ガイドラインと Radiomics のイメージング バイオ マーカー エクスプ ローラー (アイベックス) の使用経験

Summary

アイベックス、医療イメージング radiomics とどのようにこのツールを使用するために設計されたオープン ソースのツールについて述べる.また、不確かさ解析のアイベックス テクノロジーを使用しているし、モデル構築いくつかの出版された作品が展示されています。

Abstract

イメージング バイオ マーカー エクスプ ローラー (アイベックス) は医療用画像 radiomics 仕事のためオープン ソース ツールです。本稿の目的は、アイベックスの特徴は、臨床試験で使用されている計算方法を示すため、アイベックスのグラフィカル ユーザー インターフェイス (GUI) を使用する方法を説明することです。アイベックスは、DICOM 画像のインポート、DICOM 放射線療法構造ファイルやピナクル ファイル画像をインポートすると、一度、アイベックスはメジャー ボクセル値、距離、イメージの表示を操作し、輪郭を編集作成データ選択 GUI 内でツールを持っています。アイベックスは付属機能セットを設計する 27 プリプロセスと 132 機能を選択しています。前処理と機能カテゴリごとには、変更できるパラメーターがあります。アイベックス テクノロジーからの出力が含まれているスプレッドシート: 1) 各機能各データ セットの輪郭、2) 画像データ セット、および 3) 前処理の概要の各輪郭についての計算設定機能と彼らの選択と使用される機能からパラメーター。アイベックスから計算の機能は、異なる撮像条件の下で、現在の臨床モデルを改善するために生存モデルに機能の変動をテストする研究に使用されています。

Introduction

医学では、患者の病気の診断は、x 線、超音波、コンピューター断層撮影 (CT)、磁気共鳴画像 (MRI) などの診断試験の数が多いを通常組み込まれていて、ポジトロン断層法 (PET) を決定する際に支援するためにスキャン、患者のケアのコースです。医師は、定性的患者の診断を評価するためにこれらのイメージを使用して、患者のケアをガイドに抽出することができます追加の定量的機能がある可能性があります。理論的根拠は、プロテオーム、マクロ スケール¹で表されるゲノムのパターン、これらの機能があります。この定量的な情報を組み合わせて、現在の臨床情報、例えば、患者の人口統計より個別の患者の治療が可能です。これは radiomics の背後にある理論: ボクセル レベル上の画像の特徴解析。機能は通常、5 つの主なカテゴリに分類されます: 灰色のレベルの同時生起行列、灰色レベル ランレングス行列、近所の強度差行列、ヒストグラム、および図形。

イメージング バイオ マーカー エクスプ ローラー (アイベックス)、radiomics の仕事²のオープン ソース ツールです。グラフィカル ユーザー インターフェイス (GUI) は、MD アンダーソンがんセンターでがん医療における意思決定を支援する抽出と特徴量の計算を容易にする目的で開発されました。ソース コード

Protocol

1. インストール アイベックス

注: インストールするには、ソース コード バージョン 1.1 の手順に行きます。また、インストールするスタンドアロン バージョンをステップ 1.2 に行きます。

1. ソース コードのバージョン
   1. アイベックス ソース コード バージョンのウェブサイト³に進みます。"IBEX_Source.zip"と"How_to_use.pdf"のファイルをダウンロードします。アイベックスの最新バージョンを使用するための前提条件を見つけるためには、"How_to_use.pdf"ファイルで見てください。
      注: 32 ビットおよび 64 ビットの Matlab のバージョンでのみ動作するアイベックス 2011a と 2014b、それぞれ。
   2. ダウンロードが完了すると、「IBEX_Source.zip」を解凍し、、\IBEX_Source フォルダーをローカル パスに追加します。
      注: パスを追加する方法については、「パスを追加」²⁶ソフトウェアの参照ページに見つけることができます。
   3. アイベックスを開始するコマンド ウィンドウで"IBEXMain"を入力します。
2. スタンドアロン版<....

Results

アイベックスの出力はスプレッドシート 3 つのタブを含む (図 4を参照)。「結果」タブにでは、データ セット (図 4A) の各 ROI の機能値が含まれていますいます。「データ情報」タブには、データ セット (図 4B) の各 ROI から撮影した画像についての情報にはが含まれています。「機能情報」タブには、機能カテゴリに選択したパラメーターで使用される機能の包括的なリストが含まれています、使用前処理機能 (図 4C) のカテゴリ。

アイベックスは、医用画像からの特徴は、複数のコンテキストで利用されている計算。ハ.......

Discussion

アイベックスは、医療イメージング radiomics 研究のための強力なツールです。それはこれまでほとんど使用されて MD アンダーソン radiomics グループによって行わ研究で放射線腫瘍学目的のため。アイベックス ・ ロワの操作や 5 つの主な機能のカテゴリー内の機能の計算ができます。アイベックスのソース コードのバージョンでは、アイベックスのグレーゾーン レベル マトリックス機能などに含まれていないアプリケーションを設計することができます。

アイベックスに関連する主な手順は、イメージのインポート、陰影の輪郭、データ セットの Roi の選択と機能セットの作成。正確な輪郭は、機能は、これらの領域内でのみ計算し、不正確な輪郭が不正確な機能値を提供するために必要です。したがって、これらの機能間の関係が不正確な輪郭を計算され、結果は偽になります。機能のパラメーターの選択も重要なステップです。たとえば、灰色レベル共起行列のステップ サイズを変更するマトリックスから計算機能に影響します。これは調査 (例えば頭と首と非小細胞肺癌) と (例えば、画像.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Excel	Microsoft Office		Excelのどのバージョンでも機能します。
Matlab	MathWorks		、32ビットのMatlab 2011aまたは64ビットのMatlab 2014bでのみIBEXを使用します。