微生物光遺伝学アプリケーションのための自動照明、培養、およびサンプリングシステムの設計と実装

Summary

我々は、倒立顕微鏡を用いて流出液中の微生物、定期的に画像を細胞の培養物を照明する光遺伝学システムを使用するための連続的な培養装置を設計しました。照明の動的応答は、数日間にわたって測定することができるように培養、サンプリング、画像化、および画像解析は完全に自動化されています。

Abstract

光遺伝学システムは、細胞プロセスを変更するために特定の波長の光に反応して立体構造を変更遺伝的にコードされたタンパク質を利用します。光遺伝学システムのプログラムされた照明および刺激を組み込んだシステムを培養し、測定が必要です。我々が構築した光のプログラムされた用量で微生物細胞を照射し、自動的に取得し、流出液中の細胞の画像を分析するために、連続培養装置を使用するためのプロトコルを提示します。ケモスタット、この装置の動作は、増殖速度と細胞環境を厳密に制御することを可能にします。連続的な細胞培養の流出物は定期的にサンプリングし、細胞をマルチチャンネル顕微鏡によって画像化されます。蛍光強度および培養流出物から採取した細胞の細胞形態の動的応答が複数日にわたって測定されるように培養、サンプリング、画像化、および画像解析は完全に自動化されていますユーザーの入力なし。我々は、動的に転写を活性化する光遺伝学系で操作サッカロマイセス・セレビシエの株においてタンパク質産生を誘導することによって、この培養装置の有用性を実証します。

Introduction

光遺伝学システムは、遺伝子発現^{、1、2、3、4、5}タンパク質の局在化^、6タンパク質活性^、6、7、8タンパク質結合^{、8、9、10、}およびタンパク質分解を含む細胞プロセスの成長のリストを制御するために光を使用します。プログラムされた光刺激と制御された環境で細胞を培養するため、および生物学的に関連するタイムスケールの上にそれらの応答を測定するための¹¹の方法は、細胞生物学、バイオテクノロジーの研究のためにこれらのツールの可能性を利用することが必要です。我々の方法は、AE、よく混合した一定の細胞増殖速度を維持するためにchemostasisを利用します評価、及びプログラムされた照明に曝される温度制御されたガラス製の培養容器^12、13。倒立顕微鏡で培養排水中の我々の画像の個々の細胞は、プログラムされた照明への文化の応答を測定します。流出液の細胞培養の蛍光強度および細胞形態は、ユーザ入力なしに複数日にわたって測定することができるように培養、サンプリング、画像化、および画像解析は完全に自動化されています。

このプロトコルは、増殖する細胞培養及び顕微鏡精通ほとんどの研究室で実施することができ、使用される装置は、安価で容易に入手可能なコンポーネントで構成されています。透明な培養容器は、光の1μW/ cm ²の範囲では-10 mW / cm ^2で発光可能な発光ダイオード（LED）のマトリックス上に配置されています。微生物を連続培養容器で増殖させます。 1蠕動ポンプがでメディアを追加するために使用されます希釈率は、他の顕微鏡に小さい速度で培養物を回収するために使用され、その差は、オーバーフロー出口を通って逃げます。加熱パッドは、温度を維持しています。空気が継続的に正の圧力を維持するだけでなく、ミックスと文化を通気するために培養容器内に圧送されます。空気ポンプを除き、これらのデバイスへの電力はまた、温度計と接続されたデスクトップコンピュータからの入力を受け取るマイクロコントローラによって調節されます。流出液の細胞培養物を倒立顕微鏡のステージ上のマイクロ流体デバイスに圧送されます。非蛍光及び蛍光画像を自動的に取得されます。画像中の細胞は、関心領域（ROI）のように各セルを検索し、各ROIの特性を測定するアルゴリズムを特徴とします。

このプロトコルの適用を実証するために、我々は、青色光responsiで操作サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）細胞の変化する光強度に対する応答を測定し蛍光タンパク質の転写を制御する光遺伝学システムまし。このシステムにおいて遺伝子発現を制御するための複数の光遺伝学系はすでに^{14、15、16が}存在するため、一般的パン酵母としても知られているS.セレビシエは 、選択されました。さらに、このモデル生物は、一般にシステム生物学¹⁷およびバイオテクノロジーアプリケーション^18、19、20のための筐体としての研究のために使用されます。私たちの代表的な結果は、このプロトコルは、入力光強度を変化させると、蛍光レポーターの産生を測定することによって、複数日間の培養の転写を制御するために使用することができることを示しています。

Protocol

図1：連続培養装置。この略図は、それを培養するために使用されたときに装置を組み立てすべきかを示し照明、及び微生物の光学的特性を測定します。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

図2：プロトコルの概要。斜線領域での手順は、プロトコルが使用されるたびに繰り返さなければなりません。閉ループ制御³⁴可能であるが、このプロトコルで実装されていません。

1.サーキットボードに温度計を組み立て

図3：接続は、温度計の値を読み取ります。この図は、マイクロコントローラは、培養の温度を制御するためのフィードバックを得ることができるように、デジタル体温計を基板に接続する方法を示しています。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

1. それぞれにグラウンド、データ、およびデジタル温度計の正電圧線を半田付けし、貫通孔 "GD + Vを。」と記されました
2. 女性の3ピン・ヘッダから1ピンをオフにクリップし、それが「R2」と表示された2つの貫通孔に収まるとマイクロコントローラを妨げないように、ワイヤバリカンで残りの2ピンをトリミングします。代わりに、これを半田付けします。ピンヘッダで4.7kΩの抵抗を挿入することにより、2つの半田付け端子を接続しています。

2.電源コンを接続します回路基板へのトロールのコンポーネント

図4：接続は、加熱パッドへの電力を制御します。この図は、PCB及び付属部品は、加熱パッドへの電力を制御するために組み立てする方法を示す図です。蠕動ポンプを制御するための部品は同様の方法で接続されています。温度計のためのコンポーネントは、明確にするために削除されていることに注意してください。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

1. 5女性の3ピン・ヘッダのピンから1cmに切り落とします。プリント回路基板上の位置にこれらの（PCB）としてマークされた「＃1」、「＃2」、「＃3」、「＃4を、はんだ付けし」と「CB E. "
2. 女性の6ピンと8ピン・ヘッダのピンから1cmに切り落とします。への側でこれらの側に半田付け貫通孔の列は、K14を通してK1標識。
3. 回路基板に加熱パッドを接続します。
   1. PCB上のK1およびK2ラベルされたスルーホールに100kΩ抵抗の両端を挿入します。ソース端子が "＃に最も近いように、MOSFETのラベルは、貫通孔K14を介しK1に面するとともに、PCB上の＃1をマークした位置に、金属酸化膜半導体電界効果トランジスタ（MOSFET）を挿入＃「ラベル」のラベル、およびドレイン端子から遠いです」。
   2. 5 Vの直流（DC）電源ケーブルの接地線をカットし、J2に接続します。 J1への加熱パッドの接地線を接続します。 1kΩの抵抗と3番ピンにK3を接続します。ピン3が+ 5V.zに設定されているとき、電流は今だけJ2にJ1から流れるべき
      注：マイクロコントローラのピン3が+ 5Vに設定されている場合J2にピンJ1からの電流が流れますスイッチとして抵抗/ MOSFETの集合関数
4. 接続します遅い蠕動ポンプ。
   1. PCB上K4とK5ラベルされたスルーホールに100kΩ抵抗の両端を挿入します。位置にMOSFETを挿入し、ソース端子が "＃"ラベルに最も近い、ドレイン端子はから遠いように、MOSFETのラベルが貫通穴K14を通してK1の方を向いていると、PCB上の＃2をマークし「＃」のラベル。
   2. 遅い蠕動ポンプの12 V DC電源ケーブルの接地線をカットします。 J3の端部とJ4に終止符が直面している壁のいぼが直面している蠕動ポンプを接続します。 1kΩの抵抗と4番ピンにK6を接続します。ピン4が+ 5Vに設定されているとき、電流は今だけJ4にJ3から流​​れるべき
5. 高速蠕動ポンプを接続します
   1. PCB上K7とK9ラベルされたスルーホールに100kΩ抵抗の両端を挿入します。位置にMOSFETを挿入K14スルーホールSをK1の方を向いているMOSFETのラベルで、PCB上の＃3をマークしソース端子が "＃"ラベルに最も近い、ドレイン端子が "＃"のラベルから遠いこと、O。
   2. 高速蠕動ポンプの12 V DC電源ケーブルの接地線をカットします。 J5に終了し、J6に終止符が直面している壁のいぼが直面している蠕動ポンプを接続します。 1kΩの抵抗で5番ピンにK9を接続します。ピン5が+ 5Vに設定されているとき、電流は今だけJ6にJ5から流れるべき

3.サーキットボードにLEDマトリクスを接続

図5：接続のLEDマトリクスを制御します。この図は、LEDマトリクスを基板に接続する方法を示しています。また、PCBは、マイクロコントローラ上に積層することができることを示しています。温度計および他のデバイスにDC電力を制御するための構成要素は、明確にするために除去されていることに留意されたいです。エス/ ftp_upload / 54894 / 54894fig5large.jpg "ターゲット=" _空白 ">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

1. それは、マイクロコントローラの上に積み重ねることができるようにPCBの側面に貫通穴に6ピン、10ピン、および2つの8ピンのメスのピンヘッダを半田付けします。
2. 10μFのコンデンサ（短いリード）の負端子は負の符号が付いているスルーホールに接続する必要があることを指摘し、PCB上の彼らのマーク付けされた位置に100 nFのと10μFのコンデンサを半田付けします。
3. 遠くからドライバ上のくぼみで、スルーホールの2 12による設定にLEDドライバをハンダ付けしてスルーホールLEDマトリクスのために予約。
4. スルーホールLEDマトリックスのためにマークにオスのピン・ヘッダの2列をはんだ付けし、そして彼らは、マイクロコントローラを妨げないようなブレッドボードの下にこれらの両端をトリミングします。女性/女性のジャンパ線の2つの8線式ストリップにこれらを接続します。男性の第2のセットを接続しますジャンパ線のもう一方の端にピンヘッダ。
5. ブレッドボードの中央値を超えるLEDマトリクスを挿入し、マトリックスの両側に列にピンヘッダーの第2のセットを挿入します。 LEDマトリクスを直接スルーホールのラベルされた列に対応する行列のラベル面にPCBに接続されたかのように電気的接続が同じであることを確認してください。
6. 女性の3ピン・ヘッダから1ピンをオフにクリップし、それが「R1」と表示された2つの貫通孔に収まるとマイクロコントローラを妨げないように、ワイヤバリカンで残りの2ピンをトリミングします。これを半田付けします。ピンヘッダーで1kΩの抵抗を挿入することにより、2つの半田付け端子を接続しています。
   注：培養容器は、LEDマトリクス上に積層されます。ワイヤーリボンが血管を妨害した場合、マトリックスからそれらを相殺しました。そして、電気的接続がCHしないように、マトリックスピンおよびワイヤリボン・ピンとの間のギャップを埋めるために固体芯線を使用ANGE。

4.ソフトウェアをインストールし、ハードウェアへの接続

1. マイクロコントローラ上のPCBスタック。
2. マイクロコントローラ用の統合開発環境（IDE）およびカスタム・コードをダウンロードするには材料リスト内のリンクに従ってください。
3. ABユニバーサルシリアルバス（USB）ケーブルを介して顕微鏡のコンピュータにマイクロコントローラを接続します。マイクロコントローラにカスタムコードをコンパイルし、アップロードします。
4. マイクロマネージャー^21、22とフィジー^23をダウンロード^してください。マイクロマネージャーは「Fiji.app」ディレクトリにダウンロードしたディレクトリからすべて "の.dll」ファイル、「mmplugins」ディレクトリ、および「mmautofocus"ディレクトリをコピーすることによってFIJIプラグインとしてマイクロマネージャーを構成します。また、「Fiji.app/plugins "ディレクトリに"プラグイン/マイクロマネージャー」ディレクトリをコピーします。
5. 「BioreactorController.jar「ファイルint型をダウンロード「Fiji.app/mmplugins "ディレクトリO。
6. フィジー>プラグイン>マイクロマネージャー>マイクロマネージャーStudioからオープンマイクロマネージャー。顕微鏡を制御するためのソフトウェアを構成するハードウェアの構成ウィザードを使用してください。 AB USBケーブルが接続されているポートのラベルを持つウィザードの「FreeSerialPort "デバイスが含まれます。

5.作成し、培養容器のためにライトプルーフエンクロージャを特徴づけます

1. 培養容器は、マトリックス上に彼らに休むことができるように、LEDマトリクスの各隅にブレッドボード上のビルディングブロックとして3つの8ピンICソケットをスタック。
2. LEDマトリックスから培養容器に当たる光が拡散であるように、ソケットのトップ層の下に拡散紙の部分を固定します。
3. 黒い泡の部分 "6によって「3 8を切り取ります。最初TWの内側から電子ブレッドボード（2.3 "×3.5"）と同じサイズである部分を切り取ります第三の内側からICソケット（0.9 "×1.8"）によって作られた矩形のサイズであるoおよび部分。 0.9 "×1.8"の開口部を含む最終層があっても、ICソケットの上部に位置し、LEDマトリクスを囲むようマトリクスLEDの上にこれらの層を積み重ねます。
4. 6 "による24」四角形を作るために半分に黒い泡の追加のシートをカット。培養容器は、それが熱的および光学的に培養容器を絶縁するような、チューブや電線のための部屋とに収まることができる黒泡の中空カラムにこれをロールバックします。
5. LEDマトリクス上に黒の泡の中空列を中央、およびその下の黒い泡の層の上に列の境界をマーク。それが将来的に中央に配置されるべきであるここの境界がマークします。
6. 黒い泡の3 "×3"の部分を切り取ります。この後には、外光を遮断するために、列の一番上にテープで固定することができる蓋として使用します。
7. 目にフォトダイオードパワーセンサを接続します電子テープ付き容器のキャップを培養し、キャップを取り付け、エンクロージャ内の培養容器を挿入します。
8. マイクロマネージャーでは、プラグイン>バイオリアクターコントローラにアクセスしてください。 30秒間隔で可能な強度の範囲のサブセットで照明するために行列を設定します。
9. パワー・センサに接続された電力メーターコンソールに表示されるように、光の強度を記録します。これらの測定は、それらのLEDに点灯しているLEDの数とパルス幅変調（PWM）電流が設定されるとき、光の実際の強度を知ることができるようになります。

6.培養容器を準備します

図6：船の接続。この図は、装置の容器とチューブは前オートクレーブ処理されているに接続する方法を示しています。「ブランク>この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

1. マーク培養容器内の30 mLで10 mLの範囲内の液体のすべての2mLの増加に対応する高さ。滅菌脱イオン水10mlを入れ、水位をマークし、2 mLを加え、水位をマークし、30 mLのレベルがマークされるまで繰り返します。彼らは容易に除去されないように明確なテープでマーキングをカバーし、そして液体を処分。
2. 培養容器に、シリコーンガスケットを介してアルミポートの長い方の端を置きます。キャップをし。
3. 1/16 "IDのシリコンチューブで1ショートアルミポートコンセントをカバーする。雌型ルアーロックを挿入した後、雄型ルアーロックプラグを接続することにより、遠位端を差し込みます。このコンセントは補足的であり、使用されません（チューブ6 図6に）。
4. オスとメス型ルアーロックと1/16 "IDのシリコンチューブの2短いセグメントを接続します。短いアルミポートコンセントに一端を接続し、DISTAプラグlは雄ルアーと雌ルアーロックプラグで終わります。容器は、このチューブ（ 図6のチューブ7 / 7.1）を介して接種されます。
5. ID蠕動チューブとコネクター」を1月16日の端にIDチューブ "2 1/16を接続します。ショートアルミポートに一端を接続します （ 図6にチューブ4）他のプラグ。以降、このメディアフラスコに接続されます。

7.メディアフラスコを準備

1. 1/16「最長アルミポートに内径（ID）シリコンチューブを。チューブがメディアフラスコに到達するのに十分な長さでなければならない。1/8接続」の接続1/16の短いセグメントにIDオスルアーロックを」 IDチューブ、前のチューブにこれを接続し,,し、その後メディアフラスコ（ 図6のチューブ3）上のゴム栓にこの短いセグメントを挿入します。
2. チューブをクランプします。この接続は、空気が培養容器にメディアフラスコから流れることを可能にします。メディアフラスコを後で空気ANでポンピングされたときDこのチューブがアンクランプされ、文化は、曝気混合し、入ってくる泡によって正圧に保たれます。
3. 「十分な長さのメディアが転送されるを通してストッパー、にフラスコの底に到達するためのIDチューブ。他1/16接続」1/16を挿入するには、このいずれかにIDのチューブを、次に3/16 "IDチューブそれは。3月16日、「ID雌型ルアーロックと雄ルアーロックプラグ（チューブ図6の1 / 1.1）でこれを差し込みます。
4. ストッパーで第3ホールは、これが接続されます。1/16 "IDチューブ、中径の管の二つの他のセグメントに接続されており、先端部（ 図6のチューブ2 / 2.1）でのプラグインの短いセグメントで埋めなくてはなりません真空ポンプへと以降の水槽ポンプへ。
   注：チューブは簡単にゴム栓の穴に収まらない場合は、斜めにチューブの端をカット。そして、貫通孔押される傾斜端部が通って残りを引っ張るために使用することができます。

1. 1/16のセグメントに雄ルアーロックの挿入」IDのシリコンチューブ、その後しっかりと0.022挿入」IDのポリテトラフルオロエチレン（PTFE）チューブを。これとは別に、ロックと（ 図6のチューブ5）ショートアルミポートに他を接続するためにPTFEチューブに沿って1/16 "IDチューブ。そして、スレッド一端に雌型ルアーロックを取り付けます。
2. ID蠕動チューブとコネクター」1/50にIDのシリコンチューブ」さらさ1/50を接続します。このために、それらを交互に、1/50 "IDチューブと0.022の2セグメント」のID PTFEチューブの3つのセグメントに接続します。 1/16 "IDチューブ（ 図6のチューブ5）を介して廃液フラスコに、これを接続します。
3. アルミポートの二番目に長いチューブと廃液フラスコにもう一方の端に1/16 "IDのシリコンチューブの一端を接続します。このアルミニウム管は、培養液量を設定し、余分な文化は廃液容器（チューブ8内にオーバーフロー
4. 30分間121℃、15 psiの（一般的な殺菌）で培養アセンブリをオートクレーブ。
   注：遠位部が汚染されている場合、滅菌を明らかにするために取り外すことができるように、メディアフラスコを真空にそれを通してメディアフラスコに充填され、それを通して管、およびそれを通して培養容器に接種され、チューブの複数のセグメントを有していますセグメント。

9.マイクロ流体チャネルを準備

1. 1の比率：9にポリジメチルシロキサン（PDMS）と硬化剤を混ぜます。ドガとは、シリコンマスターモールド上に注ぎます。
2. 65℃で2時間、PDMSを硬化させ、その後、かみそりの刃でマスクからそれをカット。それは金型から解放されるまでPDMSの周りにカットします。押し下げて脆いウエハを切断しないようにします。
3. チャネルの両端に穴をパンチするために1.2ミリメートルIDの生検穴パンチャーを使用してください。
4. カバーガラス²⁴にプラズマ結合PDMS。
5. テープの長 PDMSチャネルは、アルミフレームを中心とするように支持するアルミニウムフレームにカバーガラスの端部、およびその後65℃で2時間再度PDMSを焼きます。

10.メディアフラスコを埋めます

図7：メディアを追加します。この図は、メディアがメディアフラスコ中に濾過し、真空でなければならない方法を示しています。これは、メディアが無菌のままであることを保証します。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

1. 適切なメディアを作成します。連続培養システムは、ケモスタットとして運転される場合は、特定の栄養のために限られたメディアを使用します。
   注：S.セレビシエでの研究のための標準的な培地組成の例としては、以前に^25を公開されています^、= "外部参照"> ^{26、27、28、29。}
2. 100ミリリットルボトルに真空フィルターを取り付け、ニップルカバーを取り外し、その後、滅菌ピンセットで真空フィルターの乳首から白いプラグを取り外します。
3. 乳首に3/16 "IDのシリコンチューブを接続し、真空ポンプへのメディアフラスコの他のフリーのチューブ（チューブ1と、それぞれ図7の2）、および培養容器へのメディアのフラスコを接続するチューブがクランプされていることを確認シャット（ 図7のチューブ3）。
4. 、メディアでフィルタを記入し、真空ポンプをオンにしてから、メディアの残りの部分をフィルタリングします。真空（図7のチューブ2）に接続された1/16 "IDのシリコンチューブをクランプし、真空ポンプをオフにします。
5. チューブの汚染されていない端部がアクセスできるように真空ポンプに接続された1/16 "IDチューブの中間セグメントからleursを削除してください。番目の挿入このチューブに滅菌シリンジエアフィルターの電子青終わり。
6. 3/16 "IDのシリコンチューブ（ 図7のチューブ1）をクランプし、そこから雄ルアーを切断する。培養容器のメディア導入管の雌ルアーからプラグを抜いてください。なるようにメディアを有効にするには、次のオスとメスのルアーを接続します培養容器にポンプ。
7. 真空フィルターを外し、真空フィルターに付着したメディアの100mLのボトルキャップ。
8. 培養容器を接種する前の日には、前のステップで収集した培地4mlで試験管に光遺伝学、微生物の単一コロニーを接種し、それを30℃または培養の最適温度を成長温度で一晩成長させ攪拌しながら。

11.顕微鏡の周りに装置を組み立てます

1. 培養容器とeffluよりも高いメディアフラスコに顕微鏡の近くに連続培養アセンブリを設定します。0.022 "IDのPTFEチューブ（ 図 6のチューブ5）のセグメントで構成管は顕微鏡のステージに到達することができるように、培養容器よりも低い耳鼻咽喉科フラスコは、。しっかりメディアフラスコと廃液容器にゴム栓を下にテープで固定します。
2. それらを接続IDのシリコンチューブ0.022」1/50からID PTFEチューブ」（ 図 6のチューブ5）の両端を抜いて、マイクロ流体デバイスの入口と出口にこれらの端を差し込みます。
3. 水槽のポンプにシリンジエアフィルターの白い端を接続します。空気圧は、培養容器にメディアをプッシュします。
4. メディアは廃液ポートのレベルに達すると、高速の周り1/16 "IDのメディアの入口チューブとコネクタ（ 図 6のチューブ4）遅い蠕動ポンプの周りと1/50" IDの試料出口チューブとコネクタを包みます蠕動ポンプ（ 図 6のチューブ5）。
5. 空気TUをアンクランプすることにより、メディアを曝気メディアフラスコと培養容器の間です。
6. その温度を制御することができるように、培養容器の加熱パッド及び温度計をテープ。入力メディアは、容器と同じ温度になりますので、培養容器の周囲のメディアチューブをコイル。
   注：加熱パッドにPWM電流がその目標温度での培養容器を保持するために温度計からの入力を使用してマイクロコントローラによって調節されます。
7. LEDマトリクスに黒の泡のエンクロージャに培養容器を挿入し、チューブが挟まれていないことを確認してください。
8. マイクロマネージャーでは、プラグイン>バイオリアクターコントローラにアクセスしてください。流量が非常に低いが、蒸発速度よりも大きくなる0に0.1へのフィールド」に関するメディアポンプ比」およびフィールド」にサンプルポンプ比」に設定します。
9. メディアフラスコと培養容器との間に入ってくる空気チューブをクランプします。 図中の接種チューブ（管7からプラグを外します
10. 光が入らないように囲いを覆い、そして文化が一晩増殖してみましょう。

12.キャリブレーションポンピング料金

1. マイクロマネージャーでは、プラグイン>バイオリアクターコントローラにアクセスしてください。 0.5フィールド」でのメディアポンプ比」と0のフィールド」にサンプルポンプ比」に設定します。
2. 廃液フラスコ（ 図 6のチューブ8）からの流出物をフラスコ（ 図 6のチューブ8）とサンプリングチューブからオーバーフローチューブを外し、別々の容器に廃液を収集します。ポンプを15分間にされた後に開始、1時間廃液を収集します。
3. 容器などに回収ボリュームから培養容器に媒体の流量を計算します。
   
4. この線形推定によってフィールド」でのメディアポンプ比」の値を調整します。
   
   どこ
   
5. 所望の流量との差になるまで、この較正手順を反復し、測定された流量は、流量を1時間にわたって平均化される<0.2ミリリットル/ hです。
6. フィールド」にサンプル比」の値を増やして、培養容器を残して、ボリュームの約4/5 ^番目はサンプリングポンプによって圧送されるまで、同様の方法でそれを校正し、ボリュームの約^1/5を介して、残していますオーバーフロー口。
7. 連続培養装置で培養密度が一晩これらの条件下で平衡化してみましょう。
   注：目標流量に到達できない場合は、変更蠕動ポンプチューブ。液体は、より大きな直径のチューブが使用され、より高い速度でポンプ輸送されます。ステップ14に従って、その後、8.4のステップに戻ります。

13.培養微生物の顕微鏡画像を収集

1. マイクロ流体チャネル内に圧送細胞の画像が焦点面になりますれる非重複位置の組でマイクロマネージャーのステージポジションリストを記入してください。
2. 「バイオリアクターコントローラ」プラグインを開きます。プロンプトから目的のLEDマトリクスの時間経過、画像化チャネル、および他の実験設定を選択します。画像を収集し、分析します。
3. 実験の実行中、メディアフラスコ内のメディアは明確なままであることを確認してください。それは濁っている場合は、汚染されています。

14.ポストの実験

1. メディア、過剰な細胞培養および廃液を処分。
2. 脱イオン水と混合した20％エタノール200mlでメディアフラスコを補充します。それは以前に持っていたとしてケモスタットを実行します。細胞の破片やメディアを洗い流すために、実験中に実行されて。
3. アルコール溶液は、メディアフラスコから排出した場合、完全にケモスタットを分解。
4. 温水と中性洗剤でガラス製品やチューブを洗浄し、脱イオン水で十分に洗い流してください。乾燥するままにしておきます。
5. 実験の過程で温度とLEDマトリクスのステータスを確認するための「microcontrollerRecords.csv」ファイルを開き、画像の各セットと「結果は.csvファイル」からの要約データをレビューする「Summary.csv」ファイルnはデータセットn ^番目である各時間帯から、各ROIをまとめたデータを確認するファイル。

Results

この装置は、CRY2 / CIB1タンパク質対³⁰に基づいて、誘導光遺伝学転写系を介して青色光に応答して、黄色蛍光タンパク質（YFP）を発現するS.セレビシエの培養物を刺激するために使用しました。細胞は0.2±0.008の平均希釈率でリン酸限定培地でchemostatically成長させました。リン酸塩の制限は、一般に、成長速度を制御するためにS.セレビシエケモスタット実験で使用され、リン酸制限の効果は十分に特徴付けられています。 ^{31、32は 、}連続的に希釈された培養容器³³の流出物は、倒立顕微鏡でマイクロ流体デバイスにサンプリングしました。 図8に示すように、画像が自動的に分析されました。個々の細胞は、バックグラウンドを差し引いた位相コントラスト画像とそのYFPのco...

Discussion

私たちは心の中で柔軟にこの装置を設計しました。使用されるすべてのコードはフリーでオープンソースです。セグメント細胞へのデフォルトの画像解析処理が簡単で、すぐに実行されます。カスタム解析は、フィジーグラフィック・ユーザ・インタフェースを代表画像を解析BeanShellのスクリプトに入力を変換し、その後、スクリプトを呼び出すためのプラグインを設定する際に、ユーザ入力を記録することによって実現することができます。それが呼び出されると、このスクリプトは、バックグラウンドを差し引いた画像の最新のセットにファイルパスを含む「画像」と呼ばれる文字列配列を送信されます。実験が突然終了した場合、それらが失われないように、それらが収集される画像やデータが保存されます。青色LEDアレイは、我々の光遺伝学系を誘導するために選択されたが、それは、異なる色のLEDに置き換えることができます。それは簡単にPCB上の追加のMOSFETスイッチとリレースイッチ用のマイクロコントローラ上だけでなく、スルーホール利用可能な追加の入力ピンと出力ピンがあります。このシステムのために、より複雑な目的のために適合されます。例えば、LEDに電力を供給し、培養容器に縛り付け光センサーか...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
広範なラボマニュアル	GitHub	NA	更新される広範なラボマニュアルは、「光遺伝学的ケモスタットファイル」GitHub リポジトリ (https://github.com/McCleanResearch/Optogenetic-Chemostat-Files)。これには、代表的な結果を生成するために使用されるマイクロ流体モールドの説明も含まれます。
Fritzing Design Viewer	Fritzing	NA	fzzタイプの回路基板デザインを表示および編集するための無料のオープンソースソフトウェアは、「http://fritzing.org/download/」
Arduino Uno R3 (Atmega328 - 組み立て済み)	Adafruit	50	必要です。
Arduino Stackable Header Kit	SparkFun Electronics	10007	PCBをマイクロコントローラに接続するためのメスピンヘッダ。 1個必要です。
調整可能な30W 110Vはんだごて - XY-258 110V	Adafruit	180	PCBへの電気接続用。 1個必要です。
はんだごてスタンド	Adafruit	150	基板への電気接続用。 1個必要です。
ミニはんだスプール - 60/40 鉛ロジンコアはんだ 0.031インチ直径 - 100g	Adafruit	145	PCBへの電気接続を行います。
0.1 μFコンデンサ	SparkFun Electronics	COM-08375	PCBの電圧を安定させます。
10 μFコンデンサ	スパークファンエレクトロニクス	COM-00523	基板内の電圧を安定させます。
MAX7219CNG LEDマトリックス/桁ディスプレイドライバ - MAX7219	Maxim	MAX7219CNG	LEDドライバ 1個必要
8ピンICソケット	Mouser Electronics	575-144308	16が必要です。これらは、LEDマトリックスの上の培養容器を支えるために、互いに積み重
24ピンICソケット	Mouser Electronics	535-24-3518-10	オプション。これを使用して、MAXIM 7219CNGドライバをPCBに可逆的に取り付けます。
デジタルマルチメータ	Adafruit	2034	電子機器のトラブルシューティング用。 1 必須。
ブレークアウェイヘッダー - 40ピンオス(ロングセンタリング、PTH、0.1インチ)	SparkFun Electronics	PRT-12693	LEDマトリックスをプリント回路基板に接続するためのオスピンヘッダーです。端部はワイヤーカッターでトリミングできます。1セット必要です。
フラッシュダイアゴナルワイヤーカッター	Adafruit	152	長いピンヘッダーのトリミングと電源ケーブルの切断用。1個必要です。
プレミアムメス/メスジャンパーワイヤー - 40 x 12インチ(300mm)	ブレッド	793	ワイヤーリボン。オスピンヘッダーで端から端まで接続して長くすることができます。1 必須です。
ハーフサイズのブレッドボード	Adafruit	64	LEDマトリックスがこれに接続し、培養容器がその上に置かれます。
ミニチュア8x8青色LEDマトリックス	Adafruit956		光源。主波長は470nm(青)です。1 必須です。同じベンダーの代替ミニチュアLEDマトリックスは、624 nm(赤)、588 nm(黄)、525 nm(緑)、572 nm(黄緑)、および白の主波長で利用できます。
積み重ね可能なヘッダー-3ピン	SparkFun Electronics	13875	8が必要です。
抵抗器キット - 1/4W (合計 500)	SparkFun Electronics	10969	電子機器用。1 個必要です。
IRL520N MOSFET	International Rectifier	IRL520N	DC電流を制御するための電圧調整スイッチ。 4個必要。
フックアップ ワイヤ - アソートメント (ソリッド コア、22 AWG)	SparkFun Electronics	PRT 11367	電子機器用ワイヤ。1 個必要です。
5V 2A (2000mA) スイッチング電源 - UL規格	Adafruit	276	加熱パッドとArduino用の電源。
12 VDC 1000mA 安定化スイッチング電源アダプタ - UL 認定	Adafruit	798	蠕動ポンプ用。2 個必要。
電気加熱パッド - 10cm x 5cm	Adafruit	1481	バイオリアクターの加熱用。 1個必要です。
低流量可変流量蠕動ポンプ	フィッシャー・サイエンティフィック	13-876-1	揚水媒体用。 1個必要
中流量可変流量蠕動ポンプ	フィッシャー・サイエンティフィック	13-876-2	培養用ポンピング用。 1個必要。
9 VDC 1000mA安定化スイッチング電源アダプタ - UL認定	のAdafruit	63	電源用。注文1.
高温防水DS18B20 デジタル温度センサー + バイオ	Adafruit	642	温度計を追加 1個必要です。
Micromanager	Micromanager	NA	https://micro-manager.org/wiki/Download_Micro-Manager_Latest_Release」で入手可能な無料のオープンソース顕微鏡制御ソフトウェア
FIJI	ImageJ	NA	「http://fiji.sc/」で入手可能な無料のオープンソース画像解析ソフトウェア
Arduino 統合開発環境	Arduino	NA	無料のオープンソースIDEは「https://www.arduino.cc/en/Main/Software」で入手できますカスタム
コード		GitHubNA	カスタムマイクロコントローラーコードと「BioreactorController」プラグインは「光遺伝学的ケモスタットファイル」GitHub リポジトリ (https://github.com/McCleanResearch/Optogenetic-Chemostat-Files)。
USB ケーブル A to B - 6 フィート	SparkFun Electronics	CAB-00512	マイコンへのデータのダウンロードに使用。 1 個必要です。
bioreactorTimecourse_example.csv	GitHub	NA	CSVファイルからLEDマトリクスの値を読み込むメリットは、画像解析結果に基づいてプラグインからプログラムを呼び出して値を更新し、その値をマイコンに再読み込みすることでフィードバック制御が可能になることです。「光遺伝学的ケモスタットファイル」GitHub リポジトリ (https://github.com/McCleanResearch/Optogenetic-Chemostat-Files)。
Tota-frost gels(拡散紙)	B&Hバンド	&H # LOFSFTL MFR # T1-72	LEDマトリクス用。1が必要。
キッティングシート Crosslink 1/4x12x24in	Grainger, inc	20JL37	培養容器の囲い用のブラックフォーム。 4個必要です。
標準フォトダイオードパワーセンサ、Si、200 - 1100 nm、50 mW	Thorlabs	S120VC	光強度の測定用。 1個必要です。
ラベリングテープ	Fisher Scientific	159015N	緩い部品のラベリングと固定用。1個必要です。
コンパクトパワー&エネルギーメーターコンソール、デジタル4インチLCD	Thorlabs	PM100D	光強度の測定用。 1個必要です。
100mL GL45ハイブリダイゼーションガラス瓶	ベルコガラス株式会社	(7910-40150)	バイオリアクター容器 1隻必要です。
6ポート組立	ベルコグラス社	カスタム	バイオリアクター容器用。チューブ仕様:.125インチOD x .055インチID.ポートA:キャップスラッグの上とチューブの底までの長さ1.0インチ。ポートB、C、E、F:キャップスラッグより上1.0インチ、下33mmの長さ。ポートD:キャップスラッグから1.0インチの長さ、65 mm 下に長い。1 必須です。直径45mmのポリプロピレン製オープントップスクリューキャップと、キャップと容器の間の密閉性を確保するための白色シリコンガスケットが付属します。
スコッチマジックテープ3105、3/4 x 300インチ、	3つのAmazon	B0009F3P3U	クリアスコッチテープのパック。これは、他の多くのベンダーから入手できます。これは、培養容器のマーキングを覆うため、およびPDMSチャネルを備えたカバーガラスをアルミニウム支持フレームに固定するために使用されます。
1/16 "ID x 3/16 "OD x 1/16 "壁タイゴンサニタリーシリコーンチューブ	米国プラスチック株式会社	57288	チューブ ~25' 必要。
Cole-Parmer Twistit ホワイトラバーストッパー、サイズ 10	Cole-Parmer	EW-62992-32	メディアフラスコストッパーと排水フラスコストッパー 2 個必要です。
2L 実験用フラスコ	Pyrex	4980	メディアフラスコと廃液フラスコ 2個必要です。
デイピンチコック	フィッシャーサイエンティフィック	5867	ピンチチューブ用
交換用チューブアセンブリ 1/16インチ ID	トレーサブル 製品	3372	チューブのセットが付属していますが、数週間使用すると摩耗します。
交換用チューブアセンブリ 1/50インチ ID	トレーサブル 製品	3371	ペリスタルティックポンプにはチューブのセットが付属していますが、数週間使用すると摩耗します。
ロックリング付きオスルアー x 1/16" ホースバーブ、ナイロン、25/個入り	コールパーマー	EW-45505-00	コネクター。~10ルアーが必要です。
ロックリング付きオスルアー x 1/8インチホースバーブ、ナイロン、25個入り	コールパーマー	EW-45505-04	コネクター。5個必要、チューブで埋めるためのゴム栓穴ごとに1つずつ。
メス ルアー x 1/16" ホース バーブ アダプター、ナイロン、25 個	Cole-Parmer	EW-45502-00	コネクタ。必要なルアーは ~10 個です。
メスルアー×3/16インチホースバーブアダプター	コールパー	マーEW-45502-08	コネクター ~10ルアーが必要。
コールパーマールアーアクセサリー、メスルアーキャップ、ナイロン、25個入り	コールパーマー	SC-45502-28
コールパーマールアーアクセサリー、オス型ルアーロックプラグ、ナイロン、25個入り	コールパーマー	EW-45505-56
マイクロボアPTFEチューブ、0.022インチID x 0.042インチ外径、100フィート/ロール	コールパー	マーEW-06417-21	チューブ。
Masterflex プラチナ硬化シリコンチューブ、L/S 13、25 フィート	Cole-Parmer	EW-96410-13	チューブ、~25' が必要です。
3/16 "ID x 1/4 "OD x 1/32 "壁タイゴンサニタリーシリコーンチューブ	米国プラスチック株式会社	57293	チューブ ~1' 必要。
真空フィルター	フィッシャー・サイエンティフィック	イ974107	無菌濾材用のNalgene真空フィルター。
Aquel Oxy-Boost 200	Rena Aquatic Supply	AP200	デュアルダイアフラム流量調整式エアポンプ 曝気および混合用。 1個必要です。
0.2 μmポアシリンジフィルター	コーニングインターナショナル	431229	これにより、水槽ポンプからの空気が装置を汚染しないようにします。
Slygard 184 シリコーンエラストマーキット	ダウコーニング	Slygard 184	マイクロ流体デバイス用。 1個必要です。
アメリカの安全かみそり GEM サイエンティフィック シングルエッジカミソリの刃	フィッシャーサイエンティフィ	17989000	チューブとPDMSの切断用。
Harris Uni-Core hole puncher 1.2mm ID	Sigma-Aldrich	WHAWB100028 ALDRICH	マイクロ流体デバイスのパンチング入口/出口用 1個必要です。
顕微鏡カバーガラス 22x60-1.5	Fisher Scientific	12-544-G	マイクロ流体デバイス用。 1個必要です。
正方形の窓を持つ長方形のアルミニウムフレーム	カスタム	カスタム	マイクロ流体チャネルをサポートします。外形寸法:3インチx 1.25インチ 内側の寸法(切り抜き部分):7/8インチx 7/8インチ 厚さ:~1/32インチ