EasyFiji:フィジーにおけるユーザーフレンドリー蛍光画像処理のためのグラフィカルインターフェース

Summary

EasyFijiはFiji(ImageJ)向けのグラフィカルユーザーインターフェースプラグインで、生命科学者に頻繁に利用される蛍光画像の可視化および処理ツールの厳選スイートを提供しています。

Abstract

Fiji(Fiji Is Just ImageJ)は、バイオイメージ解析コミュニティで広く利用されている広範かつ拡張可能なオープンソース画像処理パッケージです。しかし、計算生命科学者でない場合、フィジーの多くの機能を手動で操作するには、深く層状化されたメニューシステムを習得し操作する必要があります。さらに、一部のコマンドのデフォルト挙動は蛍光画像の表示や処理に理想的ではありません。蛍光顕微鏡画像を扱う生命科学者の効率を高めるために、フィジー向けの厳選されたグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)プラグイン「EasyFiji」を開発しました。EasyFijiの各コマンドはツールチップで強化されたボタンとスライダーで実行され、蛍光画像に必要なチャネル固有の実行が常に示されます。ピクセル強度を変更するコマンドもワンクリックで実行不可で、よりインタラクティブな処理が可能であり、自動的に記録してテキストとして保存して記録できます。画像情報パネルには、画像解釈に不可欠な設定が表示されます。新しい画像レンダリングおよび漂白補正機能も提供されています。このプラグインはGitHubやFiji Update Siteで無料で利用可能です。このプロトコルは、EasyFijiのインターフェースを使って蛍光顕微鏡画像の可視化と処理を行う手順を概説しています。

Introduction

Fiji(Fiji Is Just ImageJ)は、バイオイメージ^{解析コミュニティで}広く利用されている広範かつ拡張可能なオープンソース画像処理パッケージ^です。フィジーの汎用アルゴリズムの大規模なコードベースと、マクロ言語、プラグインインターフェースは、計算分析者がほぼあらゆる画像処理や解析問題の解決策として便利に活用できます。しかし、計算経験が乏しいライフサイエンスユーザーにとっては、FIJIの>1,100のコマンドが深く層状に配置されたドロップダウンメニューシステムに分散し、操作しやすくなると非常に複雑です。フィジーの手動利用を簡素化するためにいくつかのアプローチが取られています。フィジーの検索バーはメニューナビゲーションの代替手段であり、優れたヘルプドキュメントにアクセスできますが、ユーザーが必要なアルゴリズムの名前を知っている場合に限ります。Fijiのツールバーボタンはユーザー定義のコマンドに迅速にアクセスできるようにカスタマイズ可能ですが、この手順にはマクロコードを書き、どのコマンドが最も有用かの予測が必要です。ActionBarプラグインは、カスタマイズ可能かつ整理可能なボタン配列を備えたスタンドアロンのグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)ウィンドウを提供しますが^、やはり効果的にボタンを埋めるためにコーディングと経験が必要です。これらの解決策はいずれも、画像処理の経験が乏しい生命科学者のニーズを満たしていません。

ユーザーインターフェースの問題だけでなく、蛍光顕微鏡画像を扱う多くの生命科学者は、チャネル固有の表示および処理手順を必要としています。しかし、一般的に使われるフィジーのコマンドの中には、デフォルトでチャネル認識がありません。例えば、ユーザーは擬似色のチャンネルを同等に際立たせてレンダリングしたり、チャンネル間の強度が似た領域を特に強調したり、形態信号のグレースケールコントラストを維持しつつ蛍光を表示したりしたい場合があります。これらの用途において、フィジーのRGBコンポジットレンダリング技術は知覚レベルで望ましい情報を遮蔽します。マルチチャンネル画像を処理する際、ネイティブのフィジー画像フィルター(すなわち 、Process |フィルターは、アクティブな2Dビットプレーンのみを処理するか、画像ウィンドウ内のすべてのビットプレーン(すなわちクラスImageStackで定義される「スタック」)を処理するかのいずれかです。前者の挙動は、特定のチャネルに対してz次元またはt次元を処理しにくく、後者の挙動はほぼ例外なく不適切です。なぜなら、各チャネルは独自の染色パターンと信号対雑音比を持つため、チャネル固有の処理パラメータを用いる必要があるからです。ネイティブフィジーの漂白補正コマンド(画像 |調整 |ブリーチ補正)は、複数チャンネル蛍光画像に適用すると誤って動作します。なぜなら、チャンネルデータが交互に交錯するImageStack全体にわたって補正されるためで、各チャンネル内のz次元やt次元ごとに個別に補正されるのではないからです。

蛍光顕微鏡画像を扱う生命科学者のためにこれらの課題に対応するため、私たちはフィジー向けのキュレーション・ガイド付きグラフィカルユーザーインターフェースプラグイン「EasyFiji」を開発しました。EasyFijiは、チャネル認識したレンダリングと処理を可能にするテーマ別に整理されたコマンドの厳選セットです。4つの表状パネル( Display、 Process、 Save、 Image Info)には、コマンド実行のためのツールチップ強化ボタンやスライダーのトピックに関連したコレクションが含まれています。その他の便利な機能としては、インタラクティブな処理のための元に戻す機能、ピクセル変更アクションと画像を自動保存できるシンプルなプレーンテキストアクションレコーダー、そして画像解釈に重要な取得設定のフォーマット表示があります。EasyFijiは新しい画像レンダリングや漂白補正ツールも提供しています。EasyFijiは定量的な画像解析やバッチ処理機能をサポートしておらず、これらの手順は専門のバイオイメージ分析者の助けを借りて行うべきです。EasyFijiは設計上簡潔ですが、すべてのフィジー語ネイティブコマンドは常にフィジー語のメニューシステムから利用可能です。私たちは、EasyFijiのオーディエンスターゲティングデザイン⁴ が生命科学者の間でフィジー語の利用をさらに促進すると信じています。ここでは、EasyFijiの設計、実装、そして蛍光顕微鏡画像への応用を紹介します。このプラグインはフィジーのアップデートサイト(https://imagej.github.io/list-of-update-sites/ および https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin)から簡単にインストールでき、オープンソースコードはGitHubからダウンロード可能です。プラグインとソースコードは無料で入手可能です(https://github.com/stjude/EasyFiji)。

Protocol

このプロトコルはEasyFijiのインストールと使用方法を説明しています。

1. EasyFijiをインストールするために...

1. オペレーティングシステムに適した最新バージョンのフィジー(>1.54g)をダウンロードし、ユーザーが読み書きできるフォルダにインストールしてください(フィジーダウンロードサイトへのリンクは 「資料表 」を参照してください)。
2. Fijiを起動してヘルプへナビゲーション |アップデート... メニューバーに。
3. アップサーウィンドウで「更新サイト管理」をクリックします。リストからEasyFijiを選択し、「適用して閉じる」をクリックしてください。EasyFijiは自動的にインストールされ、今後のEasyFijiのリリースに合わせてフィジーは自動的に更新されます。
4. フィジーを再スタート。FijiプラグインメニューからEasyFijiを選択してください。
   注:EasyFijiは多くの古いバージョンのFijiと完全に互換性があり、主にImageJと互換性があります。詳細な互換性および依存関係の情報は、EasyFijiのGitHub wikiページ(https://github.com/stjude/EasyFiji 年)およびEasyFiji ImageJ.net wikiページ(https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start 年)で確認できます。フィードバックはGitHubページまたは Image.sc フォーラム(https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617)のEasyFijiスレッド(資料 表を参照) から提供できます。

2. EasyFijiディスプレイパネルの使用

注: 図1Aに示すように、 ディスプレイ パネルはカラースウォッチボタン、直感的なコントラスト調整コントロール、知覚的にキャリブレーションされたマルチチャンネル画像レンダリングの新しいオプションを用いた蛍光チャネル擬似着色をサポートしています。3D/4D画像投影や再スライスのためのネイティブフィジーコマンドも含まれています。 表1は 、EasyFijiの司令部と現地フィジー司令部間の対応関係を示しています。

1. チャンネルの色や表示設定(ディスプレイ パネル、 チャンネルカラー セクション)を選びます。
   1. 画像ウィンドウのチャンネルスライダーを使って希望するチャンネルを選択します。
   2. カラー スウォッチボタン を押して新しいカラールックアップテーブル(LUT)を割り当てます。
   3. 黒いスワッチボタンを押すとチャンネルの表示をオフにします。
   4. AllChsボタンを押すと、すべてのチャンネルを一度に表示できます。
   5. 画像ウィンドウのチャンネルスライダーをスクロールすることで、 EachChボタン を押してチャンネルを順番に表示します。
2. 画像内または画像間でチャンネルコントラストを設定する(ディスプレイ パネル、 チャンネルコントラスト セクション)。
   1. チャンネルの表示範囲(コントラスト)を変更するには、画像ウィンドウの下部にあるチャンネルスライダーを使ってチャンネルを選択します。
   2. 画面上の最も明るい数値として表示する画像のピクセル強度(右側の値)を指定するために、表示ゲ インスライダー を移動させます。
      注:この動作を「表示利得」と呼ぶのは、画像取得時に検出器のゲインが変化する効果に似た形で、チャネルが線形的に明るくなるからです。
   3. ディスプレイ ゲインリセットボタン を押すと、チャンネルの最大ピクセル強度(ビット深度によって決まる)を画面上の最も明るい値として表示します。
   4. 表示オフ セットスライダー を移動させ、画面上の最も暗い数値として表示する画像のピクセル強度(右側の値)を指定します。
      注:この動作を「表示オフセット」と呼びました。これは画像取得時に検出器のオフセットを設定する効果に類似して画像の黒レベルを設定するためです。
   5. ディスプレイオフ セットリセットボタン を押して、画像のピクセル強度を0から画面で最も暗い値に設定します。
   6. AutoChボタンを押すと、表示ゲインとオフセットを自動的に調整できます。
   7. AutoAllボタンを押すと、全チャンネルの表示ゲインとオフセットを自動的に調整できます。
   8. Propagateボタンを押すと、アクティブな画像から同じチャンネル数の他の開いている画像に表示ゲインとオフセット設定を転送できます。
3. マルチチャンネルディスプレイ(ディスプレイ パネル、 チャンネルビュー セクション)を作成します。
   1. 2つの蛍光チャンネルをカラー画像として同時にレンダリングするには、 FF接頭辞 のボタン(蛍光と蛍光)を使います。蛍光チャンネルと形態学的グレースケールチャンネルをカラー画像として同時にレンダリングするには、 FG接頭辞 のボタン(グレースケール付き蛍光)を使用します。レンダリングは新しい画像ウィンドウで作成されます。
      注意:チャンネルビューを作成する前に、まず各チャンネルの表示ゲインとオフセットを調整し、対象信号がディスプレイのダイナミックレンジ全体に広がるようにしてください(セクション2.2)、その後、処理タブの「ゲイン適用」と「オフセット適用」ボタン(セクション3.2.3)を使ってこれらのゲインとオフセットを適用してください。ゲインやオフセットを調整して適用しなければ、レンダリングは最適とは言えません。
   2. FFColocボタンを押すと、2つの蛍光チャンネルから黄色いピクセルとしてハイライトされる色再現が生成され、両チャンネルの強度が25%以内に近いものの色が出ます。
      注:チャンネル間で強度が異なるピクセルは グレースケールでレンダリングされます。 黄色 のピクセルは、各チャンネルの関心信号がディスプレイのダイナミックレンジにまたが^る場合、 相関に基づく共局在位5を示唆します。
      注意:FFClocのレンダリングはデータの探索や図示目的のみを意図しています。専門家の助けを借りて共局在化の厳密な定量化の代わりにはなりません。
   3. FFMergeボタンを押すと、2つの蛍光チャンネルから色再現が生成され、それぞれのチャンネル内の信号が同じように知覚されます。
      注:各ピクセルでは、輝度は強度の高い信号に応じて設定され、色相はチャンネル間の強度の比率の関数です(Taylorら6が説明した概念^{に従います)。}また、ディスカッションセクションも参照してください。
   4. FGMergeボタンを押すと、蛍光チャンネルとグレースケールチャンネルのカラーレンダリングが生成されます。ここで蛍光チャンネルの色は保持され、グレースケールチャンネルのコントラストは保持されます。
      注:グレースケールチャネルは通常、DIC、位相差、電子顕微鏡などの形態情報を含む非蛍光モダリティです。
   5. モンタージュボタンを押すとチャンネルを個別の画像に分割し、自動的に画面上にタイル状に並べられ、可視化を同期できます。
   6. SyncWinsボタンを押すと、同じタイプの複数の画像の可視化を同期できます。
4. 3DのZスタックまたはTスタックの2Dビューを作成します(ディスプレイ パネル、 スタックビュー セクション)。
   注意:各レンダリングは新しい画像ウィンドウに表示されます。
   1. MIPボタンを押すと、最大強度の投影ができます。
      注:結果として得られる2D画像の各位置の強度は、3D画像の3^次 元上の最も強いピクセルの強度に対応します。この手順はノイズを強調する可能性があるため、MIPを作成する前にスタックを平滑化 (処理タブ 参照)することが有用です。
   2. SIPボタンを押すと、合計強度の投影が作成されます。
      注:得られる2D画像の各位置の強度は、3D画像の3^次 元に沿った強度の合計に対応します。この手順は全強度を保持するため、単一のスライスよりもノイズの少ない画像が得られます。
   3. Orthoボタンを押すと直交スライスビューアが作成され、現在のカーソル位置で交差する3Dスタックの3つの直交平面(例:xy、xz、yz)をインタラクティブにレンダリングします。
   4. Kymoボタンを押すと、Kymographが作成されます。
      注:キモグラフとは、縦軸(y-)がスタックの3次元(通常t-)に対応し、水平軸(x-)が入力スタック上にユーザーが描いた線の位置に対応する2D画像のことです。3^次 元が時間の場合、キモグラフが運動を図示または定量化するために使われます。
      このボタンはFijiに付属しているKymographBuilderプラグイン7に依存していますが、ImageJを使用する場合は別途ダウンロードする必要があります。
5. その他オプション(ディスプレイ パネル)を設定します。
   1. Dupボタンを押すと、フィジー内でアクティブな画像ウィンドウを複製できます。新しい画像ウィンドウが表示されます。
      注意:Fijiの Rectangle ROI ツールを使って画像に長方形の興味領域(ROI)を描くと、 Dupボタン でROI境界にトリミングされます。重複画像の次元を形作るために、チャネル、z、t-の範囲を指定します。
   2. ToClipボタンを押すと、画面上で現在表示されているアクティブな画像をシステムのクリップボードにコピーします。画像を別のアプリケーションに貼り付ける(スライド準備や写真編集)には、他のアプリケーションをアクティブにして、貼り付けを選択します(WindowsではCtrl+V、MacではCmd+V)。
   3. |--えーム-|ボタンを押すと、画像にスケールバーをオーバーレイとして表示します。|--えーム--|ボタンを切り替えてスケールバーを外してください。

3. EasyFijiプロセスパネルの利用

注: 図1Bに示されているように、 プロセス パネル の「チャネル機能 」セクションでは、画像表示を強化するためのツールチップ付きのスライダーベースの画像処理コマンドが提供されています。 「最後の元に戻す」ボタン でインタラクティブな処理が可能になります。画像の寸法は 「寸法の変更 」ボタンで変更できます。 アクションテーブル は、画像のピクセル強度値を変更する処理コマンドをプレーンテキストとしてログアップするために使われます。ログは同じタイトルの画像とともに自動的に保存できます( 保存 パネルを参照)。

1. 画像の空間的特徴を変更する(プロセス パネル、 チャネル機能の変更 セクション)。
   注意:すべてのコマンドはアクティブなチャンネルにのみ適用され、結果は元の画像ウィンドウに自動的に表示されます。新しい画像ウィンドウは作成されません。
   1. スムーススライダーを動かしてガウスのぼかしを適用し、正規分布のピクセル間変動(~ショットノイズとリードノイズ)を減らします。
      1. ~ナイキストサンプリング画像(70-150 nm xyピクセルサイズ)では、スライダー値が1.0から2.0の間でスタートします。
      2. 与えられたピクセルサイズに対して、画像の信号対雑音比(SNR)が減少するにつれてスライダー値を増加させます。
      3. SNRが与えられたとき、ピクセルサイズが小さくなるにつれてスライダー値を大きくします。
      4. 画像スタックの場合は、ナイキストサンプリングデータに適したz半径を自動的にxy半径の3分の1に設定する3D平滑化を適用します。
         注:スライダー値はガウス核の標準偏差(ピクセル単位)に対応します。
   2. ノイズ除去スライダーを動かして中央値フィルターを適用し、極端な異常(カメラのホットピクセルやPMT熱電放射)を除去します。
      注意:スライダー値はボックスのカーネルの半径(ピクセル単位)に対応します。0.5から1.0の間の値が良い出発点です。
   3. シャープンスライダーを動かして2Dのシャープでないマスクを適用し、ピントの合わない光によるぼやけやかしを軽減します。シャープニングはノイズを強調する効果もあります。
      注意:スライダー値は、ぼかしのスケールを定義するために使われるガウス核の標準偏差(ピクセル単位)に対応しています。~ナイキストサンプリング画像(70-150 nm xyピクセルサイズ)の場合、スライダー値は2.0から4.0の間で良い出発点となります。重みパラメータは0.6に固定されています。
2. 画像のピクセル強度を変更する(プロセス パネル、 チャネル強度の修正 セクション)。
   注意:すべてのコマンドはアクティブなチャンネルにのみ適用され、結果は画像ウィンドウに自動的に表示されます。新しい画像ウィンドウは作成されません。
   1. Sub.Bkgd.スライダーを動かして「rolling ball」アルゴリズムを適用し、背景(すなわち空間的に徐々に変化する強度の変化)を除去します。
      注意:スライダー値は回転するボールの半径(ピクセル単位)なので、大きいほど背景全体からは減らされません。値の量は画像の内容によって異なりますが、一般的に保存すべき特徴のサイズ(ピクセル単位)の≥倍にすべきです。10から20の値は良い出発点となることが多いです。
   2. ガンマスライダーを動かして、弱い信号と明るい信号が混ざり合った際の可視化をしやすくし、大きな構造と混ざった際に細かい構造を強調する必要がある場合などです。
      注:正規化後、各ピクセルの値はスライダーの値によって与えられるべき乗(指数)に上がります。値は画像の内容によって異なりますが、0.6から0.8の間で良い出発点となることが多いです。
      注意:ガンマ線が施された画像は強度の定量に使用できません。
   3. 「 Apply Gain and Offset: ToCh」ボタン または ToAllボタン を押すと、ディスプレイパネルの表示ゲインとオフセットスライダーで指定された画像の表示範囲を、画像のビット深度が提供する全強度範囲にマッピングします。
      注意:このプロセスはルックアップテーブルの適用(LUT)とも呼ばれます。ディスプレイパネルでチャンネルビューを作成する前に、この方法で表示ゲインとオフセットを適用する必要があります。
   4. 光漂白、収差、光散乱などによって引き起こされる3D画像のz次元やt次元にわたるアーティファクト強度の変化を補正するために、強度 補正 ボタンを使います。
      注意:このアクションはアクティブなチャネルにのみ適用されます。局所補正とグローバル補正は同じデータセットに順次適用可能です。基礎となる手法のさらなる説明については、結果のセクションを参照してください。
   5. グローバルボタンを押すことで、z次元またはt次元全体にわたる徐々の信号強度低下を補正しつつ、生物学的に駆動される強度変化の大部分を保持します。選択肢は2つあります:
      1. GlobalLボタンを押すと、初期のスライスが暗くなっていることや黒いZスタックを修正し、最初のフレームから最後のフレームまでの強度損失は軽微(<50%)になります。このアルゴリズムは強度損失を線形トレンドとしてモデル化し、各スライスに補正係数を適用してフィッティングラインの傾きをゼロにします。
      2. GlobalPボタンを押すと、最初のフレームが最も明るく、最初のフレームから最後までの合計強度損失(50%〜95%)が大きい時系列を修正します。このアルゴリズムは強度損失を2^次多項式トレンドとしてモデル化し、各スライスに補正係数を適用してフィッティング曲線を傾きゼロの直線に変換します。
   6. ローカルボタンを押すと、局所的で急激な信号強度の変化を修正しつつ、徐々に変化した状態を保持できます。
      注:これらの変化は、より大きなZスタック内のいくつかの平面の漂白や励起電力の変動(フリッカー)によって引き起こされることがあります。このアルゴリズムは生物学的に関連性の高い強度変化を4次多項式としてモデル化し、補正係数を適用して各フレームの中央値強度がフィットした曲線の値と等しいことを確認します。
   7. イ コライズボタン を押すと、各フレームの中央値信号強度を等しくします。これはフィジーの「シンプル比率」漂白補正法に似ています。
      注意:Equalizeは他のすべての方法が失敗した場合の可視化目的で有用かもしれませんが、中央値強度の生物学的に重要な変動を消去するため、強度の定量と併用することはできません。
3. 画像の次元を変更する(プロセス パネル、 寸法変更 セクション)。
   注意:これらのコマンドは画像ウィンドウ内のすべてのチャンネルに適用され、 Undo ボタンで元に戻すことはできません。
   1. 画像を回転させるには「 回転 」ボタンを押すと、胚や組織の解剖軸をページや画面に合わせるために必要な動作があります。
   2. 画像のxyサイズを縮小するには トリミングボタン を押してください。自動選択される 長方形のROI ツールを探し、トリミングに使うROIを画像に描くプロンプトを見てください。
   3. Subsetボタンを押すと、入力画像の非xy次元の一部から新しい画像スタックを作成します。
      注意:これはチャネルの削除や、zやtのスライスを切り落とすために使われます。
4. 画像に適用された処理コマンドを記録します(プロセスパネル、アクションの記録セクション)。
   注意:アクションレコーダーの目的は、アクションをプレーンテキストとして自動的にログし、適用されたアクションとともに画像を保存することで、ピクセルの強度値を変化させることです。ログはユーザーが手動でメモを取ったりフィジーのマクロ記録を解読したりする必要がなくなる便利なものです。ピクセル強度を変えないコマンドはログに残りません。
   1. Recボタンを押してコマンド録音を開始します。
      注意:録音中はボタンの表盤が「ON」と表示されます。実行されたコマンドと関連するパラメータはアクションテーブルに表示されます。「元に戻した」コマンドはテーブルから削除されます。
   2. アクションテーブルをクリアするには Clrボタン を押せ。
   3. 「保存」ボタンを押すと、アクションテーブルをテキストファイルとして保存します。複数の画像に適用されたアクションが記録されている場合、テキストファイルを保存した際に画像タイトルごとにアクションがグループ化されます。
      注意:または、 画像を保存 パネル(下記セクション4)で保存してください。「 アクションを保存 」ボックスにチェックを入れると、画像に適用されたすべてのアクションが画像名とファイルパスを使って自動的にテキストファイルとして保存されます。

4. EasyFijiセーブパネルの使用

注: 図1Cに示されているように、セーブパネルは非専門家が自分の用途に合った正しい画像ファイル形式を選ぶのを支援するために設計されています。「 アクションの保存」チェックボックス がチェックされると、アクションテーブルに記載された画像に適用されたすべての処理アクションは、同じファイル名とパスで自動的に画像とともに保存されますが、拡張子は*.txtです。複数の画像が開かれて並行処理された場合、すべての画像に対して行われたすべてのアクションがアクションテーブルに表示されます。ただし、保存される画像に適用されたアクションのみが保存されます。保存されたテキストファイルはファイルシステムに表示されますが、フィジーでは開きません。必要に応じて、フィジーのツールバーにファイルアイコンをドラッグすることでテキストファイルを開くことができます。

1. 画像を保存する(パネルの保存 、 保存方法 のセクション)。
   1. Raw Dataボタンを押すと、正確なピクセル値、チャネル構造、一部のメタデータが保持される*.tifファイルとして画像を保存します。画像をさらに定量化または分析することを目的とする場合に、このオプションを活用してください。
   2. メール送信やスライドプレゼンテーションで使用する目的で、現在表示されている画像をjpeg圧縮で保存するには「 プレゼンテーションのために保存 」ボタンを押してください。
      注意:この方法は、数値作成や定量分析には絶対に使用すべきではありません。
   3. 品質レベルスライダーを動かしてjpeg圧縮レベルを設定します。
      注:値が大きいほどピクセルの強度や特徴の保存が良くなり(ファイルサイズも大きくなります)、すべての特徴が保存されるわけではありません。
   4. 「 Save for Figure」ボタン を押すと、画像を他のグラフィックソフト(例:Photoshop、Illustrator、Publisher、GIMP)に対応したpng形式で現在表示されています。画像は 画面上に表示される通りに保存されますが、チャンネルやメタデータは保存されません。
      注意:このオプションは定量化に使用してはいけません。
   5. 「 Save as Movie」ボタン を押すと、画像スタックをMOVフォーマットのムービーとして保存し、スライスを順番に再生します(zまたはt)。
      注意:WindowsベースのOSでmovファイルを再生するには、オープンソースのVLC Media Playerが必要です。

5. EasyFiji画像情報パネルの利用

注: 図1Dに示されているように、 画像情報 パネルには画像解釈に不可欠なベンダー固有の取得設定が平文で表示されます。現在サポートされている共焦点画像フォーマットの種類については、 表2 を参照してください。

1. チャンネル情報ボタンを押して取得設定を読み込みます。
2. チャネル固有の取得設定については、レーザー出力%、レーザー波長、発光帯域、利得、ピンホールサイズなどのチャンネル情報セクションをご覧ください。
3. 画像全体の設定については、システム構成セクションを参照してください。system名、対物レンズ、スキャンモード、滞留時間、ボクセルサイズなどが含まれます。

Results

多チャンネル蛍光画像の擬似カラーレンダリングは、信号間の空間的または強度の関係を示すために使用できます。しかし、ネイティブフィジーは知覚レベルで色や明るさを本質的に混同させるRGB合成レンダリング技術のみを提供しています。この問題を示すために、 図2 はN-MycおよびRNAポリメラーゼII(RNAPolII)の2チャンネル画像を使用しています。 図2Aでは、各チャンネルがグレースケールで個別に表示されており、(交絡させる可能性のある)色情報は存在しません。 図2Bでは、チャンネルがフィジーRGB合成レンダリングとして一緒に表示されており、一次色および/または二次色のあらゆる可能な組み合わせを使用しています。ご覧の通り、異なる色のレンダリングは知覚レベルで非常に異なる情報を伝えます(以下で定量化します)。したがって、フィジーRGB合成レンダリングで知覚される情報は、どの色がどのチャンネルに割り...

Discussion

Fijiは、画像分析者の間で広く人気のあるオープンソースの画像処理・解析ソフトウェアです。しかし、複雑なメニューインターフェースや、蛍光画像の表示・処理に関する直感的でない挙動は、非計算生命科学者にとって課題となっています。EasyFijiは、蛍光画像を扱う際に必要とされるチャネル固有の挙動を一貫して示す、テーマごとに整理されツールチップで強化された厳選されたボタンやスライダーのセットを提供しています。すべての処理コマンドは実行不可で、インタラクティブ性が可能であり、画像と共に画像と共に記録保存して記録保存することも可能です。画像解釈に不可欠な取得設定は、ニコンおよびツァイスのポイントスキャン共焦点レンズで示されています。フィジープラグインであるため、EasyFijiの簡潔さは決して制限ではなく、すべてのフィジーコマンドはネイティブのフィジーメニューシステムからいつでもアクセス可能です。洗練されたユーザーインターフェースに加え、EasyFijiは意図的に設計されたマルチチャンネルレンダリング技術や、堅牢な漂白(腐敗)補正のための新しい手法も提供しています。EasyFij...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
EasyFiji GitHubサイト	オープンソース		https://github.com/stjude/EasyFiji
EasyFiji Image.sc フォーラム	オープンソース		https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
EasyFiji ImageJ.net サイト	オープンソース		https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
フィジー・ソフトウェア	オープンソース		https://imagej.net/software/fiji/downloads
VLCメディアプレーヤー	オープンソース		https://www.videolan.org/vlc/