本プロトコルは、TCGAおよびGEOデータセットを用いて、子宮内膜がんにおけるニコチンアミド代謝に関連する遺伝子を特定する計算的アプローチを示しています。子宮体子宮内膜癌におけるバイオマーカーの発見を促進し、リスク推定を高めるために、本研究は異なる発現、経路強化、予後モデル設計、評価手順の解析を記述します。
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本プロトコルは、TCGAおよびGEOデータセットを用いて、子宮内膜がんにおけるニコチンアミド代謝に関連する遺伝子を特定する計算的アプローチを示しています。子宮体子宮内膜癌におけるバイオマーカーの発見を促進し、リスク推定を高めるために、本研究は異なる発現、経路強化、予後モデル設計、評価手順の解析を記述します。
子宮内膜がん(EC)は、世界的で最も発生率の低い婦人科腫瘍の一つであり、加齢や肥満による発症率が上昇しています。リンパ節転移は子宮内膜癌(UCEC)では依然として一般的であり、治療を導くために新たな予後バイオマーカーが必要とされています。本研究では、がんゲノムアトラス(TCGA)からのUCEC情報を解析し、遺伝子発現オムニバス(GEO)を用いて結果が検証されました。ニコチンアミド代謝に関連する18の異なる発現遺伝子因子(NMRDEGs)が同定されました。遺伝子セット濃縮解析(GSEA)は、これらの遺伝子が酸化ストレス、低酸素症、解糖作用、アポトーシス過程に関与していることを示しました。単変量Cox回帰分析では、危険予測フレームワークの発展に用いられた6つの主要遺伝子(AURKA、CDKN3、FOXM1、CDKN2A、TK1、CDK1)を特定しました。タンパク質間相互作用(PPI)解析により、CDK2、CCNA2、TP53、FOXM1などの追加のハブ遺伝子が明らかになりました。6つの主要な遺伝子は強い予後価値を示し、研究のリスクモデルが臨床判断の指針となる可能性があります。ニコチンアミド代謝はECの進行と有意に関連していることが示されました。本研究は、EC(細胞内代謝)におけるニコチンアミド代謝の役割に関する新たな認識を提供し、治療の進展の可能性を示唆しています。
子宮内膜がん(EC)は女性患者に多く見られます。ECはホルモン依存型とホルモン非依存型2型に分類されます。2020年にはEC患者の管理ガイドラインの更新により、分子マーカー検出および分子型分けが行われ、術後の補助治療およびEC3の臨床予後に大きな影響を与えました。ECの病因は多面的であり、複数のがん遺伝子や腫瘍抑制遺伝子の変異や喪失、さらに複数のシグナル伝達経路の異常が疾患の進行や転後に影響を与えることがあります。新たなバイオマーカーの探索と効果的な治療標的の特定が極めて重要です。この取り組みは、ECの病因と予後バイオマーカーの可能性の理解を深め、早期発見と標的治療の基盤を築くことを目指しています。
ナイアシンアミドはナイアシンに似ており、脂肪の吸収やグリコーゲン分解に関与しています。これは人体にとって重要な補酵素成分として不可欠です。ニコチナミド代謝とは、人体がニコチナミドを吸収し、変換し、利用する過程を指します。
ナイアシンアミドの代謝は吸収から始まります。体内の食物摂取やアミノ酸変換によって獲得でき、腸の粘膜上皮細胞によって吸収されます。その後、より複雑な形態へと変化し、多くの生化学的プロセスにおいて重要な....
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この研究は、がんゲノムアトラスおよび遺伝子発現オムニバスから公開されている非識別の臨床およびトランスクリプトムデータを用いました。寄与研究はすべて事前の機関審査委員会の承認とインフォームドコンセントを受けていました。匿名化されたデータの二次分析のみが行われたため、追加の倫理的承認は必要ありませんでした。使用されているデータベースとソフトウェアは 材料表に記載されています。
1. データダウンロード
研究では、EC(TCGA-子宮小体子宮内膜癌(TCGA-UCEC))データセット10を活用し、589サンプルを含み、UCEC患者(UCEC群)からの腫瘍組織サンプル554件と、隣接する正常組織35株(正常群)からのシーケンスデータが含まれています。UCSC Xenaデータベースを利用して、完全な臨床情報がないものを除く対応する臨床データを復元しました。最終的に、臨床データを含む577サンプルが分析用に利用可能となりました。詳細なベースライン情報は 表1に示されています。
EC、GSE115810、GSE63678<....
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GEOデータセットの修正の統合
研究では、SVA Rセットを用いてGSE115810およびGSE63678の複合データセットのバッチ所有を正確に算出し、統合データセットと呼ばれる統一データセットが生成されました。グループ結果除去の結果は、循環ボックスプロット(図2A,B)およびPCAプロット(図2C,D)を用いて検証され、バッチ効果がほぼ除去されたことが示されました。正規化後、PCAプロットは腫瘍サンプルと正常サンプルを明確に区別し、効率的なバッチ補正と均一なサンプルグループ化を示す必要があります。
微分表現解析
499のDEGが基準を満たし、そのうち184のアップレギュレーション遺伝子と315のダウンレギュレーション遺.......
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がん細胞の微小環境におけるエネルギー代謝の役割は、近年大きな注目を集めています。研究によれば、ニコチンアミド代謝に関与する遺伝子は、さまざまな悪性腫瘍の進行と密接に関連しています。体内に吸収されると、ニコチンアミドはNADとNADPに変換され、これらは多くのがん関連プロセスにおいて重要な役割を果たします。したがって、NAD代謝は腫瘍治療の有望な目標として浮上しています。転写後調節、細胞生存、エネルギー代謝、細胞周期進行、アポトーシス、DNA修復、概日リズム、染色体動態、テロメラーゼ活性化など、さまざまな細胞活動において重要な役割を果たします。増え続ける証拠は、NAD代謝から得られる遺伝子シグネチャーが卵巣がんや子宮頸がんを含むさまざまながんタイプに対して強い予測能力を示すことを示唆しています(33,34)。具体的には、Nampt発現が正常な子宮内膜組織と比較して子宮内膜腺癌で有意に上昇していることが指摘されており、これは子宮内膜癌(EC)の発症に関与して.......
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著者たちは何も明かすことはありません。
| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| clusterProfiler パッケージ | バイオコンダクター | v4.8.0 | GOおよびKEGG濃縮解析 |
| サイトスケープ | サイトスケープ・コンソーシアム | v3.9.1 | PPIネットワーク可視化 |
| DESeq2パッケージ | バイオコンダクター | v1.40.0 | 正規化と表現解析 |
| GeneCardsデータベース | GeneCards Suite | 該当なし | ニコチンアミド代謝関連遺伝子の由来 |
| GeneMANIAプラットフォーム | genemania.org | 該当なし | 遺伝子機能と相互作用予測 |
| 地理地理データセット(GSE115810年、GSE63678年) | 遺伝子発現オムニバス(GEO) | 該当なし | ECの公開遺伝子発現データセット |
| ggplot2パッケージ | クラン | v3.4.2 | データ可視化 |
| リマパッケージ | バイオコンダクター | v3.54.0(例) | 微分表現解析 |
| Pheatmapパッケージ | クラン | v1.0.12 | ヒートマッププロット |
| Rソフトウェア(v4.3.0) | R統計計算財団 | バージョン 4.3.0 | データ分析プラットフォーム |
| STRINGデータベース | ストリング(string-db.org) | v11.5 | タンパク質間相互作用解析 |
| survminer パッケージ | クラン | v0.4.9 | 生存分析 |
| SVAパッケージ | バイオコンダクター | v3.46.0 | バッチ効果除去 |
| TCGA-UCECデータセット | がんゲノムアトラス(TCGA) | 該当なし | UCEC患者のトランスクリプトームおよび臨床データ |
| UCSC ゼナ | カリフォルニア大学サンタクルーズ校 | 該当なし | 臨床・ゲノムデータダウンロードプラットフォーム |
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