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Research Article
Diana Martínez-Matamoros1, Socorro Castro-García1, Gabriela Ojeda Romano2, Miguel Balado3, Jaime Rodríguez1, Manuel L. Lemos3, Carlos Jiménez1
1Centro de Investigacións Científicas Avanzadas (CICA), Departamento de Química, Facultade de Ciencias,Universidade da Coruña, 2Centro de Investigacións Científicas Avanzadas (CICA), Unidad de Comunicación y Divulgación,Universidade da Coruña, 3Department of Microbiology and Parasitology, Institute of Aquaculture,Universidade de Santiago de Compostela
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
この研究は、磁気ナノ粒子の調製のためのプロトコル、SiO2でのコーティング、続いて(3-アミノプロピル)トリエトキシシラン(APTES)とのアミン官能化と、コクニル部分をリンカーとして使用したデフェキサミンとの結合を説明する。すべての中間ナノ粒子と最終コンジュゲートに対してY.エンゴコリティカを用いた深い構造特性評価の説明および捕獲細菌アッセイも詳細に説明する。
本研究では、磁気ナノ粒子の合成、SiO2によるそのコーティング、2続いて(3-アミノプロピル)トリエトキシシラン(APTES)とのアミン官能化と、エルシニアエンゴコリチカによって認識される副腎泳動であるデフェオキシアミンとの共役が、コルチニル部分をリンカーとして用いた。
マグネタイト(Fe3O4)の磁性ナノ3粒子(MNP)をソルボ熱法で調製し、ステーバー法を用いてSiO2(MNP@SiO2)で被覆し、続いてAPTESとの官能化を行い、その後にAPTES(MNP@SiO2@NH2)を用いた。2 222次いで、フェロキサミンをカルボジイミドカップリングによりMNP@SiO2@NH2と共役し、MNP@SiO2@NH2@Faを与えた。222コンジュゲートおよび中間体の形態と特性は、粉末X線回折(XRD)、フーリエ変換赤外分光法(FT-IR)、ラマン分光法、X線光電子分光(XPS)、透過電子顕微鏡(TEM)、エネルギー分散X線(EDX)マッピングを含む8つの異なる方法で調べた。この徹底的な特徴付けにより、コンジュゲートの形成が確認された。最後に、ナノ粒子の容量と特異性を評価するために、それらは、エルシニアエンテオコリチカを用いた捕獲細菌アッセイで試験した。
MNPを用いた細菌検出方法は、抗体の分子認識に基づく、アプタマー、バイオプロテイン、病原性細菌1によってMNPに結合した炭水化物。シレブロフォアは細菌の外膜上の特定の受容体によって認識されることを考慮に入れて、彼らはまた、それらの特異性を増加させるためにMNPにリンクすることができます2.シドロフォアは、細菌3、44によるFe3+取り込み3に関与する小さな有機分子である。サイドロフォアとMNPの間のコンジュゲートの調製と、細菌の捕獲および単離に対する評価はまだ報告されていない。
小分子を用いた磁性ナノ粒子のコンジュゲート合成における重要なステップの1つは、MNPの表面に小分子が結合していることを確認するために結合の種類または相互作用の選択である。このため、磁気ナノ粒子とフェロキサミン(エルシニア・エンゴコリチカが認識するシドロフォア)とのコンジュゲートを調製する手順は、MNPの変更可能な表面の生成に焦点を当て、カルボジイミド化学によってシデロフォアに共有結合することを可能にした。均一なマグネタイトナノ粒子(MNP)を得るために、核形成及びサイズ制御を改善するために、ベンジルアルコールとのソルボ分解反応を、振盪せずに熱ブロック中に運んだ。次いで、水性媒体6におけるナノ粒子懸濁液の保護と安定性を向上させるステーバー法によりシリカコーティングを生成した。フェロキサミンの構造を考慮して、シデロフォアと共役する適切なナノ粒子(MNP@SiO2@NH2)2を生成するためにアミン基の導入が必要である。2これは、ソルゲル法7を用いてシリカ改変ナノ粒子(MNP@SiO2)の表面に存在するアルコール基を用いて(3-アミノプロピル)トリエトキシシラン(apTES)の凝縮によって達成された。
並行して、フェロキサミン鉄(III)錯体は、水溶液中のアセチルアセトネートの鉄と市販のデフェオキサミンを複合化することによって調製した。N-スクシニルフェロキサミンは、リンカーとして作用するスクシニル基を持ち、コハク酸無水とフェロキサミンの反応により得られた。
MNP@SiO2@NH22とN-succinylferoxamineの間の結合は、MNP@SiO2@NH@Fa@を与えるために、カップリング試薬ベンゾトリアゾール-1-イルオキシトリス-()を使用してカルボジイミド化学を介して行った( ジメチルアミノ)-ホスホニウムヘキサフルオロリン酸(BOP)及び1-ヒドロキシベンゾトリアゾール(HOBt)を軟質塩基性培地中でN-スクシニルフェロキサミン8中の末端酸基を活性化する。 N2
MPが特徴付けられると、野生型(WC-A)およびフェロキサミン受容体FoxAを欠くY.エンテオコリチカ(FoxA WC-A 12-8)の変異体を捕捉する、裸で機能的な磁気ナノ粒子の能力を評価した。プレーンMP、機能化されたMPおよび共役MNP@SiO2@NH@Faは、各@Y.エンゴコリチカ株と相互作用することを許可した。バクテリア共役凝集体を、磁場の印加により細菌懸濁液から分離した。分離した凝集体をリン酸緩衝生理食塩液(PBS)で2回リンスし、PBSで再懸濁して連続希釈を調製し、次いでコロニー計数用にメッキした。このプロトコルは、MNP@SiO2@NH@Faの合成の各ステップ、全ての中間体および共役体の構造的特徴付け、および中間体に関するコンジュゲートの特異性を評価する容易な方法として細菌捕獲アッセイを示す。9
注:不活性雰囲気条件下で行われた反応については、すべてのガラス製品は、以前に65°Cでオーブンで乾燥し、ゴム中隔で密封し、アルゴンで3回パージしました。
1. フェロキサミンと共役した磁性ナノ粒子の合成
2. ナノ粒子を用いた病原性細菌の捕獲を定量化するY.エンテゴコリチ株による細菌アッセイ
各中間体と最終コンジュゲートの形態と特性を決定するために、徹底的な構造特性化が行われます。この目的のために、技術XRD、FT-IR、ラマン分光法、TGA、TEM、EDXマッピングおよびXPSは、共役体の形成を実証するために使用される。X線光電子分光法(XPS)によって獲得されたナノ粒子の表面における原子の酸化状態は、ナノ粒子とシドロフォアとの間の共有結合の形成を確認するための最も関連するデータである。これらの結果に同意して、このプロトコルは再現可能です。
裸MNP、機能化されたMPおよび共役体は、PBS溶液中の各Y.エンゴコリチカ株と混合される。バクテリア-Mpの凝集体は磁石を使用して懸濁液から分離される。凝集体をPBSで2回リンスした後、PBSで再懸濁してコロニーカウント用にメッキされる連続希釈液を調製する。
このプロトコルを用いて調製した中間体および最終的な共役は、合成の各ステップで起こる変化を表示するためにいくつかの技術に提出された。赤外線およびラマン分光法は、合成の各ステップを監視するための簡単かつ迅速な方法を構成します。Si-O、C-Si-C、Fe-O、O=Cアミド振動、FT-IRおよびラマン(下記参照)スペクトルにおけるO=C-Nヒドロキサン酸振動(下記参照)スペクトルに対応する特徴的なバンドの存在は、合成の各ステップで磁気ナノ粒子の表面に起こっていた化学変化の最初の指標であった。
XRDディフラクトグラム
図1は、JCPDSファイル00-003-0863と比較してマグネタイトの合成磁性ナノ粒子(MNP)の組成および結晶構造を確認するために用いたXRD分析を示す。
TEM分析
図2Cは、(111)、(220)、(311)、(420)、(422)、(511)および(440)4.9、2.9、2.4、2.0、1.7、1.6、1.6と一致する電子回折パターンの明るいスポットを示す。一方、図2Dおよび図4Eは、非晶質無機有機材料に埋め込まれた分散MNP粒子(〜10nm)に対応するMNP@SiO2@NH2@FaのTEM画像を示す。2コーティングの厚さは、〜10nm以上です。
EDX分析
EDX マップは、表面上の要素 Fe、O、Si、および C の分布を表示します。図3Aは、MNP@SiO2の表面にSiが存在する様子を明確に示す。フェロキサミンによるアミンの機能化と共役の後、MNP@SiO2@NH@Faのナノ粒子表面上のCの増分が、正常な結合の証拠として図3Bに示されている。
IR分析
裸のMNP、MNP@SiO2、MNP@SiO2@NH2および2MNP@SiO2@NH@FaのFTIRスペクトルを2,図4に示す。2すべてのFTIRスペクトルは、Fe-O振動に関連した600 cm-1で分析のスペクトル範囲内のバンドの始まりを表示します。si-O-Si伸張振動に起因する1050 cm-1の広帯域の存在は、MNP@SiO2、MNP@SiO2@NH2、MNP@SiO2のFTIRスペクトル2に、シ2リカコーティングを確認@NH@Fa。22
MNP@SiO2の FTIR スペクトル (図 4) は、830 ~ 1275 cm -1 (Si-O 結合) の間の広いバンドを表示します。-1MNP@SiO 2@NH2の FTIR スペクトルにおける APTES との機能化の後、おそらく Si-C 結合 (1175 ~ 1250 cm-1の間で予想される) により、より激しくなります。最後に、2995cm-1(C-H伸縮結合)、1640cm-1(O=C-NHアミドII振動)および1577cm-1(O=C-Nヒドロキサミン酸振動)で観察されたバンドをMNP@SiO2のFTIRスペクトルにおいて観察@NH@Fa、ナノ粒子10とのフェロキサミンの結合を確認した。-1 -1 -1
サーモグラビメトリー解析
図5に、有機物や水の添加による重量損失を示すサーモグラビメトリーデータを示す。
ラマン分析
また、裸MNPのシリカコーティングと機能化は、各中間体およびMNP@SiO2@NH@Faのラマン分析によっても確認された(図6)。すべてのラマンスペクトルは、305.8、537.2および665.6cm-1でピークを示し、Fe-O振動(図6A)11)に対応し、713.5cm-1のピーク上の肩を、Si-O-Si振動に関連する(図6B)12。11APTESの官能化後、MNP@SiO2@NH2のラ2マンスペクトルは、SiO2の存在に対応する1001.5および1027.4cm-1で2強烈なピークを表示し、1578.6および1597.9cm-1でSi-C結合の形成を確認する。さらに、703.0cm-1でピークの肩の存在はまた-1、APTES(図6C)13、14の存在13,14を確認した。最後に、1490〜1700cm-1(-1中心1581cm-1)の間の-1広いピークは、MNP@SiO2@NH@FaのラマンスペクトルにおけるSi-C結合およびアミド基に相当する、共役体(図6D)14の形成と一14致している。
XPS 分析
表面上の原子の酸化状態の検討は、XPS分析により行い、構造中の結合形成を確認した。図 7は、さまざまな機能化された MN デバイスと異なる機能化された MN の XPS スペクトルを示しています。MNPの場合、C1の狭いピークは、合成中にサンプルを取り扱う際の不純物による可能性があります。炭素の導入は、MNP@SiO2@NH2および2MNP@SiO2@NH@FaスペクトルにおいてC-Cおよび2C-H結合として観察される。N1sスペクトルの399 eVでのピークの分析と、MNP@SiO2@NH@Faに対して観察された減衰は、MNP@SiO2@NH2とフェロキサミンとの間の2アミド結合の形成を確認する。また、ヒドロキサミック部分のN-O結合の存在は、402eVでピークの存在と一致している。Si2pの狭いスペクトルにおけるピークの存在は、全中間体および共役において、シロキサン群15,16,16に対する結合エネルギーと一致している。
Zポテンシャル
Z の潜在的な値は、表 1に示されています。結果は、それぞれMNPとMNP@SiO2の-25.21および-29.35 mV2の負です。aptesを使用して機能化し、MNP@SiO2@NH2を与え、表面電荷を負から正に変更しました。2この事実はアミン群に起因し、表面電荷はMNP@SiO2@NH@Faに対して正のままである。正の表面Z電位は、細菌(表面が陰性である)と共役17、18、19,18との相互作用を19説明することができる。
細菌捕獲アッセイ
MNP中間体とMNP@SiO2@NH@Faで捕捉されたY.エンゴコリチWC-AおよびFoxA WC-A 12-8の細胞数は、40\u201260コロニーを分離し、容易に視覚化した希釈液で定量化された。裸でキャプチャされたセルの数、MNP@SiO2、および MNP@SiO2@NH2は、それらの間に有意な違いを示さない (図 8)。MNP@SiO2@NH2の遊離アミン基による静電力と2細菌中のフェロキサミン膜受容体の低濃度は、期待される結合特異性の欠如を正当化する可能性がある。
このプロトコルは、主にカルボディイミド化学を使用するもの、異なるタイプのコンジュゲートの合成に適用することができます。より良い結果を得るために修正を導入するのに十分な汎用性があります。すべての中間体と最終的な共役の完全な特徴付けにより、記載された技術を用いて、1つの合成の各ステップに従い、欲望結合の形成を確認することができる。細菌捕獲アッセイ中のコロニーのカウントは、10 μLの低下を使用して、反復を取得し、異なる条件下でアッセイを実行することが容易になる1つのプレートで同時にすべてのサンプルをテストすることができます。

図1:MNP(Fe3O4)(紫)とマグネタイトパターン(黒)の比較
この図は、マルティネス・マタモロスら9.この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図2:裸のMNP(A、BおよびC)およびMNP@SiO2@NH@Fa(D、EおよびF)の明2視野TEMおよび電子回折像。
画像は中解像度と高解像度です。この図は、マルティネス・マタモロスら9.この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図3:MNP@SiO2のEDX2マップ:HAADF画像とA.MNP@SiO2とB.MNP@SiO2の対応するFe、Si、OおよびCマップMNP@SiO2@NH@Fa。2
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図4:無鉄酸化物のFT-IRスペクトル(Fe3O4)MNP、MNP@SiO2、MNP@SiO2@NH2および22342MNP@SiO2@NH@Fa(4)。
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図5:MNP、MNP@SiO2@NH2、およびMNP@SiO2@NH@Faのサーモグラメトリック分析。22
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図6:裸酸化鉄(Fe3O4)MNP(A)、MNP@SiO2(B)、MNP@SiO2@NH2(C)及び24MNP@SiO2@NH@Fa(D)のラマンスペクトル。32 2
(*)APTES、(**)他の酸化相は、レーザーパワーによるマグネタイトの変質から形成される可能性が高い。この図は、マルティネス・マタモロスら9.この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図 7: XpS の狭いスペクトル MNP、MNP@SiO 2@NH2と MNP@SiO2@NH@Fa。この図は、マルティネス・マタモロスら9.この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。

図8:Y.エンテゴコリチカのCFUは、磁性ナノ粒子の100μgあたり、裸、MNP@SiO2、MNP@SiO2@NH2、MNP@SiO2@NH@Faを100μgにキャプチャした。22 2
(A)WC-A(野生型)(B)FoxA WC-A 12-8(フェロキサミン受容体FoxAを欠く変異体)およびY.エンゴコリチカと相互作用するMNP@SiO2@NH@FaのSEM画像。ABこの図は、マルティネス・マタモロスら9.この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
| サンプル | Zポテンシャル |
| Mnp | -25.21 |
| MNP@SiO2 | -29.35 |
| MNP@SiO2@NH2 | 17.03 |
| MNP@SiO2@NH@Fa | 22.14 |
| MNP@SiO2@NHBoc@Fa | 19.16 |
| MNP@SiO2@NHCOOH@Fa | 10.96 |
表1:Z電位測定。この表は、マルティネス・マタモロスら9から得られた。
開示するものは何もありません。
この研究は、磁気ナノ粒子の調製のためのプロトコル、SiO2でのコーティング、続いて(3-アミノプロピル)トリエトキシシラン(APTES)とのアミン官能化と、コクニル部分をリンカーとして使用したデフェキサミンとの結合を説明する。すべての中間ナノ粒子と最終コンジュゲートに対してY.エンゴコリティカを用いた深い構造特性評価の説明および捕獲細菌アッセイも詳細に説明する。
著者らは、クラウス・ハントケ教授(ドイツ・テュービンゲン大学)が、この研究で使用されたエルシニア・エンテオコリティカ株を親切に供給してくれたことを感謝する。この研究は、欧州連合(EU)のFEDERプログラムが共同出資するスペインの国家研究機関(AEI/FEDER)からのAGL2015-63740-C2-1/2-RおよびRTI2018-093634-B-C22(AEI/FEDER、EU)からの助成金によって支えられました。サンティアゴ・デ・コンポステーラ大学とア・コルーニャ大学での研究も、GC2018/018、GRC2018/039、およびED431E 2018/03(CICA-INIBIC戦略グループ)の助成金によって支えられ、Xunta de Galiciaから。最後に、このビデオプロトコルのボイスオフを行う彼女の素晴らしいコラボレーションのためにヌリアカルボに感謝したいと思います。
| 1-ヒドロキシベンゾトリアゾール水和物 HOBT | Acros | 300561000 | |
| 2,2′-ビピリジル | シグマ アルドリッチ | D216305 | |
| 3-アミノプロピルトリエトキシシラン 99% | Acros | 151081000 | |
| 水酸化アンモニウム溶液 28% NH3 | Sigma Aldrich | 338818 | |
| ベンゾトリアゾール-1-イルオキシトリス(ジメチルアミノ)-ホスホニウムヘキサフルオロリン酸BOP試薬 | アクロス | 209800050 | |
| ベンジルアルコール | シグマアルドリッチ | 822259 | |
| フェロキサミンメシル酸塩>92,5%(TLC) | シグマアルドリッチ | D9533 | |
| エタノール、無水、96% | パニーズアック | 131085 | |
| エチルアセテート、エクストラピュア、SLR、フィッシャーケミカル | |||
| アセチルアセトン酸鉄(III)97% | Sigma Aldrich | F300 | |
| LBブロス(レノックス) | Sigma | Aldrich L3022 | |
| N,N-ジイソプロピルエチルアミン、99.5+%, アクロシール | アクロス | 459591000 | |
| N,N-ジメチルホルムアミド、99.8%、エクストラドライ、アクロシール | アクロス | 326871000 | |
| ピリジン、99.5%、エクストラドライ、アクロシール | アクロス | 339421000 | |
| セファデックス LH-20 | シグマ アルドリッチ | LH20100 | |
| 無水コハク酸 >99% | シグマ アルドリッチ | 239690 | |
| オルソリケート テトラエチル >99,0% | シグマ アルドリッチ | 86578 |