレポーターとして、RNA触媒

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DOI:

10.3791/51712

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2014年7月22日

Houtan Moshiri^*¹^,² , Vaibhav Mehta^*¹^,² , Reza Salavati¹^,²^,³

¹Department of Biochemistry, McGill University, ²Institute of Parasitology, McGill University, ³McGill Centre for Bioinformatics, McGill University

^* These authors contributed equally

この記事について

サマリー

>jove_content<この論文では、トリパノソーマチド病原体におけるRNA編集のユニークなプロセスを標的とする化学物質のハイスループットスクリーニングに適用可能な、高感度のリボザイムベースのアッセイについて説明しています。阻害剤は、RNA編集プロセスの仮説駆動型解析のツールとして、また最終的には治療薬として使用することができます。

要約

実質的な進歩は、トリパノソーマにおけるミトコンドリアRNA編集のメカニズムを決定する際になされたものである。同様に、かなりの進歩は、RNA編集を触媒editosome複合体の成分を同定してなされたもの。しかし、これらのタンパク質がどのように連携するか、まだ明らかではない。 editosomeに対するハイスループットスクリーニングから得られた化学化合物は、編集サイクルにおける1つ以上のステップをブロックするか、または影響を及ぼし得る。したがって、新規な化学化合物の同定はeditosome機能およびアセンブリを切開するための貴重な分子プローブを生成する。以前の研究において、 インビトロ編集アッセイは、放射標識RNAを用いて行った。これらのアッセイは、ハイスループット目的のために非効率的で時間のかかる不適当である。ここでは、均質な蛍光ベース「ミックスと測定」RNA編集を監視するためにハンマーヘッドリボザイムのin vitroレポーターアッセイを、提示されている。唯一のRNA編集の結果としてハンマーヘッド型リボザイム蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）オリゴリボヌクレオチド基質は、切断を受ける。これは、順番に、それによって信号を生成するクエンチャーからのフルオロフォアの分離をもたらす。 editosome機能が阻害されると対照的に、蛍光シグナルをクエンチする。これは、 インビトロ RNA編集またはeditosomeの機能を阻害することができる化学物質のハイスループットスクリーニングで監視することが一般的に適用可能であるべきで高感度かつ簡単なアッセイである。

概要

RNA編集、mRNAの転写後修飾のプロセスは、第¹ trypanosomatidsに発見された。それ以来、かなりの作業がトリパノソーマ ^2,3におけるRNA編集のメカニズムを研究してなされた。一連の酵素反応において、editosome、約20のタンパク質のコア複合体は、エネルギー発生の酸化的リン酸化系の複数のコンポーネントのための成熟したミトコンドリアmRNAを作成する。触媒のイベントの順序は、ガイドRNA（gRNAs）によって指示されるように、ヌクレオチド鎖切断、ウリジレート（U）追加や削除、および連結される^4。

コアeditosome複合タンパク質に加えて、補因子の数も^5-7同定されている。これらのタンパク質は、主に独立した複合体にグループ化が見られる。しかし、コアeditosome複合体におけるタンパク質集合の順序や小物とのコア複合体の相互作用パターン複合体は、まだ決定されている。 trypanosomatidsにおけるRNA編集処理をターゲットとすると、そのeditosome複合体の構築と機能を研究する際の補助化学解剖器具を提供することがあります。さらに、いくつかのeditosomeタンパク質に関する機能的研究は、薬剤が^8月12日を対象として、その可能性を示す、様々なライフステージ全体の本質を示している。したがって、editosome見出さ....