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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
蓄積 N2o. アセチレン阻害法とマイクロ センサー測定を用いた堆積土砂脱窒率を推定しています。プロトコルは、アセチレン阻害を実行する、センサーのキャリブレーションを行うコアを収集するための手順を説明します N2O 蓄積を測定および脱窒速度を計算します。
脱窒は、生物圏からの反応性窒素除去主の生物地球化学的プロセスです。このプロセスの定量的評価と人為的変更地球窒素循環と (すなわちN2O) の温室効果ガスの排出量を評価するために特に関連なっています。脱窒を測定するいくつかの方法がありますが、それらのどれも完全に満足。既存手法と問題十分な感度で、基板レベルを変更するプロセスを使用しての物理構成を変える必要性妨害のサンプルがあります。この作品は、コアリング組み合わせた土砂脱窒率、アセチレン阻害、および蓄積された N2o. のマイクロ センサー測定を推定する方法をについて説明しますこの方法の主な利点は、堆積構造の低擾乱と N2O の蓄積の連続レコードのコレクションこれらは、最低値は 0.4 1 最大信頼性の高い脱硝率の推定値を有効にする µmol N2O m-2 h-1。重要な要因を操る能力は、実験的洞察力を取得するための追加の利点をあります。プロトコルは、アセチレン阻害を実行する、センサーのキャリブレーションを行うコアを収集するための手順を説明します N2O 蓄積を測定および脱窒速度を計算します。メソッド取得の堆積物コアを持つ任意の水生システムの脱窒速度の推定に適しています。N2O 濃度センサーの検出限界を超える場合は、脱窒の代わりに N2O の放出を推定するアセチレン阻害ステップを省略できます。プロセスの温度依存性と同様、硝酸の可用性を高めることによって両方の実際および潜在的な脱窒率を推定する方法を示します。山湖の堆積物を使用して手順を説明し、利点と他の方法と比較して技術の短所を話し合います。このメソッドは、特定の目的のため変更できます。例えば、硝化と脱窒またはフィールドの in situ測定脱窒率を評価するために15N トレーサーと結合できます。
窒素循環の人為的な変化は、地球システムの1の最も困難な問題の一つです。人間の活動は、バイオスフィア2に利用可能な窒素酸化物のレベルを少なくとも倍増しています。ただし、グローバルの N サイクルの評価方法に関する大きな不確実性が残っています。誤差 ± 20%、以下いくつかフラックス推定を定量化しているされて、多くは ± 50% と大きく3の不確実性。これらの不確実性は、生態系変動メカニズムの理解、脱窒速度の正確な推定のための必要性を示します。脱窒は、窒素酸化物、硝酸、亜硝酸、主が減り、窒素ガス、N2O および N24に微生物の活動です。経路は、除去5の主なプロセスだから反応性窒素の生物圏の可用性に関連性の高いです。N2O は、温室効果ガスの地球温暖化の潜在性のほぼ 300 回 co2 100 年、それは大量放出6,7をされているため成層圏オゾン層破壊の現在の主な原因。
以下では、堆積物の脱窒率実験コアと N2O マイクロ センサーを使用して (図 1) を推定するためのプロトコルを提案します。脱窒速度の推定には、アセチレン阻害法8,9と (図 2および図 3) に定義された期間中に N2O の蓄積の測定を使用しています。山湖堆積物にそれを適用することによってメソッドを示します。このケース スタディは、堆積物の物理的な構造の攪乱を最小限で比較的低料金の自動検出法の性能を強調表示します。
脱窒は10を測定する特に困難です。いくつかの代替的なアプローチと方法は、それぞれ長所と短所があります。利用可能な方法の欠点、高価なリソース、十分な感度と基板レベルを変更したり、妨げられたサンプル10を使用してプロセスの物理的な構成を変更する必要があります。N2を測定するさらにもっと基本的な課題は、環境10上昇背景レベルです。N2N2 O の削減は、アセチレン (C2H2)8,9によって阻害されます。したがって、脱窒は環境 N2O レベルが低いため可能な蓄積された N2O C2H2の存在下での測定によって定量化することができます。
C2H2堆積物における脱窒率を測定するための使用が開発された約 40 年前11、および N2O センサー定款発生した約 10 年後12。最も広く適用されるアセチレン ベースのアプローチは、「静的コア」です。蓄積された N2O は、C2H2が封印された堆積物コア10のヘッド スペースに追加された後、24 h までの潜伏期間中に測定されます。ここで説明する方法いくつかの技術革新とこの手順に従います。我々 はいくつかの分のコアの水の段階でガスをバブリングによって C2H2を追加、我々 は N2O マイクロ センサーとの蓄積を測定する前にサンプル水とすべてのヘッド スペースを埋めます。我々 は、堆積物を再することがなく水の成層を防止する攪拌システムがあります。プロシージャを定量化堆積物表面積あたりの脱窒速度 (例えばµmol N2O m-2 h-1)。
脱窒の高時空の変化は、その正確な数量10で別の難易度を示します。通常、N2O の蓄積は、孵化中に収集されるサンプルをヘッド スペース ガスクロマトグラフィーによって順番に測定されます。説明した方法は、マイクロ センサーは、連続的な信号を提供するため、N2O 蓄積の変化の監視機能の向上を提供します。マイクロ センサー マルチメータは、インターフェイスをセンサーとコンピューター (図 1、) デジタル マイクロ アンプ (picoammeter) です。マルチメータは、同時に使用するいくつかの N2O マイクロ センサーをことができます。例えば、4 つの底まで同じ研究サイトからコアが同時測定可能空間の可変性をアカウントに。
中核的なアプローチは、堆積構造のいくつかの他の方法 (例えばスラリー) と比べてほとんど妨げます。堆積物の整合性が変更された場合、これはあくまで相対的な比較に適切な非現実的な脱窒率13につながります。後者基板拡散15によって脱窒の制限が保持されますので、率が高い、常にコア メソッド14に比べてスラリー法が得られます。スラリー対策は、その場で料金16; の代表を考慮することはできません。彼らは正確に同じ手順で作られて比較のための相対的な時間を提供します。
記載されているメソッドは芯が土砂タイプで脱窒率を推定するためです。特に、いくつかの運転の要因の実験的操作の実行方法をお勧めします。例としては、硝酸可用性とエネルギーの活性化 (E、) 脱窒17 (図 2) を推定するため必要に応じて温度を変更する実験です。

図 1: 実験のセットアップ。コアと N2O マイクロ センサーを使用して土砂脱窒率を推定する (、) 一般的な実験のセットアップ。培養室は、闇と制御温度 (± 0.3 ° C) の条件を確保します。5 そのまま堆積物コアは、同時に彼らのそれぞれの N2O センサーを使用して処理できます。(b) N2O センサー校正室。ゴム栓と N2O の水を混ぜて注射器適応我々 (プロトコル手順 3.4.3 参照)。水の温度を制御する温度計があります。(c) センサーと底質コア試料のクローズ アップは、PVC カバーと粘着テープで密閉接合部の中央の穴に挿入。水のかくはんがぶら下がっていると電磁石が、それに近い、アクリル管の外部の部分に固定します。(d) N2O マイクロ センサーのクローズ アップのヒント金属片によって保護されて。(e) 堆積物コア回収されてちょうど。それは、深い湖でボートから採取コアでは、アクリルのパイプはメッセンジャー適応重力ピストンコアラー19にまだ固定されます。このメソッドを実行するために必要なすべての項目のための材料表を参照してください。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
1. 準備
注: 測定は前日にこれを開始します。
2. 堆積物コアのコレクション
3. 亜酸化窒素 (N2O) マイクロ センサーのキャリブレーション
4. コア ・準備、アセチレン阻害
5. 脱窒素 (N2O 蓄積測定)
6. 最終的な測定手順
7. 脱窒率の計算
468 脱窒率の合計は、期間 2013-2014 ピレネー山脈山湖堆積物中の上記プロトコルを使用して推定しました。(図 2および図 3) 手順を説明するためにこれらの結果のいくつかを紹介します。一般に、N2O 濃度と時間の線形モデルは良い相関 (R2 ≥ 0.9) を持っています。斜面関係の脱窒速度 (ステップ 7.3 の見積もりを提供します。例えば図 2のd)。脱窒活性が非常に低い場合、センサーの電子ノイズがより重要になるし、の適合度が低下 (例えばセンサー図 2 b 、図 3 aの 4 と 5)。N2O のベースライン検出限界は ~0.1 μ M 水22、中間体である代替方法23ノイズをフィルター処理する観測の蓄積の何千もの可能性に関する値1 ~ µmol N2O m-2までの比較的低い脱窒率で推定を許可 h-1 (図 2と図3)。低金利 (すなわち、 ~0.4 µmol N2O の m-2 h-1) 8 cm の高さにコア試料の水相を狭くすることによって推定することができます (プロトコル手順 4.2 参照)。

図 2: 温度依存性の実験では脱窒率計算します。(Aとb) の実績および潜在的な脱窒の測定 (c-f) が表示されます。測定温度が低下 (c)、最初のサンプルの冷却と温度依存は、センサーの信号は低下します。実際脱窒の測定で培養開始時 (、) A の同様のイベントが発生します暖かい所環境においては培養条件は、センサー信号の減少が伴うサンプルの冷却を生成します。(e) 温度の増加、最初サンプルを暖めるし、センサー信号は線形ではなく指数関数的に増加します。サンプルが一定の温度に達したら、センサー信号がいつものように線形増加します。すべてのケースで単線形 N2O 蓄積 (b d、および f) の期間を使用して脱窒率を計算することが可能です。(b) 非アクティブ サンプル 3 は表示されません。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 3: 脱窒の例率計算します。実績 (、) および潜在的な (bとc) 脱窒率を推定しました。線形 N2O 累積時間範囲を使用されるのみ脱窒速度 (線形モデルの斜面) を計算します。ただし、(、) の教育目的のためより少ない成功とすべての測定 (モデル) を表示我々 はセンサーとサンプル 2 N2O 蓄積の飽和のための高い不安定なため 3 サンプルを破棄します。4 および 5 (、) のサンプル率の 0.5 と 0.7 µmol N2O m-2 h-1、それぞれが測定法の検出限界に近い場合。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
著者が明らかに何もありません。
蓄積 N2o. アセチレン阻害法とマイクロ センサー測定を用いた堆積土砂脱窒率を推定しています。プロトコルは、アセチレン阻害を実行する、センサーのキャリブレーションを行うコアを収集するための手順を説明します N2O 蓄積を測定および脱窒速度を計算します。
スペイン政府は、C.P L (FPU12-00644) と Ministerio デ エコノミア y Competitividad の研究助成金にまた、博士課程フェローシップとして Ministerio デ Educación を通じて資金を提供: NitroPir (CGL2010 19737)、ラクス (CGL2013 45348 P) 転送 (CGL2016-80124-C2-1-P)。REPLIM プロジェクト (INRE - INTERREG プログラム。EUUN - 欧州連合。EFA056/15) プロトコルの最終書き込みをサポートします。
| Messenger-adapted gravity corer | - | - | 原稿での参照。グリュー、J.製 |
| サンプリングチューブ | - | アクリル | 。寸法:100 cm(h)×6.35 cm (d) ×6.50センチメートル(奥行)。堆積物に浸透するサンプリングチューブの端を鋭利にして、回収された堆積物コアサンプルの乱れを最小限に抑えます。 |
| ハンドヘルドサウン | ダーPlastimo | 38074 | Echotest II深度サウンダー。 |
| ラバーストッパー | VWR | DENE1012114 | 2つの穴があり、校正チャンバー内のN2O-waterを混合するために使用されます。寸法:20 mm(h)×14 mm (d) ×18 mm(D)(3 mm穴(D))。 |
| ラバーストッパー | VWR | 217-0125 | メタクリレートチューブの底部をシールし、浅瀬でサンプリングします。寸法:45 mm(高さ)&時間;56 mm (d) ×65 mm(D)です。 |
| ラバーストッパー | VWR | 217-0126 | ラバーストッパーをサンプリングチューブの上面に配置して、沿岸部や浅瀬でのサンプリング用の真空を確保します。寸法:50 mm(高さ)x 60 mm(奥行き)x 70 mm(奥行き)。 |
| PVCカバー | - | アクリル | チューブの上部をシールします。寸法:45 mm(高さ)&時間;56 mm (d) ×65 mm(D)です。寸法:65mm(D)。 |
| 粘着テープ | - | 防水。すべてのジョイント(PVCカバーサンプリングチューブとPVCカバーセンサー)を確保し、水漏れを防ぐため。 | |
| 温度計 | - | ポータブルで防水性があり、コアをサンプリングした直後の堆積物を覆う水の温度を測定します。 | |
| GPS | - | - | 新しいサンプリング サイトの場所を保存するため、または前のサイトに到達するため。 |
| ウェーダー | - | 沿岸または浅いサイトのサンプリング用。 | |
| ボート | - | インフレータブルボートは、サンプリングサイトが車でアクセスできない場合、その軽さに最適なオプションです。 | |
| ロープ | - | 長さを示すマークが付いたロープ(たとえば、各メートルを区別するためのカラーコードでマークされています)。 | |
| N2Oガスボンベと減圧剤 | AbellóLinde | 32768-100 | ガスボンベ参照。 |
| C2H2ガスボンベと減圧器 | AbellóLinde | 32468-100 | ガスボンベ参照。 |
| 余分な水を排出するために使用されるチューブ | - | - | シリコンチューブに挿入された固体部品(たとえば、最も細い端のない5 mlピペットチップ)で構成されています。 |
| 亜酸化窒素ミニセンサー、キャップ付き | ユニセンス | N2O-R | 一度に4つのセンサーを使用します。 |
| マイクロセンサーマルチメータ 4チャンネル 4 pA チャンネル | Unisense | マルチメータ | ピコアンメータをラップトップに記録。標準デバイスでは、2つのセンサーピコアンメーター接続(N2Oセンサーなど)、1つのpH/mV、および温度計を使用できます。私たちは、4つのN2Oセンサーを同時に使用できるように、4つのピコアンメーター接続を備えたデバイスを注文しました。 |
| SensorTrace Basic 3.0 Windowsソフトウェア | Unisense | Sensorデータ収集ソフトウェア。 | |
| キャリブレーションチャンバー ポンプ | ユニセンス | CAL300 | キャリブレーションチャンバーを含む。ゴム栓とシリンジでチューニングし、N2O-waterを泡を作らずに混ぜ合わせました。 |
| インキュベーションチャンバー | Ibercex | E-600-BV | 恒温での作業に欠かせない機器(±0.3°;また、日長の制御も可能です。 |
| 電気スターラー | - | 攪拌システムの一部。それは、PVCカバーに引っ掛けられた釣り糸によって、堆積物の主題を覆う水にぶら下がっています。 | |
| 電磁石 | - | - | 攪拌システムの一部。アクリルチューブの外側、攪拌機とほぼ同じ高さに固定されています。これは、回路によってエピソード的に(約1秒あたり1回のオンオフ)作動し、スターラーがオンのときにはスターラーを引き付け、オフのときにはスターラーを放出し、それによって水を攪拌する動きを発生させます。 |
| 電磁パルス回路 | - | 攪拌システムの一部。電磁石にワイヤーで接続され、電磁石のオンとオフを切り替える電流パルスを送ります。 | |
| 無停電電源装置(UPS) | - | 測定装置に到達する電気エネルギーの品質を向上させ、電圧の高低をフィルタリングすることで、より一定で安定したN2Oセンサー信号を確保します。 |