プロテインキナーゼは高度に進化したシグナリング酵素であり、細胞間および細胞内シグナル伝達にとって重要な足場である。本発明者らは、細胞シグナル伝達調節の解明を助ける信頼できる方法である放射性標識アデノシン三リン酸([γ- 32 P] ATP)の使用によるキナーゼ活性を測定するためのプロトコールを提示する。
プロテインキナーゼは高度に進化したシグナリング酵素であり、細胞間および細胞内シグナル伝達にとって重要な足場である。本発明者らは、細胞シグナル伝達調節の解明を助ける信頼できる方法である放射性標識アデノシン三リン酸([γ- 32 P] ATP)の使用によるキナーゼ活性を測定するためのプロトコールを提示する。
プロテインキナーゼは、複雑な刺激配列に応答して大規模な細胞の変化を制御することができ、その調節のアロステリックな詳細を明らかにするために多くの努力が向けられている。キナーゼは、欠陥がしばしば複数の形態の癌および関連疾患の特徴であり、上流の調節因子の操作および改善された治療法の探索において重要な反応要求の検証に適したアッセイプラットフォームを形成するシグナルネットワークを含む。ここでは、生化学的および薬理学的作用物質の試験、突然変異および欠失などの遺伝子操作、ならびに細胞培養条件およびプローブに対する処理を含むが、これに限定されない特定の実験的問題に適合するように容易に適合させることができる基本キナーゼアッセイを記載する細胞シグナル伝達機構。このアッセイは、定量的な比較および結果の明確な視覚化を可能にする放射性標識[γ- 32 P] ATPを利用し、そしてmod広範囲の反応条件にわたって、免疫沈降または組換えキナーゼ、特異的または典型的な基質と共に使用することができます。
プロテインキナーゼは、細胞シグナルの適切な応答への伝達に不可欠な洗練された酵素である1 。ホメオスタシスの維持と病態2の予防または促進における役割を考えると、キナーゼ活性を評価するための生化学的方法は、真核生物のシグナル伝達の詳細を描写するための強力なツールであり続けている3 。リン酸化特異的抗体を用いる戦略は、細胞シグナル伝達状態4に対する異なる治療条件の影響を測定する点で非常に有益であるが、キナーゼアッセイは、異なるキナーゼのキナーゼの酵素活性に関して異なる治療条件の影響を直接測定することを可能にする。関心放射性物質5を使用しない類似のアッセイにはいくつかの選択肢がありますが、我々は結果の堅牢な定量化のためにこの方法に引き続き依存しています。そこ免疫沈降(IP)キナーゼアッセイ( 図1 )および組換えタンパク質キナーゼアッセイ( 図2 )の2つの典型的な用途である。
IPキナーゼアッセイは、特定のプロテインキナーゼを活性化することができる因子ならびにゲノム阻害性の治療条件を同定するために非常に有用である。簡潔には、目的のエピトープタグ化キナーゼを培養真核細胞にトランスフェクションし、種々の処理を施し、免疫沈降させ、放射性標識ホスフェートをモデル基質( 例えば、ミエリン塩基性タンパク質(MBP))に取り込む能力についてアッセイする。 IPキナーゼアッセイはまた、内因性タンパク質の免疫沈降または任意の数のゲノム編集技術のいずれかによって、過剰発現に頼らずに行うことができる。治療は培養で行われるので、この方法は複数の上流因子を介して伝達される刺激を検出することができるまたはインビトロでの読取りによる並行経路である 。この方法の1つの大きな利点は、直接的な上流または下流の因子またはその中のリン酸化部位の事前知識を必要としないことである。さらに、興味のあるキナーゼの特異的基質が同定されると、同じキナーゼアッセイプロトコールを組換え成分とともに使用して、天然基質に対する比活性を測定し、質量分析と組み合わせた場合の特異的リン酸化部位を同定することができる。このようにして同定された部位は、基質変異体を利用するキナーゼアッセイによってさらに検証することができる。最後に、この方法は、自己リン酸化を検出および測定するためにも使用することができる。
本明細書で提供されるプロトコルは、最適化されたタンパク質精製スキームまたは培養細胞における目的の親和性タグキナーゼを発現するためのトランスフェクション方法のいずれかを前提とする。トランスフェクション、溶解、免疫沈降、およびタンパク質精製のより詳細な解説については、Cold Spring Harbor Protocols 6を参照することをお勧めします。アッセイの開発および改変に関する詳細については、「タンパク質リン酸化:選択された方法in Enzymology」を参照してください。
キナーゼ精製リソースおよび一般的な免疫沈降パイプライン
注:このアッセイで使用するためのキナーゼは、培養細胞の免疫沈降物から、またはアフィニティータグ精製などの組換え手段によって供給され得る6 。以下は、関心対象のキナーゼに依存して修飾しなければならないかもしれないフラッグタグ免疫沈降のための一般的プロトコールである。可能な限りすべてを氷上に置いておくべきです。
キナーゼ反応の初期化
注:IPキナーゼアッセイの場合、約15μLの懸濁していないビーズが典型的な開始サンプルです。組換えタンパク質キナーゼアッセイの場合、典型的な出発量は、25〜50μLの最終反応容積に対して0.1〜1.0μg/ l〜1/10の範囲である。組換えタンパク質サンプルの容量を調整するアッセイを初期化する前にそれらが保存されているバッファーと等しくなるようにします。大量のキナーゼを使用する場合は、アッセイ期間中のタンパク質安定性の維持を助けるために、BSAなどのキャリアタンパク質を含める。
反応停止およびSDS-PAGE
4.ゲル染色および乾燥
注意:すべてのステップで、放射性遮蔽を使用し、個人用保護具を着用して、 32 Pまでの人体への暴露を減らしてください。具体的な手順の詳細については、参考文献をいくつか記載しています。
5.オートラジオグラムおよびシンチレーションカウント
6.結果の分析
注:オートラジオグラムは結果の定性的な視覚化を提供します。正確な定量のために、シンチレーションカウンターを用いて32 P取り込みを測定することができる。データは、通常、 図1Bに示すように、相対的な活動の観点から表現されます。全てのサンプルについて均一な条件が維持されている限り、比活性の相対的な測定は、処置を比較するのに十分である。
WNK1 IPキナーゼアッセイ
Myc標識WNK1をHEK293細胞にトランスフェクトし、抗Myc抗体11で免疫沈降した。免疫沈降物は、モデル基質MBPに向かって、そしてそれ自体に向かってキナーゼ活性を示した( 図1A )。 WNK1突然変異体を、同様の方法でMBPに対するキナーゼ活性について試験したが、今回はGSTタグ付き構築物を用いた( 図1B )。野生型と比較した突然変異体キナーゼの挙動の分析は、最適なWNK1活性にとって重要な残基を明らかにした。
HEK293細胞を、薬理学的および生化学的処理のパネルに曝露した。 WNK1 N末端ペプチドに対して生じた抗体を用いて、免疫沈降した内在性WNK1キナーゼ活性を、基質としてMBPを用いてアッセイした。既知のactivatである上皮成長因子(EGF)微小管動態を標的とする薬物、アニソマイシン、真核生物翻訳の阻害剤、および強力なマイトジェンであるリゾホスファチジン酸(lysophosphatidic acid、LPA)はすべて、リン酸化されたMBPの堅牢な増加を引き出すことができなかった。対照的に、NaClはWNK1キナーゼ活性の調節因子であることが実証された。
ERK2組換えタンパク質キナーゼアッセイ
N末端6Hisタグを有するラットERK2を細菌細胞で発現させ、ニッケル樹脂12でアフィニティー精製した。タンパク質を、MonoQカラムでのイオン交換クロマトグラフィーによりさらに精製し、いくつかの溶出画分をキナーゼ活性について試験した( 図2A )。 ERK2は、最大のキナーゼ活性に達するためにMEKによる二重リン酸化を必要とするため、MEKの非存在下で細菌から精製されたERK2は、ほとんど不活性である。したがって、recomの分数をテストするためにMEK1R4Fと呼ばれるMEK1の構成的に活性な形態が、キナーゼ反応に含まれていた。特に、MEKR4FはMBPに対して高いキナーゼ活性を有さない( 図2 )。
図2Aに示すものと同様のアッセイを用いて、MBPキナーゼ活性を用いて、野生型タンパク質( 図2B )と比較して細菌培養物から精製された組換えERK2変異体の活性を測定した。 ERK2は、MEKR4Fによって刺激されたときにMBPをリン酸化することができるが、触媒リジン(K52R)または二重リン酸化の正準部位(T188DおよびT188E)の近位のトレオニンのいずれかの突然変異はERK2キナーゼ活性を劇的に消失させる。 ERK2-T188DおよびERK2-T188Eは、小さい柔軟なペプチド( 図2C )に対する限界キナーゼ活性を示すが、既知のERK2基質Nup153およびPDX1を強くリン酸化することはできない( 図2 D)。

図1:WNK1の免疫沈降キナーゼアッセイ。 ( A )HEK293細胞を、挿入物またはpCMV5-Myc-WNK1を含まないpCMV5-Mycのいずれかでトランスフェクトし、タグ化タンパク質を抗Myc抗体で免疫沈降させ、続いて基質としてMBPを用いるキナーゼアッセイを行った。オートラジオグラフィーが左側に、免疫沈降物のイムノブロットが右側に示されている。 ( B )種々のGST-WNK1変異体タンパク質を、基質としてのMBPを用いたキナーゼアッセイにおいて使用した; MBPリン酸化は、野生型WNK1に対する活性として表される。 ( C )内因性WNK1を、種々の刺激で処理したHEK293細胞から免疫沈降させ、自己リン酸化をアッセイした。この図は、Xu et al。 、2000 11 。5504fig1large.jpg "target =" _ blank ">この図の拡大版を見るには、ここをクリックしてください。

図2:ERK2の組換えタンパク質キナーゼアッセイ。 ( A )MonoQアニオン交換カラムから精製したERK2画分を、ERK2キナーゼ活性の構成的に活性な刺激物質であるMEK1R4Fの存在下または非存在下で、MBPを用いたキナーゼアッセイに用いた。 ( B )ERK2変異体をMBPに対するキナーゼ活性について試験した。 ( C )活性化ループ変異体ERK2-T188DおよびERK2-T188Eは、小さな典型的なペプチド基質に対する限界キナーゼ活性を示す。 ( D )既知のERK2基質ヌクレオポリン-153(Nup153)および膵臓および十二指腸ホメオボックス1(PDX1)を有するMEK1R4Fによる活性化後のERK2またはT188Dキナーゼ活性の比較。リン酸化された基質は、ウェッジおよびリン酸化基ERK2およびT188にアスタリスクを付した。 McReynoldsらの許可を得て転載(および変更) 。 、2016 12 (Copyright 2016 American Chemical Society)。 この図の拡大版を見るには、ここをクリックしてください。
キナーゼは、数多くの状況において広範な機能を発達させたタンパク質の多様なファミリーであり、キナーゼアッセイは、いくつかのシグナル伝達タンパク質の研究に非常に有用であり、細胞通信の現在の理解に大きく貢献しています。特に、同じ基本アッセイを、構造および活性の大きな違いにもかかわらず、2つの異種キナーゼの特徴付けに使用した。 WNK1キナーゼは、臨界リジンが独特の位置にシフトした非定型触媒ポケットを含み、キナーゼおよび足場機能の両方を介してカチオン - クロリド共輸送体の調節において役割を果たすことが知られている。 WNK1のキナーゼ活性は、その最も特徴付けられた基質であるプロテインキナーゼ酸化ストレス応答1(OSR1)およびSPS / STE20関連プロリンアラニンリッチキナーゼ(SPAK)でさえ、低い代謝回転数を有することが知られている。対照的に、密接に関連するキナーゼERK1と共にERK2は、活性化された場合に堅牢なキナーゼ活性を示す13,14中の100個の基質上でリン酸化することが知られている。
アッセイの最も重要な側面は反応アセンブリです。正確な時点測定を行うためには、キナーゼ反応を初期化するために特別な注意が払われなければならない。キナーゼアッセイには、キナーゼ、基質、ATP、および金属イオンの4つの基本的な要件があります。主に真核生物キナーゼに使用されるこのプロトコールについては、MgCl 2がマグネシウム源として使用される。組換えプロテインキナーゼおよびIPキナーゼ調製物の両方は、典型的にはマグネシウムを含み、反応開始剤としてMgCl 2を不十分にする。同様に、標識された(「ホット」)ATPの添加前に未標識(「冷たい」)ATPを添加すると、不適切に反応が早期に開始する可能性がある。 MgClの同時添加を容易にする濃縮キナーゼ反応緩衝液を用いて反応を調製することを推奨する
IPキナーゼアッセイと組換えタンパク質キナーゼアッセイとの間にはいくつかの違いがあるが、t彼は両方に共通の実験的パラダイムが、このアッセイがどれほど汎用性があるかを示している。実際に、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ/細胞外シグナル調節キナーゼ(MAPK / ERK)シグナル伝達経路に関する研究のように、両方のキナーゼアッセイタイプの特徴が混合され得る場合がある。この経路において、ERK1 / 2は、上流因子MAPK / ERKキナーゼ1(MEK1)による二重リン酸化によって活性化される。これまでの研究では、MEK1およびMEK1R4Fと呼ばれる構成的に活性な変異体はERK1 / 2を活性化することができるが、MBPに対して非常に低い活性を有することが示されている。結果として、細菌細胞から精製されたERK1 / 2は、MEK1R4Fで処理しない限り、MBPに対するキナーゼ活性が制限され、野生型ERK1 / 2のキナーゼ活性を突然変異体と比較するための強力なプラットフォームを創出する。免疫沈降した成分を含めることにより、より多量のニュアンスを加えることができ、キナーゼアッセイは多面的なnこれらの重要なシグナル伝達分子の産生。
放射性物質の取り扱いが煩雑であることが判明する人もいますが、放射性標識キナーゼアッセイの定量的な取り扱いやすさは、その主要な利点の1つです。しかし、天然物化学、ゲノミクス、および質量分析の分野における最近の進歩により、高スループットのアプリケーションに適した読み出しが可能です15 。これらのアッセイは異なる標識物質を利用するため、精度の点で妥協がなされますが、放射能標識アッセイを使用してスクリーニング結果を検証することによりこれらの克服が可能です。プロテインキナーゼシグナル伝達の理解が増すにつれて、キナーゼ調節機能の詳細を明らかにすることができる技術が、ツールおよび治療法の開発を支援し続けることは明らかである。
著者は何も開示することはない。
著者は貴重な作業と討論のためにCobb研究所のすべての現メンバーと元メンバー、そして管理援助のためのDionne Wareに感謝します。これらの研究は、国立保健研究所R37 DK34128およびウェルチ財団グラントI1243によってMHCに支持された
| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| プロテインAセファロース CL-4B | GE Healthcare Life Sciences | 17-0963-03 | |
| 放射性標識 [γ-32P] ATP | Perkin Elmer | NEG035C010MC | |
| Laemmli Buffer | Bio-Rad | #1610737 | |
| 放射性遮蔽 | 研究製品 International | BR-006 | |
| R-250 dye (Coomassie) | サーモフィッシャー | 20278 | |
| Whatman グレード 3 定性的濾紙 | Whatman | 1003-917 | |
| スラブゲル真空乾燥機 | Bio-Rad | Model 583 ゲル乾燥機 #1651745 | |
| Autoradマーカー | Agilent Technologies | 420201 | |
| 蓄光定規 | Sigma Aldrich | R8133 | |
| 燐光ドット | Sigma Aldrich | L5149 | |
| ガイガーカウンター | Ludlum | Model 3 with 44-9 detector | |
| BioMax Cassette 8 x 10" | Carestream Health | 107 2263 | |
| BioMaxMSフィルム 8インチ x 10インチ | ケアストリームヘルス | 829 4985 | |
| バイオマックス MSインテンシファイイングスクリーン 8インチ x 10インチ | ケアストリームヘルス | 851 8706 | |
| 医療/X線フィルムプロセッサ | コニカミノルタ | SRX-101A | |
| シンチレーションバイアル | 研究製品 国際 | 125500 | |
| シンチレーション液 | MP バイオメディカル 188245305 | ||
| ベックマンLS6500シンチレーションカウンター | ベックマン | LS6500 |