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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
このプロトコルは、オープンウェルフォーマットと流体フロー機能を統合する再構成可能なメンブレンベースの細胞培養プラットフォームについて説明しています。このプラットフォームは標準プロトコルと互換性があり、オープンウェル培養モードとマイクロ流体培養モード間の可逆的な移行を可能にし、工学とバイオサイエンスの両方のラボのニーズに対応します。
マイクロ生理学的システムは、実験室でヒト組織の構造と機能を模倣するために使用される小型化された細胞培養プラットフォームです。しかし、これらのプラットフォームは、流体フロー機能がないにもかかわらず、オープンウェルのメンブレンベースのアプローチが組織バリアを模倣するためのゴールドスタンダードとして機能するバイオサイエンスラボでは広く採用されていません。この問題は、主に、既存の微生理学的システムと、オープンウェルシステム用に開発された標準的なプロトコルおよびツールとの非互換性に起因している可能性があります。
ここでは、オープンウェル構造、フローエンハンスメント機能、および従来のプロトコルとの互換性を備えた再構成可能なメンブレンベースのプラットフォームを作成するためのプロトコルを紹介します。このシステムは、オープンウェルモードとマイクロ流体モードの可逆的な切り替えを可能にする磁気アセンブリアプローチを利用しています。このアプローチにより、ユーザーは標準プロトコルを使用してオープンウェルフォーマットで実験を開始し、必要に応じてフロー機能を追加または削除できる柔軟性が得られます。このシステムの実用的使用法および標準技術との適合性を実証するために、内皮細胞単層をオープンウェルフォーマットで確立した。流体の流れを導入するようにシステムを再構成し、その後、免疫染色とRNA抽出を行うためにオープンウェルフォーマットに切り替えました。従来のオープンウェルプロトコルとの互換性と流量増強機能により、この再構成可能な設計は、工学とバイオサイエンスの両方の研究室で採用されることが期待されています。
血管バリアは、血液区画を周囲の組織から分離する重要なインターフェースとして機能します。それらは、免疫細胞を引き付け、分子透過性を制御し、組織への病原体の侵入を防ぐことにより、恒常性を維持する上で重要な役割を果たします1,2。in vitro培養モデルは、in vivo微小環境を模倣して開発されており、健康な状態と病気の状態の両方でバリア特性に影響を与える要因と条件の体系的な調査を可能にしています3,4。
このような培養モデルに最も広く用いられているアプローチは、多孔質のトラックエッチングされた培養膜が培地で満たされた区画を分離する、トランズウェルのような「オープンウェル」構成5である(図1A)。このフォーマットでは、膜の両側に細胞を播種することができ、幅広い実験プロトコルが開発されています。しかし、これらのシステムは、バリアの成熟をサポートし、in vivoで見られる免疫細胞の循環を模倣するために不可欠な流体の流れを提供する能力に限界があります5,6。したがって、薬物投与量、機械的刺激、または流体誘起せん断応力6,7,8を導入する動的流れを必要とする研究には使用できません。
オープンウェルシステムの限界を克服するために、多孔質培養膜と個別にアドレス指定可能な流路を組み合わせたマイクロ流体プラットフォームが開発されました9。これらのプラットホームは、流体ルーティング、灌流、化合物の導入、制御されたせん断刺激、および動的細胞添加機能7,10,11,12,13を正確に制御します。マイクロ流体プラットフォームが提供する高度な機能にもかかわらず、複雑なマイクロ流体プロトコルと確立された実験ワークフローとの互換性がないため、バイオサイエンスラボでは広く採用されていません4,10,14。
これらの技術間のギャップを埋めるために、磁気的に再構成可能なモジュールベースのシステムを採用したプロトコルを紹介します。このシステムは、実験の特定のニーズに基づいて、オープンウェルモードとマイクロ流体モードを簡単に切り替えることができます。このプラットフォームは、厚さ100 nmの培養膜(ナノメンブレン)を備えたm-μSiM(シリコン膜によって実現されるモジュール式微生理学的システム)として知られるオープンウェルデバイスを備えています。このナノメンブレンは、図1Bに示すように、高い空隙率(15%)とガラスのような透明性を備えています。上部コンパートメントを下部チャネルから物理的に分離し、生理学的長さスケール15を横断する分子輸送を可能にします。明視野イメージングで生細胞をイメージングする際に既知の課題がある従来のトラックエッチングメンブレンとは異なり、ナノメンブレンの良好な光学的および物理的特性により、メンブレン表面の両側の細胞を鮮明に可視化できます15,16,17。
本プロトコルは、特殊な播種およびフローモジュールの製造の概要を説明し、プラットフォームの磁気再構成を説明します。これは、静的および動的条件下で内皮バリアを確立するためにプラットフォームをどのように使用できるかを示しています。この実証により、内皮細胞が流れ方向に沿って整列し、せん断刺激下でせん断感受性遺伝子標的がアップレギュレーションされることが明らかになりました。
このデザインは、実験要件やエンド・ユーザーの好みに応じて、さまざまなモードで使用できます。各実験の前に、 図 2 に示す決定フローチャートを参照して、プロトコルに必要な手順とモジュールを決定してください。例えば、ユーザーが実験全体を通してオープンウェルフォーマットを維持し、トランズウェルタイプのシステムと直接比較しようとする場合、細胞播種にパターニングステンシルは必要ありません。コアモジュールは市販されており( 材料表を参照)、極薄ナノメンブレンは、実験のニーズに合わせて、空隙率と細孔径の異なる材料のライブラリから選択できます。
1. パターニングステンシルの作製
注:パターニングステンシルは、メンブレンチップの多孔質領域にのみ細胞を配置し、フローモジュールを追加した後に細胞が損傷を受ける可能性のある周囲のシリコン層に細胞が沈殿するのを防ぎます16 ( 図3を参照)。単分子膜の損傷は、バリアの完全性に悪影響を及ぼし、実験結果を損なう可能性があります。ステンシルは、損傷のリスクがないため、オープンで静的な培養では不要です。
2. フローモジュールの製作
注:フローモジュールは、コアモジュールのクローバー形状のウェルと同様のフットプリントを共有し、成形されたマイクロチャネル(幅 = 1.5 mm、高さ = 0.2 mm、長さ = 5 mm)が含まれています。クローバーの形状は、多孔質培養領域上のチャネルの位置合わせに役立ちます(図5)。
3. 下部および上部アクリルハウジングの製作
注意: コアモジュールは下部ハウジングに収まります。ハウジングに埋め込まれた磁石間の引力により、フローモジュールが圧縮され、コアモジュールに密閉されます(図6)。
4. フロー回路の製作
注:クローズドループフロー回路には、リザーバーとして2つのサンプル収集バイアルが含まれています(図7)。インレットリザーバーにはポリフッ化ビニリデン(PVDF)フィルターがあり、細胞培地をインキュベーター内のCO2 濃度と平衡化させます。
5. 細胞播種
注:従来のメンブレンインサートと同様に、ナノメンブレン上で異なる種類の細胞を培養することができます。二次細胞型は、底流路15における膜の反対側で共培養することもできる。
6. マイクロ流体モードへの再構成
7. フロー導入後のオープンウェル形式での下流分析の実施
注:ここでの培養時間は、実験の目的によって異なります。ダウンストリーム解析(免疫細胞化学、RNA抽出など)は、好みに応じてオープンウェルまたはマイクロ流体フォーマットで行うことができます。例えば、オープンウェルフォーマットが望ましい場合は、標準プロトコル16,19に基づいてアッセイを行うようにシステムを再構成する必要があります。
オープンウェルコアモジュールは、図6Aに示すように、下部ハウジングとカバーガラスによって作成された特定のキャビティ内に最初に配置されます。続いて、マイクロチャネルとアクセスポートを含むフローモジュールがコアモジュールのウェルに挿入されます。フローモジュールは、図6Bに示すように、下部ハウジングと上部ハウジングに埋め込まれた磁石間の磁気吸引力により、膜のシリコン支持層に対してしっかりと密閉されます。この磁気ラッチ機構の有効性を評価するために、破裂圧力試験を実施し、システムが最大38.8 ± 2.4 kPaの行き止まり圧力に耐えることができることを実証しました。この圧力耐性は、細胞培養アプリケーションで遭遇する一般的な動作圧力を大幅に上回っています。さらに、培養領域16における74ダイン/cm2のせん断応力に相当する最大4000μL/minの流速にさらされても、システムは漏れのない状態を保ちます。
オープンウェルモードとマイクロ流体モードを切り替えることができるプラットホームを開発する場合、細胞播種アプローチを慎重に検討しなければならないが、これは、従来の静的なオープンウェルプラットホーム16では典型的には問題ではない。チャネル境界周辺の単層の損傷は、実験結果に合併症をもたらす可能性があります20。この問題に対処するために、コアモジュールのオープンウェル内に収まり、細胞が膜表面に優先的に沈降するための特定のウィンドウを提供する取り外し可能なステンシルが設計されました(図3)。細胞単層がパターニングされ、コンフルエントに達すると、ユーザーはオープンウェルフォーマットで実験を継続するか、プラットフォームをマイクロ流体モードに再構成して細胞単層を生理学的せん断応力にさらすかを柔軟に行うことができます(図3)。磁気ラッチ機構により、必要に応じてオープンウェルとマイクロ流体フォーマットを簡単に切り替えることができます。例えば、フロー刺激後にデバイスをオープンウェルフォーマットに戻すことができるため、標準的な実験プロトコルを使用してさまざまなアッセイ(免疫染色、RNA抽出、分子透過性測定など)を柔軟に実施できます15,16。
人体の生理学的設定では、血管バリアは流れによって引き起こされるせん断応力にさらされ、バリアの構造と機能に影響を与える重要な生物物理学的手がかりとして機能します5,21,22。したがって、微生理学的システムにおける流体の流れの追加は重要な要件です。プラットホームの汎用性を実証するために、標準プロトコルを使用してオープンウェルフォーマットでHUVEC単分子膜を確立しました。24 時間の静置培養後、プラットフォームをマイクロ流体モードに再構成し、細胞単層を 10.7 dynes/cm2 のせん断応力に 24 時間さらしました。その結果、フロー下で培養した細胞はフロー方向に沿って整列し、フローなしで培養した細胞はランダムに配向していることが示されました(図8A、B)。せん断刺激後、プラットホームをオープンウェルフォーマットに再構成し、標準プロトコルを使用してRNAを抽出しました。その結果、細胞をせん断応力に曝露すると、健康な血管において抗血栓機能やアテローム保護機能などの重要な役割を果たすクルッペル様因子2(KLF2)と内皮一酸化窒素合成酵素(eNOS)がアップレギュレーションされることが示されました23,24(図8C)。

図1: in vitro 血管バリアモデルの比較。 (A)従来のトランズウェル様インサートと(B)オープンウェルm-μSiMの概略図。コンフルエントHUVEC単分子膜の明視野画像は、トラックエッチングされたメンブレンと極薄ナノメンブレンの明視野イメージング品質の違いを浮き彫りにしています。スケールバー = 100 μm。Mansouri et al.16より引用。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図2:意思決定フローチャート 実験のニーズと下流の分析設定に基づくフローチャート。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図3:プラットフォームの実験ワークフロー。 (A)多孔質膜上に細胞を直接配置するために、取り外し可能なパターニングステンシルをコアモジュールのウェルに挿入する(挿入図はパターン化された細胞を示し、黄色の線はマイクロチャネル境界を示す)。(B)ステンシルは、静的細胞培養用の装置内に保持または取り外すことができる。(C)プラットフォームをマイクロ流体モードに再構成するには、ステンシルをフローモジュールに置き換えます。磁気シール機構により、構成はリバーシブルです。ハウジングとフローモジュールを取り外して、オープンウェルモードに切り替えることができます。スケールバー = 200 μm。Mansouri et al.16より引用。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図4:金型の概略図。 (A)孔版型。(B)レーザーカットされたアクリル板。(c)孔版金型の組立図。(D)フローモジュール金型。(E)レーザーカットされたアクリル板。(F)フローモジュール金型の組立図。三角形の特徴は、アクリル板を金型に取り付けやすくするためのアライメントマークです。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図5:クローバー形状のフローモジュールの概略図。 (A)フローモジュールとメンブレンチップとの接触界面。流体の流れの入口ポートと出口ポートはピンク色で示されています。(B)PDMSフローモジュールの3D画像。Mansouri et al.16より引用。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図6:デバイス再構成用の磁気アセンブリ。 (A)デバイスをマイクロ流体モードに再構成するためのコンポーネントの概略図。極が逆向きに埋め込まれた磁石は、シーリングの引力を誘発します。(b)血管チャネルをピンク色で、組織区画を緑色で示す再構成されたデバイスの断面図。Mansouri et al.16より引用。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図7:フロー回路の組み立て図。 この回路は、蠕動ポンプ、セル媒体を供給し、変動を減衰させるための2つのリザーバー、チューブ、およびコンポーネントを所定の位置に保持するためのアクリルステージで構成されています。Mansouri et al.16より引用。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。

図8:オープンウェルモードとマイクロ流体モードで培養したHUVECの比較。 細胞を播種し、オープンウェルで24時間培養して、コンフルエント単層を確立しました。その後の24時間の間に、1組のデバイスをマイクロ流体モードに再構成しました。(A)フロー(10.7 dynes.cm-2 shear stress)で培養した細胞をフロー方向に沿って整列させたもの(挿入図は細胞のアクチンと核をそれぞれ緑と青で示しています)。(B)オープンウェルフォーマットでフローなしで培養した細胞は、アライメントを示さなかった。レーダープロットの棒の長さは、対応する方向のセルの数を示します。(C)フロー下で培養した細胞は、非フロー条件と比較してKLF2およびeNOS遺伝子のアップレギュレーションが高かった(**p < 0.01、n = 3、平均± SD)。スケールバー = 100 μm。Mansouri et al.16より引用。 この図の拡大版をご覧になるには、ここをクリックしてください。
補足表1:異なる流量でのナノメンブレン表面のせん断応力。 この表は、さまざまな流量におけるナノメンブレン表面のせん断応力値に関する情報を提供します。 このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル1:孔版金型のCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル2:孔版金型のレーザーカットキャビティのCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル3:フローモジュールのCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル4:フローモジュール金型のレーザーカットキャビティのCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル5:上部ハウジングのCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル6:下部ハウジングのCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足コーディングファイル7:アクリルステージのCADモデル。このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
J.L.M.はSiMPore, Inc.の共同設立者であり、同社の株式を保有しています。SiMPoreは、本研究で用いた膜を含む極薄シリコンベースの技術を商品化しています。
このプロトコルは、オープンウェルフォーマットと流体フロー機能を統合する再構成可能なメンブレンベースの細胞培養プラットフォームについて説明しています。このプラットフォームは標準プロトコルと互換性があり、オープンウェル培養モードとマイクロ流体培養モード間の可逆的な移行を可能にし、工学とバイオサイエンスの両方のラボのニーズに対応します。
この研究は、米国国立衛生研究所(NIH)から、R43GM137651、R61HL154249、R16GM146687、NSFの助成金CBET 2150798の下で資金提供を受けました。著者らは、アルミニウム金型製作のRITマシンショップに感謝しています。内容は著者の責任であり、必ずしも米国国立衛生研究所の公式見解を表すものではありません。
| 0.5 x 0.86マイクロフローチューブ | ランガーインスツルメンツ | WX10-14 &DGシリーズ | |
| 1mm使い捨て生検パンチ、インテグラミルテックス | VWR | 95039-090 | |
| 1x PBS 7.4 pH | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 10010023 | |
| 20ゲージITシリーズ ディスペンシングチップ | ジェンセングローバル | JG20-1.5X | |
| 21ゲージNTプレミアムシリーズ 角度付きディスペンシングチップ | ジェンセングローバル | JG21-1.0HPX-90 | |
| 3M 467 MP 圧力感知接着剤 (PSA) | DigiKey | 3M9726-ND | |
| 3M 468 MP 感圧接着剤 (PSA) | DigiKey | 3M9720-ND | |
| AlexaFluor 488 共役ファロイジン | ThermoFisher Scientific | A12379 | |
| アプライドバイオシステムズ TaqMan Fast Advanced Master Mix | Thermo Fisher Scientific | 4444556 | |
| Bovine Serum Albumin (BSA), Fraction V, 98%, 試薬グレード, Alfa Aesar, サイズ = 10 g | VWR | AAJ64100-09 | |
| クリアスクラッチおよびUV耐性キャストアクリルシート | McMaster-Carr | 8560K171 | 12インチ x 12インチ x 1/16インチ |
| クリアスクラッチおよびUV耐性キャストアクリルシート | McMaster-Carr | 8589K31 | 12インチ x 12インチ x 3/32インチ |
| クリア スクラッチおよびUV耐性キャストアクリルシート | McMaster-Carr | 8560K191 | 12インチ x 12インチ x 7.64インチ |
| コーニングフィブロネクチン、ヒト、1 mg | コーニング | 47743-728 | |
| カバーグラス、グローブサイエンティフィック、L x W = 24 x 60 mm | VWR | 10118-677 | |
| ダウシルガード 184 シリコーン封止剤 クリア 0.5 KG キット | エルスワース接着剤 | 4019862 | |
| EGM-2内皮細胞増殖培地-2 BulletKit | ロンザ | CC-3162 | |
| フィクスチャA1&A2 | SiMPore(株) | NA | |
| フィクスチャB1&B2 | SiMPore株式会社 | ||
| NA大容量cDNA逆転写キット、RNase阻害剤付き | サーモフィッシャーサイエンティフィック | 4374966 | |
| ヒト臍帯静脈内皮細胞(HUVEC) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | C0035C | |
| ライブ/デッドセルイメージングキット(488/570) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | R37601 | |
| 分子プローブHoechst 33342、三塩酸塩、三水和物 | サーモフィッシャーサイエンティフィック | H3570 | |
| ニッケルメッキ磁石(直径4.75 mm、引張力0.34 kg) | K&Jマグネティックス | D31 | 3/16インチ径 x 1/16インチ厚 |
| パラホルムアルデヒド、4% w/v aq. soln.、メタノールフリー、Alfa Aesar | Fisher Scientific | aa47392-9M | |
| 蠕動ポンプ | Langer Instruments | BQ50-1J-A | |
| フォトレジスト SU-8 現像液 | Fisher Scientific | NC9901158 | |
| PVDF シリンジフィルター | PerkinElmer | 2542913 | |
| シリコンウェーハ | University wafer,USA | 1196 | |
| SU-8 3050 | Fisher Scientific | NC0702369 | |
| 標的遺伝子:eNOS (Hs01574659_m1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| 標的遺伝子:GAPDH (Hs02786624_g1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| 標的遺伝子:KLF2 (Hs00360439_g1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| サーモサイエンティフィック Pierce 20x PBS Tween 20 | Thermo Fisher Scientific | 28352 | |
| Transport Tube Sample White caps, 5 mL, Sterile | VWR | 100500-422 | |
| TRI-reagent | ThermoFisher Scientific | AM9738 | |
| Ultrathin Nanoporous Membrane Chip | SiMPore Inc. | NPSN100-1L | SiMPore membranes |
| uSiM component 1 | SiMPore Inc. | の全膜に対応NA | |
| uSiMコンポーネント2 | SiMPore Inc. | NAの |