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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
この研究では、遺伝子およびタンパク質発現解析のためにマウス褐色脂肪細胞を単離する新しい方法について説明します。
褐色脂肪組織(BAT)は哺乳類の非震え熱発生に関与しており、褐色脂肪細胞(BA)はBATの機能単位です。BAは多房性脂肪滴と豊富なミトコンドリアの両方を含み、脱共役タンパク質1(UCP1)を発現します。BAは、その起源に基づいて、胚由来の古典的BA(cBA)と白色脂肪細胞由来のBAの2つのサブタイプに分類されます。BAは密度が比較的低いため、従来の遠心分離法ではBATから分離できません。本研究では、遺伝子およびタンパク質発現解析のためにマウスからBAを単離する新しい方法を開発しました。このプロトコルでは、成体マウスの肩甲骨間BATをコラゲナーゼおよびディスパーゼ溶液で消化し、解離したBAを6%ヨージキサノール溶液で濃縮した。次に、単離したBAをTrizol試薬で溶解し、RNA、DNA、およびタンパク質を同時に単離しました。RNA単離後、ライセートの有機相をタンパク質抽出に使用した。私たちのデータは、6%ヨージキサノール溶液がフォローアップ遺伝子およびタンパク質発現研究を妨げることなくBAを効率的に濃縮することを示しました。血小板由来成長因子(PDGF)は、間葉系細胞の増殖および増殖を調節する成長因子である。褐色脂肪組織と比較して、単離されたBAは Pdgfaの発現が有意に高かった。要約すると、この新しい方法は、褐色脂肪細胞の生物学を単一の細胞型レベルで研究するためのプラットフォームを提供します。
マウスとヒトの両方に、白色脂肪組織(WAT)と褐色脂肪組織(BAT)の2種類の脂肪組織があります1。WATは白色脂肪細胞に中性脂肪の形でエネルギーを蓄え、BATの褐色脂肪細胞(BA)は化学エネルギーを熱2として放散します。BAは、その発生起源に基づいて、胚発生中に形成される古典的なBA(cBA)と、ストレス条件下で白色脂肪細胞から変換された白色脂肪細胞由来のBA(ベージュ/ブライト細胞)にさらに分類されます3。BAは多房性であり、熱発生タンパク質脱共役タンパク質1(UCP1)4を発現します。肩甲骨間BAT(iBAT)デポーは、小型哺乳類の主要なcBAデポの1つです5が、ベージュ色の細胞はWAT6内に分散しています。
エネルギーを散逸させる性質上、BAは肥満を減らすための治療標的として多くの注目を集めています7。肥満の治療を目的としてBAを利用するためには、BAの機能、生存、および動員を制御する分子メカニズムを理解することが不可欠です。BATおよびWATを含む脂肪組織は不均一である。脂肪細胞を除いて、脂肪組織には内皮細胞、間葉系幹細胞、マクロファージなど、他の多くの細胞タイプが含まれています8。UCP1::Creライン9など、マウスBAの候補遺伝子を特異的に枯渇させる遺伝的ツールが利用可能であるが、BATまたはWATからBAを精製する技術は限られており、単一細胞レベルでBAを研究することは困難である。さらに、純粋なBAを取得しないと、BAと非BAの関係が明確に描写されません。例えば、血小板由来成長因子受容体α(PDGFRα)は、未分化間葉系細胞のマーカーとして使用されており、BATの内皮細胞や間質細胞で発現しています。低温ストレスBATでは、PDGFRα陽性前駆細胞が新しいBA10を生じさせる。PDGFRαは、間葉系細胞の成長および増殖を調節する成長因子であるリガンドPDGFによって活性化される11;しかし、BAがPDGFを分泌することによってPDGFRα陽性前駆細胞の挙動に影響を与えるかどうかは不明である。
最近、蛍光活性化セルソーティング(FACS)12に基づくBAs分離プロトコルが公開されました。このプロトコルでは、3%ウシ血清アルブミン(BSA)溶液を使用してBAを非BAから分離し、濃縮BAをFACSでさらに精製しました。このプロトコルの適用は、機器とFACSの両方の操作経験に依存するFACSプロセスの要件によって制限されます。本研究では、BATからBAを分離するための新しいプロトコルが開発されました。このプロトコルによって単離されたBAは、遺伝子およびタンパク質発現研究に直接使用できます。さらに、この研究のデータは、BAが主要なPDGFリソースであることを示唆しています。
すべてのマウスは病原体のない状態で維持され、すべての手順はフリーメーソン医学研究施設動物管理および使用委員会(IACUC)によって承認されました。UCP1::Cre9 およびRosa 26tdTomatoes マウス系統13 が以前に報告された。すべてのマウスを12時間の明暗サイクルで室温に保ちました。
1.溶液と褐色脂肪組織(BAT)の準備
2. BAの分離手順
3. BAからのRNAおよびタンパク質の単離
褐色脂肪細胞単離のための肩甲間BATの調製
褐色脂肪細胞(BA)の単離プロセスを 図1Aに示します。BATおよび消化/分離溶液の調製から単離されたBAの取得までのプロセス全体には、約4時間かかります。
成体マウスでは、肩甲骨間領域に豊富なBATが存在する。この肩甲骨間BAT(iBAT)は、筋肉層とWATで覆われています(図1B)。消化手順を開始する前に、筋肉層とWATを除去して、きれいなiBATを生成する必要があります(図1C)。公開されているBA分離プロトコルでは、ミンチBATがBA分離12に使用されました。この研究では、3 mm3 サイズのBATを消化すると(図1D)、ミンチBATよりも多くのBAが得られました。
3%BSA溶液による非BAからのBAの分離
iBAT消化後、解離したBAを消化生成物中の非BAと混合した。BAには脂肪滴が含まれているため、その密度は非BAよりも低くなります。ただし、BAの密度は、通常のPBSソリューションの上部に効率的に浮かぶほど低くはありません。3%ウシ血清アルブミン(BSA)を含むPBSは、BAを非BAから分離するために使用されており、この研究で正常に繰り返されました(図2A)。
Rosa 26 tdTomatoはレポーターマウス株であり、Creを介した組換えに続いて強力なtdTom(tdTom )蛍光タンパク質を発現する13。Ucp1::Creトランスジェニックマウスは、BAs9においてCreリコンビナーゼを発現する。Ucp1::CreマウスラインをRosa 26 tdTomマウスと交配し、tdTom でBAを遺伝的に標識した(図2B)。BA単離手順を検証するために、Ucp1::Cre;tdTom/+マウスからのiBATを解離させた。BSA溶液の最上層で濃縮された細胞のほとんどはラズベリー型であり、多房性脂肪滴を含んでいた。さらに、これらのラズベリー形状細胞のほとんどはtdTom陽性であり(図2C)、褐色脂肪細胞であることが確認された。
6%ヨージキサノール溶液による非BAからのBAの分離
3%BSA分離溶液はBAを濃縮した。これらの単離されたBAが遺伝子およびタンパク質発現解析に使用できるかどうかは不明であった。次に、濃縮BAからRNAとタンパク質を抽出しました。RNA抽出は、標準的なRNA単離手順に従って正常に実施されました。しかし、グアニジニウムチオシアネート-フェノール-クロロホルム法(GTPC法)としても知られる標準的なTrizolタンパク質分離プロトコルはうまく機能せず、面倒でタンパク質収量が非常に低かった。そのため、Trizol溶解BAからタンパク質を抽出するために、改良されたタンパク質単離法を採用しました。
この改良されたGTPCプロトコルでは、エタノール、ブロモクロロプロパン、および水が有機相15からタンパク質を抽出するために使用された。エタノール、ブロモクロロプロパンおよび水を有機相に添加した後、および遠心分離後、水相と有機相との間にタンパク質ペレットが形成された(図3A)。次いで、タンパク質ペレットを100%エタノールで洗浄し、1%SDSに溶解した。この改良されたGTPC法は、iBATおよびBSA溶液濃縮BAからタンパク質を抽出するために使用されました。BATタンパク質ペレットは1%SDSに容易に溶解したが、単離されたBAsタンパク質ペレットの大部分は溶解しなかった。その後、溶解したタンパク質をSDS-PAGEゲルで調べた。クーマシーブルー染色SDS-PAGEゲル(図3B)に示すように、単離されたBAには60 kDa付近の巨大なタンパク質バンドが存在しましたが、BATサンプルには存在しませんでした。BSAの分子量は66 kDaであり、BA分離溶液中に豊富なBSAが存在するため、この優勢なタンパク質バンドはBSAである必要があります。これらのデータは、BAs分離溶液からのBSAがタンパク質抽出を妨げることを示唆しています。
ヨージキサノールは、細胞17およびアデノ随伴ウイルス(AAV)精製18に広く使用されている非イオン性および等浸透圧勾配培地16である。タンパク質発現研究のBSA干渉を回避するために、新しいBA分離溶液のBSAの代わりにヨージキサノールを使用しました。3%BSA溶液の密度は1.03であり、これは6%ヨージキサノールと同様である。6%ヨージキサノール溶液では、BAは30〜60分で上部に浮遊しました(図3C)。この溶液で単離されたBAは、典型的なラズベリーの形状を示し、多房性脂肪滴を含んでいました(図3D)。これらの単離されたBAから抽出されたタンパク質は、SDS-PAGEゲル中でうまく分離された(図3E)。
6%ヨージキサノール溶液がBAと非BAを効率的に分離するかどうかを確認するために、tdTomでBAを遺伝的に標識し、透明な6%ヨージキサノール溶液に存在する細胞を調べました。BAを非BAから分離した後(ステップ2.4)、BAs層の下の6%ヨージキサノール溶液をPBSで6倍希釈し、次いで600 x g で5分間遠心分離した。遠心分離後、底部に小さな赤血球ペレットが形成され、これは間質血管画分細胞である可能性があります。図 3に示すように、BAs層由来の細胞はtdTom陽性細胞であった(図3F)。しかしながら、ペレットから回収された細胞はtdTom陰性であった(図3G)。さらに、tdTom陰性細胞には明らかな脂肪滴は見られませんでした。これらのデータは、私たちの新しいプロトコルがBAを非脂肪細胞から効率的に分離できることを示唆しています。
まとめると、これらのデータは、3%BSA溶液でBAを単離すると、生化学研究のフォローアップが妨げられることを示し、BAの単離には6%ヨージキサノール溶液が3%BSA溶液よりも優れていることを示唆しています。
単離されたBAによる遺伝子およびタンパク質発現解析。
この新しいBA単離手順を分子レベルで検証するために、BATと単離されたBAの間で3つの遺伝子( Ucp1、 Pdgfa、およびPdgfra )の発現を比較しました。BATにおいて、 Pdgfra は内皮細胞および間質細胞で発現し、PDGFRα陽性細胞は推定前駆細胞である10。 Ucp1とPdgfa のmRNAレベルは、BATよりも単離されたBAで有意に高かった(図4A、B)。それどころか、 Pdgfra のmRNAはBATでのみ検出されました(図4B)。
PPARγは脂肪組織の発達を制御する転写因子であり、UCP1はミトコンドリアタンパク質であり、PDGFRαは膜受容体タンパク質である。これらの3つのタンパク質は、異なる細胞コンパートメントに分布するタンパク質を表します。トリゾール溶解BAおよびBATから抽出したタンパク質がタンパク質発現解析に適しているかどうかを試験するために、ウェスタンブロットを実施しました。UCP1とPPARγはBAとBATの両方で検出され(図4C、D)、トリゾール溶解BAまたはBATから単離された総タンパク質がウェスタンブロットに適していることが確認されました。さらに、qRT-PCRの結果と一致して、UCP1タンパク質はBAで富化されました(図4C)。一方、PDGFRαはBATでのみ検出され、純粋なBAでは検出されませんでした(図4D)。要約すると、これらのデータは、当社の新しいBA単離法が効率的であることを示しており、この方法で濃縮されたBAが遺伝子およびタンパク質発現研究に直接使用できることを示唆しています。

図1:褐色脂肪細胞単離のためのiBATの調製 。 (a)褐色脂肪細胞単離手順のワークフロー。(B)BAT、WATおよび筋肉層を含む肩甲骨間組織の腹側図。(C)肩甲骨間バット(iBAT)。iBATに隣接する筋肉層とWATを除去しました。(D)褐色脂肪細胞単離に用いたiBAT片の代表的な画像。B-D、スケールバー= 5 mm。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:消化液からの褐色脂肪細胞の分離 。 (A)分離前後の解離した褐色脂肪細胞の画像。3%BSA溶液を使用して、褐色脂肪細胞を非褐色脂肪細胞から分離した。スケールバー= 1 cm。 (B)tdTomatoes蛍光タンパク質による褐色脂肪細胞の遺伝子標識の模式図。(C)単離された褐色脂肪細胞の画像。DIC、微分干渉コントラスト。スケールバー = 50 μm。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:溶解した褐色脂肪細胞からの総タンパク質の抽出 。 (a)有機相からのタンパク質相の分離。(B)SDS-PAGEゲルのクーマシー染色。総タンパク質は、BATまたは3%BSA溶液から精製褐色脂肪細胞から抽出した。BSAタンパク質バンドは矢印で示した。(c)6%ヨージキサノール溶液の上に形成された褐色脂肪細胞層。スケールバー= 1cm。 (D)6%ヨージキサノール溶液で単離した褐色脂肪細胞。褐色脂肪細胞は黄色の矢印で示された。スケールバー= 50μm。 (E)SDS-PAGEゲルのクーマシー染色。総タンパク質は、BATまたは6%ヨージキサノール溶液濃縮BAから抽出した。(F)tdTom標識褐色脂肪細胞の画像。(g)BAs層以下のヨージキサノール溶液から回収した細胞の画像。FおよびG、スケールバー= 50μm。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図4:単離された褐色脂肪細胞の遺伝子およびタンパク質発現解析。 ヨージキサノール法で単離した褐色脂肪細胞を、これらの遺伝子およびタンパク質発現研究に使用しました。(A,B)遺伝子発現のqRT-PCR測定。mRNAレベルは36B4に標準化した。N = 3。スチューデントt検定、*、P<0.01;**, P<0.01.(C)PPARγおよびUCP1のウエスタンブロッティング。(エ)PDGFRαのウェスタンブロッティング。CおよびDは、ポンソーS染色膜をローディングコントロールとして用いた。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
何一つ
この研究では、遺伝子およびタンパク質発現解析のためにマウス褐色脂肪細胞を単離する新しい方法について説明します。
Z. Linは、国立衛生研究所HL138454-01とフリーメーソン医学研究所の資金によって支援されました。
| 抗体 | |||
| 抗原 | Company | Catalog | |
| PPARγ | LSBio | LS-C368478 | |
| PDGFRa | サンタクルーズ | sc-398206 | |
| UCP1 | R&Dシステム | IC6158P | |
| Chemical and solutions | |||
| コラゲナーゼ、タイプII | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 17101015 | |
| 1-ブロモ-3-クロロプロパン | Sigma-Aldrich | B62404 | |
| ウシ血清アルブミン(BSA) | Goldbio | A-421-10 | |
| 塩化カルシウム | Bio Basic | CT1330 | |
| クロロホルム | IBI Scientific | IB05040 | |
| Dispase II, protease | Sigma-Aldrich | D5693 | |
| EDTA | Bio Basic | EB0107 | |
| エタノール | IBI Scientific | IB15724 | |
| LiQuant Universal Green qPCRMaster Mix | LifeSct | LS01131905Y | |
| 塩化マグネシウム六水和物 | Boston BioProducts | P-855 | |
| OneScrip Plus cDNA Synthesis SuperMix | ABM | G454 | |
| OptiPrep (Iodixanol) | Cosmo Bio USA | AXS-1114542 | |
| PBS (10x) | Caisson Labs | PBL07 | |
| PBS (1x) | Caisson Labs | PBL06 | |
| Pierce BCAタンパク質アッセイキット | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 23227 | |
| 塩化カリウム | ボストンバイオプロダクツ | P-1435 | |
| SimplyBlue safe Stain | Invitrogen | LC6060 | |
| ドデシル硫酸ナトリウム(SDS) | Sigma-Aldrich | 75746 | |
| Trizol 試薬 | ライフテクノロジー | 15596018 | |
| Primers | |||
| 遺伝子名(種) | フォワード | リバース | |
| Pdgfra(マウス) | CTCAGCTGTCTCCTCACAgG | CAACGCATCTCAGAGAAAAGG | |
| pdgfa(マウス) | TGTGCCCATTCGCGCAGGAAGAG | TTGGCCACCTTGACACTGCG | |
| 36B4(マウス) | TGCTGAACATCTCCCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCCAGGAC|||
| Ucp1 | ACTGCCACACCTCCAGTCATT | CTTTGCCTCACTCAGGATTGG | |
| strong>Equipment | |||
| 名前 | 会社名 | Application | |
| Keyence BZ-X700 | Keyence | Imaging brown adipocytes | |
| Magnetic stirrer | VWR | Dissociate BAT | |
| QuantStudio 6 Flex Real-Time PCR System | Appliedバイオシステム | 定量PCR | |
| Odyssey Fc イメージングシステム | LI-COR | ウェスタンブロットイメージング |