本論文では、老化ヒト線維芽細胞へヌクレオシド修飾ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)mRNA(hTERT mRNA)を効率的に導入するための最適化されたリバース・トランスフェクションプロトコルを提示します。培養表面にhTERT mRNA-脂質複合体をあらかじめコーティングすることで取り込みが促進され、テロメラーゼの活性化、テロメアの伸長、および部分的な若返りが可能になります。培養細胞は、最終的には不死化することなく、再び老化またはクライシスに陥ります。
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方法論記事
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本論文では、老化ヒト線維芽細胞へヌクレオシド修飾ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)mRNA(hTERT mRNA)を効率的に導入するための最適化されたリバース・トランスフェクションプロトコルを提示します。培養表面にhTERT mRNA-脂質複合体をあらかじめコーティングすることで取り込みが促進され、テロメラーゼの活性化、テロメアの伸長、および部分的な若返りが可能になります。培養細胞は、最終的には不死化することなく、再び老化またはクライシスに陥ります。
細胞老化は、膜流動性の低下、エンドソーム輸送の障害、エンドサイトーシス能の減弱、そして細胞外RNase活性の上昇など、細胞生理に深刻な変化をもたらし、これらすべてが効率的なmRNA送達を妨げます。これらの障壁により、老化細胞におけるRNAベースの手法の適用、特に大きな治療用転写物の導入が制限されてきました。本プロトコルでは、老化ヒト線維芽細胞に修飾メッセンジャーRNA(mRNA)を効率的に導入するための、最適化されたリバース・トランスフェクション法について解説します。モデル転写物としてヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)mRNAを使用していますが、このワークフローは他のmRNAにも幅広く適用可能です。RNA-脂質複合体を細胞接着後に培地へ添加する従来のトランスフェクション法とは異なり、リバース・トランスフェクションでは細胞播種前に複合体を培養表面に配置するため、接着する細胞とトランスフェクション複合体が直接相互作用することが可能になります。トランスフェクション効率を最大化するために、本プロトコルでは、シュードウリジンおよび5-メチルシチジンを含むヌクレオシド修飾mRNA、伸長させたpoly(A)テール、最適化した複合体形成タイミング、RNase抑制、クロロキンによるエンドソームpHの一時的な上昇、細胞播種密度の向上、およびインキュベーション期間の延長を取り入れています。この手法を用いて、5 kbのhTERT mRNA転写物を導入したところ、老化線維芽細胞において約50%–80%のトランスフェクション効率を達成しました。テロメラーゼ活性のピークはトランスフェクション後24–48 hに検出されました。1回のトランスフェクションサイクルで測定可能なテロメア伸長が認められ、3回連続のトランスフェクションでは、大幅ながらも限定的なテロメア伸長がもたらされました。老化関連β-ガラクトシダーゼ活性の低下、p16およびp21発現の減少、細胞形態の回復、および複製寿命の延長を含む、老化関連表現型の部分的な回復が72–96 h以内に検出されました。導入されたhTERT mRNAは72–96 h以内に分解され、不死化は観察されませんでした。本プロトコルは、老化細胞への一過的なmRNA導入のための実用的なアプローチを提供し、幅広い細胞型や種に適応可能です。
リバーストランスフェクション法は、老化細胞が標準的なトランスフェクション法において示す根本的な障壁を克服するための、重要な手法上の適応である。細胞をあらかじめ播種して接着させた後にトランスフェクション複合体を添加するフォワードトランスフェクションとは異なり、リバーストランスフェクションでは、あらかじめ形成したhTERT mRNA-脂質複合体の上に、懸濁状態の細胞を直接添加する。この手法は、膜のリモデリングが最も活発に行われる重要な接着相において、トランスフェクション複合体への曝露を最大化させることで、老化細胞におけるトランスフェクション効率を劇的に向上させる。
本プロトコルの核心となる概念的な転換は、老化細胞を単に形質導入しにくい若年細胞としてではなく、明確に異なるデリバリー上の課題として扱うことです。老化においては、リン脂質、スフィンゴ脂質、コレステロールを含む膜脂質組成の全体的な変化が、膜の流動性、曲率、およびタンパク質-脂質相互作用を変化させると同時に、老化関連分泌表現型(SASP)に寄与します1,2,3。また、老化細胞では、amphiphysin-1のダウンレギュレーションやcaveolin発現の代償的な変化が部分的に原因となり、クラスリンおよびカベオラ介在性の受容体エンドサイトーシスが減少し、エンドサイトーシスの経路が変化します。これにより、受容体介在性の取り込みとシグナル伝達が抑制されます4,5,6。並行して、Rab7によって制御される後期エンドソーム-リソソーム軸およびより広範なエンドソーム-オートファジー-リソソーム(EAL)ネットワークが機能不全に陥ります。Rab7はエンドリソソームの成熟とオートファゴソーム-リソソーム融合のマスターコントローラーとして機能していますが、これらは加齢や神経変性において摂動を受けます7。
老化細胞は一般的に、TFEB/TFE3駆動型のリソソームバイオジェネシスやシャペロン介在性オートファジーを含む、リソソーム処理・適応システム(LYPAS)の複数の構成要素をアップレギュレートし、それによってリソソーム量を増加させます。しかし、個々のリソソームでは、しばしば内腔pHの上昇、膜損傷、およびタンパク質分解能の変化が見られ、リソソーム量が増加しているにもかかわらず、リソソーム機能不全に寄与しています8,9,10,11。総じて、これらの変化により、取り込まれた物質が分解性のエンドリソソームコンパートメントにより効率的に送られるようになり、輸送されたRNAやタンパク質が生産的な細胞質への放出前に分解される可能性が高まります9,10,11。リバース・トランスフェクションは、接着中の膜のリモデリングが行われる極めて早い段階を直接標的とすることで、細胞とmRNA-脂質複合体との間の持続的で高親和性の接触を強制し、完全に接着した老化細胞における定常状態のエンドサイトーシスの不全を少なくとも部分的に回避します4,5,6,12。
RNA設計の面では、老化という文脈において、単純なキャップ+テールという基準だけでは不十分であると本プロトコルでは想定しています。翻訳をエンドソームのToll様受容体による感知およびI型インターフェロンの誘導から切り離すために、完全なヌクレオシド修飾(例えば、シュードウリジンまたはN1‑メチルシュードウリジンに5‑メチルシチジンを加えたもの)が不可欠な条件として扱われます。基礎的な研究により、修飾ヌクレオシドをRNAに組み込むことでTLR3、TLR7、およびTLR8の活性化が抑制され、樹状細胞のサイトカイン産生が著しく減少することが示されており、これが現在のヌクレオシド修飾mRNAプラットフォームにおける先天性免疫原性の低減というメカニズムの根拠となっています13。mRNA–LNPワクチンおよびmRNA医薬品に関するより最近のレビューでは、先天性免疫の活性化を最小限に抑えつつ、in vivoでの安定性と翻訳を向上させるため、5′キャップ、UTR、コーディング配列、およびポリ(A)テールの協調的なエンジニアリングが強調されています14。特に、ポリ(A)テールの長さと構造は、in vitro転写されたmRNAの安定性と翻訳出力の重要な決定要因であることが明らかになっており、治療用mRNAにおける延長またはエンジニアリングされたポリ(A)設計を促進する要因となっています15。
これに加え、本プロトコルでは、複合体形成および取り込み時における細胞外およびエンドソーム内RNaseからの保護を明示的に組み込んでおり、さらにクロロキン16,17のような一過性のリソゾーム親和性薬剤を用いて、定義されたエンドソーム脱出ウィンドウを設けています。クロロキンは、エンドソームバリアの機能的プローブとして長年使用されており、エンドソーム膜の破壊と核酸カーゴの細胞質への脱出を促進することで、siRNAやアンチセンスオリゴヌクレオチドによる標的結合能およびサイレンシング効率を著しく向上させることができます18。同時に、LNPで送達したmRNAのライブセルイメージングおよび超解像イメージングにより、有効な送達は初期/リサイクルエンドソームからの稀な脱出イベントで厳しく制限されており、初期の取り込み自体よりもそこがボトルネックとなっていることが示されており、mRNA治療薬において意図的にエンドソーム脱出ステップを設計することの重要性が強調されています19。
総括すると、膜ダイナミクス、エンドサイトーシス輸送、リソソーム処理、および自然免疫活性化におけるこれらの細胞老化に伴う変化は、効率的なmRNA導入に対する大きな障壁となります。本稿で述べるリバース・トランスフェクション戦略は、最適化されたmRNAエンジニアリング、RNase保護、エンドソーム脱出の強化、および接着細胞をあらかじめ形成したmRNA-脂質複合体に直接曝露させる手法を組み合わせることで、これらの制限を解消するために開発されました。モデル貨物としてhTERT mRNAを使用していますが、このワークフローは、老化細胞や導入困難な細胞集団への他の大きな治療用mRNA転写物の導入に幅広く適用可能です20,21,22。
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1. hTERT mRNAのin vitro転写
2. リバース・トランスフェクション
3. 細胞毒性の軽減
4. トランスフェクション後の解析
5. 反復投与プロトコール(任意)
6. フォワードトランスフェクションプロトコル(2 µg/mL、6ウェルフォーマット)
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d2EGFP-T2A-hTERT modRNAは、不安定化させたEGFP(d2EGFP)レポーターを自己切断性T2Aペプチドを介してヒトTERTに連結させたハイブリッドオープンリーディングフレームとして設計されました。すべてのコンストラクトの完全なヌクレオチドおよびタンパク質配列は、Supplementary File 1に記載されています。翻訳効率とmRNAの安定性を高めるため、コーディング配列の両端には合成5′非翻訳領域(UTR)およびヒトβ-globinの3′ UTRを配置しました(Figure 1A)。また、この発現カセットには、T7ポリメラーゼのプロセッシビティを向上させ、早期転写終結を抑制するために設計された合成酵素安定化配列(Es)および合成転写エンハンサー配列(TEs)が含まれています。T7プロモーターの下流にクローニングした後、アンチリバースキャップアナログ(ARCA)および修飾ヌクレオチド(m5CTPおよびΨUTP)を用いてin vitro転写を行い、続いて酵素的なポリ(A)テイル付加(約120–200 n...
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本研究では、細胞老化を増殖生理学の軽微な変異ではなく、明確に異なるデリバリーの問題として再定義し、老化状態の生物物理学的および免疫学的制約に合わせたテロメラーゼmRNAトランスフェクション戦略を開発しました。老化細胞は、剛直化しコレステロールが蓄積した細胞膜とエンドサイトーシス活性の低下を示し、これが核酸の効率的なデリバリーに対する大きな障壁となっています。本プロトコルでは、リバーストランスフェクション法を採用することで、老化細胞が膜のリモデリングを起こし膜の可塑性が高まる一時的な接着期間を利用し、細胞と複合体の接触を吸収能力が高まる時期に同期させます3,4。代表的な結果は、この戦略が従来のフォワードトランスフェクションと比較してhTERT modRNAのデリバリーと発現を向上させ、より大きなテロメア伸長と、より顕著な若返り関連表現型をもたらすことを示しています。
この手法の核心的な特徴は、老化細胞における3つの主要な障壁、すなわち自然免疫シグナルの亢進、RNA分解...
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J.M.S.はTransposon Therapeuticsの共同創設者およびSAB委員長です。
本研究は、米国国立衛生研究所(NIH)の助成金 P01 AG051449、R01 AG016694、および R01 AG078925(JSへの配分)による支援を受けました。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| Ham's F-10 Nutrient Mix | Thermo Fisher | 11550043 | 細胞培養培地。 |
| 3´-O-Me-m7G(5')ppp(5')G RNAキャップ構造アナログ | New England Biolab | S1411L | 多くのRNAにおいて、キャップ構造は安定性を向上させ、エキソヌクレアーゼによる分解感受性を低下させ、mRNA開始複合体の形成を促進する。 |
| 5-メチルシチジン-5´-三リン酸 (5-Methyl-CTP) | New England Biolab | N0432S | 修飾NTPは、一般的にインビトロ転写RNAの免疫原性を低減するために使用される。 |
| 6ウェルプレート | Corning | 351146 | 独立した実験条件下で、中量から大量の接着細胞または浮遊細胞を培養および処理するため。 |
| Anti-Ki67抗体 (SP6) | abcam | ab16667 | Ki67は主に増殖細胞で発現する。 |
| 細胞老化アッセイキット (SA-beta-gal染色) | cellbiolabs | CBA-230 | SA-β-gal染色アッセイによる老化細胞の同定 |
| DNA LoBind 0.5mlチューブ | Eppendorf | 022431005 | DNAやRNAを損失なく効率的に回収するため |
| DNA LoBind 1.5mlチューブ | Eppendorf | 22431021 | DNAやRNAを損失なく効率的に回収するため |
| DNase I, RNaseフリー (1 U/μL) | Thermo Fisher | EN0521 | RNaseフリーのDNase Iは、一本鎖および二本鎖DNAを消化するエンドヌクレアーゼである。 |
| E. coli Poly(A) ポリメラーゼ | New England Biolab | M0276S | Escherichia coliにおいて、Poly(A) ポリメラーゼ I (PAP I) は主に、RNA分子の3'末端へのアデノシン一リン酸 (AMP) 残基の鋳型非依存的な付加を触媒する機能を持つ。 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | A5256701 | 細胞培養用血清サプリメント |
| HiScribe T7 ARCA mRNAキット | New England Biolab | E2065S | HiScribe T7 ARCA mRNAキット (テーリング付き) は、ARCAキャップおよびpoly(A)テールを持つmRNAをインビトロで迅速に製造するために設計されている。キャップ付きmRNAは、T7 RNAポリメラーゼを用いてアンチリバースキャップアナログ (ARCA) を共転写的に組み込むことで合成される。 |
| HiScribe T7 mRNAキット (CleanCap Reagent AG含有) | New England Biolab | E2080S | CleanCap Reagent AG含有HiScribe T7 mRNAキットにより、1つまたは複数の転写物を迅速かつ合理的に製造でき、典型的な収量は1反応あたり ≥90 μgとなる。 |
| LongAmp Hot Start Taq DNAポリメラーゼ | New England Biolab | M0534S | LongAmp Hot Start Taq DNAポリメラーゼは、長いアンプリコンにおいて優れた性能を発揮する。 |
| M-MuLV 逆転写酵素 | New England Biolab | M0253L | M-MuLV 逆転写酵素は、RNA (cDNA合成) または一本鎖DNAを鋳型として、プライマーから開始して相補的なDNA鎖を合成する。 |
| Monarch Spin RNAクリーンアップキット (50 μg) | New England Biolab | T2040L | Monarch® Spin RNAクリーンアップキット (50 μg) の主な機能は、酵素反応や抽出混合物から最大50 μgの高純度RNAを精製および濃縮することである。 |
| NEBuilder HiFi DNAアセンブリマスターミックス | New England Biolab | E2621L | NEBuilder HiFi DNAアセンブリマスターミックスにより、断片の長さや末端の適合性に関わらず、複数のDNA断片をシームレスにアセンブリできる。その使いやすさ、柔軟性、およびシンプルなマスターミックス形式により、合成生物学分野だけでなく、複数断片のワンステップクローニングにも利用される。 |
| Opti-MEM 低血清培地 | Thermo Fisher | 31985070 | 脂質ペイロード複合体形成時の細胞トランスフェクション効率を最大化するため。標準的な血清補充の必要性を減らしつつ、哺乳類細胞の高い生存性を維持する、最適化され化学的に定義された環境として機能する。 |
| PBS, pH 7.4 | Thermo Fisher | 10010023 | pH 7.4のリン酸緩衝生理食塩水 (PBS) の主な機能的用途は、哺乳類細胞および生物学的分子に対して安定したpHと浸透圧バランスを維持することである。 |
| PCRストリップチューブ | Thermo Fisher | AB0776 | PCRストリップチューブ (通常8連または12連形式) の主な機能的用途は、ハイスループットのサーマルサイクリング中に小容量の液体反応を保持することである。 |
| ポリL-リジン臭化水素酸塩 | Millipore Sigma | P4707-50ML | 細胞接着のためのポリL-リジン (PLL) 臭化水素酸塩の主な機能的用途は、ガラスやプラスチックなどの負に帯電した固体表面をコーティングし、高接着性の正に帯電した基板を作成することである。 |
| シュードウリジン-5´-三リン酸 (Pseudo-UTP- ΨUTP) | New England Biolab | N0433S | シュードウリジン-5´-三リン酸 (Pseudo-UTP) は、一般的にインビトロ転写RNAの免疫原性を低減するために使用される。 |
| リボヌクレオチド溶液セット | New England Biolab | N0450L | ATP, GTP, CTPおよびUTPの4つの独立した溶液 |
| ROCK阻害剤 Y-27632 (二塩酸塩) | Stem cell technologies | 72302 | Y-27632は、細胞透過性があり、Rho関連コイルドコイル含有プロテインキナーゼ (ROCK) に対して極めて強力かつ選択的な阻害剤である。Y-27632は、触媒部位への結合においてATPと競合することで、ROCK1 (Ki = 220 nM) と ROCK2 (Ki = 300 nM) の両方を阻害する |
| RT-PCRグレード水 | Thermo Fisher | AM9935 | RT-PCRグレード水 (多くの場合、ヌクレアーゼフリーウォーターと表記される) の主な機能的用途は、わずかな汚染でもサンプルを分解させたり増幅を阻害したりするような、感度の高い酵素アッセイ用の超純溶媒として機能することである。 |
| SUPERase·In RNase阻害剤 | Thermo Fisher | AM2694 | SUPERase In RNase阻害剤は、非ヒト由来のタンパク質ベースの阻害剤であり、RNase A, B, C, 1, および T1を含む、最も一般的で厄介なRNaseに非共有的に結合し、それらを阻害する。 |
| SYBR Green I 核酸ゲル染色剤 | Thermo Fisher | S7563 | SYBR™ Green I 核酸ゲル染色剤の主な機能的用途は、アガロースまたはポリアクリルアミドゲル中の二本鎖DNA (dsDNA) を可視化および定量することである。 |
| TransIT-mRNAトランスフェクションキット | Mirusbio/ Millipore Sigma | MIR 2250 | 大きなRNAのための高効率かつ低毒性のトランスフェクション試薬 |
| TRAPeze テロメラーゼ検出キット | Millipore Sigma | S7700 | TRAP (Telomeric Repeat Amplification Protocol) アッセイは、哺乳類細胞および組織サンプル中のテロメラーゼ活性を検出および測定するために広く使用されている高感度なPCRベースの手法である。これには、テロメラーゼによるテロメア反復配列の伸長、PCRを用いたこれらの産物の増幅、およびその後の検出という3つの主要なステップが含まれる。 |
| Trypsin-EDTA (0.05%), フェノールレッド | Thermo Fisher | 25300054 | 定期的な細胞継代 (サブカルチャー) および回収時に、接着性哺乳類細胞を培養容器から剥離させるため。 |
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