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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
青緑色のメダカは、家し、標準ゼブラフィッシュ設備と同じインフラストラクチャを採用、一元的な水のろ過システムで個々 の魚の数千を効率的に上げるにスケール アップすることができますの研究室住宅。ここで我々 は効率的なメダカをメンテナンスできるように標準化されたプロシージャの一覧を詳しく説明します。
参照魚の確立からゼブラフィッシュとメダカなどのモデル システムの実験のために使用される非モデル実験室魚で飼育慣行の開発は大きく寄与しました。近年、増え続ける高齢化と生態の生物学の分野で研究グループによって新たな魚-ターコイズ メダカ (による furzeri) – を採用されています。4-8 ヶ月の拘束寿命、この種飼育で育った最も短命だった脊椎動物、高齢化率と平均余命の変化につながることができます – – 短期間でテスト実験的介入への科学界を可能です。胚の休眠によって特徴付けられる、この種のユニークな生物学を与えられた爆発性成熟マーク形態および行動の性の二形性 - と、比較的短い大人の寿命 -アドホック飼育の実践は、緊急需要。このプロトコルは、対策できる最適なターコイズ メダカ研究所ケア、強力な実験動物モデルとしてこの種を採用する科学的なコミュニティを有効にするキーのセットを報告します。
彼らの短い寿命のスパンと迅速なライフ サイクルを考えると、ターコイズ メダカが生物学1,2,3で有望な新しいモデル生物として急速に高まっています。この種は、硬骨魚類の胚の休眠、急速の性的成熟と生殖のロングライフ ステージ4,5で構成されるのユニークなライフ サイクルが特徴です。最近の作品は捕われの身と野生6、7の両方この種の生物学の解明に貢献しています。ターコイズ メダカが、ジンバブエやモザンビークにおいてアフリカのサバンナで梅雨の時期にそのフォームを季節の新鮮な水の体に住んでいます。乾燥する季節の間に胚は休眠と呼ばれるストレス耐性のライフ ステージのおかげで水のない状態で乾いた泥で生き残る。
この種の遺伝のマップは生成された8,9をされている、最近のゲノム シーケンスと組み立てられた10,11をされています。いくつかの近交系実験室魚株が開発され、遺伝子とゲノム CRISPR/Cas9 を介して編集が事実上競争力研究所脊椎動物のモデル生物として青緑色のメダカを推進、この種で利用可能になります。12,,1314。
この種の15のため、実験室のプロトコルは既に公開されているがこの議定書の高齢化と生存率の調査研究を具体的に目的とした実験ガイドラインの包括的なリストを開発します。この議定書によりなる青緑色のメダカ飼育でキー調整の最小数を採用することにより精通するゼブラフィッシュとメダカ飼育に既に精通している研究者です。同じ時に、このプロトコルは、盛んなターコイズ メダカ コロニーを高めるために不可欠なツールで魚飼育の経験のない研究者を提供します。
魚は、水循環システムで 28 ° C で発生 (水のパラメーターを参照)、10-20% 毎日の水処理に。3 つの異なるタンクのサイズをお勧めします: 0.8 L、2.8 L と 9.5 L各タンクは、2 mL/s の一定の水の流れを受け取ります。
1. 試薬の準備 (材料には含まれません)
注: アフリカ ターコイズ メダカ (による furzeri) は、研究所設立株式から指定できます。年間メダカ乾燥耐性胚は、メールで発送できます。8-30 ° C の温度範囲内で胚を出荷するが重要です。
2. 繁殖
3. 胚飼育
4. ターコイズ メダカの孵化
注: ターコイズ ブルー メダカ胚は、正常にフミン酸溶液14で孵化することができます。
5. 魚稚魚と成魚の調達
6. 摂食
注: 研究室ターコイズ メダカの赤ちゃんブラインシュリンプ (アルテミア給餌) と血液ワーム (属ユスリカ幼虫) の組み合わせを取り込むことができます。青緑色のメダカの稚魚は、専ら赤ちゃんブラインシュリンプを供給されています。少年と大人の魚は 1 日 2 回を供給、ブラインシュリンプと血液ワーム (図 2)。理想的には、このプロトコルでは、魚には、複数回の日を与えることができる、2 授乳を超える示されています。
7. メダカ研究所ひずみジェノタイピング
注: 各ひずみ内で性別を決定するためだけでなく、, 青緑色のメダカ系統を区別するには、特定の遺伝子 (マイクロ サテライト) マーカーは使用9 (表 1) をすることができます。
8. 水のパラメーター
注: その用途はアダルト表現の生物の飼育対象種の寿命を通して非常に安定した飼育条件が必要です。したがって、青緑色のメダカなどの水の生物を培養するには、水のパラメーターの厳密な制御が必要になります。追加の 4 ステップでの水の循環は水のろ過、水のパラメーターは、同じ水の条件を時間をかけてすべてのタンクを提供する制御を達成するために堅牢な基礎を保証します。逆浸透膜 (RO) 水、商業海洋塩と重炭酸ナトリウムからシステム水を再構成することをお勧めします。
ターコイズ メダカ適切な飼育は、見る: GRZ ひずみ (例えば図 4 a) で 12-18 週まで生存期間中央値の結果します。生存期間中央値の変化は、食事療法、摂食頻度、および温度条件の住宅によって異なります。貧しい飼育結果提示生存曲線では、早期死亡と生存時間中にいくつかの変曲点 (図 4 b) によって特徴付けられるの繰り返し、突然滴に増加しました。

図 1: それぞれ培養基質との代表的な胚発達段階。(A)たて 28 ° C でインキュベーターでメチレン ブルー溶液で培養した胚を収集(B)固体媒体に転送する準備ができての胚か紙やココナッツ繊維をフィルターします。(C)胚孵化するのに典型的なゴールデン アイリスを表示する準備が整いました。スケール バーは均等に 1 mmこの図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 2: 青緑色のメダカが孵化後の開発の段階。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 3: ステージ 3 以降から魚の代表魚 ID タグ。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 4: 70 男性ターコイズ メダカの代表的な生存曲線。(A)ターコイズ メダカの研究所発生の一般的な生存率曲線です。(B) (ブラック) 最適な飼育条件下で発生する魚から得られる生存曲線の比較と貧しい飼育 (赤と青)。赤色水平の破線は、50% 生存期間は、平均寿命 (x 軸で示される) で交差する生存曲線を示します。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
| ID | 前方のプライマー | 逆プライマー | サイズの範囲 (bp) |
| * NfuSU0007 | GGCTAAGCCTTGCTGACAGA | CAGGGAGCTGAAAACCTCAG | 166-214 |
| * NfuSU0010 | CGCAGTCTGATCAAATCGTGT | TGTTTGAAGGTTCACATTCATTATC | 220-272 |
| NfuSU0016 | CATGGCTAAACCGTGATGAA | GAAGGACGCCAGCTATGAAG | 209-240 |
| NfuSU0022 | AACACAGCTCTCGTAAGGAGGTA | TTCAGACTTGTCTTACTACCATGTTT | 198-238 |
| NfuSU0027 | TCCAGCTGAATCGGTAATGA | AAACTCGAGGGTGCAATCTG | 164-226 |
| NfuSU0049 | CTGGACAAAGTGCCAATCAC | CTCCCACAGTCCCAAAACAT | 196-197 |
| NfuSU0050 | CCAGAATGAACAATACTCAGATCAA | GCAGCTTAGTTTAATGATATCACAATG | 252-295 |
| NfuSU0060 | CTAGCCACTCCCCTGGTTTA | CCGTCACGATGTGCTGATAC | 216-248 |
| NfuFLI0030 | CAGAAGCTAAAGGCCAGACG | GGGAAACAATAGGGAACCAC | 174-205 |
| * NfuFLI0091 | ACGCTGACTCTACCCAGTC | CTGCCTGCTACTGACAATG | 355-373 |
| * - 測定マーカーをセックス |
表 1: 遺伝子型プライマーひずみ識別のため。
すべての著者は財務および非財務の利害を宣言しません。
青緑色のメダカは、家し、標準ゼブラフィッシュ設備と同じインフラストラクチャを採用、一元的な水のろ過システムで個々 の魚の数千を効率的に上げるにスケール アップすることができますの研究室住宅。ここで我々 は効率的なメダカをメンテナンスできるように標準化されたプロシージャの一覧を詳しく説明します。
ありがとうアレッサンドロ ・ Cellerino、ロン Genade、アン黒髪、サブリナ シャープ、ミッキー ・ パウエル、シモーネ Keil、ゆみキム、パトリック ・ スミス、改オーナーマ タール、Valenzano 研究室のすべてのメンバー、マックス ・ プランク研究所で老化の生物学のさまざまな側面に貢献すること長年にわたり現在のメダカ飼育プロトコル。
| プローブ校正緩衝液 pH=7.0 | Roth | A518.1 | 1L 緩衝液 pH=7.0 水システム pH-電極 |
| プローブ 校正緩衝液 pH=4.0 | Roth | P712.1 | 1L 緩衝液 pH=4.0 水システムpH電極 |
| 導電率標準 | VWR | 83607.260 | 500 mL 導電率標準 1,413 uS/cm 水システムを校正導電率電極 |
| イージーストリップテスト 6in1 | JBL | 2533900 | システム水の塩素値を測定するためのテストストリップ |
| アンモニア試験 | JBL | 2536500 | システム水のアンモニア含有量を測定するためのテスト |
| 紅海塩 | 紅海 | 22 kg バケツ | |
| 炭酸ナトリウム | VWR | 27780.360 | |
| フミン酸 | シグマ-Aldrich | 53680-50G | |
| 新しい HUFA アルテミア濃縮 | ZM Systems UK | 75g ボトル | |
| メチレン ブルー | ロス | AE64.1 | |
| 過酸化水素溶液 | Sigma- Aldrich | 31642-1L | 30% (w/w) |
| ココナッツ繊維 | ドラゴン | ZCS010 | |
| Whatman 紙 | GE ヘルスケア | 3030-690 | |
| エタノール純粋な | VWR | 20821.467 | 100% |
| 珪砂 | 地元のペットショップ | ||
| アルテミア卵プレミアムグレード | サンダース | ||
| ブラッドワーム | 地元のディストリビューター | ポセイドンAquakulturドイツ | |
| dNTPs溶液ミックス | Biolabs | N04472 | 10mM |
| Taq DNAポリメラーゼ | Invitrogen | 18038-042 | 5U/ULの |
| PCR 10x Buffer | Invitrogen | 18038-042 | |
| MgCl2 | Invitrogen | 18038-042 | 50mM |
| NaOH | Sigma- Aldrich | S8045-500g | 50mM |
| Tris-HCl, pH=8.0 solution | Sigma- Aldrich | T2694-1L | 1M |
| HCl 37% | Sigma- Aldrich | H1758-500mL | |
| 水槽 | アクアニアリング | 容量:0.8L、2.8L、9.5L;バッフル、フライメッシュ、蓋を装備 | |
| オービタルシェーカー | VWR | 89032-100 | モデル5000 |
| 微生物インキュベーター | サーモサイエンティフィック、ヘラサーム | 50125882 | モデルIMC18; 液相の胚の保存用、t=27-28°C |
| 冷却インキュベータ | ーバインダー | 9020-0209 | モデル KT115; 固相の貯蔵胚の場合、t=27-28°C |
| 孵化インキュベーター | Thermo Scientific, Heratherm | 51028114 | model OGS180; 胚孵化用、t=27-28°C |
| 実体顕微鏡 | ライカ | モデル M80 | |
| 繁殖砂/孵化ボックス | ロス | 1598.1 | 1000mL |
| シャーレ | サーシュテット | 82.1473 | 92x16mm |
| 50 mL 円錐管 | サーシュテット | 62.547.254 | |
| 15 mL 円錐管 | サーシュテット | 62.554.002 | |
| 使い捨てプラスチックパスツールピペット | ロス | EA71.1 | 2mL;ミミズを餌にする魚、または胚の選択のために、先端を切り取って直径3-4mmのセ |
| ロジカルピペット | を開きますSarstedt | 86.1689.001 | 50mL |
| シリンジ | Henke Sass Wolf | 4100-000V0 | 10mL |
| メタルストレーナー | の | 細かさ <1ミリメートル;胚採取用 | |
| ピンセット | デュモン | 0508-5/45-PO | type5/45; 胚移植用 |
| 25 L 塩水エビ孵化器 | アクアニアリング | ZHBS25 | メイン孵化器 |
| 500mL 塩水エビ孵化器 | JBL | 6106100 | モデル アルテミオ1; バックアップ孵化器 |
| ナローメッシュ フィッシュネット | JBL | ||
| サンドビーカー | VWR | BURK7102-5000 | 5000mL |
| ブラインシュリンプ分離ビー | カーVWR | BURK7102-2000 | 2000mL |
| プラスチックジッパーバッグ | ロス | P279.2 | 死んだ魚の貯蔵用 |
| Pipetboy | インテグラ | 155000 | モデルPipetboy acu2 |
| パラフィルム | P-Lab | P701605 | |
| エアチューブ | www.zajac.de AQ380 | 4-6ミリメートル直径 | |
| 1 Lガラス瓶 | VWR | 215-1595 | |
| 2 L ガラス瓶 | VWR | 215-1596 | |
| 500 mL | ブラインシュリンプ120 | -μを餌にする魚用スクイーズボトルRoth | K665.1 |
| ;mブラインシュリンプストレーナー | フロリダアクアファーム | BB-PC2 | ブラインシュリンプ/ブラッドワームコレクション用 |
| フィニッシュフィルターソックスアクア | ニアリング | MFVB025C | 25-μm |
| 中央ろ過魚の飼育システム | Aquaneering、Techniplast、水生生物の生息地、アクアシュワルツ |