糖尿病性足感染症による黄色 ブドウ球菌 の病原性遺伝子の代表的な分子およびゲノム的特性解析

サマリー

本研究は、抗菌薬感受性検査、PCRに基づく病原性プロファイリング、全ゲノムシーケンシングを用いて、糖尿病性足感染症から回収された黄色ブドウ球菌分離株の抗菌薬耐性、病原性決定因子、ゲノム的特徴を明らかにしました。

要約

糖尿病性足感染症(DFIs)は主要な公衆衛生上の懸念事項であり、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)は臨床的に最も重要な病原体の一つです。本研究では、DFI患者から回収された多剤耐性S. aureus分離株の病原性遺伝子(CANおよびHLG)の有病率、抗菌薬耐性プロファイル、および代表的なゲノム的特徴を調査しました。2024年1月から12月にかけて、糖尿病性足感染症の患者125名を対象に横断観察研究が実施されました。抗菌感受性試験は、臨床・検査所標準協会(CLSI)ガイドラインに従い、カービー–バウアー円盤拡散法およびセフォキシチンスクリーニングを用いて行われ、品質管理株としてS. aureus ATCC 25923が用いられました。バンコマイシン感受性は最小阻害濃度(MIC)検査で確認されました。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いて病原性遺伝子(CANおよびHLG)およびblaOXAグループI遺伝子を検出しました。全ゲノムシーケンス(WGS)は、1つの多剤耐性(MDR)分離株と1つの広範薬剤耐性(XDR)分離株を含む2つの代表的な分離株に対して、de novoシーケンス手法を用いてドラフトゲノムアセンブリを生成しました。125件の臨床標本のうち、90件(72%)で細菌増殖が観察され、そのうち45件(50%)がS. aureusと同定されました。これらの分離株のうち、35/45(77.78%)がMRSAに分類され、36/45(80%)が多剤耐性とされていました。HLG遺伝子はすべての分離株で検出され、カン遺伝子は13/45株(28.89%)で同定されました。blaOXAグループI遺伝子は検出されませんでした。ゲノム解析により、blaZ、tet(38)、norA、vanTを含む複数の耐性関連遺伝子、さらにCRISPR-Cas要素およびプラスミド関連耐性決定因子が同定されました。これらの発見は、DFIにおける多剤耐性S. aureusの高い有病率を強調し、臨床的に関連した耐性株の継続的なゲノム監視の重要性を支持しています。

概要

多くの定着および病原性特性により、グラム陽性菌である 黄色ブドウ球 菌(S. aureus)は、膿痂疹、創傷感染、喧啶、皮膚膿瘍、菌血症、感染性心内膜炎1型など幅広い感染症を引き起こす一般的な機会性病原体^{となっています。}これらの感染症の中には重症化し入院が必要となるものもあり、特に糖尿病、免疫抑制、悪性腫瘍、尿路カテーテル、またはヒト免疫不全ウイルス感染の患者^{ではそうです}。

メチシリン耐性S. aureus(MRSA)株は、抗菌耐性決定因子を迅速に獲得し、医療環境で持続するため、高い罹患率と死亡率と関連^{しています。}糖尿病患者は神経障害、血管不全、免疫反応の低下により糖尿病性足潰瘍を発症することが多い^です。糖尿病性足感染症(DFI)は複雑な病態生理を有し、臨床的転帰は細菌病原性を含む微生物および宿主関連要因の両方によって影響を受け^ます。糖尿病性足潰瘍には好気性および嫌気性細菌や真菌からなる多元微生物群集が含まれていることもありますが、S. aureusはこれらの感染症から分離される主要な病原体の一つであり続け^{ています。}この生物は免疫回避、組織侵入、慢性的な定着、持続感染を促進する複数の病原性決定因子を持っています。さらに、mecA/SCCmec介在性メチシリン耐性およびその他の抗菌耐性決定因子の獲得により、DFI関連感染症の治療選択肢はかなり制限されています^4,5。過去の研究では、糖尿病性足感染症において多剤耐性(MDR)S. aureus分離株の高い有病率が報告されており、耐性はbla_TEM、bla_OXA、bla_CTX-Mバリアントを含むβ-ラクタマーゼ遺伝子と関連していることが多い⁶。

いくつかの病原性関連遺伝子が、S. aureusの慢性創傷感染における病原性および持続性に寄与しています。その中でも、hlg遺伝子は組織破壊、炎症、免疫回避、および地域感染型MRSA株の持続に関連する細胞毒性因子であるγヘモリシンをコードしています^7,8。このCAN遺伝子はコラーゲン結合接着をコードしており、細菌がコラーゲン豊富な組織に付着し、慢性的な定着や感染の持続に寄与します^8。以前の研究では、糖尿病性足感染症から回収されたMRSA分離株においてHLGの有病率が高いことが確認されており、これらの感染症における病原性と抗菌薬耐性決定因子の共存が強調^{されました。}不適切な抗生物質曝露、長期入院、抗菌剤の組織浸透障害、慢性創傷進行もDFI患者におけるMDR菌の出現と伝播にさらに寄与します¹⁰。国際的な定義によれば、多剤耐性(MDR)細菌は3つ以上の抗菌剤クラスのうち少なくとも1種類の抗菌剤に対して耐性を示し、広範囲にわたり薬剤耐性(XDR)細菌は1つまたは2つの抗菌薬クラスに感受性を示し、パンドラッグ耐性(PDR)細菌は試験されたすべての抗菌クラスに耐性を示します¹⁰。黄色酵母が糖尿病性足感染症において臨床的に重要であることは認識されているものの、この地域の臨床分離株における病原性決定因子と抗菌薬耐性プロファイルを結びつける統合的な分子およびゲノム情報は依然として限られています。

したがって、本研究は抗菌薬耐性パターンの特性評価、選択された病原性遺伝子(HLG および CANの有病率)の有病率の特定、 bla_OXA群I遺伝子の出現を調査し、糖尿病性足感染症患者から回収された選択的な多剤耐性 S. aureus 分離株の代表的な全ゲノムシーケンス解析を行うことを目的としました。

プロトコル

1. 患者の研究

本研究は、2023年12月24日にイラク・アンバール県ラマディ市の高等教育科学研究省アンバール大学倫理承認委員会(承認番号145)によって承認されました。人間参加者を含むすべての処置は、アンバール大学の倫理ガイドラインに従って実施されました。登録前にすべての参加者から書面によるインフォームドコンセントが取得されました。

2024年1月から12月にかけて、イラクのアンバール県にあるラマディ教育病院および関連民間クリニックで横断観察研究が実施されました。研究期間中に糖尿病性足感染症(DFI)を発症した125人の連続した適格患者が登録されました。サンプルサイズは統計的計算ではなく、研究期間中に利用可能な適格患者数に基づいて決定されました。臨床的には、DFIは1型糖尿病(T1DM)または2型糖尿病(T2DM)患者において、いかなるグレードの足潰瘍の存在を指すと定義されました。潰瘍の重症度が異なる男女患者を対象にしました。

臨床的に診断された糖尿病性足潰瘍があり、参加医療機関に通い、インフォームド・コンセントを提供している患者は対象でした。除外基準には、糖尿病とは無関係な足潰瘍(例:外傷性潰瘍)、他の医療機関からの紹介、重篤な病気によるインフォームドコンセントの提供不能、検体採取48時間以内に抗生物質治療を受けていること、および多発菌感染が含まれていました。多菌感染患者は除外し、黄色 ブドウ球 菌分離株の正確な表現異常、分子、ゲノム的特徴付けを確実にしました。年齢、性別、糖尿病合併症、糖尿病の期間、抗生物質の既往歴、併存疾患などの人口統計学的および臨床データを構造化されたアンケートを用いて収集しました。

臨床標本は採取後2時間以内に、無菌輸送綿棒で4°Cの冷蔵条件下で微生物学検査室に輸送され、直ちに微生物学分析のために処理されました。臨床検体、細菌培養、抗菌感受性試験、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、紫外線(UV)可視化を含むすべての手技は、機関のバイオセーフティガイドラインに従い、バイオセーフティレベル2(BSL-2)の実験室条件下で実施されました。検査室の職員は、必要に応じて実験用コート、使い捨て手袋、外科用マスク、目の保護具など、適切な個人用防護具(PPE)を使用しました。汚染および曝露リスクを最小限に抑えるため、すべての微生物学および分子検査において厳格な無菌手順が守られました。交差汚染防止のための細菌培養処理やDNA増幅手順には専用の作業エリアが設けられていました。培養皿、綿棒、ピペットチップ、使い捨て製品などの汚染物質は、廃棄前に121°C、15psiで15〜20分間オートクレーブされました。シャープは指定された耐刺しバイオハザード容器に捨てられました。生物廃棄物は機関の生物医療廃棄物処理プロトコルに従って管理されました。これらのバイオセーフティ対策により、MRSAやバンコマイシン耐性分離株を含む多剤耐性菌の安全な取り扱いが保証されました(図1)。

図1:本研究で用いられた臨床、微生物学、分子、全ゲノムシーケンシング、バイオインフォマティクスのワークフローの概要。 図は、検体収集、微生物培養、抗菌感受性検査、PCRベースの分子検出、全ゲノムシーケンス、および下流のバイオインフォマティクス解析をまとめています。この図はAIベースの設計プラットフォームGamma Pro(Gamma App)の支援を受けて作成され、その後著者によって科学的正確性のためにレビュー、修正、検証されました。 この図の拡大版はこちらをクリックしてご覧ください。

データはSPSSソフトウェアバージョン22.0を用いて分析されました。平均やパーセンテージを含む記述統計が計算されました。カテゴリ変数間の関連はカイ二乗検定を用いて分析されました。p値<0.05は統計的に有意とされました。

2. サンプルの処理および採取

標本は糖尿病性足潰瘍の深部から深部スワブ法を用いて採取されました。滅菌ブロスで事前に湿らせた2本の滅菌綿棒を、殺菌メスで解体し、殺菌生理食塩水で洗浄した後、傷口基部にしっかりと回転させて微生物の侵入を最小限に抑えました。1つの綿棒はグラム染色に、もう1つは微生物培養に使用されました。直接グラム染色による塗抹標本を顕微鏡で調べました。

骨組織標本は、外科的デブリードメント後に無菌状態で臨床的に疑われる骨髄炎患者から採取されました。標本採取前に、潰瘍表面は無菌生理食塩水で洗浄され、表層汚染を減らしました。骨組織サンプルは無菌手術器具で無菌的に採取され、直ちに微生物学処理のために滅菌容器に移されました。

標本は均質化または無菌条件下で細かく刻み、血寒天、マンニトール塩寒天(MSA)、マッコンキー寒天、栄養天天に接種されました。プレートは37°Cで18〜24時間好気培養されました。血液寒天と栄養寒天はグラム陽性およびグラム陰性菌の増殖を支援し、一方MSAは黄色酵母を含むブドウ球菌種の選択的分離と分化に用いられました。マコンキー寒天はグラム陰性菌の回収に用いられていました。培養皿は培養後に検査され、48時間後に目に見える成長がない標本は「成長なし」と報告されました。

予備的な細菌同定は、コロニー形態、グラム染色、生化学的特徴に基づいて行われ、その後、核遺伝子のPCR増幅を用いてS. aureusの分子確認が行われました。生化学的同定には、カタラーゼ検査、スライドおよびチューブ凝固酵素検査、マンニトール発酵、DNase検査が含まれていました。確認された分離株は、VITEK 2 CompactシステムとVITEK 2 GP識別カードを用いてさらに同定されました。同定結果は信頼水準が≥95%に達した場合にのみ受け入れられました。不一致または低信頼度の結果は、繰り返し生化学的分析およびVITEK再検査を用いて再検査されました。純粋な分離株は、脳心臓注入(BHI)ブロスで調製された20%グリセロールに保存され、その後の分子およびゲノム解析に用いられました(図1)。

3. 抗菌感受性検査

抗菌薬感受性試験は、臨床・検査室標準協会(CLSI)2022年のガイドラインに従い、カービー・バウアー円盤拡散法を用いて実施されました。試験は標準化された4mmの標準化された寒天を用いたミューラー・ヒントン寒天で行われました。新鮮な細菌培養は、接種前に密度計を用いて0.5マクファーランド基準に調整しました。無菌綿棒を用いて寒天表面に均一に接種しました。

使用された抗菌ディスクは以下の通りです:アンピシリン(10μg)、ゲンタマイシン(10μg)、アミカシン(30μg)、セフォキシチン(30μg)、セフロキシム(30μg)、ピペラシリン/タゾバクタム(100μg)、メロペネム(10μg)、アモキシシリン–クラブラン酸(30μg)、オキサシリン(1μg)、レボフロキサシン(5μg)、クリンダマイシン(2μg)、ティゲサイクリン(15μg)、シプロフロキサシン(5μg)、エリスロマイシン(15μg)、トリメトプリム–スルファメトキサゾール(25μg)、リネゾリド(30μg)、 およびバンコマイシン(30μg)です。プレートは37°Cで16〜18時間の有酸素培養が行われました。ゾーン直径はCLSIブレークポイントに基づいて解釈されました。

メチシリン耐性 黄色ブドウ球 菌(MRSA)は、CLSIの推奨に基づきセフォキシチン(30μg)スクリーニングを用いて特定されました。品質管理試験はS . aureus ATCC 25923を用いて実施されました。再現性を確保するために、すべての実験は重複して実施されました。多剤耐性(MDR)、広範薬剤耐性(XDR)、汎薬耐性(PDR)分離株は、抗菌薬耐性プロファイルに基づく国際標準定義に従って分類されました(図1)。

4. メチシリン耐性 黄色球菌 (MRSA)の検出

MRSA検出の表現型法としてセフォキシチン(30μg)ディスク拡散アッセイが用いられました。阻害領域≥22 mm)を持つ分離株はメチシリン感受性 S. aureus (MSSA)に分類され、阻害ゾーン≤21 mm)を持つ分離株はCLSI基準によりMRSAに分類されました(図1)。

5 最小阻害濃度(MIC)試験によるバンコマイシン耐性の判定

バンコマイシンの最小阻害濃度(MIC)はCLSIガイドライン¹¹に従い、ブロス微量希釈法で決定されました。バンコマイシンの連続2倍希釈(4–512 μg/mL)をミューラー・ヒントンブロスで調製しました。細菌懸濁液は0.5マクファーランド基準に調整され、約1×10⁵ CFU/mLに希釈されました。

37°Cで24時間潜伏した後、MICは目に見える細菌増殖が観察されない最低濃度と定義されました。バンコマイシン感受性はCLSI基準に基づき次のように解釈されました:感受性(≤2 μg/mL)、中間(4–8 μg/mL)、耐性(≥16 μg/mL)^11,12(図1)。

6. 分子検出

6.1 DNA抽出

黄色ブドウ球菌の分離株は、37°Cの脳心臓注入(BHI)ブロスに24時間培養されました。 細菌ゲノムDNAは市販キットと自動核酸抽出システムを用いて抽出されました。抽出されたDNAは使用まで−20°Cで保存されていました。DNA濃度は蛍光計を用いて測定し、PCR増幅の適合性を評価しました。平均DNA濃度は85±8.2 ng/μLでした。

CAN遺伝子、HLG、クラスDのβ Dラクタマーゼ(bla_OXAグループI)を標的としたプライマーが市販され、表1 13,14,15,16に記載されているようにPCR増幅に使用されました。

表1:本研究で調査された標的遺伝子のPCR増幅に用いられるプライマー配列。 表は、糖尿病性足感染症から回収された黄色ブドウ球菌分離株における核、mecA、hlg、can、blaの_OXA群I遺伝子のPCR増幅に用いられる標的遺伝子、プライマー配列、期待アンプリコンサイズ、アニーリング温度、アニーリング温度、参照文献をまとめたものです。この表をダウンロードするには、こちらをクリックしてください。

6.2 PCRによる病原性およびクラスD β-ラクタマーゼ(bla_OXA群I)遺伝子の分子検出

本研究で使用されたプライマー配列は 表1に記載されています。 mecA、 nuc、病原性関連遺伝子、クラスD βラクタマーゼ(bla_OXA群I)遺伝子のPCR増幅は、12.5 μL GoTaq Green Master Mix(2×)、0.5 μL MgCl₂、3 μL ゲノムDNAテンプレート、順方向および逆プライマー各1 μL(10 pmol/μL)、および7 μLのヌクレアーゼフリー水を含む25 μL反応混合物で実施されました。

熱サイクル条件は、95°Cで5分間の初期変性ステップ、その後30〜35回の増幅サイクルで構成され、95°Cでの変性30s–1分、50–62°Cで30s–1分のアニーリング(プライマーセットによります)、72°Cでの30s–1分の拡張が含まれます。最終延長は72°Cで7〜19分間行われました。

増幅PCR産物は、Safe Redで染色された1.5%–2%アガロースゲル上で分離され、ゲル記録システムを用いて紫外線照射下で可視化されました。増幅の妥当性を確認するために、各PCRランに陰性対照が含まれました。

7. 全ゲノムシーケンス(WGS)

全ゲノムシーケンス(WGS)は、糖尿病性足感染症患者から採取された骨組織標本から採取した2つの代表的な臨床用 黄色ブドウ球 菌分離株に対して実施されました。選定された分離株には、多剤耐性(MDR)1株と、表現型抗微生物感受性検査およびMICで確定された耐性プロファイルを用いて特定された多剤耐性(XDR)アイソレート1株が含まれていました。この戦略により、臨床的に関連する耐性分離株の代表的なゲノム特性解析が可能となりました(図1)。

シーケンス前にゲノムDNAの質、濃度、完全性が評価され、ライブラリーの調製および下流のバイオインフォマティクス解析の適合性が確認されました。DNAは蛍光計を用いて定量され、150Vの1%アガロースゲル電気泳動で40分間の完全性が検証されました。長さ約200〜400塩基のDNA断片は磁気ビード精製でサイズ選択を行い、その後エンド修復、3′アデニル化、アダプターライゲーションが行われました。

スプリントオリゴヌクレオチドを用いたアダプターライゲッド断片の増幅、精製、円形化により、単鎖円状DNA分子が生成されました。その後、ローリングサークル増幅によってDNAナノボール(DNB)が生成されました。シーケンスはDNBSEQプラットフォーム上で、組み合わせプローブ・アンカー合成(cPAS)化学を用いて行われました。

生のシーケンスリードは品質管理手順を経て、低品質リード、アダプターの汚染、曖昧な読み取り、重複配列を除去しました。クリーンリードは下流解析に用いられました。ゲノムアセンブリを用いてゲノムサイズ、GC含有量、シーケンスカバレッジの深さを推定しました。最終稿ゲノムアセンブリはFASTA、GenBank、NCBIの提出形式で生成されました。

ゲノム注釈により、コード配列(CDS)、トランスファーRNA(tRNA)、リボソームRNA(rRNA)、および小RNA(sRNA)遺伝子が同定されました。予測遺伝子の機能的注釈は、Swiss-Prot、COG、KEGG、CAZy、VFDB、ARDB、CARDなど複数のデータベースを用いて、病原性および抗菌薬耐性関連遺伝子に対して実施されました。

8. バイオインフォマティクス解析

ゲノムアセンブリと注釈は、細菌・ウイルスバイオインフォマティクスリソースセンター(BV-BRC)を用いて行われました。系統解析はPATRICツールを用いて実施されました。コード配列、GC含有量、GC歪み、抗菌薬耐性決定因子、病原性関連遺伝子、移動性遺伝子要素を示すために円形ゲノム可視化マップが作成されました。

系統関係は、Mash/MinHash解析を用いて最も近い参照ゲノムから特定したPATRICグローバルタンパク質ファミリー(PGFams)を用いて決定されました。MUSCLEを用いてタンパク質アラインメントを作成し、対応するヌクレオチドアラインメントをタンパク質ファミリーにマッピングしました。系統樹はRAxMLを用いて高速ブートストラップ解析を用いて構築されました(図1)。

ゲノム連合は、種の確認および抗菌薬耐性遺伝子の検出のためにPathogenwatchを用いて解析されました。病原性関連遺伝子はABRicateを用いて解析されました。PATRICゲノム注釈サービスはk-merベースの手法を用いて抗菌耐性遺伝子を特定し、機能的注釈、抗菌クラス、耐性メカニズムを割り当てました。^前述の通り、代表的なMDRおよびメチシリン耐性S. aureus分離株の円形ゲノム可視化が生成されました。補足表1は、ゲノム解析で使用されるすべてのバイオインフォマティクスツール、ソフトウェアバージョン、データベース、分析パラメータをまとめています。

結果

標本処理と培養陽性

本研究では合計125点の臨床検体が収集・分析されました。細菌増殖は125サンプル中90件(72%)で観察されました。これらの培養陽性標本はその後、細菌の同定および抗菌感受性検査のために処理されました。頻度や割合を含む記述的統計を用いて、すべての臨床検体および培養陽性サンプルにおける細菌分離株の分布を要約しました。この段階では推論統計解析は行われませんでした。

細菌属の分布

90件の培養陽性サンプルのうち、90件中45件(50%)が黄色 ブドウ球菌と特定され、次いで大 腸桿菌 (23件/90件、25.55%)、凝固酵素陰性ブドウ球菌(10件/90件、11.11%)、 シュードモナス 属(7/90、7.78%)、 アシネトバクター・バウマンニ( 5/9...

ディスカッション

多剤耐性(MDR)微生物による糖尿病性足感染症(DFI)は世界的に増加しており、血糖コントロールの不十分さと足の衛生不備が罹患率と死亡率の増加に寄与しています(18,19,20,21)。DFIはしばしば多米生物学的ですが、黄色ブドウ球菌はこれらの感染症から分離される主要な病原体の一つであり、医療および地域社会関連の環境でメチシリン耐性S. aureus(MRSA)の有病率が増加しています(22,23,24,25)。本研究では、3...

材料

この記事で使用された材料の一覧

名前	会社	カタログ番号	コメント
ソフトウェアを削減する	GitHub(T. Seemann)	オープンソース	病原性遺伝子検出
アガロース	インビトロジェン、アメリカ合衆国	16500-500	ゲル電気泳動
アジェンコートAMPure XPキット	ベックマン・カウルター	A63881	DNA精製とサイズ選択
アミカシン(30 & マイクロ;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0107B	AST
抗生物質のディスク(アンピシリン20および微量;g)	オキソイド、イギリス	CT0003B	抗菌感受性検査
ブラッドアガーベース	オキソイド、イギリス	CM0055	グラム陽性菌およびグラム陰性菌の単離
ブレインハートインフュージョン(BHI)ブロス	オキソイド、イギリス	CM1135	分離株の培養と貯蔵
セフォキシチン(30 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0119B	MRSA検出
セフロキシム(30 & マイクロ;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0026B	AST
シプロフロキサシン(5 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0425B	AST
クリンダマイシン(2 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0064B	AST
DNBSEQプラットフォーム	BGI、中国	様々な	全ゲノムシーケンス
エリスロマイシン(15 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0020B	AST
FastQC	<ストロング>サイモン・アンドリュース、バブラハム研究所(バブラハム・バイオインフォマティクス)	NA	キューイングシステム
Gelドキュメントシステム	バイオ・ラッド、アメリカ	ジェルドク&トレード;XR+	電気泳動ゲルのイメージング
ゲンタミシン(10およびマイクロ;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0024B	AST
グリセロール(分子グレード)	シグマ・オルドリッチ	G5516	長期分離保存のために20%で使用
GoTaq グリーン・マスターミックス(2回&1回)	プロメガ、アメリカ	M7122	PCR増幅ミックス
レボフロキサシン(5 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT1587B	AST
リネゾリド(30 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT1716B	AST
マッコンキー・アガー	オキソイド、イギリス	CM0007	グラム陰性菌の選択培地
マンニトール塩天隆(MSA)	オキソイド、イギリス	CM0085	ブドウ球菌属の選択的・差別培地。
メロペンネム(10 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0774B	AST
MgCl2 ソリューション	プロメガ、アメリカ	様々な	PCR反応成分
ミューラー・ヒントン・アガー	オキソイド、イギリス	CM0337	カービー&ナッシュで使用;バウアーディスク拡散試験
筋肉アライメントツール	オープンソース	様々な	タンパク質配列のアラインメント
ヌクレアーゼフリー水	プロメガ、アメリカ	P1193	PCR反応成分
栄養天質	オキソイド、イギリス	CM0003	汎用成長培地
オキサシリン(1および微量;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0159B	AST
パトジェンウォッチ	ウェルカム・サンガー研究所	オンラインツール	種の識別とAMR遺伝子検出
パトリック / BV-BRC	細菌バイオインフォマティクスリソースセンター	オンラインプラットフォーム	ゲノム組み立てと注釈
ピペラシリン/タゾバクタム(100/10 & 微量;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT1628B	AST
Prokseeゲノム可視化ツール	トロント大学	オンラインツール	ゲノムマップの可視化
クアンタス・フルオロメーター	プロメガ、アメリカ	E6150	DNA定量
量子ビット蛍光計	サーモフィッシャー・サイエンティフィック	Q33238	WGSのためのDNA定量
RAxMLソフトウェア	オープンソース	様々な	系統解析
S. aureus ATCC 25923	ATCC、アメリカ	25923	ASTの品質管理ストレイン
安全な赤いステイン	iNtRON バイオテクノロジー	様々な	DNAジェル染色
SaMag 細菌DNA抽出キット	サカーチェ・バイオテクノロジーズ、イタリア	様々な	ゲノムDNA抽出
SaMag-12自動抽出システム	サカーチェ・バイオテクノロジーズ、イタリア	SMG-12	自動核酸抽出器
滅菌綿棒	さまざまなメーカー	様々な	深部綿棒技術のサンプル採取に使用
無菌生理食塩水	さまざまなメーカー	様々な	潰瘍表面を洗浄する際にサンプリング前に使用
滅菌メスブレード	さまざまなメーカー	様々な	潰瘍の洗脳術によるサンプリング前の使用に使用
ティゲサイクリン(15およびマイクロ;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT1849B	AST
トリメトプリム-スルファメトキサゾール(25およびマイクロ;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0052B	AST
UVトランスイルミネーター	さまざまなメーカー	様々な	PCR産物の可視化
バンコマイシン(30 & micro;g) ディスク	オキソイド、イギリス	CT0588B	AST
VITEK 2 コンパクト	バイオメアキュート;リュー、フランス	様々な	自動識別システム
VITEK 2 GN IDカード	バイオメアキュート;リュー、フランス	様々な	グラム陰性菌の同定