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Research Article
Christian Berens1,2, Stephanie Bisle3, Leonie Klingenbeck3, Anja Lührmann3
1Department Biologie,Friedrich-Alexander-Universität, 2Institut für Molekulare Pathogenese,Friedrich-Loeffler-Institut, 3Mikrobiologisches Institut - Klinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene,Universitätsklinikum Erlangen
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
ここで述べられている方法は、抗アポトーシス細菌のエフェクタータンパク質の活性を解剖するために、定義されたステップでアポトーシスシグナル伝達カスケードを誘導するために使用されます。この方法は、アポトーシス促進性または毒性タンパク質の誘導性発現、または他のシグナル伝達経路との干渉の解剖にも使用できます。
ここに提示された技術は、いずれかの標的タンパク質、あるいは小分子ステップれる分析することができ、シグナル伝達経路の構成要素と相互作用します。この方法は、選択されたシグナル伝達カスケードで定義され、所定のステップでシグナル伝達事象を開始するために、一方では、特定のタンパク質の誘導性発現に基づいています。一方、目的の遺伝子の同時発現は、その後発現される標的タンパク質の活性が上流または開始シグナル伝達事象の下流で、得られたシグナル伝達経路の読み出しに依存する場合、治験責任医師が評価することができます。ここでは、アポトーシスカスケードは、プロトコル機能性を実証するために定義されたシグナル伝達経路として選択しました。例えば、 コクシエラバーネッティなどの病原性細菌は、細胞内の細菌の生存を確保するために、それらのを促進するために宿主細胞において、宿主細胞死の誘導を妨害するエフェクタータンパク質を転生物における普及。 C.バーネッティエフェクタータンパク質CaeBを効果UV光を伴うまたはスタウロスポリンでのアポトーシスの誘導後に宿主細胞の死を阻害します。 CaeBはアポトーシスシグナルの伝達を妨害するステップで絞り込むには、十分に特徴付けられたプロアポトーシス活性を有する選択されたタンパク質は、ドキシサイクリン誘導性の方法で一時的に発現させました。 CaeBはこれらのタンパク質の上流に作用する場合、アポトーシスが妨害されずに続行されます。 CaeB下流に作用する場合、細胞死が阻害されます。選択した試験タンパク質は、主要な執行プロテアーゼであるミトコンドリアのレベルで作用バックス、およびカスパーゼ3でした。 CaeBはBax発現により誘導される細胞死を妨害ではなく、カスパーゼ3発現による。 CaeBは、したがって、これら2つのタンパク質間のアポトーシスカスケードと相互作用します。
多くのグラム陰性細菌病原体の毒性は、真核生物宿主細胞をハイジャックするための特殊な分泌系に依存します。細菌は細胞および生化学のさまざまな活動を調節するために宿主細胞への細菌の病原性タンパク質(エフェクター)を注入するために、これらの分泌系を使用しています。エフェクタータンパク質の研究では、ホスト/病原体相互作用の基本的な側面にも真核細胞1の基本的な生物学に顕著な洞察を提供しているだけではなく。宿主細胞のアポトーシスの調節は、多くの細胞内病原体のための重要な病原性機構であることが示されており、アポトーシスを調節するエフェクタータンパク質の数は2-9同定されています。しかし、活性のそれらの正確な分子機構は、多くの場合、とらえどころのないままです。
アポトーシス、プログラム細胞死の形態は、感染10に対する免疫応答に重要な役割を果たしています。アポトーシスに導く二つの主要な経路は、持っています特定されて:原形質膜(外因性アポトーシス)で細胞死受容体を介したミトコンドリア(内因性アポトーシス)または信号の直接伝達を標的とします。真性またはミトコンドリア媒介性の細胞死経路は、細胞内シグナルによってトリガーされ、BaxおよびBakの、のBcl-2ファミリーの2プロアポトーシスメンバーの活性化が関与しているされています。このファミリーは、細胞死を制御11-14プロおよび抗アポトーシス調節タンパク質で構成されています。アポトーシスの活性化はBaxおよびBakののオリゴマー化につながる細胞質へのシトクロムCの放出をもたらす、ミトコンドリア外膜のその後の透過処理が続きます。シトクロムcの放出は、アポトソーム15におけるカスパーゼ9の活性化を介してエフェクターカスパーゼ3および7の活性化を開始します。これは、とりわけ、細胞表面16上のホスファチジルセリンの暴露をもたらす、選択された基質のタンパク質分解をもたらし、CHをフラグメント専用のDNアーゼを解放します17,18 romatin。
アポトーシスカスケード内の個々のエフェクタータンパク質が干渉を決定するために、誘導可能な発現系は19を使用しました。導入遺伝子の条件式のための規制システムは、細胞内のタンパク質の機能や組織、器官および生物開発のための重要性だけでなく、開始、進行および疾患20-23のメンテナンス時の解析に貴重なツールとなっています。典型的には、このようなここで使用のTetシステム24と誘導制御システムは、( 図1参照)人工的な転写単位を形成します。一方の成分は、転写活性化または24,26のサイレンシングを媒介する哺乳動物タンパク質ドメインに細菌転写抑制のTetR 25の融合によって形成されたtTA(テトラサイクリン依存性転写活性化因子)と呼ばれる人工的に操作した転写因子を、あります。第二成分は、ハイブリッドでありますプロモーター、真核生物の最小プロモーターからなる、TRE(テトラサイクリン応答性エレメント)と呼ばれる、少なくともTATAボックスおよび転写開始部位を含む、のTetR、 のtetO 24,25用の同族のDNA結合部位の複数の反復に接合。第三成分がのTetR、テトラサイクリンまたはそのようなアンヒドロやドキシサイクリン25その誘導体、の1の天然リガンドです。培地へのリガンドを添加すると、のTetRはのtetOに対するその親和性を失い、TREから解離します。その結果、標的遺伝子の転写が廃止されています。導入遺伝子の発現は、このように、しっかりと両方の細胞培養および動物20,23,24における時間および用量依存的に制御することができます。 tTAをして、導入遺伝子の発現は、テトラサイクリンの存在を除いて、構成的に発生します。テトラサイクリンは、最初の導入遺伝子の前に、システムから除去されなければならないので、これは細胞毒性または発癌性タンパク質の研究で不利であることができるexpressionが起こると、細胞上の標的タンパク質の効果をモニターすることができます。これは時間がかかり、特にトランスジェニック動物において、常に27完了していないことができます。この制限に対処するために、ドキシサイクリンの存在に逆応答とのTetR変異体は、新しい転写因子を生成するために使用された、rtTAの28(tTAをリバース)。それはTREに結合し、同時に、ドキシサイクリンの存在下で転写を活性化するのみ。残留システムの漏れやすさ、 すなわち 、TRE結合転写因子の非存在下での導入遺伝子の発現は、ゲノム組み込み部位での位置効果から(I)のいずれかを発信し、(ii)のTRE自身29、または(iii)からの非から固有のtTA / rtTAの28の結合、追加の転写サイレンサーを導入することによって対処された、システムに(テトラサイクリン依存性転写サイレンサー)30のtTSと呼ばれます。これは、rtTAの( 図1参照)と一緒に二重の調節ネットワークを形成します。ドキシサイクリンの非存在下では、TTSはTREに結合し、積極的に残りの転写をシャットダウンします。ドキシサイクリンの存在下では、TTSはTREから解離したrtTAを同時に標的遺伝子の発現を誘導結合します。ストリンジェンシーのこの追加の層は、高活性の細胞毒性タンパク質31〜34を発現することがしばしば必要です。
この厳密に制御デュアルレギュレータ方式を使用して、アポトーシスカスケードは、与えられたエフェクタータンパク質は、アポトーシス誘導を妨害することができるかどうかの分析を可能にする定義された段階で開始することができます。この方法は、細菌のエフェクタータンパク質の抗アポトーシス活性を研究するために使用されるだけでなく、プロアポトーシスまたは毒性タンパク質の誘導性発現のために、または他のシグナル伝達経路との干渉を解剖するためのすることはできません。
目的のタンパク質を発現する安定な細胞株の1世代
イムノブロット分析により安定な細胞株の2分析
3.フローサイトメーターを用いて細胞を分析します。
誘導性の発現ベクター系で安定細胞株の4トランスフェクション
アポトーシスの誘導5。
イムノブロット分析によって宿主細胞のアポトーシスの6分析
まず、GFP融合タンパク質として安定に関心(CaeB)のタンパク質を発現するHEK293細胞株を樹立しました。対照として、安定的にGFPを発現するHEK293細胞株も作製しました。 GFPおよびGFP-CaeBの発現は、免疫ブロット分析によって確認しました。代表的なイムノブロット( 図4A)は、GFPおよびGFP-CaeBの安定と明確に検出可能な発現を示しています。しかし、このアッセイは、全ての細胞がGFPまたはGFP-CaeBを発現しているかどうか判断できません。したがって、安定的にトランスフェクトHEK293細胞株は、フローサイトメトリーによって分析しました。 図4Bに示すように、両方の細胞株における細胞の90%がGFPを発現しました。したがって、これらの安定な細胞系は、さらにCaeBの機能を分析するために使用することができます。次のステップでは、CaeBの抗アポトーシス活性は、切断されたPARPに対する抗体を用いたイムノブロット分析により分析しました。核PARPのタンパク質分解切断は、DNA修復活性を不活性化し、TERMIの典型的なマーカーでありますアポトーシスの最終段階。 PARPの切断は、GFPの発現も、GFP-CaeBのどちらも細胞に対して毒性であることを実証し、HEK293-GFPまたはHEK293-GFP-CaeB細胞において検出されません。しかし、細胞は内因性のアポトーシスの強力な誘導物質、スタウロスポリンで処理した場合、PARPの切断が( 図5)を検出しました。重要なことに、HEK293-GFP-CaeB細胞はCaeB 7 コクシエラバーネッティ IV型分泌系のエフェクタータンパク質の抗アポトーシス活性を示し、PARPの切断の減少を示します。
ステップCaeBはアポトーシス経路を妨害するで分析するために、テトオン方式を採用しました。具体的には、HEK293-GFPまたはHEK293-GFP-CaeB細胞恒常ドキシサイクリン制御デュアルリプレッサー/アクチベーターセットアップ( 図2)とのpTRE応答プラスミドコードする完全長のヒトのBaxのいずれかまたは活性化形態を発現レギュレータープラスミドでトランスフェクトしました。ヒトカスパーゼ3、(revCasp 3と呼ばれます図3)。このシステムは、非誘導条件( 図6)の下でPARP切断の欠如によって示されるように、厳密に調節されています。トランスフェクト細胞へのドキシサイクリンの添加はCaeBはBaxの下流のアポトーシス経路に干渉する場合には、発現とBaxのその後の活性化によって生成されたアポトーシスシグナルがCaeB発現によってブロックされるべきであるのBaxまたはrevCasp 3の発現をもたらしました。 HEK293-GFP細胞は明らかなPARP切断を表示しながら、実際には、安定的にGFP-CaeBを発現するHEK293細胞が深く、ドキシサイクリン制御Bax発現によるアポトーシスの誘導を阻害します。この結果は示しているのBax活性化の下流CaeBブロックアポトーシス誘導。アポトーシス経路における後期イベント - 次に、それはCaeBはカスパーゼ3活性化を妨害することができるかどうかを分析しました。エフェクターカスパーゼ3一度ACTIVされていることを示すHEK293-GFP細胞と同様に、HEK293-GFP-CaeB細胞、展示PARP切断( 図6)、ated、CaeBが発生し、アポトーシスを防ぐことはできません。まとめると、これらのデータはCaeBはBaxおよびカスパーゼ3活性化の間に作用することを実証します。

テトラサイクリン調節系の図1の概要図。テトオンシステムは、二つの異なるプラスミド、規制や応答プラスミドから構成されています。とのTet応答性リバーストランス活性化因子(rtTA、白丸)、調節プラスミドはテト応答transsilencer(黒丸のtTS)をコードします。両タンパク質は、強力な構成的、構成的伸長因子1アルファプロモーター(P EF-1A)の制御下で発現されます。 TTSとのrtTA(それぞれ消音器または活性剤、)真核生物の転写調節ドメインおよび細菌テトラサイクリンリプレッサー(TetRの)からなるキメラ転写因子です。のTetR DNAが7 TETへの結合を媒介しますのtetO)配列が。 のtetOを一緒のTet応答性エレメント(TRE)を形成する、誘導最小限のサイトメガロウイルスプロモーター(P CMV)の上流に位置します。非誘導条件下で、のtTSは、発現を妨げるTREに結合しています。ドキシサイクリン(DOX;満たされたダイヤモンド)を加えた後、rtTAのは立体構造変化と活性化につながるのDoxと相互作用します。活性化のrtTAは、このように、アポトーシス誘導および細胞死をもたらす、それぞれの標的遺伝子の転写Baxおよびカスパーゼ3を許可する、応答プラスミド上のtTSを置き換えます。 この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください。

BACにおける増殖のための必須調節プラスミドpWHE125。要素の図2.回路図の概要テリア、複製起点(ORI PBR)とアンピシリンに対する抗生物質耐性カセット(アンプR)を含む、そのようなヒトサイトメガロウイルスの強力な構成即時初期プロモーター/エンハンサーなどのTet-トランスレギュレーターの発現(P用/ E のhCMV)、シミアンウイルス40(SV40ポリA)からのポリオウイルス(PV-IRES)およびポリAサイトからの内部リボソーム結合部位が表示されている。 この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください。

図3.応答プラスミドの概略図。複製起点(ORI PBR)と抗生物質耐性カセット(アンプR)などの細菌での増殖のための、そして真核生物での誘導発現のための要素が不可欠で、そのような導入遺伝子expressiとしてテト依存最小プロモーターTREtight(P TREtight)とカセットに、金利人間のBax(hBax)およびシミアンウイルス40(SV40ポリA)からのポリA部位の遺伝子は、描かれています。導入遺伝子発現カセットは、ニワトリHS4絶縁コア配列(HS4コア)の2つのコピーのタンデム直接反復に隣接しています。さらに、マウスホスホグリセリン酸キナーゼ1プロモーター(P mPGK)からなるG418耐性カセットは、ネオマイシン耐性遺伝子(G418 R)およびヒトチミジンキナーゼポリA部位(TKポリA)が存在する。 の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてくださいこの図。

図4 HEK293-GFP及びHEK293-GFP-CaeBが安定緑色蛍光タンパク質を発現する。HEK293-GFPの(A)全細胞溶解物およびHEK293-GFP-CaeB細胞は、安定な発現を示すために、GFPのために免疫ブロットしました。 HEK293-GFPおよびHEK293-GFP-CaeB細胞の(B)の代表的フローサイトメトリー(FACS)分析は、GFP発現の強さを実証するために示されている。 この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください。

図スタウロスポリン誘発性アポトーシスに対するGFP-CaeBの発現5.影響 HEK293-GFP及びHEK293-GFP-CaeB細胞は内因性のアポトーシスを誘導するために6時間、4μMのスタウロスポリンで処理しました。アポトーシスは、切断されたPARPイムノブロット分析によって分析しました。 PARP切断は、HEK293-GFP細胞と比較して、HEK293-GFP-CaeB細胞で減少した。 拡大版を表示するには、こちらをクリックしてくださいこの図の。

テトンシステムの図6.使用法CaeBの作用点を絞り込むために使用します。(A)アポトーシスは、HEK293-GFPおよびHEK293-GFP-CaeB細胞におけるBaxの発現によって誘導されました。アポトーシスは、切断されたPARPイムノブロット分析によって分析しました。 PARP切断は、HEK293-GFP細胞と比較して、HEK293-GFP-CaeB細胞において減少しました。 (B)アポトーシスは、HEK293-GFP及びHEK293-GFP-CaeB細胞におけるrevCasp 3の発現により誘導されました。アポトーシスは、切断されたPARPイムノブロット分析によって分析しました。 PARP切断は、HEK293-GFP-CaeB及びHEK293-GFP細胞で同程度であった。 この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください。
著者らは開示するものは何もない。
ここで述べられている方法は、抗アポトーシス細菌のエフェクタータンパク質の活性を解剖するために、定義されたステップでアポトーシスシグナル伝達カスケードを誘導するために使用されます。この方法は、アポトーシス促進性または毒性タンパク質の誘導性発現、または他のシグナル伝達経路との干渉の解剖にも使用できます。
この作業は、Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) の支援を受け、Collaborative Research Initiative 796 (SFB796) から A.L. と C.B. へ、また ERA-NET PathoGenoMics 3rd call to A.L. を通じて支援されました。
| DMEM | の生命技術 | 31966-021 | |
| FCS | のBiochrom | S0115 | |
| ペン/連鎖球菌 | の生命技術 | 15140-122 | |
| OptiMEM | の生命技術 | 51985 | |
| X-tremeGENE 9 | Roche | の6365752001 | |
| Geneticin | Roth | CP11.3 | |
| ポリエチレン製ポリ | シエン | 23966 | |
| ドキシサイクリン | Sigma Aldrich | D9891 | |
| ミニプロティアン テトラセル | Bio-Rad | 165-8000EDU | |
| トランスブロット SD セミドライトランスファーセル | Bio-Rad | 170-3940 | |
| PageRuler 染色済みタンパク質ラダー | Thermo Scientific | 26616 | |
| PVDF メンブレン | ミリポア | IPVH00010 | |
| 反GFP | life technologies | A6455 | |
| 切断防止 PARP | BD Bioscience | 611038 | |
| 抗アクチン | Sigma Aldrich | A2066 | |
| マウス IgG (H+L)-HRPO | Dianova | 111-035-062 | |
| Rabbit IgG (H+L)-HRPO | Dianova | 111-035-045 | |
| ECL Western Blotting Substrate | Thermo Scientific | 32106 | |
| Restore Plus ウェスタンブロットストリッピングバッファー | Thermo Scientific | 46428 |