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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
このプロトコルは、酪農産業におけるバイオフィルムを根絶するための有機ペルオキシ酸の有効性を評価するための静的方法と動的方法を組み合わせたアプローチについて説明しています。このアプローチは、バイオフィルムを制御するための新しい生物学的または化学的製剤の有効性を試験するためにも使用され得る。
乳製品業界におけるバイオフィルムの存在は、加工工場で頻繁に使用されるほとんどの定置洗浄(CIP)手順に対する耐性が高いため、安全でない変化した乳製品の生産につながる可能性があるため、大きな懸念事項です。したがって、酪農業界向けの新しいバイオフィルム制御戦略を開発することが不可欠です。このプロトコルは、有機ペルオキシ酸の有効性を評価することを目的としています 静的方法と動的方法の組み合わせを使用して、乳製品バイオフィルムを根絶するための有機ペルオキシ酸(過酢酸、過プロピオン酸、および過乳酸および市販の過酢酸ベースの消毒剤)。すべての消毒剤は、静的ハイスループットスクリーニング法である最小バイオフィルム根絶濃度(MBEC)アッセイを使用して、単一または混合バイオフィルムのいずれかで最も強力なバイオフィルム産生細菌でテストされました。推奨濃度の消毒剤との接触時間5分は、単一バイオフィルムと混合バイオフィルムの両方を根絶することに成功しました。現在、米国疾病対策センター(CDC)のバイオフィルムリアクター(in situ 条件を模倣する動的方法)を使用してこれらの観察を確認するための研究が進行中です。このタイプのバイオリアクターは、ほとんどの産業機器および表面を構成するステンレス鋼の表面の使用を可能にする。反応器からの予備的な結果は、バイオフィルムに対する有機ペルオキシ酸の有効性を確認するようです。この研究で説明されている組み合わせたアプローチは、バイオフィルムを制御し、微生物を根絶するための新しい生物学的または化学的製剤を開発およびテストするために使用できます。
酪農産業は、毎年約9,000万hLの牛乳を生産する10,500以上の酪農場があるカナダを含む、世界の主要な産業部門です1。加工工場を含む酪農業界で課せられた厳格な衛生要件にもかかわらず、牛乳は微生物にとって優れた培養培地を構成するため、乳製品には腐敗微生物や病原性微生物などの微生物が含まれている可能性があります。これらの病原体はさまざまな病気を引き起こす可能性があります。たとえば、 サルモネラ 菌と リステリア菌は 、それぞれ胃腸炎と髄膜炎を引き起こす可能性があります2。腐敗微生物は、ガス、細胞外酵素、または酸を生成することにより、乳製品の品質と官能特性に影響を与える可能性があります3。牛乳の外観と色も、例えば シュードモナス 属4によって変更される可能性があります。
これらの微生物のいくつかは、ステンレス鋼を含むさまざまな表面にバイオフィルムを形成することができます。このようなバイオフィルムは、機器の表面での微生物の持続と増殖を可能にし、したがって乳製品の汚染を可能にします5。バイオフィルムは、熱伝達を妨げ、機器の腐食を加速させる能力があるためにも問題があり、機器の早期交換につながり、したがって経済的損失につながります6。
定置洗浄(CIP)手順により、食品業界は微生物の増殖を制御できます。これらの手順には、水酸化ナトリウム、硝酸、および場合によっては次亜塩素酸と過酢酸を含む消毒剤の順次使用が含まれます7,8。次亜塩素酸は微生物に対して非常に効果的ですが、天然有機物とも反応し、有毒な副産物の形成を引き起こします9。過酢酸は有害な副産物を生成しません10;ただし、食品業界におけるバイオフィルムに対するその有効性は非常に変動します10,11。最近、ペルプロピオン酸およびペル乳酸を含む他のペルオキシ酸がそれらの抗菌活性について研究されており、それらはバイオフィルムにおける微生物増殖の制御のための優れた代替手段であるように思われる12,13。
そこで本研究では,有機ペルオキシ酸(過酢酸,過プロピオン酸,過乳酸,過乳酸,過酢酸系消毒剤)の乳用バイオフィルム除菌効果を,最小バイオフィルム消去濃度(MBEC)アッセイ,静的ハイスループットスクリーニング法,およびin situ 模倣動的手法である米国疾病対策センター(CDC)バイオフィルムリアクターと組み合わせたアプローチを用いて,乳用バイオフィルムを除菌する有効性を評価することを目的とした。 条件。MBECアッセイは、以下、プロトコルにおいて「バイオフィルムマイクロタイタープレート」と呼ばれる。ここに提示されたプロトコルと代表的な結果は、有機ペルオキシ酸の有効性と、乳製品産業における微生物バイオフィルムを制御するためのそれらの潜在的な用途を示しています。
この記事に含まれる作業には、バイオセーフティレベル2のラボが必要であり、ラバル大学の機関バイオセーフティ委員会によって以前に承認されています(プロジェクト番号119689)。
注: 図1 のフローチャートは、バイオフィルムを根絶するための有機ペルオキシ酸の有効性を評価するために使用された静的アプローチと動的アプローチを組み合わせた方法論の要約を表しています。
1.材料の準備
式 (1)
式 (2)2.単一および混合バイオフィルムの形成
式 (3)3. 有機ペルオキシ酸のバイオフィルム除菌効果の定量的評価
式 (4)
式 (5)
式 (6)
式 (7)
式 (8)4. 有機ペルオキシ酸のバイオフィルム除菌効果の定性的評価
注:消毒剤で処理した後(ステップ3.1.1からステップ3.1.5)、静的法でバイオフィルムマイクロタイタープレートのペグ上に形成された P.アゾトフォルマンス バイオフィルムを調製し、走査型電子顕微鏡および共焦点顕微鏡での観察によって分析した。
SEM分析は、バイオフィルムマイクロプレートペグ上に P.アゾトフォルマンス PFl1Aによって生成されたバイオフィルムの存在を示しています(図2A)。3次元的なバイオフィルム構造を観察することができます。 P. azotoformans PFl1Aは、96ウェルマイクロタイタープレートを使用して強力なバイオフィルム生産者(A570 > 1.5)として以前に同定されました12。
また、バイオリアクターを用いてステンレススライド上に形成されたP. azotoformans PFl1Aバイオフィルムは非常に緻密であり、三次元構造を有する成熟バイオフィルムの形態学的特徴を示した(図2B)。さらに、動的システムにおけるこの分離株によって開発されたバイオフィルムの細菌数の結果は、TSB培養培地および滅菌スキムミルクでそれぞれ8.74 log CFU/cm 2および7.86 log CFU/cm2に相当する有意な細胞密度を示しました(図2C)。
さらに、B. besicularis分離物で得られた図3に示す結果は、特定の要因がバイオリアクター内のバイオフィルム形成に重要な影響を与える可能性があることを示しました。バイオリアクター内の攪拌速度、培地流量、培地栄養素濃度、連続モードステップの持続時間などのいくつかのパラメータを変化させることにより、細胞付着を強化し、より密度の高いバイオフィルムを観察することができます。例えば、栄養素濃度を100 mg/Lから900 mg/L(条件Fと比較して条件A)に増やすと、バイオフィルムの細菌数が6.11 log CFU/cm2から8.71 log CFU/cm2に増加した。さらに、流速を6.0 mL/min(条件C)に下げると、バイオフィルムの有意な成長が観察され、この分離株の成長速度と一致するより長い滞留時間が得られました。
バイオフィルムマイクロタイタープレートまたはバイオリアクターの消毒処理前後に形成されたバイオフィルムの顕微鏡観察は、生細胞数を補完しました。 図4 は、乳製品工場に通常施用される消毒剤の接触時間(5分)および濃度(有機ペルオキシ酸で500ppm、過酸化水素で100,000ppm)で検出可能な生細胞を含まないバイオフィルムがなかったことを示しています。これらの結果は顕微鏡観察によって確認された(図5)。 図5A は、未処理のMBECバイオフィルム(対照)の立体構造を示し、処理されたMBECバイオフィルム(過酸化水素、過酢酸、過乳酸、過プロピオン酸、および市販の消毒剤調製物を含む)は、SEMによって決定された3次元立体配座を失う。しかし、バイオフィルムは消毒剤で処理されましたが、特に過酸化水素では、明らかなバイオフィルム構造が残っていました。それにもかかわらず、ライブ/デッド技術、この場合は蛍光生存率染色を伴う共焦点顕微鏡(CM)を使用すると、消毒剤処理後に残りのバイオフィルム構造が主に生命がないことが確認されました(図5B)。

図1:バイオフィルムを根絶するための有機ペルオキシ酸の有効性を評価するための静的アプローチと動的アプローチを組み合わせたフローチャート。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2: シュードモナスアゾトフォルマンス PFl1Aによるバイオフィルム形成の解析。 (A)バイオフィルムマイクロタイタープレートのペグ上に形成された P.アゾトフォルマンス PFl1Aバイオフィルムの走査型電子顕微鏡写真(300xおよび2,000x)。この図は、Goetzらの許可を得て12 から修正されています(Copyright 2022 American Society for Microbiology.全著作権所有。スケールバー= 50 μm(300倍)、100 μm(2,000倍)。(B)(1)バイオリアクター内で成長した P.アゾトフォルマンス PFl1Aバイオフィルムを含むステンレス製スライドおよび(2)バイオフィルムフリースライド(陰性対照)の走査型電子顕微鏡写真(2,000倍)。スケールバー= 10μm。この図は、Niboucha et al.16 から許可を得て修正されています。(ウ) P.アゾトフォルマンス PFl1Aバイオフィルムの細菌密度は、TSB培養培地および滅菌スキムミルク中のバイオリアクター内で形成され、ステンレス鋼スライドから超音波によってそれらを除去した後に決定された。データは平均±SD(n = 3)として表されます。有意差(p < 0.05)は、スチューデントのt検定に基づいています。この図は、Niboucha et al.16 から許可を得て修正されています。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:攪拌、流速、連続モードでの時間、および培地(TSB)のさまざまな条件下でバイオリアクターを使用して開発されたブレブンディモナス・ベシキュラリスバイオフィルムの細菌密度。条件A:130 rpmの攪拌速度、11.8 mL /分の流量、100 mg / L TSB培地で24時間連続モード(緑膿菌によるバイオフィルムの形成に関するASTM国際プロトコルE2562-1714に準拠);条件B:60 rpmの攪拌速度、11.8 mL /分の流量、100 mg / L TSB培地で24時間の連続モード。条件C:60 rpmの攪拌速度、6.0 mL /分の流量、100 mg / L TSB培地で24時間の連続モード。条件D:60 rpmの攪拌速度、6.0 mL /分の流量、100 mg / L TSB培地で48時間の連続モード。条件E:60 rpmの攪拌速度、6.0 mL /分の流量、300 mg / L TSB培地で48時間の連続モード。条件F:60 rpmの攪拌速度、6.0 mL /分の流量、900 mg / L TSB培地で48時間の連続モード。条件G:60rpmの攪拌速度、6.0mL/分の流量、2.7g/L TSBで24時間バッチモード、900mg/L TSB培地で48時間連続モード。データは平均±SD(n = 3)として表されます。有意差(異なる文字、p < 0.05)は、一元配置分散分析とテューキーの多重比較検定に基づいています。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図4:過酸化水素、ペル乳酸、ペルプロピオン酸、過酢酸、または市販の消毒剤で処理する前後の シュードモナスアゾトフォルマンス PFl1Aバイオフィルムの生細胞数。 各点は、各分離株について3つの独立した日に得られた三重カウントの平均を表す。データは平均±SD(n = 3)として表されます。この図は、Goetzらの許可を得て12 から修正されています(Copyright 2022 American Society for Microbiology.全著作権所有。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図5:バイオフィルムの構造と生存率の顕微鏡観察。 (A)過酸化水素、過酢酸、ペル乳酸、ペルプロピオン酸、および市販の消毒剤で処理する前(対照)および処理後にバイオフィルムマイクロタイタープレートのペグ上に形成された シュードモナスアゾトフォルマンス PFl1Aバイオフィルムの走査型電子顕微鏡写真(300倍および2,000倍)それらの最小バイオフィルム根絶濃度(MBEC)。スケールバー= 10μm。この図は、Goetzらの許可を得て12 から修正されています(Copyright 2022 American Society for Microbiology.全著作権所有。(B) P. azotoformans PFl1Aによって形成されたバイオフィルムの生存率を、過酢酸(500 ppm)による処理前(左)および処理後(右)のバイオフィルムマイクロプレートPEG上の蛍光細胞生存率染色を用いて、共焦点レーザー走査顕微鏡(63x/1.40油微分干渉コントラスト対物レンズ)で可視化した。生細胞は緑色に染色され、死細胞は赤色に染色されます。スケールバー= 20μm。この図は、Goetzらの許可を得て12 に修正されています(Copyright 2022 American Society for Microbiology.全著作権所有。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
著者は、利益相反がないことを宣言します。
このプロトコルは、酪農産業におけるバイオフィルムを根絶するための有機ペルオキシ酸の有効性を評価するための静的方法と動的方法を組み合わせたアプローチについて説明しています。このアプローチは、バイオフィルムを制御するための新しい生物学的または化学的製剤の有効性を試験するためにも使用され得る。
本研究は、ケベック州産業研究協会(CRIBIQ)(2016-049-C22)、アグロプール、サニマークグループ、カナダ自然科学工学研究評議会(NSERC)(RDCPJ516460-17)の支援を受けました。原稿の批判的なレビューをしてくれたテレサ・パニコニに感謝します。
| 0.2 &マイクロ;mフィルター | コーニング | 09-754-28 | 直径:50 mm、PTFE - メンブレン |
| 316 ステンレス鋼ディスククーポン | Biosurface Technologies Corporation | RD128-316 | |
| 316 ステンレス鋼スライドクーポン | Biosurface Technologies Corporation | CBR 2128-316 | |
| 96 マイクロタイタープレート | Corning | 07-200-89 | 細胞培養処理済み、平底マイクロプレート |
| 酢酸 | Sigma Aldrich | 27225 | RTの店舗 |
| アルミニウムスタブ | 電子顕微鏡科学 | 75830-10 | 32x5mm |
| グルタルアルデヒド水 EMグレード 25% | 電子顕微鏡科学 | 16220 | -20 >C |
| AB204-S/FACT 分析天びん | メトラー・トレド | AB204-S | |
| バクテリアベントフィルター (0.45 µm) | Biosurface Technologies Corporation | BST 02915 | |
| BioDestroy | Groupe Sani Marc | 09-10215 | 市販の過酢酸ベースの消毒剤、RT |
| Carboy LDPE 20 L | Cole Parmer | 06031-52 | |
| CDC バイオフィルムリアクター | Biosurface Technologies Corporation | CRB 90 | バイオリアクター |
| 硫酸セリウム(IV) | Thermo Scientific | 35650-K2 | RT |
| 共焦点レーザー走査型顕微鏡に保管 LSM 700 | ツァイス | LSM 700 | |
| Dey-Engley 中和ブロス | ミリポア | D3435-500G | 4 >C |
| EMS950x + 350s 金スパッタ | 電子顕微鏡科学 | ||
| エポキシ樹脂 | 電子顕微鏡科学 | 14121 | BDMA |
| エチルアルコール 95%、USP | グリーンフィールド グローバル | P016EA95 | RT |
| フェロイン インジケーター ソリューション | シグマ アルドリッチ | 318922-100ML | RT |
| フィリング/ベント キャップ | コール パーマー | RK-06258-00 | |
| FilmTracer LIVE/DEAD Biofilm Viability Kit | Invitrogen | L10316 | 蛍光細胞生存率キット (SYTO 9: 緑色蛍光染色剤, ヨウ化プロピジウム: 赤色蛍光染色剤), 保存温度: - 20 °C;C |
| ガラスフローブレーク | バイオサーフェステクノロジーズコーポレーション | FB 50 | |
| ゴールド シルバー塗装 | 電子顕微鏡科学 | 12684-15 | |
| 加熱プレートセット | Biosurface Technologies Corporation | 110V 攪拌プレート | |
| 六角ドライバー | Biosurface Technologies Corporation | CBR 5497 | |
| 過酸化水素 | シグマ | 216763 | 4 °C で保管。C |
| 接種ループ | VWR | 12000-812 | 滅菌、10 & マイクロ;l |
| MASTERFLEX L/S 7557-04 W/ 7557-02 の乳酸ラボラトリー MAT LU-0200 ストア EASY-LOAD II 蠕動ポンプと 77200-50 ヘッド | コール パーマー | 77200-60 | |
| MBEC (最小バイオフィルム根絶濃度) アッセイ バイオフィルム接種器 96 ウェルベース | Innovotech | 19111 | バイオフィルムマイクロタイタープレート |
| オックスフォード寒天培 | 地Thermo Scientific | OXCM0856B | 4 °で保管されています。C |
| プラスチック クーポン ホルダー | Biosurface Technologies Corporation | CBR 2203 | |
| プラスチック スライド ホルダー | ロッド Biosurface Technologies Corporation | CBR 2203-GL | |
| ヨウ化カリウム | フィッシャー ケミカル | P410-500 | RTの店舗 |
| 精密マイナスドライバー (1.5 mm x 40 mm) | Wiha | 26015 | |
| プロピオン酸 | ラボラトワールRT | Sartorius | |
| BCE822-1S Entris® の MAT PF-0221 店舗II ベーシック エッセンシャル トップローディング バランス | コール パーマー | UZ-11976-3 | |
| 走査型電子顕微鏡 JSM-6360LV モデル | JEOL | JSM-6360LV | SEM およびユーザー制御インターフェース |
| スクリューキャップチューブ、15 mL | Sarstedt | 62.554.205 | (LxØ):120 x 17 mm、材質:PP、円錐形ベース、透明、HD-PE |
| スクリューキャップチューブ、50 mL | Sarstedt | 62.547.205 | (LxØ):114 x 28 mm、材質:PP、円錐ベース、透明、HD-PE |
| カコジル酸ナトリウム三水和物 | 電子顕微鏡科学 | - | 20 °C |
| チオ硫酸 | ナトリウムThermo Scientific | AC124270010 | RTの店舗 |
| 超音波処理バス | フィッシャー | 15-336-122 | 5,7 L |
| デンプン溶液 | Anachemia | AC8615 | RT |
| の店舗 硫酸 | Sigma Aldrich | 258105-500ML | RTの店舗 |
| Tryptic soy agar | BD Bacto | DF0369-17-6 | RTの店舗 |
| RT | |||
| チューブMasterflex L / S 16 25' | コールパーマー | MFX0642416 | |
| チューブMaster flex L / S 18 25' | コールパーマー | MFX0642418 | |
| タイゴンSPT-3350シリコンチューブ | サンゴバン | ABW18NSF | IDx OD: 1/4 インチ x 7/16 インチ |
| ボルテックス | コールパー | マーUZ-04724-00 | |
| ウォーターバス | VWR | 89202-970 | |
| Zenソフトウェア | ツァイス |