Method Article

作成し、ディスカッションと多様なグループの蛋白質の分類を容易にする参照を適用します。

DOI:

10.3791/56107

⸱

August 16th, 2017

1Department of Microbiology and Immunology, Arizona College of Osteopathic Medicine, Midwestern University

In This Article

Summary

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このプロトコルの目的は、首尾一貫した命名と分類基準に欠けているグループの発散の蛋白質のための参照を開発します。このリファレンスでは、分析と全体としてグループの議論を促進し、設立名に加えて、使用することができます。

Abstract

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さまざまな生物を使用して別のラボで研究されている関連タンパク質は全体としてグループを議論して、適切なコンテキストに新しいシーケンスを配置する困難の命名と分類、統一システムに欠けるかもしれない。構造に関連する重要なシーケンス機能を優先する参照の開発および/または蛋白質の多様なグループにいくつかの一貫性を追加する確立された名前に加えてアクティビティを使用できます。本稿は表示方法表計算ソフトで生成された参照することができます既存のタンパク質スーパーファミリーの間の関係を明らかにするだけでなく新しいの追加を容易にするため例としてシステイン安定化 α-ヘリックス (CS αβ) スーパーファミリーを使用します。シーケンス。それはまた参照が系統解析の妥当性に影響を与える一般的に使用されるソフトウェアで生成された配列アラインメントを絞り込むに役立つかを示しています。参照の使用は、分子解析によって適切にキャプチャされない機能を備えた、イチイの広いスペクトルからの高度に分岐のシーケンスを含む蛋白質のグループの最も役に立つでしょう。

Introduction

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特性および他の蛋白質との関係は、タンパク質の名前を反映すべき。残念ながら、名が発見の時に一般に割り当てられ、研究し続けており、大きな文脈の理解を変更可能性があります。タンパク質が独立して以上 1 つのラボ、命名やと思われる名前を割り当てるときに決定的な特性変更してもはや十分に蛋白質を区別する名前によって識別された場合、これは複数名につながることができます。他から。

無脊椎動物のディフェンシンは、変性専門語および分類の良い例を提供します。最初の無脊椎動物のディフェンシンは、昆虫から報告された、哺乳類ディフェンシン1,2知覚の相同性に基づいて提案された、名前「昆虫ディフェンシン"。用語のディフェンシンはまだ使用されて、その無脊椎動物、哺乳類のディフェンシンは、共通祖先3,4を共有しないにもかかわらず、明らかになった。種に応じて「ディフェンシン」無脊椎動物は六つまたは 8 つのシステイン (3 つまたは 4 つのジスルフィド結合となる) とさまざまな抗菌活性があります。線虫 remanei5から最近同定された cremycins などの状況、同じ特性を持つ蛋白質を複雑にディフェンシンは....

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Protocol

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1 です。 興味の蛋白質群を定義する機能を決定する

  1. グループの一部と見なされるために必要な機能に関する合意がある場合を決定する相談以前の出版物。不一致や研究グループ間の意見の違いのメモを取るし、別の 1 つのサブグループを区別するために役立つ可能性がある特徴があります
    2. 。
  2. 以前文献で定義する特性が解決されない場合は、保存機能を識別するための出発点として、グループの代表者と見なされているシーケンスを使用します
    3. 。

2。該当するシーケンスを収集

  1. レビューが書かれている場合、グループを代表しているシーケンスの分析を含む、これらのシーケンスは、生のデータセット。受入番号、文献で参照を使用してシーケンスを取得し、編集プログラム標準の順序で保存 (例えば、 EditSeq Lasergene スイートまたは 1 つの利用できる多くの無料のオンライン).
  2. は、グループには 1 つの構造のデータベースで定義されている場合のデータベースはデータベースに記載されている加盟番号を使用して取得シーケンス グループの一員として、シーケンスを含めるし、標準シーケンス編集で保存プログラムでは、上記のようにします
    。 注: たとえば、SCOP データベースで CS αβ (サソリ毒素のような) スーパーファミリーに分類されるシーケンスはこちら: http://scop.mrc-lmb.....

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Results

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文献で報告された CS αβ スーパーファミリーのシーケンスのグループは、図 4のとおりです。各シーケンスの番号付けに基づいてシステインの組み合わせは、5 つの基本的なグループ (表 1、中央の列) をお勧めします。グループ 1 は 6 システイン 3 二硫化から債券、昆虫、クモ、軟体動物、線虫、菌類からのシーケンスが含まれています。2、3、および 4 のグループは 4 つのジスルフィド結合を形成する 8 のシステインであります。グループ 2 は、昆虫、クモ、植物シーケンス; 含まれています。グループ 3 は、くも類、軟体動物、および線虫のシーケンス; 含まれています。グループ 4 に刺胞動物、環形動物、軟体動物、および菌類からのシーケンスが含まれています。グループ 5 では、10 のシステイン macins 含まれています。いくつかのシーケンスはかなりこれらのパターンに適合していないが、他のものより 1 つのグループに一般に近づいていた。

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Discussion

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グループ内でのタンパク質の命名基準は明確にする必要がありますが、これは常にそうではありません。フォールド CS αβ のシーケンスは、様々 な生物を使用して命名法の異なるシステムの結果し同様、特性のレベルを変化させる多くのラボで研究されている.完全に新しい命名法を課すしようとすると、妥当ではないと以前の文学をコンサルティングするとき大いに混乱になります。スーパーファミリーを基準にしてその特性を明らかにする蛋白質の名に加えて番号システムの参照を使用できます。

名前付けと分類はそうではないため明確な基準が付いている蛋白質のグループの恩恵をスプレッドシート内の参照を生成するシーケンスの多数を要約し、重要な特性の可視化の役に立つことがあります。配列アラインメントとロゴは各サイトで保護のレベルを調査するために役立ちますが、積極的に構造や機能の重要なシーケンス機能を優先しないでください。構造に焦点を当てた CS αβ 例が、結合部位を形成する特定のアミノ酸は、定義する機能として組み込むことができます。CS αβ ペプチドの具体的な抗菌/有毒な活動を協議するシーケンス機能を識別すると、これらの活.......

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Disclosures

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著者は、何を開示します。

Acknowledgements

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継続的な tardigrade 抗菌ペプチドの研究は、中西部大学研究事務所主催プログラム (ORSP) から学内資金によってサポートされます。ORSP、研究デザイン、データ収集、分析、解釈、または原稿を準備する役割がなかった。

....

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
BLAST ウェブページhttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
EditSeq (Lasergene suite)DNASTARhttps://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013Microsoft
FigTree http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGAwww.megasoftware.net
MrBayeshttp://mrbayes.sourceforge.net/
SCOPデータベースhttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Matsuyama, K., Natori, S. Purification of Three Antibacterial Proteins from the Culture Medium of NIH-Sape-4, an Embryonic Cell Line of Sarcophaga peregrina. J Biol Chem. 263 (32), 17112-17116 (1988).
  2. Lambert, J., et al.

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Tags

Protein ClassificationSpreadsheet SoftwareCysteine Stabilized Alpha Beta SuperfamilySequence AlignmentPhylogenetic AnalysisStructural FeaturesAmino Acid SpacingMEGA 6 SoftwareProtein NomenclatureDivergent Sequences

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