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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
この論文では、偏光感受性2光子顕微鏡を使用して、ラベルフリーアミロイド上部構造-球晶体内の局所組織を特徴付ける方法について説明します。また、サンプルの調製と測定、必要なセットアップの組み立て、およびアミロイド線維の局所組織に関する情報を取得するためのデータの分析方法についても説明します。
2光子励起は、1光子励起と比較して、光毒性が低く、組織への浸透が深く、高密度で密集したシステムでの効率的な操作が可能で、蛍光色素の光選択角度が小さくなるため、バイオイメージング実験に有益です。したがって、2光子蛍光顕微鏡(2PFM)における偏光分析の導入により、線形光学プロセスに基づく標準的なイメージング法と比較して、サンプル中の分子組織をより正確に決定することができます。本研究では、分極感受性2PFM(ps-2PFM)と、複雑な生体構造であるアミロイド球状突起内の分子秩序の決定への応用に焦点を当てています。アルツハイマー病やパーキンソン病などの神経変性疾患は、タンパク質のミスフォールディングプロセスの障害によって形成されるアミロイドタンパク質凝集体を検出することで診断されることがよくあります。その構造を探ることは、その生成経路をよりよく理解し、その結果、より感度の高い診断方法の開発につながります。本論文では、ウシインスリン球状物質および球状アミロイド原性タンパク質凝集体内の局所線維秩序の決定に適応したps-2PFMについて紹介する。さらに、提案手法により、球晶石内部のフィブリルの三次元組織化を解像できることを証明した。
過去数十年にわたり、タンパク質とその凝集体のバイオイメージングのための多数の蛍光顕微鏡技術が大幅に開発されてきましたが1、サンプル内の局所的な秩序を解明するために使用されたのはごくわずかです2,3。蛍光寿命イメージング顕微鏡4は、アミロイド上部構造-球晶石の本質的な構造不均一性を研究するために使用されました。さらに、球晶石のような複雑で高密度に充填された生体構造内の局所秩序の定量的決定は、分極に敏感な方法を使用して解決することができました3。しかし、UV-VIS波長を使用してin vivoで蛍光色素を励起すると、組織の光散乱が大きくなるため、表在組織浸透を伴う標準的な蛍光技術には限界があります5。さらに、このようなイメージングでは、特定の蛍光プローブを設計し、標的とする生体分子に結合する必要があることが多く、イメージングを行うために必要なコストと作業量が増加します。
最近、これらの問題に対処するために、私たちのチームは、偏光感受性二光子励起蛍光顕微鏡(ps-2PFM)を適応させ、生体構造のラベルフリーイメージングに用いることにした6,7。Ps-2PFMは、励起ビームの直線偏光方向に対する2光子蛍光強度の依存性の測定と、放出された蛍光の偏光の分析を可能にする8。この技術を実装するには、標準的な多光子顕微鏡セットアップ励起経路(図1)に、光の偏光面を制御するための半波長板を追加する必要があります。次に、2つのアバランシェフォトダイオードによって収集された信号から、励起レーザービームの偏光に対する2光子励起蛍光強度の依存性を示す極性グラフが作成され、蛍光偏光の2つの相互に垂直な成分が収集されます。
最後のステップは、ダイクロイックミラーや高開口対物レンズなどの光学素子が偏光に与える影響を考慮したデータ解析プロセスです。2光子プロセスの性質上、焦点面外の蛍光色素の2光子励起は確率的に制限されるため、この方法では角度光選択の低減と軸方向分解能の向上の両方が得られます。また、深部組織イメージング用の近赤外プローブ(NIR)のin vivoイメージングにも同様の手法をうまく実装できることが証明されました9。Ps-2PFMは、細胞膜10やDNA11,12の蛍光色素や、金ナノ粒子13などの生体系の非標準蛍光マーカーのイメージングに応用されている。しかし、これらすべての例において、生体分子の組織に関する情報は間接的に得られたものであり、蛍光色素と生体分子の間にあらかじめ定義された相互配向を必要とした。
最近の論文では、ps-2PFMを応用して、アミロイド上部構造の自家蛍光と、球状突起中のアミロイド線維に結合したアミロイド特異的色素であるチオフラビンTの蛍光の局所偏光を解析できることを示しました6。さらに、別の研究では、ps-2PFMを利用して、アミロイドスフェルライト内のアミロイド線維配向をサブミクロンサイズで検出できることを証明し、透過型電子顕微鏡(TEM)イメージングとの相関関係で確認しました7。この成果の達成は、i)1つまたは2つの光子で励起されたときに、球晶アミロイドの固有の自家蛍光が、450〜500nmの範囲にある発光最大値と標準的な蛍光色素に匹敵する2光子吸収断面積を示す14、ii)生体膜およびDNA構造を標識する色素のps-2PEFをどのように適用できるかを説明するために以前に紹介した数理モデルのおかげで可能になりました球状物質とそれらに結合した染料によって示される蛍光8,11,15。したがって、分析を進める前に、このトピック6に関する最初の論文の本文と補足情報の両方に説明されている必要な理論に目を通すことを強くお勧めします。ここでは、ウシインスリン球状突起のラベルフリーアミロイド構造解析にps-2PFM法を適用する方法のプロトコルを紹介します。
1. 完全に成長した球状石を用いた顕微鏡スライドの準備
注:このプロトコルで使用されるすべての材料、試薬、および機器の詳細については、 材料表 を参照してください。すべての溶液は、浄水システムから得られた脱イオン水(25°Cで18.2MΩ・cm)で調製しました。
2. システムの構築と調整
注:偏光感度型2光子顕微鏡の概略図を 図1に示します。
3. ウシインスリン球体の測定
注:説明されているすべてのps-2PF測定を実行するために、圧電ステージと半波長板の位置を制御し、両方のフォトダイオードから信号を収集し、顕微鏡スライド上の選択した領域からのXYスキャン(ラスタースキャン)のプロットと、特定のサンプル座標からの極性グラフを可能にする手書きのソフトウェアを使用しました。また、プロトコルには注記が追加されており、半波長板を回転させるために使用されるピエゾステージと回転ステージの両方を独自のコントローラまたは対応するソフトウェアを使用して制御できるため、ユーザーはピエゾステージなしで測定を実行できます。それでも、半波長板の回転角と両方のフォトダイオードで収集された2PEF強度を組み合わせたアルゴリズムを作成することを強くお勧めします。

、X軸とY軸に対応して偏光された励起ビームについて。インスリンスフェルライトの例示的な2光子励起自家蛍光(2PAF)ラスタースキャンを図5Aに示します。
相関させる必要がありますが、これは、選択した領域のすべてのポイントで強度を測定し、それを2Dマトリックスに組み立てるか、自作のソフトウェアを介して自動的に組み立てることによって手動で行うことができます。ラスタースキャンは、発光成分の強度の合計として
、または特定の発光成分に対して個別に表示できます。球状突起は構造依存性が高いため、球晶石内の構造的な歪みが容易に観察できます。ただし、顕微鏡ステージの移動により、一部のサンプルが視野から外れる場合があります。したがって、画像にアーティファクトがないかスクリーニングする必要があります。スキャンの前後に球状突起の位置を確認する必要があります。
完全(360°)偏光解析
を行います。2PF、Ix、およびIy成分を極性グラフの形で提示します(図5Bに示すように)。4. ウシインスリン球状物質内部の局所線維秩序の決定
注:データ分析に関連するすべての数値計算は、Pythonプログラミング言語を使用して、ライブラリNumPyおよびSciPyで利用可能な関数に基づいて行われました。データをプロットするには、Matplotlib ライブラリが必要です。すべての計算は、Obstarczyk et al.6 の論文の裏付け情報に示されている式に基づいています。
と
偏光の間の振幅係数を表します。
の間の位相シフト(楕円率)
を表します。
(1)
(2)
(3)
(4)
(5)
(6)
(7)
(8)
(9)
(10)
(11)
(12)
(13)
(14)
(15)
(16)
(17)
(18)
(19)
(20)
(21)
を、測定された角度ごとに(ポイント4.1.2と同様に)計算します。
=
(22)
=
(23)
(式23)を計算し
ます。
し、
(どちらもの
最大値に正規化)測定します。提示されたプロトコルは、ps-2PFMで検査するためのアミロイド上部構造の準備、顕微鏡システムの構築、および適切なサンプルの測定を通じて、段階的なガイダンスを提供します。ただし、最終的な測定セットの前に、APDを等方性リファレンスに適切に位置合わせすることが不可欠であり、これにより、両方の検出器で同様の形状と強度の対称信号が収集される必要があります(図4C)。検出器で測定されたX軸とY軸の強度の差が最小であっても、その後の測定、特に分析中に適切な補正係数として考慮する必要があります。取り付け後、単一の球晶石を含むサンプルは、図2BのようにPOM上に特徴的なマルタ十字を与え、2PFMラスタースキャンを実行した後、画像は図5Aに示されているものと同様になり、これはスフェルライト6,7および異なる組織化された生体分子11,12の報告された2PFMラスタースキャンと一致します.蛍光シグナルの強度が励起ビームの偏光に強く依存するという事実に関連して、最も明るい軸の位置にいくつかの変化が見られることがあります。したがって、半波長板のどの位置がX軸(図5A、上)とY軸(図5A、下)に沿ったサンプルの励起に対応するかを検証する必要があります。また、選択したさまざまなスポットから完全な偏光解析を実行する際に極性グラフがどのように変化するかにも注目に値します。球晶石の外側では、極座標グラフはアーチファクトとランダムな信号ノイズスパイクの集まりのように見えます(図5B、I)。このようなグラフは、測定間の球状突起のドリフトを示す場合もあり、別の2PFラスタースキャンによって構造全体の新しい座標を見つける必要があります。X軸とY軸に沿ったインスリン球状突起の高秩序な位置から適切に測定された極性グラフをそれぞれ図5B IIおよびIIIに示します。それらは、選択されたスポット7から測定された蛍光色素の局所的な配向および組織に応じて、異なる形状および幾何学的形状を有することができる。
プロトコールの最後のステップは、XY平面Φにおけるアミロイド線維の配向、関連する蛍光色素の過渡双極子モーメントΨ、およびそれらの収差ΔΨ(図6)と強度
および
2光子誘起蛍光を組み合わせた数学的モデルに基づくアルゴリズムを使用して、得られたデータの解析に焦点を当てています。プロトコルに正しく実装された関数は、適切な入力データを入力した後(プロトコルのステップ4.9)、図7に示されているものと同じ極性グラフを生成する必要があります。偏差 - シミュレートされた
データの向き、強度、または形状が異なる場合は、
コード内のエラーを示します。モデルがうまくいけば、シミュレーションデータをps-2PFM測定から得られた実際のデータにプロトコルフィッティングする最後のステップに進むことができます。ΦとΔΨの値を選択すると、相関係数が最大になり、シミュレートされた強度と測定信号の間に収束すると、図8に示すような画像が得られます。と
の
全体的な配向と形状
に と
の関数が最適に適合し、Φ と ΔΨ の値は、スフェルライト上の測定スポットにおけるフィブリルと蛍光色素の局所的な配向に対応する必要があります。同様のモデルとフィッティング法は、DNA11のような他の生体分子の局所的な組織化の決定にも使用できます。

図1:2光子偏光に敏感な顕微鏡のセットアップ。 ウシインスリン球晶石の偏光感受性2光子励起蛍光測定に使用される2光子顕微鏡のセットアップを示す図。水平偏光と垂直偏光(顕微鏡試料面)の2光子励起放出成分は、それぞれIXとIYで描かれています。略語: SP = サンプル平面;O =目的;DM = ダイクロイックミラー;λ/2 = 半波長板;LPF = ロングパスフィルター;BE = ビームエキスパンダー;P =亀頭偏光子;Ti:Sa = Titan:サファイアレーザー光源;M = ミラー;SPF = ショートパスフィルター;PBS = 偏光ビームスプリッター;L =光学レンズ;APD = アバランシェフォトダイオード この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図2:スライド調製/写真を示すスキーム。 (a)密封されたサンプル調製物を示すスキーム;(B)試料封止のその後の工程の写真。I:ウェルを備えた顕微鏡スライド上の球状突起溶液の100μLアリコート、II:溶液の上にカバーガラスを滴下。III:堆積したポリマー(封入剤)から形成されたタイトシール。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図3:偏光顕微鏡下でのインスリンスフェルライトの品質管理。 (A1、B1)明視野モード、および(A2、B2)交差偏光子の下。特徴的なマルタ十字パターンは、交差偏光子で撮影された対応する画像で観察できます。(A)構造歪みのある球晶石凝集体、(B)高品質の孤立した球晶石。スケールバー = 5 μm。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図4:ps-2PFMシステムのアライメントのテスト。 (A)(A1)ダイクロイックミラーなしおよび(A2)ダイクロイックミラーありで見たフルオレセイン蛍光の同心円状の焦点ぼけ画像、 (B)x方向とy方向に沿って選択された点で細長い偏光分析によって発生した焼け穴を伴う光損傷球状突起、(C)等方性サンプル(フルオレセイン溶液)に登録された入射光偏光角に依存する2光子励起発光成分。は、XおよびYの発光偏光軸をそれぞれ測定するアバランシェフォトダイオードによって測定された発光成分を示す。スケールバー = 5 μm (A1,A2)、10 μm (B)。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図5:ラベルフリーインスリンスフェライトからの例示的な2PFMラスタースキャンおよび極性グラフ。 (A)ラベルフリーインスリン球状突起の2PF強度ラスタースキャン:励起光の偏光:(A1)水平偏光、(A2)垂直偏光、および発光は白い矢印で示され、挿入図は交差偏光子を備えた標準偏光顕微鏡で画像化された同じ球晶石を示しています。(B)A1スキャンで示された3つのスポットから得られた極性グラフ(B1、I;B2、II;B3、IIIなど)。IxおよびIyは、それぞれXおよびYの発光偏光軸を測定するアバランシェフォトダイオードによって測定された発光成分を示す。略語:2PF = 2光子蛍光。この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図6:長フィブリル軸に対する色素の発光双極子(半値角、Ψ)の円錐分布。 破線は長フィブリル軸を示す。XY顕微鏡試料面におけるフィブリルの回転は、角度によって記述される。フィラメントの分子回転によるΨの収差はΔΨで表されます。この図は Obstarczyk et al6 によるものです。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図7:偏光2光子励起蛍光のシミュレーション強度。(A) Φ = 1°、Ψ = 1°、ΔΨ = 1°で計算した蛍光。(b)Φ= 1°、Ψ= 30°、ΔΨ= 1°;(c)φ=1°、ψ=30°、δψ=60°。赤、青、黄色の線
は、それぞれ、 
他のすべてのパラメータは、K1 = 2.945、K2 = 0.069、K3 = 1.016、γ = 0.01、δ = 0.98845 と、すべてのケースで同一でした。この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図8:実験データセットの極座標グラフ。 (A,B)ウシインスリン球状物質のps−TPFM測定中に収集された2つの実験データセットをフィッティングした後の例示的な極地グラフ。XおよびY発光偏光軸の測定
および2光子励起発光成分は、それぞれ赤と青の点で示され、一方、実線は、XおよびY発光偏光軸
およびに対応する
シミュレートされた2光子励起蛍光発光成分を示す。この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。
著者には開示すべき利益相反はありません。
この論文では、偏光感受性2光子顕微鏡を使用して、ラベルフリーアミロイド上部構造-球晶体内の局所組織を特徴付ける方法について説明します。また、サンプルの調製と測定、必要なセットアップの組み立て、およびアミロイド線維の局所組織に関する情報を取得するためのデータの分析方法についても説明します。
この研究は、ポーランドの国立科学センターの資金提供を受けたSonata Bis 9プロジェクト(2019/34/E/ST5/00276)の支援を受けました。
| Sample preparation | |||
| Coverslips, 24 x 24 mm | Chemland | 04-298.202.04 | |
| 組織学用DPXマウンタント | Sigma-Aldrich | 6522 | スライドマウンタント |
| Eppendorf Safe-Lock tubes, 1.5 mL, polypropylene | Chemland | 02-63102 | |
| Eppendorf ThermoMixer C | エッペンドルフ | スフェルライトインキュベーションに使用 | |
| HLP 5UV 浄水システム | Hydrolab | サンプル調製に使用されるジイオン化水の供給 | |
| 源 塩酸 (≥37%、APHAおよびLE;10)、 | ウシ膵臓からのSigma-Aldrich | 30721-M | |
| インスリン粉末(≥25 units/mg (HPLC)) | Sigma-Aldrich | I5500 | |
| メタノール (HPLC グレード) | Sigma-Aldrich | 270474 | |
| 顕微鏡スライド、凹面付き、76 x 26 x 1 mm | Chemland | 04-296.202.09 | |
| Olympus BX60 | Olympus | 偏光光学顕微鏡、Figure 2 | |
| PTFE スレッドシールテープ、12 mm x 12 mm x 0.1 mm、60 gm2 | Chemland | VIT131097 | |
| 顕微鏡ps-2PFMセットアップ | |||
| Chameleon Ultra II | コヒーレント | ||
| FELH0800 - Ø25.0 mmロングパス | フィルターThorlabs | ||
| FESH0700 - Ø25.0 mm ショートパスフィルター | Thorlabs | ||
| IDQ100 フォトンカウンティングアバランシェフォトダイオード | ID Quantique | ||
| マルチフォトン ショートパスエミッションフィルター 720 nm | Semrock | ||
| マウント アクロマティック半波板、690-1200 nm | Thorlabs | ||
| Nikon Plan Apo 油浸 100x/1.4 NA | Nikon | ||
| ピエゾ 3D ステージ | ピエゾシステム イエナ | ||
| 偏光ビームスプリッター | Thorlabs | ||
| S130C - スリム フォトダイオード パワー センサー、Si、400 - 1100 nm、500 mW | Thorlabs | ||
| Software | |||
| LabView 2018 | National Instruments | Version 18.0.1f2 | |
| Matplotlib ライブラリ | Version 3.3.2 | ||
| NumPy ライブラリ | Version 1.19.2 | ||
| SciPy Library | Version 1.5.2 | ||
| Spyder Python 3 IDE | バージョン 4.1.5 |