本研究では、統合的なバイオインフォマティクス解析および血清による検証を通じて、ヒトwings apart-like (hWAPL) タンパク質を子宮頸がんの血清診断バイオマーカーとして評価し、血清hWAPLと扁平上皮癌抗原を組み合わせることで診断能が向上することを実証します。
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研究記事
本研究では、統合的なバイオインフォマティクス解析および血清による検証を通じて、ヒトwings apart-like (hWAPL) タンパク質を子宮頸がんの血清診断バイオマーカーとして評価し、血清hWAPLと扁平上皮癌抗原を組み合わせることで診断能が向上することを実証します。
子宮頸がんは世界的に女性の健康に対する大きな脅威であり続けており、早期発見や治療層別化のための信頼性の高い血清バイオマーカーは依然として限られています。ヒトwings-apart-like (hWAPL) タンパク質は子宮頸がんの癌化に関与していると考えられていますが、その診断的および臨床的価値は十分に解明されていません。この課題を解決するため、本研究ではThe Cancer Genome Atlas、GEPIA2、Human Protein Atlas、および単一細胞トランスクリプトームデータを含む公開マルチオミクスデータセットを統合し、hWAPLの発現、臨床病理学的関連性、免疫浸潤、共発現ネットワーク、翻訳後修飾、および薬剤感受性予測を特性評価しました。これらの知見を、組織学的に確認された子宮頸扁平上皮癌患者89名と健康な女性対照群89名からなる独立した単一センターの血清コホートで評価しました。血清hWAPLおよび扁平上皮癌抗原 (SCC) レベルを測定し、受信者動作特性（ROC）曲線分析により診断能を評価しました。In silicoにおいて、hWAPLは多くのがん、特に子宮頸がんで広範にアップレギュレートされており、悪性上皮細胞および単球/マクロファージに濃縮され、無増悪期間の短縮と関連し、シスプラチン、パクリタキセル、5-フルオロウラシルへの感受性の低下、およびMCL-1およびWee1阻害剤への感受性が予測されました。血清コホートでは、hWAPLレベルは対照群よりも患者群で有意に高く、曲線下面積 (AUC) 0.961で子宮頸がんを識別し、SCC単独での性能を上回りました。hWAPLとSCCを組み合わせることで、診断能はさらに向上しました（AUC 0.974、感度 93.3%、特異度 95.5%）。これらの結果は、血清hWAPLが子宮頸扁平上皮癌の潜在的な新規診断バイオマーカーであり、その性能はSCCによって強化されることを示唆しています。一方で、化学療法耐性および免疫微小環境のリモデリングとの関連については、仮説を提示するものであり、実験的な確認が必要です。
子宮頸がんは、世界的に女性において4番目に多い悪性腫瘍であり、がんに関連する死亡原因の第4位となっており、2022年には約660,000件の新規診断と350,000件の死亡が記録されています1。この疾患負荷は、系統的なスクリーニングプログラムが依然として不十分な低・中所得国に不釣り合いに大きな影響を及ぼしています2。HPVワクチン接種とパップテストによるスクリーニングは、多くの高所得国において罹患率の低下に成功していますが、現在の診断アプローチには顕著な限界があります。HPV DNA検査は特異性が不十分であり、細胞学的解釈は本質的に主観的でばらつきがあります。これらの欠点は、既存の診断枠組みを強化するための、革新的で客観的かつ低侵襲な血清バイオマーカーが切実に必要であることを強調しています。
扁平上皮細胞癌抗原（SCC-Ag）は、全子宮頸がん症例の約85–90%を占める組織学的亜型である子宮頸部扁平上皮癌における主要な血清学的バイオマーカーとして機能します3。系統的レビューおよびメタ解析では、扁平上皮癌における治療前のSCC-Ag値の上昇が、全生存期間および無増悪生存期間の著しい悪化と関連していることが示されています4。再発モニタリングにおいて、SCC-Agは扁平上皮癌に対して78.9%の感度と91.2%の特異度を示します4。しかしながら、扁平上皮性子宮頸癌と診断された個人の28–88%でしか値の上昇が見られないため、早期発見におけるSCC-Agの有用性は限定的です5。さらに、多くの早期腫瘍ではSCC-Ag濃度の上昇が見られず、またこのバイオマーカーは非扁平上皮性の組織学的変異体には適用されません3。したがって、特に早期の子宮頸がんに対して診断感度を向上させた新しい血清バイオマーカーを発見することは、重要かつ未解決の臨床的優先事項となっています。
SCC-Ag以外にも、癌胎児性抗原、癌抗原CA-125、サイトケラチン19フラグメント（CYFRA 21-1）、そして最近では循環腫瘍DNAやHPVセルフリーDNAなど、いくつかの循環マーカーが子宮頸癌において評価されてきました。しかし実際には、これらのマーカーは早期病変に対する感度が低いこと、子宮頸癌に多く見られる扁平上皮組織への特異性が低いこと、あるいはまだ広く普及していない特殊な分子プラットフォームを必要とすることなどが制約となっています。このような状況から、子宮頸癌の癌化とメカニズム的に関連しており、かつ日常的な免疫測定法で測定可能なタンパク質マーカーへの大きな期待が寄せられています。
ヒトwings apart-like (hWAPL) 遺伝子は、WAPLとも呼ばれ、有糸分裂における姉妹染色分体の適切な分離に不可欠なコヒーシン放出因子をコードしている6。Oikawaらによって初めて同定された hWAPL は、HPVオンコプロテインであるE6およびE7によって発現が誘導される新規のヒト遺伝子として特性解析された。本遺伝子は子宮頸癌において強い発現を示す一方、他の正常組織および腫瘍組織では最小限の発現しか観察されない7。さらなる研究により、hWAPL mRNAレベルは良性の頸部上皮と比較して子宮頸癌で著しく上昇しており、その発現は子宮頸管上皮内腫瘍（CIN）のグレードに相関して増加することが明らかになった8,9。メカニズム的な観点からは、WAPL の調節不全による過剰発現が有糸分裂および細胞質分裂のプロセスを乱し、それによって染色体不安定性を助長し、腫瘍の進行を促進する10。さらに、WAPLは腫瘍形成および細胞周期進行の調節に大きく寄与している。さまざまな子宮頸部上皮サンプルにおいて、WAPLの複数の選択的スプライシング・アイソフォームが同定されており、その分子的多様性が強調されている11。子宮頸癌の発達への関与が確立されていることに加え、子宮頸部病変におけるhWAPLの診断的有用性を示す根拠が増えている。さらに、TATを介した hWAPL のノックダウンは、HPV E6の発現を減少させ、子宮頸癌幹細胞における腫瘍浸潤およびコロニー形成を抑制し、ヌードマウスモデルにおける腫瘍増殖を有意に減衰させた12。これらの知見は、hWAPLが子宮頸癌幹細胞増殖のマーカーとして機能し、潜在的に実行可能な治療標的となることを示唆している12。
これらの結果は有望であるものの、依然としていくつかの重要な疑問が残っています。第一に、血清hWAPLが子宮頸がん患者と健康な個体を区別できる能力や、確立されたバイオマーカーであるSCCに対する単独または併用での性能について、厳格に管理された研究集団での評価が行われていません。第二に、血清hWAPL濃度とHPV感染状況、および臨床病期、組織学的グレード、リンパ節転移などの主要な臨床病理学的特徴との関係はまだ不明確です。第三に、hWAPLとSCCが診断において相補的な価値を提供するかどうかは調査されていません。
hWAPLは組織および細胞レベルで研究されてきたが、このタンパク質が血中において測定可能であるか、あるいは血清ベースの測定によって子宮頸がんを対照群と区別できるかについては、これまで確立されていなかった。本研究は、まさにこの知識の空白を埋めるものである。先行する組織ベースの報告を繰り返すのではなく、それを基盤として、The Cancer Genome Atlasおよびその他の公開リポジトリのデータを用いたhWAPLの統合的なバイオインフォマティクス調査と、子宮頸扁平上皮癌患者89名および健康な女性対照群89名からなる独立した単施設コホートにおける初の血清ベースのタンパク質評価を組み合わせた。主要目的は、血清hWAPL単独、およびSCC-Agとの組み合わせにおいて、子宮頸扁平上皮癌を健康な対照群から区別するための診断能を、受信者動作特性曲線の下面積（AUC）として決定することであった。したがって、主要アウトカム評価項目はAUCとし、最適なYouden指数における感度および特異度を副次的な指標とした。副次的な目的は、血清hWAPLとHPVの状態およびその他の臨床病理学的特徴との関連を明らかにすること、およびバイオインフォマティクス解析を通じてhWAPLの生物学的背景に関するメカニズム的な仮説を構築することであった。
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本研究は陝西省人民病院の施設審査委員会（承認番号：2024-R055）によって承認され、ヘルシンキ宣言の原則に従って実施されました。採血に先立ち、すべての参加者から書面によるインフォームドコンセントを得ました。すべてのヒト血液および血清検体は、臨床検査科の施設ガイドラインに準拠して収集、処理、および保存されました。
すべての静脈血および血清検体は、潜在的に感染性のある生物学的材料として取り扱った。試料処理は、適切な個人用保護具を着用した熟練した担当者により、バイオセーフティーレベル2の研究室で実施した。生物学的材料に接触した使い捨てプラスチック器具、ピペットチップ、および使用済みマイクロプレートは、オートクレーブ処理するか、生物学的危険廃棄物として回収し、地域の規制に従って施設認定の医療廃棄物処理ルートを通じて廃棄した。
研究デザインの概要：
本研究のワークフローは研究デザインの概略図（Supplementary Figure S1）にまとめられており、2つの相補的なアームに分かれています。in silicoアームでは、公開されているトランスクリプトーム、シングルセル、タンパク質、翻訳後修飾、免疫、および薬剤感受性のデータセットを解析し、hWAPLの生物学的コンテキストを特徴づけ、メカニズムに関する仮説を生成しました。実験アームでは、独立した単一センターのコホートにおいて血清hWAPLとSCC-Agを測定し、単独および組み合わせによる診断能を、受信者動作特性（ROC）解析およびロジスティック回帰を用いて評価しました。これら2つのアームは解釈の段階でのみ統合されており、血清アームが唯一の実験的検証を提供しています。
全がんおよび子宮頸部扁平上皮癌の遺伝子発現プロファイリング
The Cancer Genome Atlas (TCGA) のRNAシーケンシングデータは、UCSC Xena Browserを通じて取得した。本研究で使用したすべてのパブリックデータベースおよびウェブツールへのアクセスは2025年9月から10月の間に行われ、具体的なバージョンとアクセス日は材料表に記載している。WAPLの発現レベルは、100万個のマッピングリードあたりの転写物1キロベースあたりのフラグメント数 (FPKM) として定量し、擬似カウント1を加算した上でlog₂変換を行った。これらの変換後の値を用いて、複数のがん種における悪性組織と対応する隣接正常サンプルの比較分析を行った。子宮頸部の悪性腫瘍に関する重点的な調査では、子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌 (CESC) に特異的なWAPL発現データを抽出した。これらの腫瘍サンプルにおける発現プロファイルを可視化し、正常な子宮頸部上皮対照組織の発現レベルと比較した。
WAPL転写産物アイソフォームの解析
GEPIA2データベースを用いて、WAPL転写産物アイソフォームの発現プロファイルを検討した。特定のアイソフォームは、対応するEnsembl転写産物識別子（ENST）によって定義した。発現レベルは、100万個あたりの転写産物数に1を加えた値の底2対数［log₂(TPM+1)］として算出し、バイオリンプロットとしてグラフで示した。
単一細胞RNAシーケンシング解析
scRNA-seqデータセットGSE168652をGene Expression Omnibus (GEO) リポジトリから取得した。データのプリプロセッシング、品質評価、正規化、およびクラスタリングはscCancerExplorerプラットフォームを用いて実施した。200個未満の遺伝子を発現している細胞、および3個未満の細胞で検出された遺伝子を除外した。正規化は、スケーリング係数10,000のLog-Normalize法を用いて行った。
分散安定化変換を用いて最も変動の大きい2,000個の遺伝子を特定し、その後、主成分分析（PCA）に使用しました。次元削減のためのUniform Manifold Approximation and Projection（UMAP）を、上位30個の主成分に基づいて適用しました。グラフベースのクラスタリングは、解像度0.8でLouvainアルゴリズムを用いて実施しました。細胞クラスターは、既知のマーカー遺伝子に基づいてアノテーションを行いました。異なる細胞集団におけるWAPLの発現レベルを測定し、CellCycleScoring法を用いて細胞周期のステージを決定しました。
タンパク質発現および翻訳後修飾解析
CSCCにおけるWAPLの発現および細胞内分布を、Human Protein Atlasデータベースを用いて評価した。翻訳後修飾（PTM）部位はPhosphoSitePlusを用いて特定した。さらに、Xiantao Academicツールを用い、CSCCにおけるWAPL発現レベルと、タンパク質修飾プロセスに関与する遺伝子、具体的にはAKT1、AKT2、KAT2B、EP300、USP7、およびKAT5との潜在的な関連性を調査した13,14,15,16,17.
共発現ネットワークおよび機能濃縮解析
STARアライナーを用いて処理し、transcripts per million (TPM) で正規化したTCGA-CSCCのRNAシーケンシングデータについて、Genomic Data Commons (GDC) ポータルから取得した。 WAPL と共発現している遺伝子を特定するため、ピアソン相関係数の絶対値が0.6より大きく、統計的有意水準が P < 0.05 というスクリーニング閾値を適用した。
WAPLに関連する生物学的機能を調査するため、まず中央値を発現量によるカットオフとして患者を高WAPL発現群と低WAPL発現群に層別化し、差分的発現解析を行った。差分的発現遺伝子はXiantao Academicプラットフォームを用いて特定し、その後、生物学的プロセス、細胞成分、分子機能のカテゴリーを含むGene Ontologyエンリッチメント解析およびKyoto Encyclopedia of Genes and Genomesパスウェイ解析に供した。独立して、STRINGを用いてWAPLが関与するタンパク質相互作用関係を探索し、得られた相互作用ネットワークをCytoscapeで再構築して検討した。
Reactome、WikiPathways、およびKEGGデータベースを用いて遺伝子セット濃縮解析（GSEA）を行い、スクリーニング基準を正規化濃縮スコアの絶対値（|NES|）> 1、および偽発見率（FDR）< 0.25に設定した。
免疫浸潤解析
TIMER 2.0およびxCell計算ツールを用いてTCGA-CESCコホートのトランスクリプトームデータを解析し、24種類の異なる免疫細胞集団の浸潤状態を定量的に評価した。
薬剤感受性予測
薬剤感受性予測は、oncoPredict Rパッケージを用いてGDSC2データベースから導出しました。86種類の化学療法化合物のパネルに対して、半数最大抑制濃度（IC50）を算出しました。
生存率および診断能解析
Xiantao解析プラットフォームを用いて全生存期間（OS）および無増悪生存期間（PFI）曲線を作成し、患者コホートをWAPL発現量の中央値で2群に分けた。各変数の予後的な意義は、単変量および多変量Cox比例ハザード回帰モデルを用いて評価した。CSCCを隣接する正常組織と識別するWAPLおよびSCC（SERPINB3）の診断能を評価するため、The Cancer Genome Atlasから得られたtranscripts per million（TPM）で表記されたトランスクリプトームデータに対し、受信者動作特性（ROC）曲線解析を適用した。
血清サンプルの採取およびELISA
本研究は、陝西省人民病院の施設審査委員会（承認番号：2024-R055）の承認を受け、ヘルシンキ宣言に準拠して実施されました。組織病理学的にCSCCと診断された患者から得られた計89検体の血清標本と、年齢をマッチさせた健康な女性対照群89名の血清標本を収集しました。年齢の中央値は、CSCC群で54歳（範囲：31～77歳）、対照群で41歳（範囲：30～52歳）でした。すべての子宮頸がん症例は、採血時に新しく診断された未治療の症例であり、標本は手術、化学療法、または放射線療法の開始前に採取されました。2つのグループは同等の臨床環境から抽出されましたが、年齢の中央値に13歳の差があったことに留意してください。この差については、「結果」セクションおよび専用の年齢調整感度分析において直接検証しており、「考察」セクションで制限事項として認めています。
静脈血を抗凝固剤不含のチューブに採取し、室温で10–20分間放置して凝固させた後、2,000–3,000 × gで20分間遠心分離した。血清は採取後1時間以内に分離し、直ちに分注して−20 °Cで保存した。なお、穿刺から凍結までの時間は、すべての検体において2時間以内とした。分析前に分注検体を1回のみ凍結・融解サイクルにかけ、すべての測定は保存から3か月以内に完了させた。得られた血清は分注し、−20 °Cで保存した。溶血または乳糜化した検体は分析から除外した。
血清hWAPLタンパク質濃度の定量は、二重抗体サンドイッチ法に基づいた市販の酵素結合免疫吸着アッセイ（ELISA）キットを用いて行った。簡潔に述べると、検量線標準物質および試験サンプルの両方を、hWAPL特異的な捕捉抗体をあらかじめコーティングしたマイクロプレートのウェルに2連で分注し、37 °Cで30分間インキュベートした。未結合物質を除去するための一連の洗浄ステップの後、hWAPLに対する西洋ワサビペルオキシダーゼ（HRP）標識検出抗体を添加し、同一条件でインキュベートした。
さらに洗浄した後、発色基質溶液AおよびBをそれぞれ50 µLずつウェルに加え、37 °Cの暗所で10分間発色させた。反応を停止させるため、停止液（50 µL）を添加した。反応停止後15分以内に、主波長450 nm、参照波長630 nmで吸光度を測定した。10–450 pg/mLの濃度範囲をカバーする連続希釈校正標準を用いて標準曲線を作成した。各未知検体のhWAPL濃度は、この標準曲線から補間法により算出し、前分析的な希釈を行った場合はそれを補正した。アッセイは製造元の指示に従って厳格に実施した。製造元の仕様によれば、本キットの有効検出範囲は10–450 pg/mLである。検体は最終的に5倍希釈してアッセイし、吸光度が最高濃度の校正標準を超えた検体については、さらに希釈して再アッセイを行い、逆算時に総希釈倍率を適用した。研究用検体を測定する前に、血清マトリックスを用いて分析性能を検証した。高濃度血清プールの連続希釈系列において、校正範囲全体で許容可能な直線性が示され、3つの血清プールへのリコンビナント校正標準のスパイク回収率は、キットのダブルアンチボディサンドイッチ法に基づいた許容範囲内であった。定量下限は、最低濃度の校正標準（10 pg/mL）に相当した。なお、本キットは製造元により研究用としてのみラベル付けされており、臨床的に検証された体外診断用医薬品ではない。したがって、絶対濃度および導出されたカットオフ値は、以下に述べる通り、プラットフォーム特異的かつ暫定的なものとして解釈されるべきであることを強調しておく。
同時に、血清SCC-AgレベルをAbbott Alinity iプラットフォームを用いた化学発光マイクロパーティクル免疫測定法（CMIA）により定量し、基準値上限を1.5 ng/mLとした。すべての分析手順は、疾患の状態および臨床ステージ、組織学的グレード、HPVステータスを含むすべての臨床変数について盲検化された研究スタッフによって、2回ずつ実施された。採用した手法におけるアッセイ間およびアッセイ内の変動係数は、ともに10%未満に維持された。
統計解析
血清hWAPL濃度はShapiro–Wilk検定において正規性の仮定を満たさなかったため（すべてP < 0.05）、以降の解析は非パラメトリック手法を用いて行った。したがって、連続変数は中央値および四分位範囲（IQR）で提示する。2つの独立した群間の差はMann–Whitney U検定を用いて評価し、3群以上の比較はKruskal–Wallis H検定を用いて行った。変数間の相関は、連続データまたは順序データについてはSpearmanの順位相関分析を用い、HPV感染状況などの二値変数については点二連相関係数を用いて評価した。生存転帰はログランク検定を用いて比較し、ハザード比および95%信頼区間はCox比例ハザード回帰モデルから推定した。
診断能はROC曲線分析を用いて評価し、各バイオマーカーの最適なカットオフ値はYouden indexを最大化することで決定した。曲線下面積（AUC）の差はDeLong法を用いて検定した。併用による診断能を検討するため、疾患の状態（CSCC = 1、コントロール = 0）を従属変数とし、血清hWAPLおよびSCC抗原を独立変数とする二項ロジスティック回帰モデルを構築した。得られた予測確率は、その後のROC分析のための複合スコアとして保存した。
WAPL高発現群とWAPL低発現群の間における薬剤感受性の差は、limmaパッケージを用いて評価し、調整済みP < 0.05および|log₂ fold change| > 0.3の閾値を適用した。統計的有意性は、両側P値 < 0.05と定義した。すべての解析は、SPSS、R、または指定されたオンラインツールを用いて実施した。使用したRパッケージは、survival、survminer、pROC、ggplot2、oncoPredict、およびlimmaである。多数の仮説を同時に検証したすべての高次元解析（すなわち、パンキャンサー比較、共発現スクリーニング、差分的発現および機能濃縮解析、および薬剤感受性解析）において、P値はBenjamini–Hochberg法による偽発見率を用いて多重比較補正を行い、該当箇所には調整済みP値を記載している。hWAPLと個別の遺伝子または免疫細胞分画との間のペアワイズ相関については名目上のP値を記載しており、これらの相関結果は確定的なものではなく、仮説生成的なものとみなしている。公開コホートにおいて少数の臨床病理学的項目に未記入があったため、欠損データのある症例は補完せず、ペアワイズ形式で該当する解析から除外した。評価可能な症例数は、変数ごとにTable 1に示した。血清コホート間の年齢差に対処するため、年齢調整済み二項ロジスティック回帰を用いた感度分析を行い、各群において血清hWAPLと年齢とのSpearman相関を算出した。
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ヒトの悪性腫瘍、特に子宮頸癌組織におけるhWAPLの広範な発現上昇
TCGAデータセットのパンキャンサー解析により、WAPLが多くの固形腫瘍において、対応する正常組織と比較して有意に高い発現を示すことが明らかになった（図1A）。特に、乳腺浸潤癌（BRCA）、結腸腺癌（COAD）、食道癌（ESCA）、子宮体内膜癌（UCEC）を含む他の21種類の癌種の中で、hWAPLは子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌（CESC）において有意に過剰発現しており、上皮性悪性腫瘍における広範な腫瘍形成的な役割が示唆された。
特に子宮頸癌に着目したところ、hWAPL の発現は、正常な子宮頸部上皮よりも腫瘍組織（n = 306）で高いことが観察されました（P = 0.024; 図 1B）。なお、TCGAの子宮頸部データセットには組織学的に正常な子宮頸部検体が3検体しか含まれてい...
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TCGAデータのパンキャンサー解析により、WAPLの発現は正常組織と比較してほとんどの固形腫瘍で著しく上昇しており、特にCESCにおいて最も顕著なアップレギュレーションが観察されることが明らかになりました。この観察結果は、hWAPL mRNAが主に子宮頸癌で発現し、他の正常組織および悪性組織では発現が最小限であるという先行研究の知見と一致しています7。Oikawaらは、hWAPLを子宮頸癌の発生に関与する新規遺伝子として最初に特徴付け、その腫瘍形成能および子宮頸癌との関連性を実証しました9。本研究の結果は、包括的なパンキャンサーの視点を提供することでこれらの先行研究を拡張するものであり、hWAPLがBRCA、COAD、ESCAを含む複数の上皮性悪性腫瘍において腫瘍形成機能を果たす可能性を示唆しています。
hWAPLの過剰発現が子宮頸癌において持つ生物学的意義は、姉妹染色分体凝集の調節における既知の役...
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著者に申告すべき利益相反はありません。
著者らは、本研究に参加したすべての被験者および臨床スタッフに感謝いたします。本研究は、陝西省自然科学基礎研究プログラム（助成番号：2021JM-552）の支援を受けて実施されました。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| Abbott GmbH (ドイツ、ヴィースバーデン) | 提供なし | SCC-Ag検出に使用 | |
| Rayto Life and Analytical Sciences Co., Ltd. (中国、深圳) | モデル RT-3100 | プレート洗浄に使用 | |
| Shanghai Anting Scientific Instrument Factory (中国、上海) | モデル TLXY-IIC 低速遠心分離機 | 血清サンプルの遠心分離に使用 | |
| Cytoscape Consortium | バージョン 3.9.1 | ネットワーク可視化に使用；ネットワーク可視化 | |
| National Cancer Institute | https://portal.gdc.cancer.gov; 2025年10月アクセス | TCGA-CSCC STARアラインメント済みTPMデータの取得に使用；RRID:SCR_014514 | |
| オンラインプラットフォーム/データベース | 該当なし | 薬剤感受性予測に使用；薬剤感受性リファレンスデータ | |
| National Center for Biotechnology Information | GPL24676 Illumina NovaSeq 6000 (Homo sapiens) | シングルセルRNAシーケンシングデータセットの取得に使用；シングルセルRNA-seqデータセット | |
| オンラインプラットフォーム | 該当なし | 転写産物アイソフォームおよび遺伝子発現解析に使用；転写産物アイソフォームおよび発現解析 | |
| Rパッケージ | バージョン 3.4.4 | データ可視化に使用 | |
| オンラインプラットフォーム/データベース | 該当なし | タンパク質発現および細胞内局在解析に使用；タンパク質発現および局在 | |
| Shanghai Fusheng Biotechnology Co., Ltd. | A977261-96T | A977261-96T；ダブル抗体サンドイッチELISA；検出範囲 10-450 pg/mL；研究用のみ (www.affandi-e.com) | |
| Rパッケージ | バージョン 3.54.0 | 差異解析に使用 | |
| Rayto Life and Analytical Sciences Co., Ltd. (中国、深圳) | モデル RT-6100 | 吸光度測定に使用 | |
| Rパッケージ | バージョン 0.2 | 薬剤感受性 (IC50) 予測に使用；RRID:SCR_023220 | |
| オンラインプラットフォーム/データベース | 該当なし | 翻訳後修飾解析に使用；翻訳後修飾部位解析 | |
| Rパッケージ | バージョン 1.18.0 | ROC曲線解析に使用 | |
| R Foundation for Statistical Computing | バージョン 4.2.1 | 統計解析およびバイオインフォマティクス解析に使用；統計的およびバイオインフォマティック解析 | |
| Abbott GmbH (ドイツ、ヴィースバーデン) | REF 09P3374 | 血清SCC-Agの定量に使用 | |
| オンラインプラットフォーム | 該当なし | シングルセルRNAシーケンシング解析に使用 | |
| Sanli Medical Technology Development Co., Ltd. (中国、湖南省浏陽) | 提供なし | 静脈血採取に使用 | |
| IBM Corp. | バージョン 26.0 | 統計解析に使用；統計解析 | |
| STRING Consortium | バージョン 11.5 | タンパク質相互作用ネットワーク解析に使用；タンパク質相互作用ネットワーク | |
| Rパッケージ | バージョン 3.4 | 生存解析に使用 | |
| Rパッケージ | バージョン 0.4.9 | 生存曲線の可視化に使用 | |
| National Cancer Institute | https://www.cancer.gov/tcga; 2025年10月アクセス | RRID:SCR_003193；がんトランスクリプトームデータ | |
| オンラインプラットフォーム | http://timer.cistrome.org; 2025年10月アクセス | RRID:SCR_018737；免疫浸潤解析 | |
| UCSC Xena Browser | https://xenabrowser.net; 2025年10月アクセス | TCGAデータの取得に使用；TCGAデータの取得 | |
| オンラインプラットフォーム/ツール | バージョン 1.0 | 免疫細胞浸潤の推定に使用 | |
| オンラインプラットフォーム | https://www.xiantaoxueshu.com; 2025年10月アクセス | 差異発現、相関、生存、および診断解析に使用 |
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