原子スケールのステッピングから粗粒拡散までのDNAに沿った転写因子タンパク質移動の構造ベースのシミュレーションとサンプリング

Chao E; Liqiang Dai; Jiaqi Tian; Lin-Tai Da; Jin Yu

doi:10.3791/63406

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方法論記事

原子スケールのステッピングから粗粒拡散までのDNAに沿った転写因子タンパク質移動の構造ベースのシミュレーションとサンプリング

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DOI:

10.3791/63406

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2022年3月1日

Chao E^*¹ , Liqiang Dai^*¹^,² , Jiaqi Tian³^,⁴ , Lin-Tai Da⁴ , Jin Yu⁵^,⁶^,⁷

¹Beijing Computational Science Research Center, ²Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, ³School of Medical Informatics and Engineering, Xuzhou Medical University, ⁴Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, ⁵Department of Physics and Astronomy, University of California, Irvine, ⁶Department of Chemistry, University of California, Irvine, ⁷NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research, University of California, Irvine

^* These authors contributed equally

この記事について

サマリー

このプロトコールの目標は、植物転写因子WRKYドメインタンパク質を例示的な系として用いて、DNAに沿ったタンパク質の1次元拡散の構造ダイナミクスを明らかにすることである。これを行うために、原子論的および粗粒度の分子動力学シミュレーションと広範な計算サンプリングの両方が実装されています。

要約

DNAに沿った転写因子(TF)タンパク質の1次元(1-D)スライディングは、遺伝子調節のために標的DNA部位を位置特定するためのTFの拡散を促進するために不可欠である。DNAをスライドまたは踏むTFの塩基対(bp)分解能を検出することは、依然として実験的に困難です。我々は最近、DNAに沿った小さなWRKYドメインTFタンパク質の自発的な1-bpステッピングを捕捉する全原子分子動力学(MD)シミュレーションを行った。このようなシミュレーションから得られた10μsのWRKYステッピング経路に基づいて、ここでのプロトコルは、1-bpタンパク質ステッピングのためのマルコフ状態モデル(MSM)を構築し、MSM構築のために様々な数のミクロおよびマクロ状態をテストすることによって、TF-DNAシステムのより広範な立体構造サンプリングを行う方法を示す。DNAに沿ったTFタンパク質のプロセス的1次元拡散探索を構造的基礎とともに調べるために、このプロトコルはさらに、システムの長期スケールのダイナミクスをサンプリングするために粗粒(CG)MDシミュレーションを行う方法を示す。このようなCGモデリングおよびシミュレーションは、全原子シミュレーションから明らかにされたサブマイクロ秒からマイクロ秒のタンパク質ステッピング運動と比較して、数十マイクロ秒を超えるTFタンパク質のプロセス拡散運動に対するタンパク質-DNA静電的影響を明らかにするのに特に有用である。

概要

転写因子(TF)は、遺伝子転写および関連活性を結合および調節する標的DNAを探索する¹.3次元(3D)拡散とは別に、TFの促進された拡散は、タンパク質が1次元(1D)DNAに沿ってスライドまたはホップしたり、DNA上のセグメント間転写でジャンプしたりすることができる標的DNA探索に不可欠であることが示唆されている²、³、⁴、⁵^、⁶^、⁷。

最近の研究では、DNA上のWRKYドメインタンパク質である植物TFについて、数十マイクロ秒(μs)の全原子平衡分子動力学(MD)シミュレーションを実施しました⁸。マイクロ秒以内にポリA DNA上のWRKYの完全な1-bpステッピングがキャプチャされました。DNA溝に沿ったタンパク質の動きと水素結合(HB)の破壊・改質ダイナミクスが観察されている。このような軌道は1つのサンプリングされた経路を表しますが、全体的なタン....