AtHIRD11 本質的な障害とキャピラリー電気泳動と親和性キャピラリー電気泳動による金属イオンへの結合の解析

Markus Nachbar; Jorrit Maul; Matthias Stein; Hermann Wätzig

doi:10.3791/57749

方法論記事

AtHIRD11 本質的な障害とキャピラリー電気泳動と親和性キャピラリー電気泳動による金属イオンへの結合の解析

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DOI：

10.3791/57749

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2018年8月22日

Markus Nachbar¹ , Jorrit Maul¹ , Matthias Stein¹ , Hermann Wätzig¹

¹Institute of Medicinal and Pharmaceutical Chemistry, TU Braunschweig

この記事について

サマリー

このプロトコルは、アフィニティキャピラリー電気泳動キャピラリー電気泳動と荷電配位子の高速バインドスクリーニングによる蛋白質のサンプルの特性を兼ね備えています。天然変性タンパク質などの柔軟な構造を持つタンパク質は、異なる conformers のバインドの違いを決定するそれをお勧めします。

要約

植物は自分の環境に強く依存しています。ストレスの変化 (例えば干ばつ、高塩分) に調整するために高等植物は進化酸化および浸透圧ストレスを軽減する天然変性タンパク質 (IDPs) のクラスです。この記事は、シロイヌナズナから IDP AtHIRD11 の異なる conformers のバインドの動作を記述するために毛管電気泳動 (CGE) と移動性シフトアフィニティー電気泳動法 (ACE) の組み合わせを使用します。CGE は、AtHIRD11 の純度を確認する、複雑なピークパターンの理由として断片、翻訳後修飾、および他の不純物を除外するために使用されます。この実験では、別のサンプルコンポーネントが質量の違いにより毛細血管内の粘性ゲルで区切られ、ダイオードアレイ検出器で検出されました。その後、エースで様々な金属イオンへのサンプルのバインディング動作を調べた.この場合、リガンドが緩衝液に追加され、バインディングイベントが発生したかどうかを決定するために移動の時間にシフトを測定します。IDP のバインディング動作を決定する CGE とエースの組み合わせを使用する利点の 1 つはゲルの電気泳動および結合の試金を自動化する可能性です。なお、CGE は、古典的なゲル電気泳動法よりも検出下限値を示しています、エースは高速な配位子を結合の方法を判断することができます。さらに、エースは、金属イオンよりも他の荷電種にも適用できます。ただし、実験をバインドするこのメソッドを使用は、結合サイトの数を決定する能力に制限されます。それにもかかわらず、CGE とエースの組み合わせ多数荷電配位子に向けて蛋白質のサンプルのバインドの動作を特徴付けるために合わせることができます。

概要

植物は他の多くの生命よりも自分の環境に依存しています。植物は、他の場所に移動できません、ので彼らは (例えば干ばつ、寒さと高い塩濃度)、環境の変化に慣れる必要があります。その結果、高等植物は、高塩分に関連する細胞のストレスを軽減するマニホールドのタスクを達成する dehydrins のような特殊なストレス蛋白質を開発しました。これらの蛋白質は細胞内の水とイオンのバインド、バインド Cu^{2 +}による酸化ストレスを軽減-イオン、リン脂質と細胞骨格との対話します。また、バインド Zn^{2 +}のイオンにより、転写因子として機能するこれらの蛋白質。Ca^{2 +}結合する機能-イオンリン酸化もされて後報告¹。

多機能動作これらの蛋白質の疎水性アミノ酸残基の不在に関連しています。その結果、彼らはペプチド鎖とも拘束された構造内の任意の疎水性相互作用を欠いています。しかし、これらのタンパク質は、制限の厳しい構造を欠いている、ので彼らは同じ条件下で異なるコンフォーマを占有できます。したがって、彼らを記述できます最高単一構造ではなく構造のアンサンブルとして。これらのプロパティが付いている蛋白質は、ストレス蛋白質と真核細胞の²で異なる経路間のクロストークのため広く使われている概念は、本質的に無秩序なタンパク質 (IDPs) と....