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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
マイクロ流体プラットフォーム内の毛細管現象支援アセンブリを用いて、細菌やコロイドなどの液体中に浮遊するマイクロサイズの物体をポリジメチルシロキサン基板上の所定のアレイにパターニングする技術を提示する。
定義された空間配置への微生物の制御されたパターニングは、微生物生理学および相互作用の研究を含む、広範囲の生物学的用途のためのユニークな可能性を提供する。最も単純なレベルでは、微生物の正確な空間パターニングは、多数の個々の細胞の信頼性の高い長期イメージングを可能にし、距離依存の微生物 - 微生物相互作用を定量的に研究する能力を変革する。よりユニークなことに、マイクロ流体技術によって提供される正確な空間パターニングと環境条件の完全な制御を組み合わせることで、微生物生態学における単一細胞研究のための強力で汎用性の高いプラットフォームが提供されます。
このホワイトペーパーでは、マイクロ流体チャネル内で微生物の汎用性とユーザー定義のパターンを生成し、長期的かつ高スループットのモニタリングのための完全な光アクセスを可能にするマイクロ流体プラットフォームを紹介します。この新しいマイクロ流体技術は、毛細管現象支援粒子アセンブリに基づいており、マイクロ流体チャネル内の蒸発懸濁液の制御された動きから生じる毛細管力を利用して、ポリジメチルシロキサン(PDMS)基板上に微細化されたトラップのアレイに個々のマイクロサイズの物体を堆積させる。シーケンシャルデポジションは、トラップのジオメトリと充填シーケンスによってのみ決定される、単一または複数のタイプのマイクロサイズのオブジェクトの所望の空間レイアウトを生成する。
プラットフォームは、異なる寸法および材料のコロイド粒子を使用して較正されており、多様なコロイドパターンを生成し、捕捉された粒子の表面官能化を実行するための強力なツールであることが証明されています。さらに、プラットフォームを微生物細胞上で試験し、モデル細菌として 大腸菌 細胞を使用した。何千もの個々の細胞を表面にパターン化し、その成長を経時的にモニターした。このプラットフォームでは、単一細胞堆積とマイクロ流体技術を組み合わせることで、微生物の幾何学的パターニングと環境条件の正確な制御の両方が可能になります。したがって、予備実験によって示されているように、単一の微生物の生理学と微生物と微生物の相互作用の生態学への窓が開かれます。
単一の微生物の空間パターニングは、特にマイクロ流体デバイスなどの環境条件を完全に制御できる実験分野では、幅広い文脈で非常に望ましい。例えば、微生物を規則的な配列に配置することで、多数の個々の細胞を正確にイメージングし、それらの増殖、生理機能、環境刺激に応答した遺伝子発現、および薬物感受性の研究を可能にする。また、細胞コミュニケーション(例えば、クォーラムセンシング)、交配(例えば、藻類 - 細菌共生)、または拮抗作用(例えば、アレロパシー)に関する研究において特に関心のある細胞間相互作用を研究することを可能にする。細胞生理・進化研究1、細胞間相互作用研究2、表現型分化スクリーニング3、環境モニタリング4、薬物スクリーニング5 は、このような定量的単一細胞解析を実現できる技術から大きな恩恵を受けることができる分野の一つです。
近年、ホログラフィック光学トラップ6および不均一な表面機能化方法7,8,9,10から単一細胞ケモスタット11および液滴マイクロ流体12まで、単一細胞を単離および処理するためのいくつかの戦略が提案されている。これらの方法は、技術的に非常に要求が厳しいか、細胞生理機能に影響を与え、長期間にわたって研究できる微生物をパターン化するための高スループットプラットフォームを提供しず、単一セル分解能、完全な光学アクセス、および環境条件の制御を保証します。この論文の目標は、毛細管現象支援アセンブリを介してPDMS表面上の所定の空間配置にマイクロメトリック精度で細菌をパターン化するプラットフォームを記述することです。このプラットフォームは、微生物の正確で柔軟な空間パターニングを可能にし、そのマイクロ流体の性質のおかげで、環境条件に対する完全な光学アクセスと制御を可能にします。
このプラットフォームの背後にある技術は、マイクロ流体プラットフォーム16に統合されたsCAPA13,14,15(シーケンシャルキャピラリーアシスト粒子アセンブリ)と名付けられた近年開発されたアセンブリ技術です。蒸発する液滴のメニスカスは、マイクロ流体チャネル内のパターン化されたポリジメチルシロキサン(PDMS)基板上を後退しながら、液体中に懸濁した個々のコロイド粒子を基板上に微細化されたマイクロメトリックウェルにトラップする毛細管力を発揮する(図1A)。懸濁粒子は、最初に対流電流によって気液界面に輸送され、次いで毛細管現象によってトラップに入れられる。移動メニスカスによって加えられる毛細血管力は、粒子相互作用に関与する力と比較して、より大きなスケールで作用する。
したがって、アセンブリ機構は、粒子の材料、寸法、および表面特性の影響を受けない。粒子濃度、メニスカスの速度、温度、懸濁液の表面張力などのパラメータは、パターニングプロセスの収率に影響を与える唯一のパラメータです。読者は、パターニングプロセスに対する前述のパラメータの影響の詳細な説明をin13、14、15で見つけることができる。オリジナルのsCAPA技術13,14,15では、コロイドパターニングプロセスはオープンシステムで行われ、テンプレートを横切ってサスペンションを駆動するために高精度の圧電ステージが必要でした。このプラットフォームは、異なる戦略を活用し、制御された環境でマイクロフルイディクスで一般的に使用される標準機器でパターニングを実行できるため、サンプルを汚染するリスクを最小限に抑えることができます。
このマイクロ流体プラットフォームは、まずコロイド粒子上で最適化され、不活性粒子の規則的な配列を作成し、その後細菌に首尾よく適用されました。このホワイトペーパーでは、両方のマイクロ流体プラットフォームについて説明します(図1B、C)。プロトコルに記載されている準備ステップと実験装置のほとんどは、2つのアプリケーションで共通です(図2)。我々は、コロイドパターニングを報告して、この技術を使用して同じ表面上で複数の連続的な堆積を行い、複雑でマルチマテリアルパターンを作成できることを実証する。特に、各ステップごとに1つの単一粒子を堆積させて、トラップの形状および充填シーケンスによってのみ決定される特定の形状および組成を有するコロイド配列を形成する。細菌のパターニングに関しては、単一の堆積が記載されており、その結果、トラップごとに1つの細菌が堆積する。細胞が表面にパターニングされると、マイクロ流体チャネルは、細菌増殖を促進するために培地でフラッシュされる、任意の単一細胞研究の予備段階である。
1. シリコンマスターの準備
注:コロイドおよび微生物パターニングのためのテンプレートを形成する微細加工トラップを有するPDMSテンプレートは、Geisslerらによって導入された方法に従って作製された。17。 シリコンマスターは、クリーンルーム内で通常のリソグラフィー法により作製した。手順については次の手順を参照し、機器 の材料表 を参照してください。
2. マイクロ流路金型作製
3. マイクロ流体チップの作製
4. 細菌パターニング
5. コロイドパターニング
毛細管現象支援アセンブリを利用して、PDMSテンプレート上に微細加工されたトラップにコロイド粒子と細菌をパターン化するマイクロ流体プラットフォームが開発されました。毛細管現象支援アセンブリによるコロイドと細菌のパターニングを最適化するために、2つの異なるチャネル形状が設計されています。最初のチャネル形状(図1B)は、長さ23mmの平行な3つのセクションで構成され、それらの間に物理的な障壁はありません。側面の2つのセクションは幅5mm、高さ1mmで、中央セクションは幅7mm、高さ500μmです。この設計は、後退する凸状のメニスカスを有する明確に定義された可動液滴を維持するのに役立つ。このプラットフォームの動作原理は、Pioliらによって詳細に説明されています。実験で横方向の流路を充填する必要がある場合、細菌培養の場合のように、通常、エアポケットが形成される。このため、チャネルを媒体でフラッシュしたときの充填プロセスを簡素化する2番目のジオメトリを設計してテストしました。この場合、プラットフォーム(図1C)は、長さ20mm、幅3mm、高さ500μmの単一の直線チャネルで構成されています。
マイクロ流体チャネル内の温度は、効率的な堆積プロセスを確実にするための重要なパラメータである。テンプレート上の結露を避けるために、水の露点より15°C高く維持する必要があります。流路の下にある加熱されたガラス板(図2D)は、空気中の蒸気濃度が高いことを特徴とする液体 - 空気界面に近い領域でのパターニングプロセス中の結露を防ぐために、テンプレート全体で均一な温度を保証します。加熱されたガラス板の温度は、テンプレート上の結露を避けるために、ボックスインキュベーターの温度と同じでなければなりません。
ストレートチャネル形状を利用して、蛍光大腸菌株(MG1655 prpsM-GFP)の静止期細胞(図4A)をパターン化しました。細菌は、分析された5,000個のトラップの83%に沈着した。細胞を最初に提示されたプロトコールに従ってトラップに入れ、続いて10mm/minでフラッシュしたLB中で37°Cで4時間増殖させた。パターン化された細菌は、チャネルが新鮮なLBで満たされたときから1.5時間以内に異なる時間に増殖を再開し(図4B-I)、中央値は44分であった。増殖が再開されると、単一の細菌細胞が個々のコロニーを形成し始め、表層が形成され(3.5時間)、単一細胞分解能が失われるまで(図4B-II)、それが拡大する(図4B-III)。
この概念実証実験は、マイクロ流体チャネル内の毛細管現象支援アセンブリを使用して、何千もの生存可能な単一細菌細胞で表面をパターン化できることを示しています。11の複製は、パターン化された細胞が7時間以内の症例の45.5%で成長したことを示している。生死染色剤19であるヨウ化プロピジウム(PI)を、沈着後にチャネルに流された新鮮なLBに添加して行った4つの試験は、増殖していないパターン化された細菌が染色されないことを証明した。PIはDNAに結合するが、無傷の膜では細胞に浸透できないため、PI染色実験は、パターニングプロセスも乾燥および再水和プロセスも細胞の膜を損傷しないことを示している。
3セクションチャネル形状を使用して、コロイド粒子のシーケンシャルパターニングを行うことにより、異なる組成の線形コロイドアレイを作製した。図5は、それぞれ2つおよび3つの連続的に捕捉された粒子を含む、二量体(図5A、B)および三量体(図5C)を含む、逐次パターニングによって形成された異なるコロイドアレイを示す。緑色および赤色の蛍光ポリスチレン粒子は、二量体および三量体の両方を組み立てるために使用された。55,000個のトラップにわたって実施された分析は、直径2μmおよび1μmの粒子によって作られた緑赤色(G-R)二量体(図5A,B)が、それぞれ分析されたトラップの93%および89%において形成されたことを示している。緑-赤-緑(G-R-G)三量体(図5C)は、分析された55,000個のトラップの52%に形成されました11。二量体および三量体は、コロイド懸濁液がすべての逐次堆積にわたって同じ方向に移動する、逐次堆積を実行することによって組み立てられた(図3B)。その結果、各堆積工程で捕捉された粒子は、前の堆積工程で捕捉された粒子と直接接触する。
粒子の正確な位置決めは、堆積粒子間の直接接触を必要としない。パターン化された粒子間の距離は、反対方向に2回の堆積を行い、各トラップの両端にそのような粒子を捕捉することによって正確に制御することができる(図5D)。トラップされた粒子間の距離は、所望の長さのトラップを設計することによって調整することができる。プラットフォームによって提供される追加の可能性は、マイクロメトリック精度での表面の化学パターニングです。この結果は、化学的に官能化された粒子11を用いてテンプレートをパターニングすることによって達成することができる。

図1:マイクロ流体チャネルの形状とパターニングプロセス (a)コロイド粒子のパターニング時のマイクロ流体流路の側面図断面の概略図。液体懸濁液はマイクロ流体チャネルの内部で蒸発し、対流電流は浮遊粒子を気液界面に向かって輸送する。粒子はこのようにして蓄積され、蓄積ゾーンを形成する。シリンジポンプは液体懸濁液を引っ張り、後退を促し、個々の粒子はテンプレート上の液体後退中に捕捉される。矢印は、サスペンションが移動している方向を表す。(B)PDMSテンプレート上のコロイド粒子のパターン化に使用されるチャネル形状の概略図。チャネルは長さ23mm、幅17mmで、幅7mmの中央セクションと幅5mmの2つの側面セクションで構成されています。テンプレートは、チャネルのフロアの中央セクション内にあります。断面は、液体懸濁液がパターニングプロセス全体を通して閉じ込められているマイクロ流体チャネルの中心部がチャネルの最も浅い部分であり、高さ500μmであるのに対し、2つの側断面は両方とも1mmの高さであることを示している。(C)バクテリアのパターン化に使用される直線チャネル形状の概略図。マイクロ流体デバイスは、長さ20mm、幅3mm、高さ500μmの直線流路で構成されています。このマイクロ流体装置の矩形断面は、断面に示されており、媒体によるチャネルの充填プロセスを簡素化する。SEM画像は、PDMSテンプレートのごく一部に、長さ2μm、幅1μm、深さ500nmのトラップを微細加工したものを示しています。スケールバー = 2 μm。略語:PDMS=ポリジメチルシロキサン;SEM = 走査型電子顕微鏡。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:マイクロ流体チャネルにおけるシーケンシャルキャピラリティーアシストアセンブリ用のプラットフォームの概略図。 (A)ボックスインキュベーター。ボックスインキュベーターは、マイクロ流体チャネルの内部で均一で一定の温度(ここでは30°C)を維持します。(b)液体懸濁液を装填したシリンジ。シリンジは、シリンジポンプ(図示せず)によって制御され、パターニングプロセス中の液体の動きを制御するために使用される。(c)加熱されたガラス板。加熱されたガラス板は、マイクロ流体チャネルの下に配置され、テンプレート全体で均一な温度(ここでは30°C)を保証し、これは空気 - 液体界面の近傍での結露を避けるために重要である。(d)液体懸濁液を装填したマイクロ流体チップ。マイクロ流体チップの床には、パターニングプロセス中に細菌やコロイドがパターン化されるトラップがあります。(E)顕微鏡。加熱されたガラス板とマイクロ流体チップを顕微鏡ステージ上に配置して、パターニングプロセスおよび以下のすべてのステップ中に完全な光学アクセスを付与します。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:細菌およびコロイドパターニングに関与するステップの概略図。 各パネルは、マイクロ流体チャネルの内部図を示し、PDMSテンプレートのごく一部のみを含む。(A)毛細管現象支援アセンブリによる細菌のパターニング。(i)細菌懸濁液はマイクロ流体流路の内部で蒸発し、対流電流を引き起こして懸濁細菌を気液界面に輸送し、蓄積ゾーンを形成する。その間、懸濁液はシリンジポンプによって引っ張られ、テンプレート上で後退する。矢印は、細菌懸濁液が移動している方向を表す。後退した懸濁液はテンプレートを横切って掃引され、個々の細胞は微細加工トラップに堆積する。(II)沈着した細菌は、チャネルが新鮮な培地で洗い流されるまで空気に曝される。堆積プロセスは、液体懸濁液がテンプレートの端に達すると終了する。(III)マイクロ流体チャネルを、新鮮な媒体(すなわち、LB)でフラッシュする。矢印は、新鮮な培地が洗い流される方向を表す。(B)逐次毛細管現象支援アセンブリによるコロイド粒子のパターニング。(i)コロイド懸濁液は蒸発しながらテンプレート上を後退し、粒子が気液界面に蓄積して蓄積ゾーンを形成する。個々の粒子は、テンプレート上に微細加工されたトラップに堆積される。矢印は、コロイド懸濁液が移動している方向を表す。(II)液体懸濁液がテンプレートの端部に達した時点で堆積プロセスが完了する。(III)第2の堆積を第1の堆積と同じ方向に実行し、第2の粒子をテンプレート上の各トラップに配置する。(IV)2回目の堆積が終了すると、テンプレートは1つの緑色粒子と1つの赤色粒子の二量体でパターン化される。略語:PDMS=ポリジメチルシロキサン;LB = リソゲニーブロス。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図4: 大腸菌 (株MG1655 prpsM-GFP)細胞でパターン化したPDMSテンプレート。 (a)長さ2μm、幅1μm、深さ500nmのトラップに捕捉された個々の 大腸菌 細胞のSEM像。細胞は、1回の堆積後に捕捉された。(B)マイクロ流体チャネルを培養液(リゾゲニーブロス)で初速1.3mm/minで充填した後、 大腸菌 の捕捉細胞を用いたPDMSテンプレートのごく一部(約80μm x 80μm)の落射蛍光画像。トラップされた細胞は4時間にわたって複数回増殖して分裂し、最終的に隣接するトラップからの細胞と合流して表面を覆う。スケールバー = 10 μm。略語:PDMS=ポリジメチルシロキサン;GFP = 緑色蛍光タンパク質。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図5:マイクロ流体プラットフォームにおける逐次キャピラリティー支援粒子アセンブリ(第1チャネル形状)を介して組み立てられたコロイドクラスター。 (A)直径2μmのポリスチレン粒子から組み立てられた15二量体の落射蛍光顕微鏡像を2回連続して堆積させた。(b)直径1μmのポリスチレン粒子から2つの連続した堆積で組み立てられた二量体(n=15)。(c)直径1μmのポリスチレン粒子から3つの連続した堆積を有する三量体(n = 15)を組み立てた。(D)2つの連続した堆積を反対方向に実行することによって、各トラップの四肢に粒子をパターン化したトラップ(n = 15)。トラップ内の粒子間の距離は2μmである。スケール バー = 4 μm。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
著者らは、開示する利益相反はありません。
マイクロ流体プラットフォーム内の毛細管現象支援アセンブリを用いて、細菌やコロイドなどの液体中に浮遊するマイクロサイズの物体をポリジメチルシロキサン基板上の所定のアレイにパターニングする技術を提示する。
| アルカテルAMS 200SE I-Speeder | アルカテルマイクロマシニングシステム | 深部反応性イオン交換システム | |
| アルコノックス | 洗剤 | ||
| AZ400K現像液 | MicroChemicals | AZ400K | |
| BD 10 mLシリンジ(ルアーロック) | BD | 300912 | 、新鮮なLysogenyブロスをマイクロ流体チャネルに流すために使用されます |
| ボックスインキュベーター | ライフ | チャネル内の均一で一定の温度を確保するために使用される | イメージングサービス|
| 遠心分離 | 機エッペンドルフ | 5424R | 一晩の媒体を新鮮な最小限の媒体に置き換えるために使用されます |
| 遠心分離機バイアル | エッペンドルフ | 30120086 1.5 mL | |
| CETONI Base 120 | CETONI GmbH | シリンジポンプ | |
| 直径0.98 & マイクロの蛍光PS粒子;m (red) | microParticles GmbH | PS-FluoRed-Fi267 | |
| 直径1.08の蛍光PS粒子 &m (green) | microParticles GmbH | PS-FluoGreen-Fi182 | |
| 直径2.07の蛍光PS粒子 &m (green) | microParticles GmbH | PS-FluoGreen-Fi183 | |
| 直径2.08の蛍光PS粒子 &10cm | シリコンウェーハのプラズマ処理に使用されるm(赤)microParticles GmbH | PS-FluoRed-Fi180 | |
| Gigabatch 310 M | PVA TePla | ||
| H401-T-CONTROLLER | 加熱ガラス板の | Okolab | コントローラー |
| H601-NIKON-TS2R-GLASS | Okolab | 加熱ガラス板 | |
| ハイデルベルクDWL 2000 | ハイデルベルグ機器 | UVダイレクトレーザーライター | |
| スリンシリンジ、U 100、ル | アーCodan Medical ApS | CODA621640 | 1 mLシリンジを使用して、パターニングプロセス中に液体懸濁液を回収するために使用 |
| Klayout | Opensource | は、 | シリコン |
| マスターLBブロス、ミラー(Luria-Bertani) | フィッシャーサイエンティフィック | 244610 | Lysogenyブロスをマイクロ流体チャネルMasterflexにフラッシュしました |
| トランスファーチューブ | Masterflex | HV-06419-05 | 0.020'' ID, 0.06'' OD |
| MOPS (10x) | Teknova | M2101 | 10倍をミリQ水で10倍に希釈し、一晩中媒体の交換に使用 |
| コンエクリプス Ti2 | ニコンインスツルメン | ツ顕微鏡 | |
| openSCAD | 金型の設計に使用 | ||
| OPTIspin SB20 | ATMグループ | 51-0002-01-00 | スピン現像 |
| 液 プラズマチャンバー Zepto | Diener 電子 | ZEPTO-1 | テンプレートとマイクロチャネルをプラズマ処理してそれらを結合するために使用される |
| ポジティブフォトレジスト AZ1505 | MicroChemicals | AZ1505 | |
| リン酸カリウム二塩基性 | Sigma Aldrich | P3786 | MOPS 1x |
| Prusa 硬化および洗濯機 CW1S | Prusa | に追加すべてのポリマーが硬化し、未硬化のポリマーが型から除去されることを確認するために使用されます | |
| Prusa Resin - Tough | Prusa Research a.s. | 3Dプリント用UV感光性405nm液体樹脂 | |
| Prusa SL1 3Dプリンター | モールドのプリントに使用 | ||
| スケール | VWR-CH | 611-2605 | PDMS混合物の重量に使用 |
| シリコンウェーハ(10cm) | シリコンマテリアルズ株式会社 | N/フォス <100> 1-10 & オメガ;cm | |
| Süss MA6 マスク アライナー | SUSS MicroTec グループ | クロムガラス マスクと基板を位置合わせし、基板を露出させるために使用されます | |
| シルガード 184 | ダウ コーニング | シリコーン エラストマー キット; 硬化剤 | |
| テクニ エッチング Cr01 | テクニック | クロム エッチング | |
| トリクロロ (1H、1H、2H、2H-パーフルオロオクチル) シラン | シグマ アルドリッチ | 448931 | 3Dプリント金型をシリアン化するために使用されます |
| TWEEN 20 | Sigma Aldrich | P1379 | は、パターニング プロセス中に最適な後退接触角を確保するために使用されます |
| Veeco Dektak 6 M | Veeco | プロファイラー | |
| VTC-100 バキューム スピン コーター | MTI コーポレーション | バキューム スピン コーター |