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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
このプロトコルは、受精後3〜7日のゼブラフィッシュの幼生における薬物スクリーニング手順と、それに続く形態学的評価を説明しています。
ゼブラフィッシュは、ヒトトランスレーショナルリサーチ、低分子や環境汚染物質の毒性試験、治療薬の発見、その他の生物医学研究への応用において、著名なモデル生物となっています。提示されたプロトコルは、初期段階のゼブラフィッシュの幼生(受精後3〜7日齢、dpf)の薬物スクリーニングと毒性試験の明確なガイドを提供することを目的としています。ゼブラフィッシュの幼生における毒性試験について、いくつかの方法論が発表されていますが、曝露時間、培地変化率、形態スコアリングなどに関する標準化されたプロトコルは存在しません。実験を行うのに理想的な幼虫の年齢、その年齢に最適なプレートサイズ、試験化合物の無駄を抑えながら信頼性の高い結果を提供する培地交換率、統計的に容易に定量化できる形態スコアリングシステムを実験的に決定しました。この原稿では、3〜7 dpfのゼブラフィッシュ幼生における毒性試験のプロトコルが詳細に説明されており、薬物毒性試験のギャップを狙い、魚胚急性毒性試験と同様の標準化された方法への第一歩を踏み出すことを目的としています。
ゼブラフィッシュ(Danio rerio)は、近年、強力な脊椎動物モデル生物として登場し、生物医学研究を進めるための研究でますます人気が高まっています1。ヒトのタンパク質コード遺伝子の約70%は少なくとも1つのゼブラフィッシュオルソログを持っており、ゼブラフィッシュ2ではヒトの病気の原因となる遺伝子の~82%が少なくとも1つのオルソログ遺伝子を持っています。遺伝的保存は、同様の基本的な臓器のパターン形成と形態と相まって、ゼブラフィッシュをヒト疾患研究の興味深いモデルにしており、医薬品開発に不可欠な分子レベル1,2,3での種間比較を可能にしています。
ゼブラフィッシュは急速に成長し、受精後10時間(hpf)に尾芽が形成され、最初の体節は16hpfで現れます。胚は、受精後2~3日(dpf)で絨毛膜から出ます。4 dpfまでに消化管が完全に発達し、5 dpfまでに水泳用膀胱が膨らみ、自由に泳ぎ回ったり、餌を探したりできるようになりました。5 dpfで給餌する能力にもかかわらず、給餌されていない幼虫は、少なくとも7 dpfまで卵黄由来の栄養素のみで生存することができ、汚染を引き起こし、薬物スクリーニング、毒物学、および行動試験を妨げる可能性のある外部給餌の必要性を回避します4。7 dpfまでに、幼虫はまた、心臓と血管系、筋肉、および骨5,6を含むいくつかの基本的な臓器系を備えた完全なボディプランを作成します。ゼブラフィッシュの胚も生体外で受精し、外部で発生し、生命初期には光学的に透明であるため、遺伝子編集や低分子のスクリーニングに非常にアクセスしやすい3。さらに、その小さなサイズと高い繁殖率により、より多くの複製を含めることができ、統計検出力が向上するだけでなく、マルチウェルプレートの使用により、薬物量を節約し、スループットを向上させることができます。
動物モデルにおける新規低分子のスクリーニングは、薬剤が有益な効果または有害な効果を生じる能力を決定するために重要であり、したがって、さらなる試験に有効な化合物と、その活性を変更するために修飾が必要な可能性のある他の化合物を特定します。薬物スクリーニングプロセスの一環として、標的化合物の致死濃度50(LC50)を特定する必要があります。これにより、予備的な毒性試験の一環として、試験動物の50%で死に至る作業濃度が得られます。
ゼブラフィッシュの胚における受精後96時間までの毒性試験(hpf)には、標準化されたプロトコル、すなわち魚胚急性毒性(FET)試験(TG236)が存在します7。FET試験では、新たに受精した卵子を最大96時間5濃度の化学物質に曝露し、致死性の兆候、すなわち(i)卵子の凝固、(ii)体節形成の欠如、(iii)卵黄嚢からの尾芽の剥離の欠如、および(iv)心拍の欠如を観察します。この試験により、急性毒性とLC50の測定が可能になります。さらに、スクリーニングに使用するテストチャンバーのサイズ(24ウェルプレート)、テストチャンバー内の卵子の分布、ハウジング条件などについてもアドバイスし、有効で再現性のある結果を確保します7。
FET試験は胚期の毒性試験に適していますが、4dpfを超えることはありません。この時点付近で発生し始める表現型(例えば、脊索6の石灰化)の場合、そのような組織の形態学的評価を可能にするために、薬物スクリーニングは4dpf以上進行する必要があります。さらに、薬物曝露は、関心のある表現型が発達する少なくとも1日前に開始することをお勧めします。私たちの知る限り、初期段階のゼブラフィッシュの幼生、特に3〜7dpfのゼブラフィッシュの薬物スクリーニングには、FETと同様の標準化されたプロトコルは存在しません。ゼブラフィッシュの幼生における4dpf以上の薬物試験について記述した研究がいくつか発表されていますが、試験室のサイズ、生物学的および技術的な反復回数、培地の変化率、曝露時間、評価された形態学的欠陥など、利用される方法論には一貫性がありません8,9,10,11,12,13 .このため、標準化された毒性試験とそれに続くゼブラフィッシュの幼生の3-7 dpfでの形態学的変化の視覚的観察のための検証済みプロトコルを開発しました。提案されたプロトコルは、その後、行動解析、遺伝子発現プロファイリング、および組織形態計測などの他の下流の表現型アッセイに利用できます。
ゼブラフィッシュは、EU指令2010/63/EUに従って取り扱われました。すべての実験は、マルタ大学の教員研究倫理委員会(FREC)および合同FREC動物研究部門小委員会(JFARSS)によって承認されました。提案されたプロトコルのフローチャートを 図1に示します。
1.卵の生産、収集、およびメンテナンス
2. テストプレートの準備
3. 形態素評価
4. LC50 の決定
5. 技術的なレプリケート
異常は、7 dpf まで、実験タイムライン全体で個別または累積的に調べることができます。異常ごとの最大形態スコアを使用して、形態学的異常を使用される幼虫の数のパーセンテージとして計算できます。たとえば、7 日目に心膜浮腫の形態スコアがスコアラー 1 と 2 でそれぞれ 19 と 20 の場合、可能なスコアが 24 の場合、つまり 24 匹のうち 19 匹または 20 匹の幼虫が心膜浮腫を示している場合、パーセンテージ スコアは次のように計算できます。

補足表S1 は、慢性骨髄性白血病の治療に適応されるチロシンキナーゼ阻害剤である化合物ボスチニブの毒性試験後の4 dpfでの形態学的スコアリング結果(両方のスコアラー)を示しています15。同じ形態スコアリングが、5 dpfから7 dpfの露出魚に対して繰り返されます。この化合物は、100 μMから6.25 μMの濃度範囲を使用して試験しました。異なる時点で3回の技術的反復が行われ、7 dpfでの平均累積死亡率を使用して、幼虫の50%が生存する濃度であるLC50を決定しました。LC50 は、任意の露光時間時点で測定できます。ただし、これを 7 dpf で計算することをお勧めします。
7 dpf での累積平均死亡率を使用して、図 3 に示す LC50 曲線を生成しました。ボスチニブの場合、LC50濃度は37.95μMと推定されました。
注:この推定LC50 濃度は、このモデルシステムに厳密に適用され、その後、さらに下流の表現型アッセイに使用できます。

図1:3-7 dpfでの幼虫における提案された薬物スクリーニングの概略図。 96ウェルテストプレートは、化合物ボスチニブの100 μMから6.25 μMまでの5つの濃度の調査用にセットアップされています。略語:dpf =受精後日数。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:ゼブラフィッシュの幼生に観察された代表的な形態学的欠陥、5dpfでさまざまな化学物質濃度に曝露されたとき(曝露後2日で)。(A)対照(影響を受けない)ゼブラフィッシュ、(B)軽度の心膜浮腫を示すゼブラフィッシュの幼生、(C)重度の心膜浮腫と卵黄出血を伴うゼブラフィッシュ、(D)発達遅延、色素沈着の減少、小さな遊泳膀胱を伴うゼブラフィッシュ、(E)卵黄が腫れ、尾びれがねじれたゼブラフィッシュ、(F)尾びれがないゼブラフィッシュ、(G)湾曲した脊索を持つゼブラフィッシュ、(H)尾が切り詰められたゼブラフィッシュ、 (I)壊死したゼブラフィッシュの死骸。欠陥は赤い矢印で示されます。スケールバー = 1 mm. この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:死亡率に対する濃度を示すLC50曲線。試験した5つの濃度は、100 μM、50 μM、25 μM、12.5 μM、および6.25 μMであり、死亡率はそれぞれ100%、100%、29.2%、12.5%、および12.5%でした。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
| 形態学的欠陥 | 形容 |
| 心膜浮腫 | 心臓の周囲に体液が溜まり、心臓が伸び、血液循環が機能不全になる |
| 心拍数(分あたり) | 1分あたりのビート数の削減 |
| 黄身 | -心臓の欠陥と同時に発生する可能性のある卵黄浮腫または出血の有無 |
| 卵黄エクステンション | 腫れている、薄い、または存在しない卵黄 |
| 湾曲した脊索 | ねじれた、または起伏のある脊索、および/または湾曲した尾の存在 |
| 鰾 | 水泳用膀胱の存在、不在、または部分的な発達 |
| 色素沈着 | メラノサイトは、同じ年齢の未処理の魚と比較して少ないか、まったくありません |
| 壊死 | -体のいずれかの部分に壊死の存在(軽度または重度)または欠如 |
| 開発の遅れ | 同じ年齢の野生型コントロールと比較して、開発が遅れたり、停滞したりしました。 |
| タッチへの反応 | 驚愕後の応答の遅延または応答なし(ピペットチップの使用など) |
| 切り捨て | 後部ゼブラフィッシュの体がない(つまり、尾の形成) |
| フィン | 薄い卵黄の伸展を伴う可能性のある尾びれの有無 |
| 体軸の縮小 | 正常に見える魚は、測定すると体長が短くなります |
表1:薬物曝露研究後に観察できる視覚形態学的欠陥のリスト。
補足表S1: 4 dpf(曝露後1日)でのボスチニブの代表的な形態学的結果。この表をダウンロードするには、ここをクリックしてください。
著者は、利益相反を宣言しません。
このプロトコルは、受精後3〜7日のゼブラフィッシュの幼生における薬物スクリーニング手順と、それに続く形態学的評価を説明しています。
著者は、技術開発プログラム(TDP)基金であるZeEBRA(R&I-2019-018)、TDPLite基金であるSTRONG(R&I-2024-007L)、TDPLite基金、科学技術協力助成金であるNASDAC(SINO-MALTA-2022-08)、およびGo2Market助成金であるDEMONSTRATION(R&I-2018-007A)の支援を受けています。 図 1 は BioRender を使用して作成しました。
| 1.5 mL微量遠心チューブ | Starlab | E1415-1510 | |
| 10 µLマイクロピペット (P10) | ギルソン | F144802 | |
| 10月20日 & マイクロ;Lピペットチップ | Starlab | S1110-3810 | |
| 1000 & マイクロ;Lマイクロピペット(P1000) | ギルソン | F123602 | |
| 1000 &マイクロ;Lピペットチップ | Starlab | S1111-6001 | |
| 12ウェルプレート | Starlab | CC7672-7512 | 滅菌済み、シングルラップ、未処理、蓋付き |
| 20 µLマイクロピペット (P20) | ギルソン | F123600 | |
| 200 µLマイクロピペット(P200) | ギルソン | F123601 | |
| 200 µLマルチチャンネルピペット | ギルソン | F81024 | |
| 200 & マイクロ;Lピペットチップ | Starlab | S1113-1006 | |
| 96ウェルプレート | Starlab | CC7672-7596 | 滅菌、シングルラップ、平底、未処理、蓋付き |
| 内側グリッド傾斜底、タンク仕切り、蓋付き | Tecniplast | ZB17BTISLOP、ZB17BTE、 ZB17BTL、 | ZB17BTD傾斜インナータンク |
| メッシュストレーナー | / | / | |
| ニトリル手袋 | メルカトル | / | / |
| ペトリ皿 | Starlab | CC7672-3394/CC7672-3359 | 100 x 20 mm or 60 x 15 mm |
| ライカ M205 FCA 蛍光実体顕微鏡 | ライカ | 10450826 | |
| ペルチェ冷却インキュベーター(ライトモジュール付き棚2個付き) コールドホワイト | Memmert | IPP110ecoplus, T8 | デイ/ナイトサイクル |
| メチルスルホキシド | Biochem Chemopharma | 504341000 | E3塩化カルシウム二水和物に1%溶液を調製する |
| Biochem Chemopharma | 303080500 | E3 | |
| 硫酸マグネシウム七水和物 | を調製するBiochem Chemopharma | 313060500 | E3 |
| 塩化カリウム | を調製するBiochem Chemopharma | 316030500 | E3 |
| SCREEN-WELL Wnt Pathway library (Bosutinib) | Enzo | BML-2838-0500 | |
| 塩化ナトリウム | Fisher Scientific | S/3161/53 | E3 を調製する |