リンタンパク質ホスファターゼとそのインターアクターを同定するための質量分析ベースのアプローチ

サマリー

ここでは、細胞および組織からの内因性リンタンパク質ホスファターゼおよびそれらの相互作用タンパク質の濃縮、ならびに質量分析ベースのプロテオミクスによるそれらの同定および定量のためのプロトコルを提示する。

要約

ほとんどの細胞プロセスは、動的タンパク質リン酸化によって調節される。タンパク質の4分の3以上がリン酸化されており、リンプロテインホスファターゼ(PPP)はすべての細胞セリン/スレオニン脱リン酸化の90%以上をコーディネートしています。タンパク質リン酸化の調節解除は、癌および神経変性を含む様々な疾患の病態生理学に関与している。それらの広範な活性にもかかわらず、PPPsおよびPPPによって制御される分子機構は、ほとんど特徴付けられていない。ここでは、ホスファターゼ阻害剤ビーズおよび質量分析(PIB-MS)と呼ばれるプロテオミクスアプローチが、任意の細胞株または組織を使用してわずか12時間でPPP、それらの翻訳後修飾、およびそれらの相互作用因子を同定および定量するために記載されている。PIB-MSは、セファロースビーズに固定化された非選択的PPP阻害剤であるミクロシスチン-LR(MCLR)を利用して、内因性PPPおよびその関連タンパク質(PPPomeと呼ばれる)を捕捉および濃縮する。この方法は、PPPのタグ付きバージョンの外因性発現または特異的抗体の使用を必要としない。PIB-MSは、進化的に保存されたPPPを研究し、脱リン酸化シグナル伝達に関する現在の理解を広げる革新的な方法を提供します。

概要

タンパク質リン酸化は、DNA損傷に対する応答、成長因子シグナル伝達、および有糸分裂^1,2,3の通過を含むがこれらに限定されない、ほとんどの細胞プロセスを制御する。哺乳動物細胞では、タンパク質の大部分は、ある時点で1つ以上のセリン、スレオニン、またはチロシン残基でリン酸化され、ホスホセリンおよびホスホスレオニンは、すべてのリン酸化部位の約98%を占める^2,3。キナーゼは細胞シグナル伝達において広く研究されてきたが、動的細胞プロセスの調節におけるPPPの役割はまだ現れている。

リン酸化ダイナミクスは、キナーゼとホスファターゼの間の動的相互作用によって制御される。哺乳類細胞には、セリン/スレオニンリン酸化を触媒する400以上のプロテインキナーゼが存在する。これらの部位の90%以上は、PP1、PP2A、PP2B、PP4-7、PPT、および^{PPZ 2,3}からなる酵素の小さなファミリーであるリンタンパク質ホスファターゼ(PPP)によって脱リン酸化されている。PP1およびPP2Aは、細胞内のホスホセリンおよびホスホスレオニン脱リン酸化の大部分を担う²、^3、4。キナーゼとホスファターゼの数の顕著な違いおよびインビトロでのPPP触媒サブユニットの特異性の欠如は、キナーゼがリン酸化の主な決定因子であるという信念につながった^2,3。しかしながら、複数の研究は、ホスファターゼが多量体ホロ酵素⁵、⁶、⁷、^8、9の形成を通じて基質特異性を確立することを示している。例えば、PP1は、触媒サブユニットおよび、所与の時点で、150を超える調節サブユニットのうちの1つからなるヘテロ二量体である⁶、^7、8である。逆に、PP2Aは、足場(A)、調節(B)、および触媒(C)サブユニット^2,3,9から形成されるヘテロ三量体である。PP2A調節サブユニット(B55、B56、PR72、および線条体)の4つの異なるファミリーがあり、それぞれに複数の遺伝子、スプライスバリアント、および局在化パターン^2、3、9がある。PPPの多量体性は、キナーゼおよびPPP触媒サブユニットの数のギャップを埋める。しかし、PPPシグナリングを研究するための分析上の課題が生じます。PPPシグナル伝達を網羅的に解析するためには、細胞または組織内の様々なホロ酵素を調べることが重要です。キナーゼ阻害剤ビーズ(マルチプレックス阻害剤ビーズまたはキノビーズと呼ばれる)の使用を通じてヒトキノメの研究において大きな進歩がなされており、キナーゼ阻害剤がビーズに固定化され、質量分析法が濃縮キナーゼおよびそれらのインターアクターを同定するために使用される化学的プロテオミクス戦略^10,11,12,13。

我々は、PPP生物学を研究するために同様のアプローチを確立している。この技術は、ホスファターゼ阻害剤ビーズ(PIB)と呼ばれるミクロシスチン−LR(MCLR)と呼ばれる固定化された非選択的PPP阻害剤を有するビーズを用いたPPP触媒サブユニットの親和性捕捉を含む^14,15。タンパク質活性または局在化を変化させる可能性のある外因性PPPサブユニットの内因性タグ付けまたは発現を必要とする他の方法とは異なり、PIB-MSは、内因性PPP触媒サブユニット、それらに関連する調節および足場サブユニット、および所定の時点または特定の治療条件下での細胞および組織からの相互作用タンパク質(PPPomeと呼ばれる)の濃縮を可能にする。MCLRは、PP1、PP2A、PP4-6、PPT、およびPPZをナノモル濃度で阻害し、PIBをPPPome¹⁶の濃縮に非常に効果的にする。この方法は、細胞から臨床サンプルまでの任意の出発物質に使用するためにスケーリングすることができる。ここでは、内因性PPPomeとその修飾状態を効率的に捕捉、同定、定量化するためのPIBおよび質量分析(PIB-MS)の使用について詳しく説明します。

図1:PIB-MSプロトコルの視覚的な概要 PIB-MS実験では、細胞から腫瘍まで、さまざまな形態でサンプルを得ることができます。サンプルは、PPP 濃縮の前に収集、溶解、および均質化されます。PPPを富化するために、溶解液をMCLRなどのPPP阻害剤の有無にかかわらずPIBと共にインキュベートする。その後、PIBを洗浄し、PPPを変性条件下で溶出します。サンプルは、SP3タンパク質濃縮、トリプシン消化、および脱塩による洗剤の除去によって質量分析分析用に調製される。次いで、サンプルを、質量分析分析の前に任意選択でTMT標識することができる。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

PIB-MSには、細胞または組織の溶解および清澄化、溶解液とPIBとのインキュベーション、溶出、およびウェスタンブロッティングまたは質量分析ベースのアプローチによる溶出液の分析が含まれます(図1)。遊離MCLRの添加は、特異的PIB結合剤を非特異的相互作用体から区別するための対照として使用することができる。ほとんどのアプリケーションでは、溶出液中のタンパク質を直接同定するためにラベルフリーのアプローチを使用できます。定量化または低存在種の同定においてより高い精度が必要な場合は、タンデム質量タグ(TMT)標識によるさらなる処理を使用して、カバレッジを増加させ、入力を減少させることができる。

プロトコル

注:PIBの生成は、Moorheadらによって記述されているように行われ、1mgのミクロシスチンおよび約6mLのセファロースが結合されて、最大5mg/mLの結合能を有するPIBを生成する¹⁷。

1. サンプル調製

注:PIB-MSの典型的な開始量は、条件ごとに総タンパク質の1mgです。この実験では、約2.5 x¹⁰⁶ HeLa細胞を使用して1mgのタンパク質を抽出しました。この計算は、実験¹⁸において使用されている各細胞株または組織について実施されるべきである。サンプルが制限されていて1mgが得られない場合、PPPサブユニット検出のわずかな損失で入力量を減らすことができます。あるいは、TMT標識を用いて、1つの試料中のすべての条件の混合を可能にし、ステップ9に示すように検出の感度を高めることができる。

1. 組織サンプルまたは細胞ペレットを収集する。細胞ペレットの場合、室温 (RT) で 277 x g で 2 分間遠心分離して細胞を回収し、培地を除去し、5 mL のリン酸緩衝生理食塩水 (PBS) で細胞を洗浄します。細胞ペレットは、-80°Cで数ヶ月間保存することができる。
2. 溶解バッファー(500 mM NaCl、50 mM Tris-HCl pH 7.5、0.5% Triton X-100 (vol/vol)、5 mM β-グリセロリン酸二ナトリウム塩 5 水和物、1:500 (vol/vol) プロテアーゼ阻害剤カクテル III) を調製し、氷上に保ちます。すべてのサンプルを溶解して洗うのに十分な量を作ります。条件ごとに1mgのタンパク質から始める場合は、溶解および洗浄のためにサンプルあたり約3mLの緩衝液を作ります。
   注:このステップで指摘されている溶解バッファーは中性洗剤溶液であり、不溶性メンブレンまたは細胞骨格関連タンパク質を可溶化するのに十分ではない場合があります。可溶化を改善するために他の洗剤を探索することができる。NaClおよびTriton−X−100濃度の範囲を試験し、上記の濃度が、低バックグラウンドおよび高ホスファターゼサブユニット結合に最適であることが見出された。
3. 冷却溶解バッファーをサンプルに加えます。1mgのタンパク質を溶解するには、1mLの緩衝液を使用する。サンプルが凍結している場合は、溶解バッファーを加え、バッファー内の氷上でサンプルを解凍させます。
   1. 細胞の場合は、超音波処理によってサンプルを均質化し、パルス間で細胞を氷上に保ちます。3つの15 sパルスで15%の振幅でサンプルを超音波処理します。これは、使用される超音波処理器によって異なる場合があります( 材料表を参照)。
   2. 組織の場合、ステップ1.3.1に記載されているように超音波処理する前に液化されるまで組織を粉砕するためにDounce組織グラインダーを使用して最初にサンプルを均質化する。
4. 不溶性破片の均質化サンプルを、21,130 x g で4°Cで15分間遠心分離することによって明らかにする。 次いで、チューブの側面に集められた形成されたペレットまたは脂質を乱すことなく、溶解物を新しいチューブに移す。必要に応じて清澄化された溶解液の濃縮前サンプルを100 μL取り出し、-20°Cで保存します。 溶解液は必ず氷の上に保つようにしてください。
5. 製造業者の指示に従って、各サンプルの小さなアリコート上で、ビシンコニン酸アッセイ(BCA)などのタンパク質定量アッセイを実行することによって、各サンプル中の総タンパク質含有量を決定する。BCAアッセイ中に溶解物が氷上に保持されていることを確認してください。
6. BCAアッセイを実施した後、等量のタンパク質を新しいチューブに移し、溶解バッファーで希釈して、各チューブが同じ濃度のタンパク質(例えば、1mg/mL)を有することを確認します。実験でPPP阻害剤コントロールが必要な場合は、同じタンパク質含有量を持つ各サンプルのアリコートを2つ用意し、ステップ1.7に進みます。PPP 阻害剤コントロールが必要ない場合は、ステップ 2 に進んでください。サンプルが氷の上に保管されていることを確認してください。
   注:PIB-MS分析では、条件ごとに等しいタンパク質濃度を使用することが重要です。PPP阻害剤対照は、PIBに対する特異的結合剤を非特異的バックグラウンドから区別するために使用される。
7. PPP阻害剤コントロールの場合、1つのサンプルを遊離MCLR(1μM)で処理し、もう1つのサンプルを同じ量のDMSOでコントロールとして処理します。サンプルを穏やかにボルテックスし、氷上で15分間インキュベートします。
   注:溶解物のMCLR処理は、PPP触媒サブユニットの結合を遮断するが、サンプル中のPIBに非特異的に結合するタンパク質はブロックしない。MCLRは毒性があるため、取り扱いには注意してください。 資料表の取り扱い上の注意事項を参照してください。

2. PIBの準備

1. 実験に必要なPIBの量を決定します。1mgのタンパク質に対して、1〜3μgのPPPおよび相互作用タンパク質を得ることができる。ビーズ損失を最小限に抑えるために、サンプルあたり少なくとも10μLの固体PIB樹脂を使用してください。PIBの結合能は3〜5mg/mL^{14,17である}。
2. 適量のPIBを1.5mLチューブに移し、0.5mLの溶解バッファーで3倍洗浄した後、穏やかにボルテックス処理し、洗浄の合間にRTで376 x g で30秒間遠心分離します。洗浄の間に溶解バッファーを除去するときは、ビーズをピペッティングしないでください。
3. 洗浄したPIBに適量の溶解バッファーを加えて、50%のPIB/バッファー溶液(vol/vol)を作ります。ピペットを静かに上下させ、ピペットチップをスラリーに巻き付けてPIBを再懸濁させます。
4. スラリー 20 μL を、既に 0.5 mL の溶解バッファーを含む新しい 1.5 mL チューブに移します。チューブ内の溶解バッファーは、ピペット先端からビーズを排出するのに役立ちます。各サンプルに等量のPIBを含むチューブが十分になるまでこれを行います。
5. チューブを 376 x g で回転させ、RT で 30 秒回転させます。すべてのチューブにビーズ樹脂が等量含まれていることを確認してください。上清を捨て、固形樹脂と最大50 μLの溶解バッファーのみを各チューブに残します。

3. PIBとライセートとのインキュベーション

1. ステップ1.6から溶解物を移す。またはステップ 1.7.ステップ2からPIBを含む適切にラベル付けされたチューブに。溶解液をPIBで8rpmで4°Cで1時間回転させる。

4. PIBの洗浄

1. PIBを376 x g で4°Cで30秒間遠心分離してビーズを回収します。上清を除去して廃棄し、必要に応じて濃縮後分析のために100 μLのアリコートを保存します。
2. ビーズに0.5 mLの溶解バッファーを加え、チューブを反転させ(ボルテックスは推奨されません)、4°Cで30秒間376 x g で遠心分離してビーズを回収し、落ち着いたビーズから溶解バッファーを除去して、ビーズペレットを壊さないように注意して、PIB 3xを洗浄します。

5. PIBからのPPPの溶出

1. 最終洗浄後、PIBをピペッティングせずにできるだけ多くの溶解バッファーを除去します。2% SDS(vol/vol)を含む溶出バッファーを作成し、PIBの容量の4倍から5倍になるのに十分な量の溶出バッファーを追加して、PIBからPPPを溶出します。例えば、10 μL の PIB を使用する場合は、50 μL の溶出バッファーを使用します。PIBを溶出バッファーと共に65°Cで1時間インキュベートし、PIBからPPPを溶出させます。
2. 溶出後、RTで30秒間チューブを376 x g で遠心分離し、溶出液を別のチューブにピペッティングして溶出液を回収し、PIBを移さないように注意してください。溶出液は、ウェスタンブロット分析または質量分析に使用します。溶出液は、-20°Cで最大数ヶ月間保存することができます。
3. さらに使用するためにPIBを再生するには、ビーズを2%SDS(vol/vol)でインキュベートし、RTで8rpmで1時間回転させます。25 mM Tris-HCl(pH 7.5)で3x-5xを、1回の洗浄につき30分間回転させて洗浄します。すべての洗浄後、PIBをアジ化ナトリウム(0.05% wt/vol)を含む25 mM Tris-HCl(pH 7.5)保存バッファーに保存します。
4. 溶出液をウェスタンブロッティングまたは質量分析法で分析する。PIB溶出液の質量分析を以下に記載する。

6. 洗剤の除去

注:MS分析用の溶出液サンプルから洗剤を除去するために、さまざまなアプローチを使用できます。我々は、Hughesらによって記述されたシングルポット固相増強サンプル調製(SP3)がうまく機能することを見出し^た19。

1. 上記のステップ 5.2 からの溶出液 50 μL に 0.5 μL の SP3 ビーズを追加します。SP3ビーズは、10:1(μg:μg)または少なくとも0.5μg/μL(原液は50μg/μL)の比率で使用してください。ビーズを静かに渦巻き、溶出します。
2. ビーズ-溶出液混合物に100%エタノールの1つの溶出量を加える(例えば、50μLの溶出液を使用した場合、50μLの100%エタノールを使用する)。試料を24°Cで1000rpmで振とうするように設定したサーモミキサー中で5分間インキュベートする。
3. すべてのビーズを集めるには、磁気ビュアーラックに入れます。ビーズが溜まったら、上清を捨て、0.5mLの80%エタノール(vol/vol)3xでビーズを洗浄します。洗浄のためには、ボルテックスによりビーズを再懸濁し、磁気チューブラックに入れてビーズを回収し、洗浄の間に上澄み液を捨てる。
4. 0.5 mLの100%アセトニトリル(ACN)でビーズをもう一度洗浄し、微量のエタノールをすべて除去し、できるだけ多くのACNを除去します。

7. タンパク質の消化

1. 166 mM HEPES(pH 8.5)でトリプシン(終濃度0.004 μg/μL)を1:100希釈し、このトリプシン溶液30 μLをビーズで各チューブに加え、ボルテックスで再懸濁します。
2. SP3-トリプシンビーズ混合物をサーモミキサー中で、37°Cで1000rpmで5時間または30°Cで一晩インキュベートする。 チューブを磁気ラックに入れてビーズを収集し、消化物を新しいチューブに取り出します。
3. ラベルフリー分析の場合は、20% トリフルオロ酢酸 (TFA) (vol/vol) を終濃度 0.2% TFA (vol/vol) に添加して反応をクエンチします。pHペーパーで各サンプルのpHが2〜3の間であることを確認してください。そうでない場合は、これが達成されるまで、20%TFAの小さなアリコートを追加します。サンプルは、脱塩する前に適切に酸性にする必要があります。ステップ 8 に進んでください。
4. サンプルのTMT標識については、酸性化せず、ステップ9に進んでください。

8. ダイジェストの脱塩

1. Rappsilberら20によって記述されているように、C18樹脂と互換性のある200μLのMS溶媒チップを充填することによって、各サンプルのステージチップ^{を準備する。}鈍い針を使用して 2 枚の C18 材料ディスクを押し、ディスクが針に残っていることを確認します。細いワイヤープランジャーを使用してディスクをMS溶媒互換チップに移し、ディスクを針から取り出します。
   注:他のピペットチップは質量分析で検出できるサンプルに化学物質を浸出する可能性があるため、プロトコルのこの時点からMS溶媒適合チップを使用することが重要です。
2. 各ステージチップを30 μLの100%MeOHで平衡化し、次に30 μLの60%MeOH(vol/vol)、続いて30 μLの0.1% TFA(vol/vol)で平衡化します。各溶液をシリンジでステージ先端に押し込みます。必要に応じて、ピペットチップを透明フィルムでシリンジの端に取り付け、シリンジとステージチップの接触を増加させます。ステージ先端内部のC18素材が乾かないように注意してください。
3. ステップ7.3の酸性化ペプチド消化物を標識されたステージ先端に加え、ステージ先端が完全に乾燥しないように注意しながら、シリンジでステージ先端を押し込みます。
4. 各サンプルを30 μL の 0.1% TFA (vol/vol) で 2x 洗浄します。各ステージ先端に30 μLの60%MeOH(vol/vol)を添加し、シリンジ圧力で先端から新しいラベル付きチューブにすべてを排出することにより、各ステージチップからペプチドを溶出します。これは、C18材料が完全に乾燥される唯一のステップです。
5. 真空遠心分離により各試料を乾燥させる。乾燥ペプチドは、-20°Cで数ヶ月間保存することができます。これで、サンプルはラベルフリーの質量分析分析の準備が整いました。サンプルの半分のみを質量分析計での分析に使用し、残りの半分を必要に応じて再注入に使用します。分析には適切な質量分析計法を使用してください。

9. TMTラベリング

注:タンデム質量タグ標識は、定量分析のためにサンプルを多重化するために使用されます。TMT試薬の0.8mgバイアルは、タンパク質²¹の0.8mgまで標識するのに十分である。1mgのタンパク質から始まるPIBプルダウン実験では、1〜3μgのリンタンパク質サブユニットが得られる。以下のプロトコールは、最大10μgのタンパク質に最適です。

1. 80 μLの無水ACN中のTMT試薬の0.8 mgバイアル1本を再構成する。
2. ステップ 7.4 の各サンプルに、最大 18 チャンネルの異なる TMT ラベルを付けます。各サンプルに追加される TMT ラベルを必ずメモしておいてください。2 μLのTMT試薬と2 μLのACNをペプチド消化物に加え、ボルテックスを穏やかに混合し、RTで376 x g で30秒間遠心分離してサンプルを収集し、RTで1時間インキュベートしてサンプルを標識します。
3. TMT 標識効率をテストするには、9 μL の LC-MS グレードの水と 1 μL の 10% ヒドロキシルアミン (vol/vol) を含む 0.5 mL チューブに各標識反応 1 μL を組み合わせて標識チェックサンプルを作成し、反応をクエンチします。残りの非急冷標識サンプルを-80°Cの冷凍庫に入れる。サンプルは、ラベリング効率が評価されている間、数日間保存することができます。
4. TMTラベルチェックサンプルを酸性にし、30μLの0.1%TFA(vol/vol)を加えます。pHが2〜3の間であることを確認してください。そうでない場合は、このpHが達成されるまで20%TFA(vol/vol)を追加します。ステップ 8.1.-8.5 で説明されているように、ステージの転倒によってラベルチェックサンプルを脱塩します。
5. 質量分析計でTMTラベルチェックサンプルを分析し、ラベリング効率を評価します。検索結果をペプチドレベルで1%の誤発見率(FDR)にフィルタリングし、標識効率^21、22を決定する。
6. 完全TMT標識ペプチドは、N末端にTMT試薬を有し、かつ、すべてのリジンを有する。TMTレポーターイオン強度を定量化し、すべてのチャネルにわたってそれらの合計を比較します。すべてのペプチドの>95%が標識され、TMTレポーターイオンの合計強度が同等である場合、サンプルは十分に標識されます
   注:不完全な標識に加えて、合計されたTMTレポーターイオン強度の違いは、1μLの試験サンプルの不正確なピペッティングの結果である可能性があります。また、真の生物学的観察を反映している可能性もあり、その場合、すべての反復は同じ動作を示すはずです。
7. -80°C保存からクエンチされていないサンプルを取り出し、解凍します。それらが完全に標識されていない場合は、上記のように適切なTMT試薬を1 μLサンプルに加え、1時間インキュベートしてから、TMTラベルチェックを繰り返します。サンプルが完全にラベル付けされている場合は、ステップ 9.8 に進みます。
8. 完全に標識したら、TMT反応に2μLの10%ヒドロキシルアミン(vol/vol)を加えて標識をクエンチします。サンプルをRTで15分間インキュベートします。急冷すると、サンプルは-80°Cで数ヶ月間保存できます。
9. クエンチしたすべてのTMTチャネルを結合し、20%TFA(vol/vol)を2μL加えて反応を酸性にします。併用反応のpHを確認し、pHが2〜3の間であることを確認します。そうでない場合は、所望のpHに達するまで20%TFAの小さなアリコートを加える。これは適切な脱塩に不可欠です。
10. 30分間の真空遠心分離によりACNを除去し、以下のようにして試料を脱塩した。

10. TMT標識結合サンプルの脱塩

1. 適切なタンパク質容量(通常、この用途には2mgの吸着剤で十分です)を備えたSPE C18脱塩プレートを使用して、組み合わせたTMT試薬を脱塩します。ウェルを 200 μL の 60% MeOH (vol/vol) および 200 μL の 10% MeOH/0.1% TFA (vol/vol) で平衡化します。
2. ステップ9.10から酸性化TMT標識ペプチドをロードする。脱塩プレートの上に。サンプルウェルを200 μL の 10% MeOH/0.1% TFA (vol/vol) で 2 倍洗浄します。
3. 100 μL の 60% MeOH (vol/vol) でペプチドを溶出します。真空遠心分離により試料を乾燥させる。乾燥させたTMT標識サンプルは、-80°Cで数ヶ月間保存することができます。
4. TMT標識サンプルの質量分析では、サンプルの半分を注入し、再注入が必要な場合は残りの半分を保存します。
   注:質量分析の注入量は、特定のカラム、機器のセットアップ、およびサンプルタイプによって異なります。

11. データ解析

注: データのフィルタリングと分析の方法はさまざまで、このプロトコルの範囲外ですが、このプロトコルから生じるデータの種類に固有のガイダンスを提供するために、分析に関する次の注意事項が含まれています。

1. 使用したサンプル細胞または組織の起源に基づいて、種特異的プロテオームデータベースに対して生の質量分析データを検索します。ここでは、探索アルゴリズム²³として彗星を用いた。
2. 検索アルゴリズム固有のパラメータ²²を調整することによって1%FDRで検索結果をフィルタリングする。ラベルのない定量化のために、MS1ピーク面積測定を使用してデータを定量化します。TMT標識サンプルの場合、定量にはMSn由来のレポーターイオン強度を使用します。統計的有意性については、サンプルを生物学的三連で分析します。
3. de novoでPPPサブユニットとその相互作用因子を同定するには、MCLR阻害サンプルとDMSO処理サンプルの3連の生物学的サンプルが比較されるようにします。異なる条件下で、または薬物治療時にPPPomeを比較するには、各条件または薬物治療の生物学的三連が生成されたことを確認する。
4. 3 つの DMSO 対照処理サンプルのうち少なくとも 2 つで総ペプチド数>1のタンパク質のみが存在するようにデータをフィルタリングします。MCLR競合は、必ずしもすべての触媒サブユニット結合と競合するわけではありません。また、いくつかのPPP触媒サブユニットは、セファロース樹脂に非特異的に固着する可能性がある。樹脂に非特異的に結合するタンパク質をフィルタリングしながら、いずれかの可能性を考慮するには、MCLR処理条件下でPPP触媒サブユニットの場合よりも高い総ペプチド数を持つタンパク質を除去します。
5. ケラチン、コラーゲン、40Sおよび60Sリボソームタンパク質、PPPサブユニットではない不均一な核リボヌクレオタンパク質などの一般的な汚染物質を分析から除外する¹⁴。
6. フィルタリングされたデータをペルセウスにインポートするには、[読み込み] セクション^24,25 の [汎用マトリックスのアップロード] をクリックします。Log₂ は、基本>変換に移動し、データを選択し、変換関数 (この場合は log2(x) ) を指定することによって、データを変換します。
7. 正規分布から欠損値 >代入 [正規分布の欠損値を置き換える] に移動し、データを選択し、計算の幅 (デフォルト 0.3) と下方シフト (デフォルト 1.8) を指定します。分位点正規化を実行するには、「 分位点正規化」>「正規化」に移動します。
8. それぞれの条件の対数₂ 比とスチューデントのT検定p値を計算します。まず、Annot. 行 >カテゴリ注釈行に移動して、データ に注釈を付けます。T検定を実行するには 、検定>2サンプル検定に移動し、比較するグループ、実行する検定、および切り捨てに使用する多重仮説検定補正の方法を選択します。
   注: de novo 同定の場合、MCLR処理状態とDMSO状態においてその存在量が統計的に有意であり、_log2倍の変化が特異的に結合した既知のPPPサブユニットの最小倍数変化よりも大きい場合、タンパク質はPPP相互作用タンパク質とみなされます。

結果

図2:特定のPIBバインダーの同定(A)PIB-MSを介して、さまざまな組織タイプまたは細胞を分析できます。生物学的三連中のHeLa細胞をDMSOまたはPPP阻害剤MCLRで処理し、PIBと共にインキュベートし、LC-MS/MS(B)DMSOおよびMCLR処理HeLa細胞溶解物におけるPIB-MS分析の火山プロット、特定のPIB結合剤を赤色で示した。PPP触媒サブユニットは標識され、青色で示されている。新規候補PPPサブユニットまたは相互作用タンパク質は黒色で示されている。非特異的結合剤は灰色で示されている。(c)濃縮の再現性を実証するためにDMSO...

ディスカッション

PIB-MSは、単一の分析でさまざまなサンプルソースからPPPomeを定量的にプロファイリングするために使用される化学プロテオミクスアプローチです。キナーゼ阻害剤ビーズを使用して、キノメとそれが癌および他の疾患状態においてどのように変化するかを研究するために多くの研究が行われてきた^{10、11、12、13}。しかし、PPPomeの研究は遅れをとっている。このアプローチは、このギャップを埋め、細胞脱リン酸化の調節に光を当てることができると期待しています。ここでは、PIBを使用して、PP1、PP2A、PP4、PP5、およびPP6の触媒成分および非触媒成分を濃縮できることを示しています。我々はまた、様々な細胞株、組織型、および生物における新しいPPP相互作用因子候補を同定することができる。

PIB-MS プロトコルには、見落とされてはなら...

材料

この記事で使用された材料の一覧

名前	会社	カタログ番号	コメント
アセトニトリル(ACN)	ハネウェル	AH015-4	注意:ACNは可燃性で有毒です。手袋を着用し、化学ドラフトで作業してください。
無水アセトニトリル	Sigma-Aldrich	271004-100ML	注意: ACNは可燃性で有毒です。手袋を着用し、化学ヒュームフードで作業してください。
卓上遠心分離機	エッペンドルフ	モデル番号5424
ベータグリセロリン酸、二ナトリウム塩 五水和物	アクロスオーガニックス 410991000
遠心分離機	エッペンドルフ	モデル番号5810 R 15アンペアバージョン
蒸留水
DMSO	フィッシャーサイエンティフィック	BP231-100
デュースティッシュグラインダー	フィッシャーブランド ペレット 乳棒	12-141-363
エンポア固相抽出ディスク、C18	CDS アナリティカル	76333-132
エッペンドルフ チューブ、1.5 mL	エッペンドルフ	22363204	クリティカル: 他のチューブはポリマーをサンプルに浸出し、分析を汚染する可能性があります。
Eppendorfチューブ、2 mL	Eppendorf	22363352	CRITICAL:他のチューブはポリマーをサンプルに浸出し、分析を汚染する可能性があります。
抽出プレートマニホールド	ウォーターズ	WAT097944
ファルコンチューブ、50mL	VWR	21008
ジェネリック ブラントエンドニードルとプランジャー
ジェネリック磁気分離ラック
HEPES	Sigma-Aldrich	H3375
塩化水素(HCl)	VWR ケミカルズ BDH	BDH3028	注意:HClは腐食性です。手袋を着用し、化学ドラフトで作業してください。
ヒドロキシルアミン溶液 50% (wt/vol)	Sigma-Aldrich	467804
インキュベーター, 65 >C	VWR	モデル番号 1380FM
Koptec 純エタノール、200 プルーフ	デコン ラボ	V1001
HPLC 用 メタノール (MeOH)	Sigma-Aldrich	34860-4L-R	注意: MeOH は可燃性で有毒です。手袋を着用し、化学薬品のヒュームフードで作業してください。
Microcystin LR (MCLR)	ケイマンケミカル	10007188	注意:MCLRは有毒ですので、取り扱いの際は手袋を着用し、皮膚に触れないようにしてください。
PBS、1×カルシウムとマグネシウムなし、pH 7.4 ± 0.1	コーニング	21-040-CV
pHテストストリップ、例えばMilliporeSigma MColorpHast pHテストストリップおよび指示薬	Fisher Scientific	M1095310001
PIBs			PIBsの生成のためのプロトコルについては、Moorhead et al., 2007を参照してください。
Pierce BCA Protein Assay Kit	Thermo Scientific	23225
ピペットチップ、10 μL	Eppendorf	22491504	CRITICAL:他のチップは、ポリマーをサンプルに浸出し、分析を汚染する可能性があります。
ピペットチップ、1000 μL	Eppendorf	22491555	CRITICAL:他のチップは、ポリマーをサンプルに浸出し、分析を汚染する可能性があります。
ピペットチップ、200 μL	Eppendorf	22491539	CRITICAL:他のチップはポリマーをサンプルに浸出し、分析を汚染する可能性があります。
プラスチックシリンジ、10 mL	BD	309604
プロテアーゼ阻害剤カクテル III	研究製品 International	P50700-1
Q Exactive Plus ハイブリッド四重極-Orbitrap 質量分析計、Oribtrap Fusion、Orbitrap Fusion Lumos、または Orbitrap Eclipse トライブリッド質量分析計	Thermo Scientific
冷蔵卓上遠心分離機	Eppendorf	model no. 5424 R
Rotator (Labquake Shaker Rotisserie)	Thermo Scientific	13-687-12Q	8 rpm 回転
サンプル収集プレート、96 ウェル、1 mL	Waters	WAT058957
SDS	Fisher Scientific	BP1311-1
シーケンシンググレード変性トリプシン	Promega	V511C
アジ化ナトリウム	EMDの化学薬品	SX0299-1	注意:アジ化ナトリウムは爆発性で有毒です;手袋を着用し、化学薬品のヒュームフードで作業し、金属との接触を避けてください。
塩化ナトリウム(NaCl)	フィッシャーケミカル	S27110
ソニケーター(ブランソンデジタルソニファイア)		モデル番号SFX 250
SPE C18 脱塩プレート	Waters	186001828BA
SpeedBeads 磁性カルボン酸修飾粒子 (SP3 ビーズ)	Cytiva	6.51521E+13
Thermomixer	Eppendorf	モデル番号 5350
TMT10plex Isobaric Label Reagent Set plus TMT11-131C Label Reagent, 3 × 0.8 mg per tag	ThermoFisher	A37725
トリフルオロ酢酸(TFA)	ハネウェル	T6508-25ML	注意:TFAは腐食性があり、接触すると皮膚を刺激します。手袋と目の保護具を着用し、化学薬品のヒュームフードで作業してください。
Tris Base	Research Products International	T60040
Triton X-100	Sigma-Aldrich	T9284
真空遠心分離機および蒸気トラップ	Thermo Scientific	モデル番号SpeedVac SPD120 & RVT5105
Vortexer (Vortex-Genie 2)	Scientific Industries
Water LC-MS	Honeywell	LC365-4