TChIP-Seq: 細胞型特異エピゲノムのプロファイリング

Summary

タンデム クロマチンのステップバイ ステップ プロトコルについて述べる免疫沈降配列 (tChIP-Seq) 細胞型特異ゲノムワイドなヒストン修飾の解析を可能にします。

Abstract

エピジェネティック制御は、遺伝子発現の中心的な役割を果たしています。ヒストン修飾は、1960 年代に発見された、ので、その生理学的および病理学的機能が幅広く研究されています。確かに、次世代のディープ シーケンスと特定のヒストン修飾抗体を介してクロマチン免疫沈降 (チップ) の出現は遺伝子エピジェネティック制御の私達の眺めをもたらしました。逆に、組織は通常種類の多様な細胞で構成されて、彼らの複雑な混合物の特定の細胞型のエピゲノムを調査する課題が分析。ゲノムワイドなセル型固有クロマチンの状態に対処するため我々 は最近セルからタグ ヒストン蛋白によるクロマチンの選択的浄化に基づいているタンデム クロマチン免疫沈降配列 (tChIP-Seq) を開発チップ以下続く金利の種類このプロトコルの目標は tChIP 以下のベスト ・ プラクティスの導入この手法は、組織固有のエピゲノム多様なヒストン修飾とそのモデル生物の調査のための多機能なツールを提供します。

Introduction

動物の組織は、多様な細胞の種類で構成されます。各細胞の遺伝子の規則では、セルの種類を定義します。クロマチン修飾 DNA メチル化とヒストン修飾、遺伝子発現の細胞型特異性の根底にあります。したがって、各細胞型におけるエピジェネティクス制御の測定が望まれているが、それは技術的な挑戦をされています。

特定のセル型でエピジェネティクスを調べるためには、タンデム クロマチン免疫沈降シーケンス (Seq tChIP) は最近開発された(図 1)¹だったTChIP、コアのエピトープ タグ ヒストン H2B は細胞型特異プロモーターから表されます。材料は種々 の細胞の混合物から開始されますが、この機能によりクロマチン興味のセルからの分離です。次チップ Seq-変更されたヒストン マークと次世代のディープ シーケンスを介してクロマチン精製 DNA を隔離した-我々 はゲノムワイドな標的細胞型のエピジェネティックな状態を監視できます。

この手法を使用すると、最近のヒストン H3 リジン 4 (H3K4me3) 蛋白質ニューロン固有トリメチルを調査したマーク。その研究では、Cre を介する組み換え (Rosa26^{CAG floxed pA H2B フラグ}) に表現された蛋白質の C 末端タグ付きのフラグ H2B のノックアウトのマウスを開発しました。CamK2a プロモーターの制御下で Cre 小胞体 (ER) の遺伝子を持つマウスとの交雑、による得られたマウス ラインはタモキシフェン注入 (Camk2a^{H2B フラグ})¹にアクティブなニューロンの H2B フラグを誘発しました。アンチ H3K4me3 抗体 tChIP Seq を行ったマウスの確立されたラインの脳から始まって、.H3K4me3 マークは、しばしばプロモーター領域に対応するのでニューロン¹特異的に発現する Mrna の何百もを見出す可能性があります。

ここでは、組織郭清からライブラリーの構築(図 1)へのステップをカバーする典型的な tChIP Seq 手法について述べる。この議定書の最終的な目標は、tChIP Seq のパフォーマンスと他のセルタイプおよびヒストンの修正にこのメソッドの将来のアプリケーションのためのベスト プラクティスを共有することです。

Protocol

記載のすべてのメソッドを理化学研究所 (H27-EP071) の安全部門によって承認し、関連するガイドラインと規制を実施します。

1. 組織切離

1. 小さな断片に興味の組織を解剖 (約 < 3 mm²) 晴れた春のはさみを使用しています。
   注: 大きな組織片、凍結に時間がかかるし、より小さな部分が結果に影響を与える可能性がありますどちらのバッファーの大きいボリュームに持ち越されます。
2. 液体窒素で満たされた清潔な容器に切り裂かれた組織片を追加し、2 mL の管 (チューブあたり 1 個) に液体窒素で満たされたそれらを収集します。
   注: 親水性表面と管のこの手順お勧めします。
3. > 残りの液体窒素を蒸発させるためオープンのキャップと 5 分-80 ° C にチューブを置きます。
   注: キャップを閉じた後組織片格納できます-80 ° C で使用する前に 1 ヶ月。

2. セル固定

注意: このステップの便利な極低温研削盤を使用しています。代替の装置を使用できます。

1. 金属の氷棚の組織サンプルを含む場所、2 mL 蛋白低結合管は液体窒素で冷やしています。
2. 1.5 mL チューブと液体窒素で寒さに金属弾を配置します。金属氷ラック上に置きます。
3. 2 mL 管を開き、チューブに prechilled の金属製の弾丸を配置します。キャップ ハンディ極低温研削機のチューブ ホルダーに 2 mL 管を設定し、すぐに 1 分の液体窒素で組み立てられたチューブ ホルダーをつけます。
4. 便利な極低温研削盤の外側のカセットに凍結チューブ ホルダーを挿入し、30 の 60 回を積極的に振る s。
5. チューブ ホルダーを分解、金属の行頭文字を削除、-20 ° C のクーラーのサンプルの場所、2 mL 管 prechilled
6. 次のステップで定着剤の凍結を防ぐため 15 分-20 ° C でクーラーのサンプルを置きます。
7. ベンチにクーラーのサンプルを持って、チューブのフタを開け、すぐにそれに 1% のホルムアルデヒドの 900 μ L を滴下します。数回ピペッティングした後に新たに 2 mL 管 900 μ L の 1% のホルムアルデヒドと 23 ° C で設定インキュベーターの緩やかな回転と 10 分のための修正を含む懸濁液を転送します。
   注意: ホルムアルデヒドは有毒、有害であります。
8. 固定反応を停止するには、各管および 4 ° C で 3,000 × g で 5 分間遠心分離機に 2.5 M のグリシンの 100 μ L を追加します。上清を捨てます。
9. 冷たいリン酸緩衝生理食塩水 (PBS)、4 ° C で 3,000 × g で 5 分間遠心分離の 1 つの mL を追加し、上澄みを廃棄します。2 回 (合計 3 洗浄) この手順を繰り返します。
   注: 固定サンプルは液体窒素によってフラッシュ凍結し、-80 ° C で保存されますをすることができます。
10. 換散バッファー 1 を 500 μ l 添加 (50 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic 酸 (HEPES)-島 (pH 7.5)、140 mM の NaCl、1 mM エチレンジアミン四酸 (EDTA) (pH 8.0)、10 %w/v のグリセロール、0.5 w/v NP-40、0.25 %w/v トリトン X-100, と 0.1 x プロテアーゼ阻害剤カクテル) ペレット、ピペットで移しなさいいくつかの回に、4 ° C で 10 分間回転
    注: 1 の換散バッファーする必要がありますフィルター、使用する前に 4 ° C で保存します。
11. 4 ° C で 3,000 × g で 5 分間遠心分離し、上澄みを廃棄します。
12. 換散バッファー 2 の 1 mL を追加 (10 mM トリス-HCl (pH 8.0)、200 mM の NaCl、1 mM EDTA (pH 8.0)、0.5 mM グリコールエーテルジアミン四酢酸、およびプロテアーゼ抑制剤のカクテル × 0.1)、ペレットに渦と 4 ° C で 10 分間回転
    注: 2 の換散バッファーする必要がありますフィルターし、使用前に 4 ° C で保存します。
13. 4 ° C で 3,000 × g で 5 分間遠心分離し、上澄みを廃棄します。
14. ペレットに 1 x プロテアーゼ抑制剤のカクテルと radioimmunoprecipitation 検定法 (RIPA) バッファーの 800 μ L を追加し、ピペッティングでペレットを再懸濁します。
15. 4 ° C で 3,000 × g で 5 分間遠心分離し、上澄みを廃棄します。
16. 500 μ L の 1 x プロテアーゼインヒビター カクテル、RIPA バッファーを追加します。
17. 4 ° C で 3,000 × g で 5 分間遠心分離し、上澄みを廃棄します。
18. 1 x プロテアーゼインヒビター カクテル、RIPA バッファーの 1 つの mL を追加します。すぐに次のステップに進みます。

3. せん断クロマチン

1. 超音波発生装置管に液を転送し、ultrasonicator にチューブを配置します。
2. 次の設定で、クロマチンをせん断: 気温: 4 ° C最大入射電力: 175 W。負荷時間率: 10%サイクル/バースト: 200;時間: 2,400 s。
3. 1.5 mL 蛋白質低結合管および 4 ° C で 20,000 × g で 5 分間遠心するサンプルを転送します。
4. 新しいタンパク質低バインド チューブに上清を収集します。
   注: サンプル フラッシュ液体窒素で凍結でき-80 ° C で保存

DNA (逆架橋) の品質チェック

1. ライセートのミックス 20 μ L、180 μ L チップ溶出バッファーの (10 mM トリス-HCl (pH 8.0)、300 mM の NaCl、5 mM EDTA (pH 8.0)、および 1 %w/v ナトリウム dodecyl 硫酸塩 (SDS)) ポリメラーゼの連鎖反応 (PCR) 管。サーマルサイクラー蓋が開いたまま 6 時間サーマルサイクラーの 65 ° C でサンプルをインキュベートします。過剰変性を避けるためには、サーマルサイクラー オープンの蓋をしてください。
   注: チップ溶出バッファーする必要がありますフィルター、使用する前に室温で保存します。この培養は、一夜にして拡張できます。
2. 10 mg/mL RNase の 1 μ L を追加、渦と 37 ° C, 30 分インキュベートします。
3. 15 mg/mL の 6.5 μ L を追加, プロテイナーゼ K、渦、55 ° C の 60 分間インキュベートし、。
4. DNA 低結合管への反応を転送、5 mg/mL グリコーゲンおよび渦の 4 μ L を追加します。室温で 18,000 × g で、フェノール/クロロホルム/イソアミル アルコール (25:24:1) の 5 分間遠心する 200 μ L を追加します。
5. 新しい DNA 低いバインド チューブに上清を転送します。トリス EDTA 塩バッファーを 200 μ l 添加 (トリス-HCl (pH 8.0) 10 mM、1 mM EDTA (pH 8.0)、および 200 mM の NaCl) 残りのフェノール/クロロホルム/イソアミル アルコール溶液と室温で 18,000 × g で 5 分間遠心します。上清を収集し、最初の上澄みをミックスします。
6. 冷たいエタノールの 900 μ L を追加し、-20 ° C で 1 時間インキュベート
   注: このインキュベーションは、4-6 h に拡張できます。
7. 4 ° C で 18,000 × g で 30 分間遠心
8. 上清を捨てます。ペレットと 4 ° C で 18,000 × g で 30 分間遠心する冷たい 75% エタノール 1 mL を追加します。(合計で 2 回洗濯) この手順を繰り返します。
9. 徹底的に上澄みを廃棄し、室温で 1 分風乾します。
10. トリス-EDTA (TE) バッファーの 50 μ L を追加し、それが 4 ° C、30 分間室温で一晩インキュベートし、DNA を溶解します。ボルテックスやピペッティングを避けます。「入力」としてこの DNA し必要な場合、ライブラリの準備のため使用します。
11. 製造元の指示に従って蛍光光度計と DNA 濃度の測定 (参照のテーブル素材) マイクロ電気泳動マシンとサイズ分布をチェック (図に示すように代表的なデータを参照してください2 a). 使用 10 ng またはこの試金のためのより少ない DNA。
    注: 100-500 塩基対 (bp) の断片が DNA の 50% 以上をください。

5. 反フラグ抗体による純化

注意: ニューロン tChIP-Seq、8 マウス脳組織が通常使用 tChIP Seq の 1 つのサンプル 2 を準備するタンデム免疫浄化によって浄化された DNA の ng (手順 7.1 を参照)。私たちの手で 0.1 ng まだ DNA の提供高品質 DNA ライブラリ チップ Seq (門田、未発表)。したがって、理論的には、単一のマウスかもしれないニューロン tChIP シーケンスを実行するのに十分です興味の組織切片・細胞のタイプの必要な量を最適化してください。Imumuno 浄化の実験の否定的な制御、脳組織ライセート H2B フラグ式なしマウスからする必要があります準備、使用されます。

1. 共役タンパク低結合管に羊抗マウス免疫グロブリン G (IgG) を磁気ビーズの 200 μ L をピペットします。
2. マグネット スタンドにチューブを置き、クリアになる上清の 1 分待ちます。上澄みを廃棄、氷冷 PBS と渦の 1 つの mL を追加します。(合計で 2 回洗濯) この手順を繰り返します。
3. 1 mg/mL 反フラグ抗体の 20 μ L を追加し、4 ° C で 5 時間回転
   注: このインキュベーションは、一夜にして拡張できます。
4. 次のステップ 5.2 ビーズを洗浄します。15 mL チューブにビーズを配置します。
5. RIPA バッファーの 1110 μ L のビードを再停止しなさい、試薬、180 x Denhardt の液 50 μ L、プロテアーゼ阻害剤のカクテル、100 の 10 μ L と手順 3 で準備ライセートの 6.8 mL ブロック x 10 の 900 μ L を追加します。5 蛋白質低バインド チューブにこの混合物を分割します。4 ° C で 6 時間回転します。
   注: このインキュベーションは、一夜にして拡張できます。
6. また、マグネット スタンドにチューブを置き、クリアになる上清の 1 分待ちます。上澄みを廃棄、RIPA バッファーの 1 mL を加え、優しく混ぜます。この手順を 5 回繰り返します (合計で 6 洗浄)。すべてのビーズを単一蛋白質低バインド チューブにプールします。
7. チップ溶出バッファーを 200 μ l 添加し、室温で 15 分間回転します。4.11 (図 2 b と Cに示すように代表的なデータを参照してください) の手順で説明するように DNA の品質を確認します。すぐに次のステップに進みます。

6. アンチ H3K4me3 抗体と逆架橋親和性の浄化

注: 次ビーズの準備手順 5.7 まで (6.1-6.4) の手順を実行します。

1. 2 mL 蛋白低結合管に羊抗マウス IgG に共役の磁性体ビーズ 40 μ L をピペットします。
2. また、マグネット スタンドにチューブを置き、クリアになる上清の 1 分待ちます。上澄みを廃棄、氷冷 PBS の 1 mL を加え、優しく混ぜます。(合計で 2 回洗濯) この手順を繰り返します。
3. 1 mg/mL 抗 H3K4me3 抗体の 4 μ L を追加し、4 ° C で 6 時間回転
4. 次のステップ 6.2 ビーズを洗浄します。2 mL 蛋白低結合管にビーズを配置します。
5. RIPA バッファーの 1558 μ L のビードを再停止しなさい、試薬、Denhardt のソリューション x 50 の 40 μ L、プロテアーゼ阻害剤のカクテル、100 の 2 μ L、ステップ 5.7 で作製した溶出液 200 μ L をブロック × 10 の 200 μ L を追加します。4 ° C で一晩回転します。
   注: チップ溶出バッファーで SDS はこの培養で 10 倍以上希釈しました。
6. また、マグネット スタンドにチューブを置き、クリアになる上清の 1 分待ちます。上澄みを廃棄、RIPA バッファーの 1 mL を加え、優しく混ぜます。この手順を 4 回繰り返します (合計 5 洗浄)。最後の洗浄後、DNA 低いバインド チューブにビーズを転送、上澄みを廃棄します。
7. チップ溶出バッファーを 200 μ l 添加し、室温で 15 分間回転します。溶出液を新しい DNA の低 bindingTube に転送します。
   注意: 溶出液は-80 ° C で保存することができます。
8. DNA の decrosslinking のステップ 4 に従ってください。TE バッファーの 20 μ L で浄化された DNA を再懸濁します。
9. 4.11 (図 2 Dに示すように代表的なデータを参照してください) の手順で説明するように DNA の品質を確認します。(省略可能)定量的 pcr 法による濃縮分析²を前述のよう。10 倍大きい濃縮を観察する必要がありますか。

7. ライブラリーの構築

1. 各入力とチップの DNA サンプルは、マイクロ電気泳動用ソフトウェアの塗抹標本の分析機能を使用して 100-500-bp の領域における DNA の割合を計算します。2 を取得するために必要な試料量を推定 100-500 bp DNA の ng。「入力」のサンプルとして、100-500-bp の範囲で 20 ng DNA を使用します。
2. 8 ストリップ PCR チューブに DNA のサンプルをピペット、次の終わり修復反応とサイズ選択 H₂O DNA の量が比例してスケール アップ 10 μ L を超えた場合に 10 μ L (オプション) 合計ボリュームを表示するを追加します。
3. 最後修理マスター ミックスを調製 (材料の表を参照してください)。DNA に終わり修理マスター ミックスの 4 μ L を追加し、20 ° C で 30 分間インキュベート
4. 10 mm トリス-塩素、pH 8.5 36 μ L を追加して室温で 5 分間インキュベート 0.6 x 体積 (30 μ L) のリバーシブル固定 (スプリング) 磁気ビーズを相します。
5. マグネット スタンドにチューブを置き、上澄みが明確になるまで待ちます。
6. 上清を新しいチューブに転送 SPRI 磁性ビーズの 1.2 x ボリューム (60 μ L) を追加して、室温で 5 分間インキュベートします。
7. マグネット スタンドにチューブを置き、上澄みが明確になるまで待ちます。
8. 80% の 200 μ L で 2 回ビーズを洗ってエタノール、磁石チューブをまだしがみつきます。
9. 簡単に下部に残留の EtOH を収集し、背面磁石チューブを遠心分離機します。残留の EtOH を徹底的に削除します。
10. チューブの蓋はエタノールが蒸発を許可するように 1-2 分間開いたままにしておきます。
11. 蓋を閉めるし、氷の上の管を保ちます。
    注: 今、ビーズの 100-500 bp の DNA のサイズ選択を受けた。2 倍のサイズの選択の詳細については、製造元の web サイト (www.beckman.com) になれます。
12. 準備はテーリング マスター ミックス (材料の表を参照してください)。
13. A テーリング マスター ミックスの 10 μ L を (ステップ 7.10) からビーズを再懸濁します、30 ° C で 30 分間インキュベート
14. ポリエチレング リコール (PEG) の 1.8 x ボリューム (18 μ L) を追加/食塩、室温で 5 分間インキュベートします。
15. DNA を浄化するために 7.7 7.11 の手順に従います。
16. 結紮バッファー ミックスを準備 (材料の表を参照してください)。
17. 結紮バッファー ミックス (ステップ 7.14) からビーズの 8 μ L をピペット 1 μ M アダプターの 1 μ L を追加し、ビードを再停止しなさい。入力のサンプルを 5 μ M アダプターの 1 μ L を使用します。多重については各サンプルの別のアダプターを使用してください。
18. DNA のリガーゼの 1 μ L を追加し、20 ° C で 15 分間インキュベート
19. ペグ/食塩の 1.0 x ボリューム (10 μ L) を追加、ビードを再停止しなさい、室温で 5 分間インキュベートします。
20. DNA を浄化するために 7.7 7.10 の手順に従います。
21. 10 mM チューブに pH 8.5 トリス-の Cl の 25 μ L をピペットし、ビードを再停止しなさい。
22. ペグ/食塩の 1.0 x ボリューム (25 μ L) を追加し、室温で 5 分間インキュベートします。
23. DNA を浄化するために 7.7 7.10 の手順に従います。
24. 10 mM チューブに pH 8.5 トリス-の Cl の 11 μ L をピペットし、ビードを再停止しなさい。
25. マグネット スタンドにチューブを置き、上澄みが明確になるまで待ちます。
26. 新しい 8 ストリップ PCR チューブに上清を収集します。
27. リアルタイム PCR マスター ミックスを調製 (詳細については資料を参照してください)。
28. 384 ウェル定量的 PCR (qPCR) 板でリアルタイム PCR マスター ミックスの 8.5 μ L をピペット、1.5 μ L アダプターの結紮 (ステップ 7.26) からの DNA を追加します。
29. 空井戸の各蛍光標準の 10 μ L をピペットします。
30. リアルタイム PCR は次のプログラムを実行: (98 ° C、45 s) 1 サイクル x (98 ° C、15 s、60 ° C、30 s、30 のための 72 ° C s) x 20 サイクルと (72 ° C、60 s) 1 サイクル x。
31. 蛍光標準 2 の蛍光強度に到達するために必要な PCR のサイクル数を決定します。
32. 準備 PCR マスター ミックス (材料の表を参照してください)。
33. (ステップ 7.26) から残りのアダプター結紮 DNA を PCR マスター ミックスの 11.5 μ L をピペットし、ステップ 7.31 で決定された PCR のサイクルのステップ 7.30 に示したように PCR を行います。
34. ペグ/食塩の 1.0 x ボリューム (20 μ L) を追加し、室温で 5 分間インキュベートします。
35. DNA を浄化するために 7.7 7.10 の手順に従います。
36. 10 mM チューブに pH 8.5 トリス-の Cl の 20 μ L をピペットし、ビードを再停止しなさい。
37. マグネット スタンドにチューブを置き、上澄みが明確になるまで待ちます。
38. 新しい 1.5 mL DNA 低いバインド チューブに上清を収集します。
39. 4.11 (図 2 e と Fに示すように代表的なデータを参照してください) の手順で説明するようにライブラリの品質を確認します。ライブラリの DNA サンプルの 1 μ L を使用します。(省略可能)QPCR 前述²濃縮分析を実行します。10 倍大きい濃縮を観察する必要がありますか。

8. シーケンス

1. 次世代シーケンサーのライブラリをシーケンス (図 3に示すように代表的なデータを参照してください)。
   注: シーケンス深さのデータ解析のための十分なは、³有機体のゲノムのサイズによって異なります。人間、マウス、少なくとも 2000 万のシングル エンドの読み取りを得ることを推奨します。読み取りの収量、よると多重化は、費用効果が大きいかもしれない。

Results

ここでは、我々 は組織切離、固定化、セル換散、タンデム精製クロマチンと次世代シーケンサーのための DNA ライブラリの準備について説明します。手順の中に 1 つは成功したシーケンスは、複数のステップ (図 2) で鍵である DNA の品質をテストできます。単一ヌクレオソームは、147 bp DNA ⁴で囲まれている通常、せん断の DNA はそのサイズよりも短くしないでください。超音波、直後後 DNA は分離され (図 2 a) マイクロ電気泳動マシン上で実行します。サイズの範囲を最適化するために最善の努力にもかかわらず、我々 はまだ unsheared に残った DNA (約 2 kbp) の人口があった。この段階で 100 500 bp から及ぶ DNA の割合は人口の 50% 以上をする必要があります。マイクロ電気泳動マシンと至る DNA の量を使用して再度、反フラグ (

Discussion

我々 のプロトコル フラグ タグ H2B の式がタモキシフェン投与により誘導されるマウスの脳の神経細胞の最適化を行った。H2B 式、原料、組織および組織の量に使用プロモーターが成功 tChIP シーケンスの極めて重要なパラメーターしたがって、これらの要因の最適化は、興味のセル タイプごとに考慮されなければなりません。

このプロトコルに使用するプロシージャの間の重要なステップは、DNA がクロマチン長さが 100-500 bp⁵を達成するためにせん断です。一般に、超音波手順の標準化難しいさまざまな要因によって異なりますので固定条件、使用される組織、超-超音波処理に使用する装置、機器を設定すると、他の中で。したがって、この DNA せん断ステップのトライアル アンド エラー最適化は、個々 の実験の必要があります。超-超音波の代わりにミクロコッカスヌクレアーゼ治療は素朴なチップ方法⁶で使われている、単一のサイズのヌクレオソーム DNA を隔離するためのオプションをする必要があります。同種 DN...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Protein LoBindチューブ、2 mL	Eppendorf	No. 0030108132	細胞溶解用
タンパク質LoBindチューブ、1.5 mL	Eppendorf	No. 0030108116	ChIPおよびライブラリー調製用
DNA LoBindチューブ、1.5 mL	Eppendorf	No. 0030108051	ChIPおよびライブラリ調製用
8ストリップPCRチューブ	BIO-BIK	3247-00	ChIPおよびライブラリ調製用
SKミル	TOKKEN	SK-200	固定用細胞粉末を作るための便利な極低温グラインダー
メタルブレット	TOKKEN	SK-100-DLC10	SKミルのアクセサリー
2mLステンレスチューブ	TOKKEN	TK-AM5-SUS	細胞用オプション溶解
2mL ステンレス製チューブホルダー	TOKKEN	SK-100-TL	細胞溶解のオプション
16% ホルムアルデヒド (w/v)、メタノールフリー	Pierce	28906	細胞を固定します。使用前に1%溶液を調製してください。
グリシン	ナカライ テスク	17109-35	2.5 M ストック
D-PBS (-)(1x)	ナカライ テスク	14249-24	洗浄用溶解物および精製
DNA HEPES	ナカライ テスク	02443-05	溶解バッファー用 1.1 M、pH 7.5のストックを準備します。
5 M NaCl、分子生物学グレード	Nacalai Tesque	06900-14	溶解バッファー 1、溶解バッファー 2、ChIP 溶出バッファー、および Tris-EDTA-NaCl バッファー
0.5 M EDTA、分子生物学グレード	和光純薬工業株式会社	311-90075	溶解バッファー1、溶解バッファー2、ChIP溶出バッファー、およびトリス-EDTA-NaClバッファー用
グリセロール	和光純薬工業株式会社	072-04945	溶解バッファー 1
NP-40	Nacalai Tesque	25223-75	溶解バッファー 1
Triton X-100、分子生物学グレード	Nacalai Tesque	12967-32	溶解バッファー 1
Tris	Nacalai Tesque	35406-91	溶解バッファー 2、ChIP 溶出バッファー、および Tris-EDTA-NaCl バッファー用。1 M、pH 8.0のストックを調製します。
0.1 M EGTA pH 中性	Nacalai Tesque	08947-35	溶解バッファー 2
プロテアーゼ阻害剤カクテル用 (100x)	Nacalai Tesque	25955-24	タンパク質の分解をブロックする
RIPA バッファー	サーモフィッシャーサイエンティフィック	89900	細胞溶解および洗浄用
milliTUBE 1 mL AFA ファイバー	Covaris	520130	ソニケーターチューブ。集束超音波装置のアクセサリー
集束超音波装置	Covaris	S220またはE220	DNAを適切なサイズに消化するには ChIP-Seq
UltraPure 10% SDS	サーモフィッシャーサイエンティフィック	15553-027	ChIP溶出
バッファーRNase A	Nacalai Tesque	30141-14	ライセート
プロテイナーゼK、組換え、PCRグレード	Sigma-Ald 3115887001 rich		ライセートからDNAを精製する
エタノール	和光純薬工業(株)	054-07225	マウス
産生したモノクローナル抗FLAG M2抗体	Sigma-Aldrich	F1804	目的の細胞で発現するクロマチンを精製するには
Dynabead M-280 ヒツジ抗マウスIgG	サーモフィッシャーサイエンティフィック	11201D	これは、抗FLAG IPおよび抗H3K4me3 IP
抗トリメチルヒストンH3(K4)、マウスモノクローナル抗体	和光純薬工業株式会社に使用できます。	301-34811	ChIP分析に有効なその他の抗体は、
10倍ブロッキング試薬	Sigma-Aldrich	11096176001	アフィニティー精製中のブロッキング用
Denhardt's solution	Nacalai Tesque	10727-74	アフィニティー精製中のブロッキング
用 グリコーゲン (5 mg/ml)	サーモフィッシャーサイエンティフィック	AM9510	ライセートからDNAを精製するには
キュービット2.0 蛍光光度計	サーモフィッシャーサイエンティフィック	Q32866	単離されたDNAの定量化用
キュービット dsDNA HS アッセイキット	サーモフィッシャーサイエンティフィック	Q32851	単離されたDNAの定量化用
0.5 mL チューブ	Axygen	10011-830	Qubit
フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール (25:24:1)	Nacalai Tesque	25970-56	ライセートから DNA を精製するには
AMPure XP ビーズ	ベックマン・コールター	A63881	SPRI 磁気ビーズ ライブラリー調製用
金属製アイスラック	船越	IR-1	細胞溶解物を凍結
状態に保つためサンプルクーラー	ニューイングランドバイオラボ	T7771S	最小限のダメージで細胞を固定するのに役立ちます
2100 バイオアナライザー	アジレントテクノロジー	ズ G2939BA	単離されたDNA断片の品質を確認します。別のフラグメントアナライザーを使用することができます。
バイオアナライザー 2100 エキスパートソフトウェア	アジレントテクノロジー	ズ バイオ	アナライザー
に付属G2946CA 高感度DNAキット	アジレントテクノロジー	ズ 5067-4626	単離されたDNA断片の品質を確認するため
KAPA LTPライブラリ調製キット	ロシュ	07961898001	10x KAPA End Repair Buffer、KAPA End Repair Enzyme Mix、KAPA A-Tailling Buffer、KAPA A-Tailing Enzyme、KAPA Ligation Buffer、KAPA DNA Ligase、および PEG/NaCl solution
NEXTflex DNA Barcodes	BIOO Scientific	NOVA-514101	アダプターが付属しています。DNAバーコードアダプターとプライマーミックスが付属しています。
KAPA リアルタイムライブラリ増幅キット	Roche	07959028001	2x KAPA HiFi HS real-time PCR Master Mix, PCR Primer Mix, and Fluorescent Standards
2x KAPA HiFi HotStart	ReadyMix Roche	KM2602	library preparation.さらに、この酵素は、KAPA Real-Time Library Amplification Kit
Buffer EB	Qiagen	19086	10 mM Tris-Cl, pH 8.5 for elution of DNA
386-well qPCR plate	Thermo Fisher Scientific	4309849	For real-time
PCR QuantStudio 7 Flex Real-Time PCR System	Thermo Fisher Scientific	4485701	To quantify DNA
MicroAmp Optical Adhesive Film	サーモフィッシャーサイエンティフィック サイエンティフィ	4311971	リアルタイムPCR用
マイクロアンプ 透明粘着フィルム	サーモフィッシャーサイエンティフィック	4306311	プレートシーリング用
エンドリペアマスターミックス			コンバイン 1.4 & マイクロ;10x KAPAエンドリペアバッファーのL、1 & マイクロ;KAPA末端修復酵素ミックスのL、および1.6µL of H2O
A-タリング マスターミックス			コンバイン1 µKAPA A-テーリングバッファーのL、0.6 µKAPA A-テーリング酵素のL、および8.4 µL of H2O
Ligation buffer mix			コンバイン 2 µKAPAライゲーションバッファーのLおよび6μ;L of H2O
リアルタイムPCRマスターミックス			コンバイン5 µ2x KAPA HiFi HSリアルタイムPCRマスターミックス、0.35 µのLPCRプライマーミックス(10 µフォワードプライマーAATGATACGGCGACCACCGAGおよびリバースプライマーCAAGCAGAAGACGGCATACGAG)の各M)、および3.15µL of H2O
PCR マスターミックス			コンバイン 10 & マイクロ;2x KAPA HiFiレディミックス、0.9 & マイクロのLPCRプライマーミックスのL、および0.6 µL of H2O
Integrative Genomics Viewer	Broad Institute	IGV_2.3.88	シーケンシングデータを視覚化するゲノムブラウザ
DNA olgionucleotide: 5′-GCCTACGCAGGTCTTGCTGAC-3′	Eurofins Genomics		のプロモーター領域を増幅するためのプライマー
:5′-CGAGCGCTGACCTTGAGGTC-3′	Eurofins Genomics		GAPDHのプロモーター領域を増幅するプライマー
SYBR Premix Ex Taq	Takara	RR420L	GADPHプロモーター領域に対応するDNAを定量
Thermal Cycler Dice	Takara	TP870	GADPHプロモーター領域に対応するDNAを定量する