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方法論記事

2つの相補的細胞同期プロトコルによる細胞周期制御遺伝子発現の研究

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DOI:

10.3791/55745

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2017年6月6日

 ,  , 

* These authors contributed equally

この記事について

サマリー

我々は、細胞周期の特定の段階に関連する事象を研究するための状況を提供する2つの細胞同期プロトコールを報告する。我々は、このアプローチが、摂動のない細胞周期または細胞周期に影響を及ぼす薬剤への暴露で特定の遺伝子の調節を分析するのに有用であることを示す。

要約

細胞周期の遺伝子発現プログラムは、細胞周期依存性プロセスおよび癌などの疾患におけるそれらの役割を理解するための重要なステップである。細胞周期調節遺伝子発現分析は、特定の段階への細胞の同期化に依存する。ここでは、細胞周期中の遺伝子発現の周期的変動を研究するために一般的に使用される2つの相補的な同期プロトコールを利用する方法を説明する。両方の手順は、定義された1つの点で細胞周期を一時的にブロックすることに基づいています。ヒドロキシ尿素(HU)処理による同期プロトコールは、G1 /初期S期後期に細胞停止をもたらし、HU媒介停止からの放出は、SおよびG2 / Mを介して一様に進行する細胞集団を提供する。チミジンおよびノコダゾール(Thy-Noc)処理による同期プロトコルは、初期有糸分裂において細胞をブロックし、Thy-Noc媒介停止からの放出は、G1期およびS期に適した同調細胞集団を提供する研究を試してみてください。両方の手順を適用するには、典型的には細胞のヨウ化プロピジウム(PI)染色およびフローサイトメトリーによるDNA含量分析の後に行われる細胞周期分布プロファイルのモニタリングが必要である。我々は、2つの同期プロトコルの併用は、細胞周期( すなわち、 E2F1およびE2F7)において差次的に調節される遺伝子の転写プロファイルを明確に決定し、その結果、細胞周期におけるそれらの役割のより良い理解を有するプロセス。さらに、このアプローチは、遺伝毒性物質に応答する遺伝子を、細胞周期摂動のみによって影響を受ける遺伝子と区別することを可能にするため、薬物療法( すなわち、抗癌剤)の基礎を成すメカニズムの研究に有用であることを示す。エージェントによって課される。

概要

細胞周期の全ての段階を経る移行は、厳密に調節された遺伝子発現プログラムに結合される。この細胞周期を通しての遺伝子転写の「オン・オフ」調整は複雑な転写調節系の制御下にあると考えられ、タイミングだけでなく遺伝子発現のレベルも調節する。重要な細胞周期成分の調節解除は、いくつかの疾患の発症に寄与していることが知られており、腫瘍形成の確立された特徴である1,2 。酵母および哺乳動物細胞で実施されたゲノムワイド転写物解析は、細胞周期中の周期的な遺伝子発現パターンを示し、細胞周期中の転写変動が所定の遺伝子産物の時間的要求を反映していることを示唆している正確なフェーズ3,4 、 5 。

細胞周期制御遺伝子発現の研究​​における主要な課題は、細胞の特定の細胞周期段階への同期化である。細胞の同期化は、特定の細胞周期相転移に対する遺伝子発現パターンの関連を解釈するのに役立ち、多数の遺伝子の調節および機能のより良い理解をもたらしている。化学療法剤は遺伝子発現だけでなく細胞周期動態にも影響することが知られているので、細胞の同期は抗癌剤の作用メカニズムを研究する上で重要である6,7 。それにもかかわらず、これらの薬剤による治療から生じる遺伝子発現の差異が治療に対する直接的な応答で....

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プロトコル

細胞周期の進行の細胞同期化、放出およびモニタリング

  1. 有糸分裂からのU2OS細胞のチミジンおよびノコダゾールに基づく(Thy-Noc)同期および放出
    1. 必要な細胞培養液を調製する。 U2OS細胞は、10%(vol / vol)FBS(オプション:1%ペニシリン/ストレプトマイシン)で補完したDMEM-グルタミン培地で日常的に増殖させる。滅菌条件下ですべての培地の調製および操作を行い、補完培地(以後「完全培地」と呼ぶ)を使用前に37℃に暖める。
    2. 10mLの完全培地中、100mmディッシュあたり2×10 6個の U2OS細胞をシードする。必要な皿の数を計算するために、各100mmディッシュが、典型的には、6ウェルプレートの約5ウェル(0.2〜0.25×10 6細胞/ウェル)を再プレートするのに十分な有糸分裂細胞を提供することを考慮する1B )。選択した時点ごとに2つのウェルが必要です(RNA抽出のための1ウェルおよび細胞周期モニタリングのための1ウェル)。さらに、タンパク質分析のために、第3のウェルを時間点ごとに収集することができる。
      注:夕方(午後7時頃)に細胞を播種して、翌日の作業時間中に次のステップを行うことができます。 FACS分析補正設定を定義するために、非同期に増殖する細胞の2つのウェルを追加します。
    3. 細胞を、100%ディッシュを5....

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結果

細胞同期のためのThy-NocおよびHUベースのプロトコルの概略図。

図1は、細胞周期の進行を確認し、遺伝子発現解析を行うために、U2OS細胞の同期化およびその後の試料採取に必要なステップをまとめたものです。

Phospho-H3およびPI染色は、同期方法を選択するための良好な評価パラメータである。

細胞同期手順は、培養細胞の固有の異質性のために、各細胞株について評価し、最適化しなければならない。有糸分裂における同期化はThy-Nocプロトコールで達成され、ノコダゾール処理後の有糸分裂細胞の濃縮は、典型的な有糸分裂マーカーであるリン酸化ヒストンH3(pH3)に特異的な抗体で評価することが.......

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ディスカッション

細胞周期における一過性および特異的役割に関与する微調整された遺伝子の分析は、均一な細胞集団を必要とする。多くの研究者は、これらの目的のために長年確立された腫瘍細胞株を日常的に使用しており、定義された細胞周期段階において可能な限り多くの細胞を蓄積する目的で、同期(または部分的に同期した)細胞集団を得るための様々な方法が開発されている。さらに、確立された同期アプローチを改善し、最適化するために、強力な努力が払われてきた。それにもかかわらず、全ての同期プロトコールは、細胞培養の異質性、同期手順の最適以下の効率、または化学的シンクロナイザーが細胞機能において有する副次的効果に起因し得る欠点を有する。セル同期プロトコルを適用する場合は、これらの制限を考慮する必要があります。研究者は、その仕様に最も適した同期方法を特定する必要がありますic細胞のタイプまたは実験。まったく同じ方法で異なる細胞株を栽培しても、その結果の同期率はいくつかの理由により異なる場合があります。一方で、細胞周期の長さは、選択された細胞株に依存して変化し得る。一方、同じインヒビターは、各細胞株25の特定の特性のために異なる細胞株に対.......

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開示事項

著者は何も開示することはない。

謝辞

私たちはZubiagaとAltmeyer研究所のメンバーに、有益な議論や技術サポートに感謝します。この作業は、スペイン国務省(SAF2015-67562-R、MINECO / FEDER、UE)、バスク政府(IT634-13およびKK-2015/89)、およびバスク国UPV / EHU大学のグラントUFI11 / 20)。

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材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
DMEM、高グルコース、GutaMAX サプリメントサーモフィッシャーサイエンティフィック61965-059
FBS、認定済み、EU 承認、南米原産サーモフィッシャーサイエンティフィック10270-106
ペニシリン-ストレプトマイシン (10,000 U/mL)サーモフィッシャーサイエンティフィック15140-122
0.25% トリプシン-EDTA (1x)、フェノールレッドサーモフィッシャーサイエンティフィック25200-072
チミジンSIGMAT1895-5G作りたて。わずかな温暖化はチミジンを溶かすのに役立つかもしれません。
NocodazoleSIGMAM-1404DMSOのストック溶液は-20 & ordmで保存されています。小さなアリコート中のC
HydroxyureaSIGMAH8627
Streptomyces caespitosusSIGMAM42871.5 mMMストック溶液を滅菌H2Oに入れ、光から保護し、4ºで保存。C
ジメチルスルホキシドSIGMAD2650
ヨウ化プロピジウムSIGMAP4170滅菌 PBS 中のストック溶液 5 mg/mL、4 & ordm で保存。Cは光から保護します。
PBS pH 7.6自家製
エタノールPANREACA3678,2500
クロロホルムSIGMAC2432
クエン酸ナトリウムPANREAC131655
Triton X-100SIGMAT8787
RNAse AサーモフィッシャーサイエンティフィックEN0531
トリゾール試薬LifeTechnologies15596018
RNeasy Mini kitQIAGEN74106
大容量 cDNA 逆転写キットサーモフィッシャーサイエンティフィック4368814
抗サイクリン E1 抗体細胞シグナル伝達41291:1000 5% 牛乳、o/n、4 &C
Anti-Cyclin B1 antibodyCell Signaling41351:1000 希釈液 5% 牛乳、o/n、4 &C
抗β;-actinSIGMAA-54411:3000 希釈 5% 牛乳、1 時間、RT
抗 pH3 (Ser 10) antibotyMillipore06-570プロトコルで指定
二次抗ウサギ AlexaFluor 488 抗体InvitrogenR37116プロトコルで指定
二次抗マウス HRP 抗体Santa Cruz Biotechnologysc-36975 % 牛乳で 1:3000 希釈、1 時間、RT
Forward E2F1 抗体 (ヒト)                   TGACATCACCAACGTCCTTGABiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
逆E2F1抗体 (ヒト)                   CTGTGCGAGGTCCTGGGTCBiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
Forward E2F7 antibody (human)                   GGAAAGGCAACAGCAAACTCTBiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
Reverse E2F7 antibody (human)                   TGGGAGAGCACCAAGAGTAGAAGABiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
Forward p21Cip1 antibody (human)                   AGCAGAGGAAGACCATGTGGACBiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
Reverse p21Cip1 antibody (human)                   TTTCGACCCTGAGAGTCTCCAGBiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
Forward TBP antibody (human) reference gene                    Biolegioは、PrimerQuestツール(https://eu.idtdna.com/site)
逆TBP抗体(ヒト)でデザインされています                    Biolegio、PrimerQuestツールによって設計されています(https://eu.idtdna.com/site)
Forward Oxa1L抗体(ヒト)参照遺伝子  CACTTGCCAGAGATCCAGAAG                 BiolegioがPrimerQuestツールによってデザインされました(https://eu.idtdna.com/site)
Reverse Oxa1L  抗体(ヒト)   CACAGGGAGAATGAGAGGTTTATAG                BiolegioDesigned by PrimerQuest tool (https://eu.idtdna.com/site)
Power SYBRGreen PCR Master MixThermo Fisher Scientific4368702
FACS Tubes Sarstedt551578
MicroAmp 光学式 96ウェル反応プレートサーモフィッシャーサイエンティフィックN8010560
Corning 100 mm TC処理培養皿Corning
Costar 細胞培養プレート 6ウェルCorning3506
冷蔵ベンチトップ微量遠心機Eppendorf5415 R
冷蔵ベンチトップ遠心分離機 Jouan CR3.12Jouan743205604
NanoDrop Lite 分光光度計Thermo ScientificND-LITE-PR
BD FACSCalibur Flow CytometerBD Bioscience
QuantStudio 3 リアルタイムPCRシステムThermo Fisher ScientificA28567
は

参考文献

  1. Beato, M., Sánchez-Aguilera, A., Piris, M. A. Cell cycle deregulation in B-cell lymphomas. Blood. 101 (4), 1220-1235 (2003).
  2. Chen, H. Z., Tsai, S. Y., Leone, G. Emerging roles of E2Fs in cancer: an exit from cell cycle control. Nat Rev Cancer. 9 (11), 785-797 (2009).
  3. Cho, ....

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