RNA干渉は、特定の発生段階で遺伝子発現を操作するための広く適用可能で強力な技術です。ここでは、この手法を、遺伝子配列の獲得から、構造や行動に影響を与える遺伝子のノックダウンまで、水生潜用カブトムシ の熱NECTTus marmoratusに実装するために必要なステップを説明する。
| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| <ストロング>1.RNAの分離およびde novoのトランスクリプトームのアセンブリ | |||
| 液体窒素 | 大学のストックルーム | 通常、研究機関でローカルに入手可能 | |
| ピペットのヒント | フィッシャーサイエンティフィック | のサイズ依存 | 他のベンダーからの製品は同様にうまく機能します |
| RNeasy脂質組織ミニキット(RNA分離キット) | Qiagen | 74804 | 詳細な特定のプロトコルは、キット |
| 分光光度計(NnanoDrop) | サーモフィッシャー | 9836674で | 他のモデルも同様にうまく |
| 1.2。De novo transcriptome assembly. | |||
| BUSCO.v3 | https://busco.ezlab.org/ | trasncriptome の完全性を評価するための無料で入手可能なソフトウェアを使用できます。 | |
| CLC Genomics workbench | Qiagen | 832021 | その他、同等のソフトウェアパッケージも利用可能 |
| Galaxy workbench | https://usegalaxy.org/ | オープンソースのオンライントランスクリプトームアセンブリ&アノテーションパイプライン | |
| NCBI BLASTx | https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?LINK_LOC=blasthome&PAGE_TYPE=BlastSearch&PROGRAM=blastx | オープンソースのオンラインアライメントとアノテーションパイプライン | |
| 2. cDNA合成、クローニング、クローニングMiniprep isolation | |||
| ampicillin ナトリウム塩 | Gibco | 11593-027 | 他のベンダーの製品は同様に機能します |
| Fisher | Scientific | G33-500 | 他のベンダーの製品は同様に機能します |
| LBブロス | Fisher Scientific | BP1426-500 | 他のベンダーの製品も同様に機能します |
| Omniscript RT (reverse trasncription) kit | Qiagen | 205111 | 詳細な特定のプロトコルは、キット |
| One Shot™TOP10 ケミカルコンピテント大腸菌 | Invitrogen | C404010 | 詳細な特定のプロトコルは、キットの |
| ペトリ皿 | フィッシャーサイエンティフィック | FB0875713 | 他のベンダーの製品も同様に機能します |
| PureLink Quick Plasmid Miniprep Kit | ThermoFischer | 771471 | 詳細な特定のプロトコルは、キット |
| QIAquick PCR精製キット | Qiagen | に付属しています28104 | 詳細な特定のプロトコルは、キットシェー |
| カーインキュベータ | ーLabnet | 211DS | 他のモデルは、同様によく働く |
| でしょう 分光光度計(NnanoDrop) | サーモフィッシャー | 9836674 | 他のモデルは |
| BioRad | T100 | サイクラー | 他のモデルは、同様によく働くでしょう |
| TOPO TAクローニングキット | Invitrogen | 1845069 | 詳細な特定のプロトコルは、キット |
| X-Gal | Thermo Scientific | R0941 | 他のベンダーからの製品は、同様にうまく |
| 2.2 PCR増幅&in vitro dsRNA合成 | |||
| Sofa Fisher | Scientific | accuSpin Micro 17R | 他のモデルは同様によく働く |
| エタノール | フィッシャー科学 | A4094 | 他のベンダーからの製品は同様によく働くだろう |
| FastTaq DNAポリメラーゼ、dNTPack | ロシュ | 13873432 | このキットには、PCR |
| MEGAclear Transcriiptionクリーンアップキット | ThermoFischer | AM1908 | 詳細な特定のプロトコルはキット |
| に付属していますMEGAscript T7 転写キット | ThermoFischer | AM1334 | 詳細な特定のプロトコルは、キットの |
| ヌクレアーゼフリー水 | で提供されます フィッシャーサイエンティフィック | AM9932 | 他のベンダーからの製品は、同様にうまく機能します |
| QIAquick PCR 精製キット | Qiagen | 28104 | 詳細な特定のプロトコルは、キットの |
| 酢酸ナトリウム | フィッシャーサイエンティフィック | BP333-500で提供されます | 3Mワーキングソリューション |
| 分光光度計(NnanoDrop) | サーモフィッシャー | 9836674 | 他のモデルも同様にうまく |
| 3。dsRNA注射のための初期段階のT. marmoratus胚の収集と準備 | |||
| agarose | フィッシャーサイエンティフィック | 9012-36-6 | 他のベンダーからの製品は、 |
| 蒸留水 | フィッシャーサイエンティフィック | 9180 | 他のベンダーからの製品は、同様によく |
| 動作します 鉗子(デュモン#4生物学) | ファインサイエンスツール | 11242-40 | 他のベンダーからの製品は、ガラス |
| キャビティ皿(3ウェルディッシュ) | フィッシャーサイエンティフィック | 50-243-43 | ベンダーからの製品は、同様にうまく機能します |
| ウェルビルト | ターンテーブル他の | モデルは、同様にうまく動作します | |
| 髪の絵筆 | アマゾン | 任意の細かいブラシは | |
| 、P1000マイクロピペッター | ギルソン | を行いますF123602 | 他のモデルは同様にうまく機能します |
| ペトリ皿 | ッシャーサイエンティフィック | FB0875713 | 他のベンダーからの製品は同様にうまく機能します |
| ステレオ顕微鏡 | ミクロソコープセントラル | 10446293 | 優れた実体顕微鏡は転送 |
| ピペット | フィッシャーサイエンティフィック | 21-200-109 | 他のベンダーからの製品は同様にうまく機能します |
| 4. dsRNA micro-injections in early stage T. marmoratus embryos | |||
| digital camera | Edmund optics (Qimaging) | Retiga 2000R | 他のモデルは同様にうまく機能します |
| エタ | ノール Fisher Scientific | A4094 | 他のベンダーからの製品は同様にうまく機能します |
| 食品染料 | クローガー | 利用可能な食品染料はどれでも機能します作業 細かい | |
| 湿度チャンバー | 蓋付きのプラスチックの箱を取り、70%エタノールで滅菌し、イン | ||
| キュベーター | Labline | 203 | 他のモデルは、同様にうまく機能します |
| 注入バッファー | 参照#22に続く1mL用に準備されました #22: ミックス10 & マイクロ;L of 0.1 M リン酸ナトリウム緩衝液、100 μ;0.5 M塩化カリウム溶液のL、100 & micro;食用色素のLと790µLの二重蒸留水。4°Cで保管します。 | ||
| 細胞内マイクロインジェクションシステム(ピコスプリッツァー) | パー | カー052-0500-900 | 現在、モデルIIIが利用可能ですが、古いモデルも機能します |
| マイクロニードルホルダー | A-Mシステム | 672441 | 他の製品も同様にうまく機能します |
| マイクロインジェクションニードル(1.2 mm x 0.68 mm、4インチ) | AMシステム | 603000 | 他のモデルも同様にうまく機能します |
| マニピュレーター | ドラモンドサイエンティフィ | カンパニー3-000-024-R | 任意の品質のマイクロマニピュレーターは、 |
| リン酸ナトリウムの | ッシャー科学 | 7558-80-7 | 10 mLの作業溶液を作るには:10 mLの二重蒸留水にリン酸ナトリウム粉末の1.2 gを追加し、透明な溶液が得られるまで混合 |
| P-1000マイクロピペットプーラー | サッター機器 | P-1000 | プーラー設定:ヒート575、プル60、速度75遅延110、圧力700。 |
| P10マイクロピペッター | Gilson | F144802 | 他のモデルも同様に機能します |
| P1000マイクロピペッター | Gilson | F123602 | 他のモデルも同様に機能します |
| 塩化カリウム | ッシャー サイエンティフィック | 7447-40-7 | 100 mL の 0.5 M 塩化カリウム溶液を作るには: 3.73 g の塩化カリウム結晶を 100 mL の二重蒸留水に加え、透明な溶液が得られるまで混合します。 |
| リン酸ナトリウム緩衝液(0.1M) | この緩衝液の0.1 Mを10 mL作製するには:8.5 mLの1 Mリン酸ナトリウム二塩基性溶液と1.5 mLの1 Mリン酸ナトリウム溶液を混合します。pHメーターでpHを確認し、室温でpH7.6に調整します。 | ||
| リン酸ナトリウム二塩基性 | フィッシャー科学 | 7558-79-4 | 10 mLの1 M作業溶液を作るには:1.42 gのリン酸ナトリウム二塩基性粉末を10 mLの二重蒸留水に加え、透明な溶液が得られるまで混合 |
| 実体顕微鏡 | Microsocope Central | 10446293 | 優れた実体顕微鏡は機能します |
| <ストロング>5。dsRNA注射のためのT. marmoratus幼虫の準備 | |||
| agarose | フィッシャーサイエンティフィック | 9012-36-6 | 他のベンダーからの製品は同様によく働くでしょう |
| 鉗子 (デュモン#4生物学) | ファインサイエンスツール | 11242-40 | 他のベンダーからの製品は同様にうまく機能するでしょう |
| ペトリ皿 | ッシャーサイエンティフィック | FB0875713 | 他のベンダーの製品は、同様にうまく |
| 6. T. marmoratus 幼虫 | |||
| 注入バッファー (10x) | セクション 4 | ||
| マイクロインジェクション針 (1.2 mm x 0.68 mm、4 インチ) | A-M Systems | 603000 | 他のモデルも同様にうまく機能します |
| シリンジ | A-M システム | 603000 | 他のモデルは同様にうまく機能します |
| マイクロニードルホルダー | AMシステム | 672441 | 他の製品は同様にうまく機能します |
| P-1000 マイクロピペット プーラー | サッター機器 | P-1000 | プーラー設定:熱 575、プル 60、速度 75、遅延 110、圧力 700。 |
| 実体顕微鏡 | Microsocope Central | 10446293 | どんな良い実体顕微鏡でも動作します |
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