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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
本プロトコルは、好中球-バイオフィルム相互作用の研究を記載している。 黄色ブドウ球 菌バイオフィルムは in vitro で確立され、末梢血由来のヒト好中球とインキュベートされます。好中球からの酸化バースト応答を定量化し、バイオフィルム内の好中球局在を顕微鏡で測定します。
好中球は、微生物感染中に免疫系によって展開される最初の防御線です。 生体内では、好中球は感染部位に動員され、食作用、活性酸素種と窒素種(それぞれROS、RNS)の産生、NETosis(好中球細胞外トラップ)、脱顆粒などのプロセスを使用して微生物を殺し、感染を解決します。好中球と浮遊微生物との相互作用は広く研究されています。近年、バイオフィルムによって引き起こされる感染症の研究に新たな関心が寄せられています。バイオフィルムは、好中球による殺傷に対する耐性を含む、プランクトン成長対応物とは異なる特性を示します。in vitro および in vivo の両方のバイオフィルムモデルの確立が成功したことで、これらの微生物群集と異なる免疫細胞との相互作用を調査できるようになりました。ここでは、従来のバイオフィルムモデルと確立された好中球活性アッセイの組み合わせを使用する技術が、好中球とバイオフィルムの相互作用を研究するために特別に調整されています。広視野蛍光顕微鏡は、バイオフィルム中の好中球の局在を監視するために使用されます。これらのバイオフィルムは静的条件下で増殖させ、続いてヒト末梢血由来の好中球を添加する。サンプルは、顕微鏡下で可視化する前に適切な色素で染色されます。さらに、病原体に対する多くの好中球応答の1つであるROSの産生は、バイオフィルムの存在下で定量化されます。この確立されたシステムに免疫細胞を追加することで、宿主と病原体の相互作用の理解が深まり、標準化され最適化された条件を使用してこれらのプロセスを正確に測定できるようになります。
バイオフィルムは、細胞外高分子物質(EPS)に包まれた表面関連微生物または非付着凝集体のコミュニティです1,2。これらのコミュニティは、抗菌剤や免疫系に対する耐性を含む環境ストレス要因から包まれた微生物を保護します3。いくつかの病原性微生物種は、慢性感染症に関連するバイオフィルムを形成します4。バイオフィルムの発生は、表面への付着、EPS産生、細胞増殖、バイオフィルムの構造化、および細胞剥離を含む複雑なプロセスです5。細胞が分散してバイオフィルムを形成すると、それらはプランクトン性のままであるか、新しい基層に移動し、バイオフィルムの発生を再開します6。
日和見病原体である黄色ブドウ球菌は、付着、増殖、成熟、分散を含むバイオフィルム発生の一般的なスキームに従います7。黄色ブドウ球菌バイオフィルムの付着プロセスは、疎水性相互作用、テイコ酸、および接着マトリックス分子を認識する微生物表面成分(MSCRAM)によって決定されます8,9。黄色ブドウ球菌の増殖が始まると、主に多糖類、タンパク質、細胞外DNA、およびテイコ酸からなるEPSが生成されます5。EPS成分が産生されると、様々なエキソエンザイムや低分子も産生され、バイオフィルムの3次元構造に寄与し、剥離を助ける5。黄色ブドウ球菌は、この高度に調整されたライフスタイルを利用して、医療機器の留置による感染症を含むさまざまな慢性感染症を確立します10。
メチシリン耐性 黄色ブドウ球菌 (MRSA)は、中心静脈および尿道カテーテル、人工関節、ペースメーカー、機械式心臓弁、子宮内装置などの留置医療機器に関連する感染症の主な原因の1つです11。このような感染の間、好中球は、複数の戦略 を介して 病原体と戦うために感染部位に動員される最初の宿主免疫細胞です12。これらには、食作用、脱顆粒、活性酸素および窒素種(ROS / RNS)産生、または病原体を排除するための好中球細胞外トラップ(NET)の放出が含まれます13。
微生物の食作用によるROSの生成は、好中球によって示される重要な抗菌応答の1つです14。微生物がオプソニン、特に血清15に含まれる免疫グロブリンと補体成分でコーティングされている場合、食作用が促進されます。次に、オプソニン化された微生物は好中球の細胞表面受容体によって認識され、飲み込まれ、ファゴソーム15と呼ばれるコンパートメントを形成します。好中球は、膜結合NADPHオキシダーゼ16を介してファゴソーム内でROSを生成および放出します。この多成分系酵素複合体は、電子を分子状酸素16に伝達することによってスーパーオキシドアニオンを生成する。さらに、好中球は誘導性一酸化窒素合成酵素(iNOS)17の発現を通じてRNSも生成します。ファゴソーム内のこれらの高スーパーオキシドおよび一酸化窒素ラジカルは、幅広い抗菌活性を有する。それらは酵素の金属中心と相互作用し、病原体の核酸、タンパク質、および細胞膜を損傷する可能性があります18,19,20,21。多くの微生物がバイオフィルムライフスタイルを採用し、ROS22,23による死滅を回避するためにさまざまな戦略を採用しています。したがって、バイオフィルムと好中球を結合させてROSを定量化する標準化されたアッセイは、一貫した結果を得るために有益です。
好中球ROS産生の定量化などのアッセイは、バイオフィルムに対する好中球の応答に関する情報を提供しますが、バイオフィルム内の好中球の相互作用を視覚化する機能も強力なツールとして役立ちます。顕微鏡に蛍光色素を使用するには、顕微鏡イメージング分析に使用できる高品質の画像を取得するための最適化が必要になることがよくあります。好中球は単離後に細胞死を起こす可能性があるため、一部の条件を最適化する柔軟性は限られています。さらに、バイオフィルムは通常、好中球を添加する前に実験セットアップからプランクトン集団を除去するために洗浄されます。洗浄中、バイオフィルムが表面に緩く付着している場合、部分的なバイオマスの損失により、複製バイオフィルム間の変動が生じる可能性があります。
大まかに言えば、好中球とバイオフィルムとの間の相互作用を分析するための分野における現在の方法には、主に顕微鏡、フローサイトメトリー、およびコロニー形成単位(CFU)列挙が含まれる24、25、26、27。顕微鏡検査には、好中球とバイオフィルムを直接染色するか、NET形成、脱顆粒、細胞死などの微生物に対するさまざまな好中球応答を標的とする色素の使用が含まれます25,28。好中球細胞死および脱顆粒などのこれらの応答のサブセットもフローサイトメトリーを介して分析することができるが、好中球はバイオフィルム中の微生物の大きな凝集体と優先的に関連していない必要がある28,29。フローサイトメトリーは、細胞生存率27などのいくつかのバイオフィルムパラメータを定量することもできます。しかしながら、これらのプロセスはバイオフィルムバイオマスの破壊を必要とし、バイオフィルム内の好中球とその成分の空間分布などの他の重要な相互作用を視覚化するのに有用ではないであろう27,29,30。
本プロトコルは、取り扱い中の変動を最小限に抑えるように最適化されたバイオフィルム上の好中球-バイオフィルム相互作用を研究するために伝統的に使用されている方法のいくつかを適応させることに焦点を当てています。したがって、このプロトコルは、バイオフィルムの成長と定量、末梢血からの初代ヒト好中球の分離、ROS産生の定量化、および顕微鏡 による バイオフィルムと好中球の相互作用の視覚化のための標準化された方法を提供します。このプロトコルは、ドナープール間の不均一性を考慮しながら、バイオフィルムと好中球の相互作用を理解するために、さまざまなシステムに適合させることができます。
すべての手順は、オハイオ州立大学治験審査委員会(IRB)(2014H0154)によって承認されました。初代ヒト好中球を単離するために末梢血を採取するためのインフォームド・書面による同意がすべてのドナーから得られた。 黄色ブドウ球 菌(USA300 LAC)31 を実験を行うためのモデル生物として使用しました。実験は、血液媒介病原体への潜在的な曝露のために、適切な個人用保護具(PPE)を使用して実施されました。
1. in vitro バイオフィルムの調製
2. バイオフィルムバイオマスの定量化
3.好中球の分離
注:好中球は、以前に発表された方法に従って分離され、わずかな変更がありました36。この分離プロトコルは、最初に密度勾配遠心分離、次に3%デキストラン沈降を組み合わせたものです。このセクションでは、公開されたプロトコルに加えられた変更に焦点を当てて、好中球分離プロトコル全体についてのみ説明します。さらに、以下に概説するプロトコルは、好中球を単離することができる多くの方法の1つであり、必要に応じて置換することができる。好中球を単離するための他の方法には、細胞分離培地または磁気抗体細胞分離の使用が含まれる37。
4. 好中球が産生するROSの測定
5. バイオフィルム-好中球相互作用のイメージング
細菌バイオフィルムを増殖させるために使用される培地は、好中球の生存に影響を与えます。好中球とバイオフィルムの相互作用を研究するために、好中球の生存率に対する培地単独の影響を減らすために、さまざまな培地をテストしました(図1)。Tryptic Soy Brothなどの細菌増殖培地は好中球の生存率を最小限に抑え、好中球の~60%が5%CO2で37°Cで30分間のインキュベーション期間後に生きています。MEMαなどの哺乳類細胞培養培地は、好中球の生存率に影響を与えず、黄色ブドウ球菌バイオフィルムの成長をサポートします。実際、最小限の培地は、他の細菌におけるバイオフィルムの堅固な成長を促進する46,47。
バイオフィルムの成長に対する培地の影響と、バイオマスを洗浄してプランクトン細胞を除去した後のバイオフィルムバイオマス定量の変動性を評価するために、18時間の黄色ブドウ球菌バイオフィルムを96ウェルプレートで増殖させ、ウェルをポリ-L-リジンで処理または未処理にしました。栄養豊富な培地(トリプシン大豆ブロス(TSB))および最小培地(MEMα)をそのまま使用するか、2%グルコースを添加しました。CVで染色されたバイオフィルムバイオマスは、2%グルコースを添加したMEMαで増殖した黄色ブドウ球菌バイオフィルムが、すべての試験培地の中で最も堅牢なバイオフィルムを生成することを明らかにしました(図2A)。さらに、MEMα+2%グルコースを含むPLL前処理ウェルで増殖したバイオフィルムは、MEMα+2%グルコースを含むPLL未処理ウェルのバイオフィルムよりも変動性が小さいことを示した。これらのバイオフィルムは、バイオマス定量のためにバイオフィルムを正確に処理した後に播種した場合、CVアッセイ35およびCFU/mLによる定量の変動が少ないことを示しました。これらのバイオフィルムは、3日間に分けてバイオフィルムをめっきすることによって実証されるように、平均して1 x 108 CFU / mLを含んでいました(図2B)。この数は、好中球機能アッセイのためにバイオフィルムに追加する好中球の数を決定するのに役立ちます。
バイオフィルムに応答した好中球によるROS産生を測定するために、 黄色ブドウ球菌 バイオフィルムを96ウェルプレート中で18〜20時間静的に増殖させた。その後、バイオフィルムをオプソニン化し、好中球を添加した。その後、ROSの生成を60分間測定しました(図3A)。曲線下面積は、好中球による総ROS産生を定量化するために、速度曲線から計算される。対照として使用されるPMAなどのアゴニストで処理された好中球は、ROS産生の増加を示す。バイオフィルムが存在しない場合、PMAで処理された好中球は堅牢なROS産生を示した。 黄色ブドウ 球菌バイオフィルムの存在下では、PMAで処理された好中球による全体的なROS産生が減少した。PMAが存在しない場合、好中球はバイオフィルムとの相互作用のみに依存しているため、産生されるROSの量がさらに減少します(図3B)。
蛍光顕微鏡を用いて好中球とバイオフィルムの相互作用を可視化するために、生細胞の細胞質と死細胞のDNAをそれぞれ染色する黄色ブドウ球菌、Blue CMAC色素、およびエチジウムホモ二量体-1のGFP発現株を使用しました。黄色ブドウ球菌バイオフィルムは、6 μチャネルスライドで18時間成長しました。青色CMAC色素標識好中球をエチジウムホモ二量体-1と共に洗浄したバイオフィルムに添加し、イメージング前に5%CO2と共に37°Cで30分間インキュベートした。広視野蛍光顕微鏡により、多くの好中球が黄色ブドウ球菌バイオフィルムの表面に局在し、いくつかはバイオフィルム内にあることが明らかになりました(図4A)。好中球内の黄色ブドウ球菌細胞間の相互作用も明らかでした(図4C)。好中球と相互作用する黄色ブドウ球菌細胞のほとんどは死んでいました(マゼンタ)が、生死染色によって決定されたように、いくつかは生きたままでした(黄色)。比較のために、GFP発現黄色ブドウ球菌バイオフィルムをエチジウムホモ二量体-1で染色したところ、バイオフィルム内の死んだ黄色ブドウ球菌集団の一部が明らかになりました(図4B)。エチジウムホモ二量体-1陽性の生存不能好中球は、黄色ブドウ球菌バイオフィルムとのインキュベーション後に分析ソフトウェア(材料の表を参照)を使用して定量されました。好中球の約48%は、黄色ブドウ球バイオフィルムとのインキュベーションから30分以内にすでに死んでいました。顕微鏡プロトコルの最適化中に、30分間のインキュベーション後にバイオフィルムと好中球を洗浄して非付着好中球を除去する効果も評価され、バイオフィルムに付着したままの死んだ好中球の約33%が明らかになりました(図4D)。

図1:LIVE-DEADアッセイは、細菌と哺乳類の成長培地の間で好中球の生存を比較します。好中球を単離し、HBSS、MEMα、TSB、または0.1%SDS中で30分間インキュベートし、カルセインAM(生)およびエチジウムホモ二量体-1(死)を用いてLIVE-DEAD染色を行った。HBSSインキュベートされた好中球を100%生きた好中球として処理した生好中球の割合を決定した。結果は、2つの異なるドナーから得られた好中球を用いて、三重に実施された2つの独立した実験の平均を表す。データは、平均± SD (*p < 0.05, ****p < 0.0001 として表されます。一方向分散分析)。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:異なる条件でのバイオフィルムバイオマスの定量と、最適化された条件で成長したバイオフィルムの細菌生存率数。 (A) 黄色ブドウ球菌 をポリ-L-リジン(PLL)でコーティングまたはコーティングしていない96ウェルプレートに播種した。バイオフィルムは、TSB、MEMα、または2%グルコースを添加した培地のいずれかで、静的条件下で18時間増殖させた。バイオマスのバイオフィルムを染色するためにクリスタルバイオレット(CV)染色を行った。溶出したCV染色剤を1:10で希釈し、マイクロプレートリーダーで読み取りました。結果は、3回に分けて実施された3つの独立した実験の平均を表す。データはSD±平均値として表されます。各グループのSDは、異なるバイオフィルム増殖条件の変動性を示すために下部に示されています。(B)細菌CFU数は、最適化された培地(MEMα+2%グルコース)で増殖したバイオフィルムから得られた。18時間の静的バイオフィルムを同じ数の洗浄にかけた後、バイオフィルムバイオマスを緩めるために10分間の超音波処理を行い、メッキ前に凝集体を破壊するために22G針を通過させた。結果は、3連で実行された3回の反復を表します。データはSD±平均値として表されます(ns =有意ではありません。一方向分散分析)。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:化学発光アッセイによる好中球 による ROS産生の定量。 (A)好中球(PMN)をHBSS洗浄 した黄色ブドウ球菌 バイオフィルム(BF)とともに、PMAの存在下(閉じた灰色の三角形)または非存在下(開いた灰色の逆三角形)でインキュベートし、好中球によるROS産生を測定しました。ルミノールを使用して、マイクロプレートリーダーで3分ごとに60分間ROSを検出しました。バイオフィルムの非存在下でPMAで処理された好中球(閉じた黒丸)はポジティブコントロールとして機能し、好中球のみ(白黒丸)およびバイオフィルムのみ(白い灰色の三角形)グループはネガティブコントロールとして機能しました。データは、2つの異なるドナーから得られた好中球を用いて三重に実施された2つの独立した実験の平均を表す。(B)(A)からの曲線下面積は±、好中球によって生成された総ROSを定量化するために計算された。データは、SD±平均値として表されます。 (***p < 0.0001.一方向分散分析)。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図4:広視野蛍光顕微鏡を用いた黄色ブドウ球菌バイオフィルムと好中球の相互作用の可視化。 青色CMAC色素標識好中球(シアン)にエチジウムホモ二量体-1(マゼンタ;デッド)を添加してから、18時間黄色ブドウ球菌バイオフィルム(黄色)とインキュベートした。バイオフィルムと好中球の相互作用は、広視野蛍光顕微鏡法を使用して画像化され、画像解析ソフトウェアを使用して画像処理されました。実験は3人の異なるドナーを用いて行った。代表的な画像は、(A)生きた(シアン)および死んだ(マゼンタ;いくつかは白い矢印で示されている)好中球を含む黄色ブドウ球菌バイオフィルムの3Dビュー、(B)GFP(黄色)またはエチジウムホモ二量体-1(マゼンタ)で染色された死んだ黄色ブドウ球菌のいずれかを有する好中球が存在しない場合の黄色ブドウ球菌バイオフィルムの3Dビュー、(C) 黄色ブドウ球菌の直交ビューとして提示されます。 xy、yz、およびxz平面によって描かれる好中球相互作用、および(D)黄色ブドウ球バイオフィルムの存在下での好中球生存率の定量化 30分後 すぐに(洗浄)またはHBSSで3ラウンド洗浄した後、非接着好中球を除去します(洗浄)。好中球細胞死は、平均±SD(スチューデントのt検定)として提示されます。スケールバーは、(A)と(B)で50μm、(C)で10μmを示します。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
著者は開示するものは何もありません。
本プロトコルは、好中球-バイオフィルム相互作用の研究を記載している。 黄色ブドウ球 菌バイオフィルムは in vitro で確立され、末梢血由来のヒト好中球とインキュベートされます。好中球からの酸化バースト応答を定量化し、バイオフィルム内の好中球局在を顕微鏡で測定します。
この研究は、国立アレルギー感染症研究所(R01AI077628)からDJWに、米国心臓協会のキャリア開発賞(19CDA34630005)からESGに資金提供されました。米国300 LAC GFP株を提供してくださったポール・ストゥードリー博士に感謝します。さらに、オハイオ州立大学のキャンパス顕微鏡およびイメージング施設(CMIF)およびOSU総合がんセンター(OSUCCC)顕微鏡共有リソース(MSR)からのリソースを認めます。また、採血を行ったストゥードリーラボのアメリア・スターツ、ピーター・バーバック、リサ・コールマンにも感謝します。
| 0.9%塩化ナトリウム灌漑、USP | バク | スター2F7124 | エンドトキシンフリー;好中球の単離に使用 |
| 150mL急速流フィルターユニット | Thermo Scientific | 565-0020 | |
| 200プルーフエタノール | VWR | 89125-188 | |
| 3mLシリンジ | BD | 309657 | 採血に使用 |
| 50mLコニカル遠心チューブ | Thermo Scientific | 339652 | |
| 60mLシリンジ | BD | 309653 | 採血に使用 |
| 寒天 | フィッシャーバイオ試薬 | BP1423-2 | |
| アルコール綿 | 棒BD | 採 | 血に使用される |
| バンドエイド | 採 | 血BD | |
| バクトトリプシン大豆ブロス | BD | DF0370-07-5 | 1.5%寒天と組み合わせてトリプシン大豆寒天 |
| 細胞 | カウンターBal Saupply | 202C | |
| CellTrackerブルーCMCH | を作るInvitrogen | C2111 | ブルー CMAC 染料 (BCD) |
| クリアボトム 96 ウェル平底ポリスチレンプレート | Costar | 3370 | |
| コットンガーゼ | フィッシャーブランド | 13-761-52 | 採血に使用 |
| クリスタルバイオレット | アクロス オーガニック | 40583-0250 | |
| 培養チューブ | フィッシャーブランド | 14-961-27 | ホウケイ酸ガラス 13 x 100 mm |
| D-(+)-グルコース | Sigma | G-8270 | |
| デキストラン Leuconostoc spp. | Sigma | 31392-250G | 好中球の単離に使用 |
| ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水 (DPBS) 1x | Gibco | 14190-144 | |
| Ethidium homodimer-1 | Invitrogen | L3224 B | |
| Ficoll-Paque plus | Cytiva | 17144003 | 好中球の単離に使用 (密度勾配中) |
| ハンクス平衡塩溶液 (HBSS) 1x | Corning cellgro | 21-022-CV | カルシウム、マグネシウム、フェノールレッドなし |
| 血球計算板 | ブライトライン | ||
| ヘパリン | Novaplus | NDC 63323-540-57 | 1000 USP units/mL, 採血に使用 |
| IMARIS 9.8 | オックスフォード・インスツルメンツ | 顕微鏡画像解析ソフトウェア | |
| ルミノール | シグマ | A8511-5G | |
| ミニマルエッセンシャルメディア (MEM) Alpha 1x | Gibco | 41061-029 | |
| 針 (23 G1) | BD | 305145 | 採血に使用 |
| ニコン エクリプス Ti2 | ニコン | ||
| NIS-Elements | ニコン | 死んだ好中球の定量化 | |
| 正常なヒト血清 | 補体技術 | NHS | |
| ペトリ皿 (100 x 15 mm) | VWR | 25384-342 | |
| ホルボール 12-ミリスチン酸 13-アセテート | |||
| ポリ-L-リジン溶液 | Sigma | P4707-50ML | |
| 塩化ナトリウム | フィッシャーバイオ試薬 | BP358-10 | 好中球の単離に使用 |
| SoftMax Pro ソフトウェア | モレキュラーデバイス | データ収集に使用したマイクロプレートリーダーソフトウェア | |
| SpectraMax i3x | Molecular Devices | マイクロプレートリーダー | |
| 灌漑用滅菌水、USP | Baxter | 2F7114 | エンドトキシンフリー;好中球の分離 |
| に使用 Surflo 翼付き輸液セット | テルモ | SC*19BLK | 19 G x 3/4 インチ、採血に使用 |
| トリパンブルーステイン (0.4%) | Gibco | 15250-061 | |
| ターニケート | 採 | 血に使用 | |
| 超純尿蒸留水 | Invitrogen | 10977015 | |
| 白色不透明な96ウェルプレート | ファルコン | 353296 | 組織培養処理と平底板 |
| μ-スライドVI 0.4 | 同上 | 80601 | μ-チャンネルスライド |