方法論記事

電気化学と蛍光顕微鏡を用いたプロトン ポンプ膜酵素の研究のための単一リポソーム測定

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DOI:

10.3791/58896

2019年2月21日

この記事について

サマリー

ここでは、プロトコルを提案単一リポソームの脂質膜を渡るプロトン透過の分子機構の研究例としてシトクロムbo3を使用します。電気化学、蛍光顕微鏡、単一小胞、含む単一または複数の酵素のルーメン内の pH の変化を組み合わせることを検出および分析できる個別に。

要約

電子のプロトン ポンプの酵素は ATP の生産に使用されるプロトン動機力を作成する、膜プロトン透過経路にチェーン カップル酸化還元反応を転送します。両親媒性膜タンパク質性の取り扱いには特に注意が必要ですし、プロトン透過経路のような膜輸送プロセスを勉強するとき、天然脂質環境に再構築は不可欠であります。ここで、例として大腸菌由来シトクロムbo3を取って膜酸化還元酵素のプロトン ポンプ機構の調査のために使用されている方法は詳細します。内腔のキノン プールとモニターの pH 変化の酸化還元状態を制御するは、電気化学および蛍光顕微鏡に組み合わせてです。酵素のコンテンツは、単一の酵素やトランスポーター リポソームあたりにスケール ダウンすることができますしながら蛍光顕微鏡の空間分解能によるリポソームの何百も同時に測定できます。それぞれ単一の酵素分析は、それ以外の場合全体の人口の行動によって隠されるかもしれない酵素機能動態のパターンを明らかにできます。我々 は、自動画像解析用スクリプトの説明を含めます。

概要

酵素機構と反応速度論については、測定値が統計平均を表す酵素分子の数百万人に何千人もの人口を持つアンサンブルまたはマクロ レベルで通常取得されます。それは、ただし、酵素など複雑な高分子の行動における不均一性を発揮、アンサンブルのレベルで観察される分子メカニズムが必ずしも当てはまらないすべての分子のために知られています。最後の二十年の1中に新興の方法の様々 な個々 の分子スケールのような逸脱が広く単一酵素の研究によって確認されました。特に、個々 の酵素活動を蛍光検出は、酵素活動2,3の不均一性を調査したり、いわゆるメモリー効果 (低の期間によって成功した高い酵素活性の期間を発見に使用されています活動と逆)4,5

多くの単一の酵素の研究は、酵素表面または空間的固定連続観測の視野で十分な長さのままに別の方法でに固定されている必要があります。酵素カプセル化リポソーム表面酵素または蛋白質蛋白質の相互作用の6,7による悪影響を防止しながら酵素固定化を有効にするのに示されています。また、リポソームは、その天然の脂質二分子膜環境の8,9,10で単一膜蛋白質を研究するユニークな可能性を提供しています。

膜タンパク質、トランスポーター、クラス蛋白質は脂質二重膜 (例えばリポソーム)11に再構成されたときにだけ勉強することができます動作、セル膜を渡る物質の方向転流を練習します。 12,13。たとえば、プロトン透過経路、原核生物と真核生物の電子輸送鎖のいくつかの酵素によって展示は ATP 合成に使用されるプロトン動機力を作成することによって細胞呼吸において重要な役割を果たしています。この場合、多くの場合このプロセスの詳細なメカニズムは、とらえどころのないままがプロトン ポンプ機能は電子伝達と結合されます。

最近では、プロトン ポンプの大腸菌(シトクロムbo3) ターミナル ユビキノール酸化酵素の単一の酵素の活性を研究する電気化学とカップル蛍光検出する可能性を示した14リポソームに再構成しました。これEからリポソームの内腔 pH 感応膜不浸透性蛍光色素のカプセル化によって達成されました。大腸菌極性脂質 (図 1 a)。タンパク質の量は、ほとんどリポソームは (ポアソン分布) によるとないまたは 1 つだけ溶解酵素の分子をも含んだに最適化されていました。シトクロムbo3の 2 枚の基板は、ユビキノンをソリューションでリポソームと (アンビエント) 酸素を形成脂質ミックスに追加することによって提供されました。リポソームは半透明な超滑らかな金電極、6 mercaptohexanol の自己組織化膜で覆われているまばら吸着します。最後に、電極は簡単な分光電気化学セル (図 1 b) の下部にマウントされています。キノン プールの酸化還元状態の電気化学的制御により、柔軟にトリガーしたり、または pH 感受性色素によってプロトン透過の結果としてリポソームのルーメン内の pH の変化を監視するために使用中にいつでもでも酵素反応を停止する 1 つ、酵素。使用して 2 番目、脂質バインド蛍光染料、サイズおよび個々 のリポソームのボリュームの蛍光強度を決定することができます、このように酵素のプロトン ポンプ機能の定量化。この手法を使用すると、特にわかったシトクロムbo3分子がプロトン動機力をすばやく消える自然リーク状態に入ることができます。この記事の目的は、詳細に単一リポソーム測定の手法を紹介します。

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プロトコル

1. 脂質/UQ-10/FDLL ミックスの準備

注: E. 大腸菌脂質リポソームの調製に使用は避けようとユビキノン 10 (酵素基質) と長波長蛍光色素標識脂質 (リポソーム サイズ決定) の前に徹底的に混合をする必要があります、再構成。

  1. ガラス製注射器を使用して、脂質極性のクロロホルム在庫転送 200 μ L を 5 mg 因数にガラスの瓶に大腸菌(25 mg/mL) から抽出します。
  2. 1 mg/mL ユビキノン 10 の 50 μ L を追加 (UQ 10; クロロホルム) UQ 10 の最終的な比率を確認する脂質に: 脂質 1: 100 (1%/w)。
  3. 脂質/UQ-10 ミックスに 1 mg/mL (0.4%/w) 長波長蛍光色素標識脂質 (FDLL) の 20 μ L を追加します。
  4. 短いボルテックスによってクロロホルム溶液を均質化し、ほとんどの穏やかな窒素またはアルゴンの流れの下でクロロホルムを蒸発させます。少なくとも 1 時間のための真空の下でそれ以上の蒸発によって完全クロロホルム痕跡を削除します。
    注: 脂質因数は-20 ° C で不活性雰囲気下で数ヶ月保存できます。

2. シトクロムbo3の再構成

注: シトクロムbo3 エシェリヒア属大腸菌からの浄化、Rumbleyからプロトコルに従ってください。15ネイティブに折り返されている酵素試料の高純度を確保するため、Rumbleyによって記述されたアフィニティ精製ステップ後サイズ排除クロマトグラフィーを追加します。15

  1. 4、pH 7.4、脂質/UQ-10/FDLL 乾燥の 1 つの因数 (5 mg, 手順 1.4) をミックスし、脂質膜を完全に再停止、超音波浴治療の 2 分後まで渦を混ぜて 40 mm モップ-島/60 ミリメートル K2312.5 μ L を追加します。
  2. 25 mM 8-ヒドロキシピレン-1,3,6-trisulphonic 酸 (深海) リポソームの内部にカプセル化する必要があります pH 敏感な蛍光染料の 125 μ L を追加します。
  3. 250 mM n-オクチル-β-d-グルコピラノシド (OGP) 界面活性剤の 137.5 μ l 添加、ボルテックスを使用してミックスし、すべて脂質は界面活性剤ミセルに可溶化できるように 10 分間超音波水浴の超音波。1.5 mL プラスチック チューブに分散を転送します。
    注: 脂質の曇った懸濁液界面活性剤で可溶化後透明になります。
  4. シトクロムbo3の必要な量を追加 (下のメモを参照) (シトクロムbo3ソリューション プラス水) 50 μ L の総ボリュームを作成する超高純度の水を加える。ローラー ミキサー上で 10 分間の 4 ° C で孵化させなさい。
    注: 単一の酵素条件の典型的な量は 0.1 – 0.2% (w/w タンパク質-脂質すなわち。 タンパク質の 5-10 μ g) 目標が電気化学の活動 (下記参照) のみを観察する場合は 1-2% (蛋白質の 50-100 μ g) まで増やすことができますが。ネガティブ コントロールとしてシトクロムbo3なしリポソームを用意できます。
  5. 2 x 50 mg とポリスチレン ビーズの 2 x 100 mg 4 1.5 mL チューブのキャップに重量を量るし、乾燥を防ぐためにパラフィン フィルムを閉じます。
    注意: 使用前にポリスチレン ビーズ メタノールで洗浄する必要があります、水、製造元の説明書に従って水に格納されています。
    注: 水/ビーズの混合物を使用する場合ポリスチレン ビーズ便利な転送できます広い先端のピペットでキャップします。水は、細い先端にマイクロ ピペットを使用してビーズから削除できます。
  6. 分散 1.5 mL プラスチック チューブにポリスチレン ビーズとキャップを入れて、秒のカップルのため短いスピンを実行することによって溶解混合物 (ステップ 2.4) にポリスチレン ビーズの 1st50 mgを追加します。4 ° C で30 分の界面活性剤を吸着するポリスチレン ビーズ用ローラー ミキサーで孵化させなさい。
    1. ポリスチレン ビーズと孵化の追加を次のように繰り返します: マイクロ ビーズの孵化; の60 分50 mgを追加60 分の孵化; のためのマイクロ ビーズの100 mgを追加します。120 分インキュベーションのためのマイクロ ビーズの100 mgを追加します。
      注: プロテオリポソームが形成されて、解決されたマイクロ ビーズ上のソリューションに段階 2.6 半透明なります。
  7. 細い先端にマイクロ ピペットを使用してポリスチレン ビーズからプロテオリポソーム ソリューションを分離します。だから 20 mM モップ-島/30 ミリメートル K2の 90 mL で分散を希釈4、pH 7.4 (モップ バッファー) と Ti45 の遠心管に移転。
  8. 遠心型 45 Ti を使用して分散、プロテオリポソームのペレットを 1 時間 (r最大) で 125,000 x g でローター。
    注: 大規模なバッファー量の希釈が最終的な懸濁液中でカプセル化された深海の濃度を低減するのに役立ちますは、小さい遠沈管を使用できます。
  9. 上澄みを廃棄、4、pH 7.4 バッファー (ペレットを再) なし、20 mm モップ-島/30 ミリメートル K2ペレットをすすいでください。洗浄バッファーを破棄した後再薄い先端マイクロ ピペットで来たり、それをピペッティングによるモップ バッファーの 500 μ L で、プロテオリポソームは中止します。1.5 mL プラスチック チューブに転送します。
  10. 瓦礫の撤去に 12,000 × g で 5 分間懸濁液を遠心します。新しい瓶に上清 (再構成プロテオリポソーム) を転送します。
  11. 4 ° C で再構成プロテオリポソームの分散は一晩を保存し、2 日以内に使用します。

3. 半透明電極の作製

注: 金の滑らかな表面は平坦界面を有するシリコンウェハから 99.99% 金の 30 nm 厚層のテンプレート除去法によって得られます。半透明蛍光観察を許可することはする必要がありますので、金の層の小さい厚さは重要です。金蒸着 (PVD 物理蒸着法) の詳細見つけることができます他の場所で16とだけテンプレート除去はここで覆われています。また、超滑らかなゴールド チップ購入できます他の場所 (材料の表を参照してください)。

  1. 最大 9 ガラス カバー スリップ (厚さ 0.17 mm) bi コンポーネント低蛍光エポキシ樹脂を用いた蒸着金表面に接着します。4 h で 80 ° C で接着剤を治します。
  2. 自己組織化単分子膜 (ステップ 4) 変更の直前に刃を持つシリコン基板からガラス カバー スリップをデタッチします。カバー スリップの薄さのためには、割れていない、またはスライド ガラスを破るにカバー スリップを取り外す際に世話します。

4. 自己組織化単分子膜 (SAM) 金表面の改質

  1. 1 mM 6 mercaptohexanol (6MH) 水溶液 5 mL を準備します。
  2. 6MH ソリューションに新鮮な戸建ゴールド コーティング カバー スリップ (ステップ 3.1) を浸し、一晩 20-25 ° c を残す (> 16 h) SAM を形成します。
    注: チオール ソリューション ゴールド コーティング カバー スリップをインキュベートするとき密閉容器を使用する必要がありますので、不快な臭いがあります。
  3. 次の日、ゴールド コーティング カバー スリップを 6MH ソリューションから削除、水やメタノールとし、イソプロパノールを簡単に洗います。穏やかな気流下で乾燥。

5. 電気化学プロテオリポソーム アクティビティのテスト

メモ: 酵素の電気化学の活動は密接に詰まったたくさんのリポソーム層 (手順 5) 検証最初、下の小胞のカバレッジは、リポソーム (手順 6) の内腔の pH 変化を測定する実験では単一の小胞使用されます。

  1. 分光電気化学セルのゴールド コーティング カバー スリップを組み立てる (図 1参照)。作るゴム o リングによって定義される領域外フラット ワイヤの金目たるへのお問い合わせ。
  2. 電解質緩衝液 2 mL を追加し、セルの参照と補助電極を配置します。
    注: ディスカッション セクションとしてさらに説明されて、参照電極塩化せず Au (I) 電気化学の間に Cl の形成を防ぐことが推奨されます。ここでは、Hg/Hg2SO4 (土。K2SO4) 参照電極を用いるし、電位は標準水素電極 (SHE) 対使用する与え 0.658 V 対彼女 Hg/Hg2その4 (土。K24)。
  3. オープンセル潜在的な (OCP) 潜在的なサムの品質を評価するために電気化学インピー ダンス分光法 (0.1 Hz から 100 kHz) を実行します。インピー ダンス値をアドミタンスに変換、コール ・ コール プロット、ω は周波数をプロットする 2πω で割ります (以下の16,17,18変換やインピー ダンスの解釈の詳細については参照を参照してください。スペクトル)。
    注: 6MH の小型・高密度の Sam が近くへ与えコール ・ コール プロットの半円形、範囲中のキャパシタンス値 2.5 3.0 μ F/cm2 (図 2 a)。半円形の形や範囲外の容量値からの重要な偏差が得られる場合は、電極を変更します。
  4. スキャン率 100 と 10 mV/s の潜在的な地域-0.3 – 空白サイクリックボルタモ (CVs) を実行 0.8 V。一般的な履歴書は、(図 2 b破線) に表示されます。
    注: ここで使用されるには、ほぼ純粋な容量性挙動と周囲の酸素条件下においても、重要なファラデー電流の不在のこれも示す必要があります。
  5. 電気化学セルにプロテオリポソーム (0.5 mg/mL 最終脂質濃度、シトクロムbo3脂質の 1-2% (w/w) 比) を加え、ピペットで少し混ぜます。プロテオリポソーム電極表面上の吸着が完成 (室温で 30-60 分) まで待ちます。
    注: 手順に従うプロテオリポソーム吸着時に 10 mV/s でサイクリックボルタモ (CVs) を実行できます。吸着は、連続した CVs の変更を停止すると終了します。履歴書のテクニックに関する情報は、次の教科書で見つけることが。19,20
  6. 10 回以上の緩衝液を変更することによりセルを洗う、電極表面を完全に乾燥に放置しないでください。
  7. OCP (図 2 aブルーライン) 金電極上の SAM は変更されませんを確認するために電気化学インピー ダンス分光法を実行し、履歴書とスキャン レート 10 と 100 mV/s シトクロムによる触媒ユビキノール酸化 (と酸素還元) を観察するにはボー3発症電位 0 V 対彼女について電気化学的キノン還元) (図 2 b)。

6 酵素のプロトン蛍光顕微鏡によるポンプの検出

  1. 手順 5 がステップ 5.5 (すなわち、5 μ G/ml) と比較して少ないプロテオリポソーム x 100 を使用してのように金電極を変更します。単一の酵素研究脂質比率 0.1 から 0.2 にシトクロムbo3で下げ % (w/w)。
    注: リポソームまばら蛍光顕微鏡による単一の小胞の監視を有効にする電極表面吸着されます。これらの単一酵素条件下で電極表面に固定化した酵素の量は触媒電流の観測のために十分ではありません。
  2. イマージョン オイルのドロップで倒立蛍光顕微鏡の石油目的 (60 X) に電気化学セルを配置します。FDLL 蛍光性のための適切なフィルターを使用して、電極表面に焦点を当てます。単一リポソームは、対物/レンズの回折限界で明るいスポットとして表示されます。FDLL 蛍光性のイメージを取る。
  3. 深海蛍光がはっきりと見えるように、背景から区別可能であることを確認するための顕微鏡の深海蛍光フィルター セットのいずれかに切り替える (選択した露光時に手順 6.4 を参照)。場合ではない場合は、光の強度を高めます。
  4. 深海フィルタ セットの 2 つを交互に時限画像集録を実行する顕微鏡のソフトウェア プログラム (メニューアプリケーション |Define/Run ND 獲得)。最低限画像買収の間の遅延を設定します。この実験では、1 秒露出と 0.3 秒遅れ (砲塔の動き) を使用します。
    注: これらの 2 つのチャネルでの蛍光強度比が後に各時点でのリポソーム内 pH に変換されます。買収の期間、予想される pH 変化率によって異なります5 分は、この資料で使用されます。
  5. 画像の取得中に可能性を変更する、ポテンシオスタットの設定を調整します。たとえば、この実験では、次の順序を使用: 0-60 s: 潜在的な適用されません (すなわちOCP);60-180 s:-0.2 V (対彼女);180-300 s: 0.4 V (対彼女)。この場合は、2 番目のフェーズでのみ適用される可能性 (-0.2 V 対彼女) キノン プールを効率的に削減するだけで十分です。
  6. 同時に両方の測定を手動で開始して時限画像集録 (顕微鏡) および潜在的なシーケンス (ポテンシオスタット) を同時に実行します。
    注: 実験繰り返すことができます同じ電極にいくつかの時間表面に顕微鏡ステージを別の領域に移動します。買収の間の遅延は、リポソーム表面に完全な pH 平衡を保証するために、少なくとも 5-10 分をする必要があります。取得中に深海のフォトブリーチングによる限られたがイメージングの時間、期間が異なると潜在的なパターンを必要に応じて適用できます。

7. 蛍光画像の解析

注: 典型的な実験は 2 つのチャネル、すなわち、それぞれの時間ステップ (例えば2.6 秒) 画像のセットを生成 (期間 * 2/2.6) の画像。設定が記録される単一の酵素の実験中にこのような画像の例は、研究データ リーズ リポジトリ21を介してアクセスできます。画像処理は、フィジー (ImageJ) とプログラミング言語ソフトウェア (ソフトウェアをスクリプトとして詳細については材料の表を参照するくださいと今後は呼ばれる) 高度な数学的分析を使用していくつかの手順で構成されます。

  1. フィジーを使用して、別の時間の経過ファイル、イメージを合わせ、別々 のチャンネルと時間枠として保存します。
    1. フィジーの内で提供される Bioformats インポーターを使用して開いている時間の経過ファイル (マクロ コマンド: 実行 (「バイオ フォーマット インポーター」)).
    2. StackReg プラグインを使用して可能な段階の動きを考慮して最初の 1 つに各フレームを配置するまたは買収時に発生した熱のドリフト (マクロ コマンド: 実行 ("StackReg"、"変換翻訳を ="))。
    3. 各チャンネル、時間ステップごとの個別の非圧縮画像ファイルを TIFF 形式で 1 つのフォルダーに保存します。
    4. 時間経過ファイル メタデータから各フレームの正確なタイムスタンプを抽出し、画像と同じフォルダーに CSV ファイルとして保存します。また、タイムスタンプ取得ソフトウェアを使用してを抽出し、表計算ソフトを使用して CSV ファイルを手動で保存します。
      注: イメージとタイムスタンプを持つフォルダーはスクリプトのソフトウェアで分析する準備ができました。7.1.1 の手順を実行します。-7.1.4。フィジーのスクリプトを使用して自動化することができます (時間経過ファイルのバッチ処理を提供するために、Python で書かれたスクリプト"Ctrl-shift キー-N"(Windows) で、ファイルを使用して、|開いているスクリプトをロードする)。
  2. 画像の自動化処理のためのスクリプティングのソフトウェアを使用します。ソフトウェアに用意されているコードを読み込むし、最後に実行] をクリックします。プロンプトが表示されたら、手順 7.1 から画像を含むフォルダーを選択します。
    注: 解析用のスクリプトは、単一リポソームを識別、それらを合わせて 2D ガウス関数、それらをフィルタ リング、時間の各ポイントで pH 値を定量化するための広範なコメント、mlx 形式ライブ スクリプトとして提供されます。次のサブ手順は、スクリプトによって自動的に実行されます。
    1. 単一の実験のすべてのタイム フレームの画像をメモリに読み込みます。
    2. 単一チャネル (選択最高の蛍光強度のチャネル) のすべての画像を平均し、単一リポソームに対応するすべての最大値を識別するために平均化されたイメージを使用します。
    3. フィット 2D ガウス平均画像を特定の最大値機能し、保存、結果に合わせて各リポソームのパラメーター (装備リポソームたとえば図 4 aを参照してください)。
    4. サイズ、真円度や強度など、予想される単一リポソームの基準の最大値をフィルター処理します。低信号対雑音のため装着が不十分なリポソームを拒否、密接に隣接するリポソームまたはあまりにも画像のエッジに近い。
    5. タイムスタンプを外部ファイルから読み込むし、各時間枠のイメージに 2D ガウス関数に各フィルターが適用されたリポソームを個別に適合。
      注: 並列プログラミング、マルチコア CPU の使用は大きく、この段階で計算速度を向上できます。
    6. 各時間枠に適用されて手順 7.2.4 と同様の基準に従って再びリポソームをフィルター処理します。
    7. 時間ステップごとに 2 つのチャンネルを装備の 2D ガウス関数で囲まれたボリュームの比率としてリポソームの蛍光強度比を定義します。2 つの深海チャネルから決定され、校正曲線 (手順 8) の強度の比から pH 値を計算します。リポソームの結果 pH-時間曲線をプロットし、変更可能性が適用されるときの pH を観察します。

8. 深海蛍光の検量線を実行します。

注: 深海蛍光比を小 pH に変換するには、検量線確立されなければならない最初金透過率、フィルター品質など実験の特定の条件を考慮とします。この手順は一回実行される、セットアップと測定パラメーターは手順 6 でそのまま限り校正データを使用できます。

  1. (シトクロムbo3手順 5 および 6.1 で説明したよう) なしまばらに吸着したリポソームと電極を準備します。
  2. 濃度 100 ng/mL を作成するバッファーの 2 mL にエタノールで 0.1 mg/mL グラミシジン溶液 2 μ L を追加します。
  3. 2 つの深海チャネルの 2 つの蛍光画像をキャプチャします。
  4. 1 M HCl または 1 M H2の小さい因数の添加による細胞の pH を変更するので4。標準的な pH メーターとバッファーの pH を測定し、2 つの深海チャネルの 2 つの蛍光イメージをキャプチャします。
  5. Ph 6 に 9 の 8.4 の手順を繰り返します。
  6. 7.2 からアルゴリズムを使用して、フィット、フィルターおよびすべての pH で個々 のリポソームの平均深海蛍光比を計算します。すべてリポソーム上深海比の平均を取る。
  7. 次のように結果の pH 比依存性に合います。
    figure-protocol-1、、 pKRRbがフィッティングします。
  8. PK RRb7.2.7 の手順で個々 のリポソームの深海比を変換に使用します。pH 値。

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結果

6MH のサムと金変更カバー スリップ (電極) の品質は、電気化学インピー ダンス分光法による各実験の前にチェックされます。図 2 aは、リポソームが吸着した前後に電気化学インピー ダンス分光法を用いて代表的なコール ・ コール プロットを示しています。サムの品質で十分な場合、インピー ダンス分光法は半円形のコール ・ コール プロットの結果ほぼ純粋な容量性動作を示す必要があります。コール ・ コール プロットで半円の直径 2.5 3.0 μ F/cm2の範囲にあるべき電極表面の二重層容量に等しくなります。容量変更しないでください大幅リポソーム吸着容量のわずかな増加が注意した (高リポソーム カバレッジ、図 2 a下) または低インピー ダンスでのわずかなシフトを観測できます。周波数 (低リポソーム カバレッジ、図 2 a上)。

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ディスカッション

記載されているメソッドは、プロトン ポンプ リポソームに再構成することができます呼吸膜タンパク質の研究に適してキノン プールと電子を交換することができます。プロトン ポンプ機能は、pH に敏感な (レシオ) 染料リポソーム ルーメン (図 1 a) でカプセル化を使用して単一酵素レベルで監視できます。

メソッドは、サム18電極と電子を交換する脂質二重膜に組み込まれて、ユビキノン (または他のキノン) の能力に依存します。SAM 修飾金電極のプロパティは非常に固有です。リポソームは、吸着、サムと SAM に痩せて急速な酸化とリポソームのキノン プールの縮小を有効にする必要がありますする必要があります。重要なは、電極とリポソームとの相互作用は脂質の膜の整合性を損なわない十分に弱い必要があります。さらに、実験システムの詳細に応じていることが望ましい酸素還元などの側の金触媒反応に SAM の防ぐことができます。最後に、SAM を使用する潜在的なウィンドウ内で安定している必要があります...

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開示事項

著者が明らかに何もありません。

謝辞

著者は、BBSRC (BB/P005454/1) の金融支援を認めます。NH は、VILLUM 財団若手研究者プログラムによって資金を供給されました。

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材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
6-メルカプト-1-ヘキサノール (6MH)シグマ45108897%
8-ヒドロキシピレン-1,3,6-トリスルホン酸 (HPTS)BioChemika56360
アルミホルダー (電気化学セル)カスタムメイド30x30x7 mm; 内径 26 mm; 穴径 15 mm
補助電極プラチナ線
クロロホルムVWR化学薬品83627
大腸菌極性脂質Avanti100600C25 mg/mL クロロホルム
エポキシEPO-TEK301-2FL低蛍光エポキシ
フィジー (ImageJ 1.52d)必要なプラグイン: StackReg および TurboReg (http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/)
フィルターキューブ (「ATTO633」)Chroma Technology Corporation例:620/60 nm;DM:660 nm;Em:700/75 nm
フィルターキューブ(「HPTS1」)Chroma Technology Corporation例:470/20 nm;DM:500 nm;Em:535/48 nm
フィルターキューブ(「HPTS2」)Chroma Technology Corporation例:410/300 nm;DM:500 nm;Em:535/48 nm
フィルターキューブ(「テキサスレッド」)Chroma Technology Corporation例:560/55 nm;DM:595 nm;Em:645/75 nm
蛍光色素標識脂質(FDLL)ThermoFisher ScientificT1395MPTexasRed-DHPC(&λ;EXC 595 nm;&ラムダ;em 615 nm)
蛍光色素標識脂質 (FDLL) (代替)ATTO-TECAD 633-161ATTO633-DOPE を代替 (& ラムダ;EXC 630 nm;&ラムダ;em 651 nm)
ゲルろ過カラムGE Healthcare28-9893-33HiLoad 16/600 Superdex 75 pg、追加のタンパク質精製用
ガラスカバースリップVWR International631-0172No 1.5
ガラスシリンジHamilton1725 RNR250 µL
ガラスバイアルScientific Glass Laboratories LtdT101/V1容量 1.75 mL
GoldGoodFellow99.99%
グラミシンΣG5002
硫酸水銀 参照電極放射計 (ハッシュ)E21M012
微量遠心機エッペンドルフMinispin NL040
顕微鏡ニコンエクリプスTi
顕微鏡カメラAndorZyla 5.5 sCMOS
顕微鏡ランプニコンIntensilight C-HGFI
NIS-Elements AR 5.0.2コン顕微鏡取得ソフトウェア
n-Octyl β-D-glucopyranosideメルフォード研究所B2007
Nova 1.10Metrohmポテンショスタット制御ソフトウェア
ObjectiveNikonPlan Apo λ 60x/1.4 oil
OriginPro 2017OriginLabプロットソフトウェア
Oリング(電気化学セル)Orinoko内径:16 mm; 断面積:1.5 mm
プラスチックチューブEppendorf3810X1.5 mL
ポリスチレンマイクロビーズBio-RAD152-3920Biobeads, 20-50 mesh
ポテンショスタットメトローム AutolabPGSTAT 128N
ポテンショスタットCH 機器CHI604C
スクリプティングソフトウェアMatlabR2017a必要なツールボックス: 'Image Processing Toolbox', 'Parallel Computing Toolbox', 'Curve Fitting Toolbox', 'System Identification Toolbox','Optimization Toolbox'Silicon
wafersIDB Technologies LtdSi-C2 (N<100>P)Ø 25 mm、525 um厚
テフロンセル(電気化学セル)カスタムメイド外径:26 mm; 内径:13.5 mm
テンプルストリップ超フラットゴールド表面Platypus TechnologiesAU.1000.SWTSGすぐに使える超フラットゴールド表面(厚さ100nm以下オンデマンド)
薄いマイクロピペットチップSarstedt70.1190.100または同様のゲルローダーチップ200µL
ユビキノン-10シグマC-9538
超遠心分離機ベックマン・コールターL-80XPTi 45 ローター付き
超音波浴フィッシャー・サイエンティフィックFB15063
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参考文献

  1. Claessen, V. I., et al. Single-Biomolecule Kinetics: The Art of Studying a Single Enzyme. Annual Review of Analytical Chemistry. 3 (1), 319-340 (2010).
  2. Rojek, M. J., Walt, D. R. Observing Single Enzyme Molecules Interconvert between Activity States upon Heating. PLoS ONE. 9 (1), e86224(2014).
  3. Velonia, K., et al. Single-Enzyme Kinetics of CALB-Catalyzed Hydrolysis. Angewandte Chemie International Edition. 44 (4), 560-564 (2005).
  4. Lu, H. P., Xun, L., Xie, X. S. Single-molecule enzymatic dynamics. 282 (5395), Science. New York, N.Y. 1877-1882 (1998).
  5. Engelkamp, H., Hatzakis, N. S., Hofkens, J., De Schryver, F. C., Nolte, R. J. M., Rowan, A. E. Do enzymes sleep and work? Chemical Communications. 9 (9), 935-940 (2006).
  6. Boukobza, E., Sonnenfeld, A., Haran, G. Immobilization in Surface-Tethered Lipid Vesicles as a New Tool for Single Biomolecule Spectroscopy. The Journal of Physical Chemistry B. 105 (48), 12165-12170 (2001).
  7. Hsin, T. -M., Yeung, E. S. Single-Molecule Reactions in Liposomes. Angewandte Chemie International Edition. 46 (42), 8032-8035 (2007).
  8. García-Sáez, A. J., Schwille, P. Single molecule techniques for the study of membrane proteins. Applied Microbiology and Biotechnology. 76 (2), 257-266 (2007).
  9. Onoue, Y., et al. A giant liposome for single-molecule observation of conformational changes in membrane proteins. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes. 1788 (6), 1332-1340 (2009).
  10. Jefferson, R. E., Min, D., Corin, K., Wang, J. Y., Bowie, J. U. Applications of Single-Molecule Methods to Membrane Protein Folding Studies. Journal of Molecular Biology. 430 (4), 424-437 (2018).
  11. Rigaud, J. L., Pitard, B., Levy, D. Reconstitution of membrane proteins into liposomes: application to energy-transducing membrane proteins. BBA - Bioenergetics. 1231 (3), 223-246 (1995).
  12. Jesorka, A., Orwar, O. Liposomes: Technologies and Analytical Applications. Annual Review of Analytical Chemistry. 1 (1), 801-832 (2008).
  13. Seddon, A. M., Curnow, P., Booth, P. J. Membrane proteins, lipids and detergents: Not just a soap opera. Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 1666 (1-2), 105-117 (2004).
  14. Li, M., et al. Single Enzyme Experiments Reveal a Long-Lifetime Proton Leak State in a Heme-Copper Oxidase. Journal of the American Chemical Society. 137 (51), 16055-16063 (2015).
  15. Rumbley, J. N., Furlong Nickels, E., Gennis, R. B. One-step purification of histidine-tagged cytochrome bo3 from Escherichia coli and demonstration that associated quinone is not required for the structural integrity of the oxidase. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology. 1340 (1), 131-142 (1997).
  16. Jeuken, L. J. C., et al. Phase separation in mixed self-assembled monolayers and its effect on biomimetic membranes. Sensors and Actuators, B: Chemical. 124 (2), 501-509 (2007).
  17. Barsoukov, E., Macdonald, J. R. Impedance Spectroscopy Theory, Experiment, and Applications. , John Wiley & Sons. Chapters 1-2 (2005).
  18. Jeuken, L. J. C., Connell, S. D., Henderson, P. J. F., Gennis, R. B., Evans, S. D., Bushby, R. J. Redox Enzymes in Tethered Membranes. Journal of the American Chemical Society. 128 (5), 1711-1716 (2006).
  19. Compton, R. G., Banks, C. E. Chapter 4. Understanding voltammetry. , World Scientific Publishing Europe Ltd. Singapore. (2018).
  20. Girault, H. H. Chapter 10. Analytical and Physical Electrochemistry. , EPFL Press. Lausanne. (2004).
  21. Mazurenko, I., Jeuken, L. J. C. Timelapse (movie) of single vesicles fluorescence change upon potential application. , (2018).
  22. Li, M., Khan, S., Rong, H., Tuma, R., Hatzakis, N. S., Jeuken, L. J. C. Effects of membrane curvature and pH on proton pumping activity of single cytochrome bo3enzymes. Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics. 1858 (9), 763-770 (2017).
  23. Li, M., Tuma, R., Jeuken, L. J. C. MATLAB code for the analysis of proton transport activity in single liposomes. , (2017).
  24. Li, M., Tuma, R., Jeuken, L. J. C. Time-resolved fluorescence microscopic data (traces) of individual lipid vesicles with proton transport activity. , (2017).
  25. Paula, S., Volkov, A. G., Van Hoek, A. N., Haines, T. H., Deamer, D. W. Permeation of protons, potassium ions, and small polar molecules through phospholipid bilayers as a function of membrane thickness. Biophysical Journal. 70 (1), 339-348 (1996).
  26. Brookes, P. S., Hulbert, A. J., Brand, M. D. The proton permeability of liposomes made from mitochondria) inner membrane phospholipids: No effect of fatty acid composition. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes. 1330 (2), 157-164 (1997).
  27. Eriksson, E. K., Agmo Hernández, V., Edwards, K. Effect of ubiquinone-10 on the stability of biomimetic membranes of relevance for the inner mitochondrial membrane. Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 1860 (5), 1205-1215 (2018).
  28. Seneviratne, R., et al. A reconstitution method for integral membrane proteins in hybrid lipid-polymer vesicles for enhanced functional durability. Methods. , 1-8 (2018).
  29. Veshaguri, S., et al. Direct observation of proton pumping by a eukaryote P-type ATPase. Science. 351 (6280), 1-6 (2016).

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