Method Article

EasyFiji:フィジーにおけるユーザーフレンドリー蛍光画像処理のためのグラフィカルインターフェース

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

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EasyFijiはFiji(ImageJ)向けのグラフィカルユーザーインターフェースプラグインで、生命科学者に頻繁に利用される蛍光画像の可視化および処理ツールの厳選スイートを提供しています。

Abstract

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Fiji(Fiji Is Just ImageJ)は、バイオイメージ解析コミュニティで広く利用されている広範かつ拡張可能なオープンソース画像処理パッケージです。しかし、計算生命科学者でない場合、フィジーの多くの機能を手動で操作するには、深く層状化されたメニューシステムを習得し操作する必要があります。さらに、一部のコマンドのデフォルト挙動は蛍光画像の表示や処理に理想的ではありません。蛍光顕微鏡画像を扱う生命科学者の効率を高めるために、フィジー向けの厳選されたグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)プラグイン「EasyFiji」を開発しました。EasyFijiの各コマンドはツールチップで強化されたボタンとスライダーで実行され、蛍光画像に必要なチャネル固有の実行が常に示されます。ピクセル強度を変更するコマンドもワンクリックで実行不可で、よりインタラクティブな処理が可能であり、自動的に記録してテキストとして保存して記録できます。画像情報パネルには、画像解釈に不可欠な設定が表示されます。新しい画像レンダリングおよび漂白補正機能も提供されています。このプラグインはGitHubやFiji Update Siteで無料で利用可能です。このプロトコルは、EasyFijiのインターフェースを使って蛍光顕微鏡画像の可視化と処理を行う手順を概説しています。

Introduction

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Fiji(Fiji Is Just ImageJ)は、バイオイメージ解析コミュニティで広く利用されている広範かつ拡張可能なオープンソース画像処理パッケージです。フィジーの汎用アルゴリズムの大規模なコードベースと、マクロ言語、プラグインインターフェースは、計算分析者がほぼあらゆる画像処理や解析問題の解決策として便利に活用できます。しかし、計算経験が乏しいライフサイエンスユーザーにとっては、FIJIの>1,100のコマンドが深く層状に配置されたドロップダウンメニューシステムに分散し、操作しやすくなると非常に複雑です。フィジーの手動利用を簡素化するためにいくつかのアプローチが取られています。フィジーの検索バーはメニューナビゲーションの代替手段であり、優れたヘルプドキュメントにアクセスできますが、ユーザーが必要なアルゴリズムの名前を知っている場合に限ります。Fijiのツールバーボタンはユーザー定義のコマンドに迅速にアクセスできるようにカスタマイズ可能ですが、この手順にはマクロコードを書き、どのコマンドが最も有用かの予測が必要です。ActionBarプラグインは、カスタマイズ可能かつ整理可能なボタン配列を備えたスタンドアロンのグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)ウィンドウを提供しますが、やはり効果的に....

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Protocol

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このプロトコルはEasyFijiのインストールと使用方法を説明しています。

1. EasyFijiをインストールするために...

  1. オペレーティングシステムに適した最新バージョンのフィジー(>1.54g)をダウンロードし、ユーザーが読み書きできるフォルダにインストールしてください(フィジーダウンロードサイトへのリンクは 「資料表 」を参照してください)。
  2. Fijiを起動してヘルプへナビゲーション |アップデート... メニューバーに。
  3. アップサーウィンドウで「更新サイト管理」をクリックします。リストからEasyFijiを選択し、「適用して閉じる」をクリックしてください。EasyFijiは自動的にインストールされ、今後のEasyFijiのリリースに合わせてフィジーは自動的に更新されます。
  4. フィジーを再スタート。FijiプラグインメニューからEasyFijiを選択してください。
    注:EasyFijiは多くの古いバージョンのFijiと完全に互換性があり、主にImageJと互換性があります。詳細な....

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Results

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多チャンネル蛍光画像の擬似カラーレンダリングは、信号間の空間的または強度の関係を示すために使用できます。しかし、ネイティブフィジーは知覚レベルで色や明るさを本質的に混同させるRGB合成レンダリング技術のみを提供しています。この問題を示すために、 図2 はN-MycおよびRNAポリメラーゼII(RNAPolII)の2チャンネル画像を使用しています。 図2Aでは、各チャンネルがグレースケールで個別に表示されており、(交絡させる可能性のある)色情報は存在しません。 図2Bでは、チャンネルがフィジーRGB合成レンダリングとして一緒に表示されており、一次色および/または二次色のあらゆる可能な組み合わせを使用しています。ご覧の通り、異なる色のレンダリングは知覚レベルで非常に異なる情報を伝えます(以下で定量化します)。したがって、フィジーRGB合成レンダリングで知覚される情報は、どの色がどのチャンネルに割り.......

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Discussion

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Fijiは、画像分析者の間で広く人気のあるオープンソースの画像処理・解析ソフトウェアです。しかし、複雑なメニューインターフェースや、蛍光画像の表示・処理に関する直感的でない挙動は、非計算生命科学者にとって課題となっています。EasyFijiは、蛍光画像を扱う際に必要とされるチャネル固有の挙動を一貫して示す、テーマごとに整理されツールチップで強化された厳選されたボタンやスライダーのセットを提供しています。すべての処理コマンドは実行不可で、インタラクティブ性が可能であり、画像と共に画像と共に記録保存して記録保存することも可能です。画像解釈に不可欠な取得設定は、ニコンおよびツァイスのポイントスキャン共焦点レンズで示されています。フィジープラグインであるため、EasyFijiの簡潔さは決して制限ではなく、すべてのフィジーコマンドはネイティブのフィジーメニューシステムからいつでもアクセス可能です。洗練されたユーザーインターフェースに加え、EasyFijiは意図的に設計されたマルチチャンネルレンダリング技術や、堅牢な漂白(腐敗)補正のための新しい手法も提供しています。EasyFij.......

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Disclosures

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著者たちは、競合する財務的利益やその他の利益相反はないと宣言しています。

Acknowledgements

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本稿に関するコメントをいただいたセントジュード細胞・組織イメージングセンターおよびバイオイメージ情報センターのメンバーに感謝いたします。生物学的画像は以下の方から快く提供されました: 図2:メリッサ・マルザーンとタンヤ・ミッターグ; 図3:彭偉とジェームズ・モーガン; 図4A:アーロン・ピトレ; 図4B:アーロン・ピトレとウ・ジョンチョ; 図5A:ヘレン・チェンとヘザー・メフォード; 図5B:サウラディープ・シンハとギエドレ・クレンチウテ。

....

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
EasyFiji GitHubサイトオープンソースhttps://github.com/stjude/EasyFiji
EasyFiji Image.sc フォーラムオープンソースhttps://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
EasyFiji ImageJ.net サイトオープンソースhttps://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
フィジー・ソフトウェアオープンソースhttps://imagej.net/software/fiji/downloads
VLCメディアプレーヤーオープンソースhttps://www.videolan.org/vlc/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

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