September 28th, 2011
マイクロRNA(miRNA)は遺伝子発現の重要な調節因子であり、多くの生物学的プロセスにおいて役割を果たすことが示されている。より良いmiRNAの- UTRの相互作用を理解するために、我々は新たなルシフェラーゼ遺伝子およびアッセイ試薬、LightSwitchのシステムと対になって3 UTRルシフェラーゼレポーターのゲノムワイドなコレクションを作成している。
この手順の全体的な目標は、ヒトの3つの主要なTs.Thisで予測されたマイクロRNAターゲットを検証するために、マイクロRNA模倣物とレポーターコンストラクトを共トランスフェクションすることです.これは、最初に細胞株の選択を含む実験デザインをレイアウトし、実験および制御3つの主要なUTR Go CloneレポーターコンストラクトとともにマイクロRNA模倣物を選択することによって達成されます。次のステップは、各実験またはコントロールの3つの主要なUTR go clone reporterコンストラクトをマイクロRNA模倣または非標的およびコントロールで共トランスフェクションし、その後24〜48時間のインキュベーションを行うことです。最終ステップとして、ライトスイッチルシフェラーゼアッセイ試薬を細胞および培養物に直接添加し、Luminの香りのシグナルをプレートルミノメーターで読み取ります。
最終的には、レポーターアッセイ技術によるルシフェラーゼシグナルノックダウンの測定により、どのヒト3プライムURSが特定のマイクロRNAの標的であるかを示す結果を得ることができます。この方法は、生細胞における予測されるマイクロRNA 3つの主要なUTRターゲット相互作用を検証するための機能アッセイを提供するため、マイクロRNA研究者にとって重要な質問に答えるのに役立ちます。実験デザインは、マイクロRNAの内在性発現レベルが低い細胞株で最適に機能する、適切な高トランスフェクト接着細胞株マイクロRNA模倣ベースのアッセイを選択することから始まります。
次に、プラスミドとsmall RNAオリゴをトランスセクトするcotは、プラスミドのみトランセクトするよりもシグナルが低くなるため、非ターゲットコントロールを含むマイクロRNA模倣と非ターゲットコントロールのペアを選択します。次に、switchgearsゲノムワイドコレクションからpre clone three prime UTR Go Clone reporterコンストラクトを選択します。オンラインカタログに移動し、UTR検索ボタンをクリックします。
遺伝子名、遺伝子記号、またはアクセッション番号のリストを入力すると、検索結果にはベクターと配列の情報、およびインベントリステータスが表示されます。次に、コントロール レポーター コンストラクトを選択します。ハウスキーピング、urs、ランダムフラグメントなど、選択したマイクロRNAの標的になる可能性が低い3つのプライムを持つコントロールコンストラクトを選択し、マイクロRNAの過剰発現が全体的な細胞の健康やアッセイシグナルに及ぼす非特異的な影響を制御します。
また、合成マイクロRNAターゲットレポーターを、1日目のシード低継代付着細胞での模倣活性のポジティブコントロールとして使用することも検討してください。これにより、24時間後にトランスフェクションに対して80〜100%のコンフルエントになります。コンフルエントな細胞を使用することは、良好な結果を得るための鍵です。白色の96ウェル組織培養プレートに細胞を播種し、総容量100μLに
添加します。並行して。突然の合流のために透明なプレート内の適切な数の細胞を見てください 2日目 細胞着座後24時間。トランスフェクションの解凍に備えます。
Go cloneレポーターコンストラクトとマイクロRNAを室温で作製します。解凍したら、混合し、よく希釈し、マイクロRNAをRNAの2マイクロモルの作業濃度に希釈し、フリーウォーターグーン血漿DNAはマイクロリットルあたり30ナノグラムで送達され、それ以上の希釈は必要ありません。トランスフェクション混合物を調製するには、各D-N-A-R-N-Aの組み合わせをトリプリケートボリュームでトランスフェクションし、実施するアッセイの数を考慮してスケーリングする必要があると考えてください。
トランスフェクションごとに9.85マイクロリットルの無血清培地と0.15マイクロリットルのダルマ効果DUOを組み合わせて、トランスフェクション試薬混合物を作成します。混合物を室温で5分間インキュベートします。次に、3.33マイクロリットルのgo clone reporterコンストラクトと十分なマイクロRNA模倣物を組み合わせて、各アッセイのD-N-A-R-N-A混合物を作成します。
無血清培地で容量を10マイクロリットルにします。次に、トランスフェクション試薬混合物10マイクロリットルと各D-N-A-R-N-A混合物10マイクロリットルを混合し、よく混合します。各アッセイの最終容量は20マイクロリットルです。
よく覆い、室温で20分間インキュベートします。インキュベート後、80マイクロリットルの温めた抗生物質を含まないものを加えます。個々の井戸あたり100マイクロリットルの総容量のための完全な媒体は10そして15ナノモル間の最終的な模倣の集中をもたらす試金石である。
最後のステップとして、播種した細胞の各ウェルから培地を慎重に取り出し、100マイクロリットルの適切な最終トランスフェクション混合物と交換します。プレートをインキュベーターに戻し、24〜48時間インキュベートします。ほとんどの混合物は、24時間以内に有意な結果を生み出します。
48時間のインキュベーション期間は、シグナルのウェル間変動が高くなります トランスフェクション後3日目、24時間後に、ライトスイッチを使用してルシフェラーゼアッセイを実施します ルシフェラーゼアッセイ試薬 細胞はすぐにアッセイするか、摂氏マイナス80度で凍結して後でアッセイすることができます。凍結融解サイクルを追加すると、細胞溶解が促進され、レポーターシグナルが高くなります。トランスフェクションした細胞のプレートを室温に戻します。
次に、キットの指示に従ってライトスイッチルシフェラーゼアッセイ溶液を調製し、滅菌リザーバーに注ぎます。マルチチャンネルピペッターを使用して、100マイクロリットルのライトスイッチアッセイ溶液を各サンプルに直接加えます。ウェルは白い96ウェルプレートで、プレートは光から保護し、インキュベーション後、室温で30分間インキュベートします。
プレートルミノメーターで各ウェルを2秒間読み取り、LE 7 Aによる3つの主要なUTRルシフェラーゼレポーター活性のノックダウンをHT 10 80細胞で測定しました。各レポーターコンストラクトをlet seven A模倣または非ターゲットコントロールでトランセクトして、結果を分析します。非ターゲット コントロールからの信号は、各コンストラクトで 100% であると考えてください。
特定のマイクロRNA模倣体からのシグナルを非標的制御シグナルで割ることにより、ノックダウン率を計算します。任意のマイクロRNA模倣物は、細胞全体の生存率や、非特異的な影響を補正するためのアッセイシグナルに非特異的な影響を与える可能性があります。ここに示すように、実験的なUTRターゲットで観察されたノックダウンを、ハウスキーピングまたはランダムコントロールTで観察されたノックダウンと比較します。
PONCおよび乾燥した3つのBの人間の3つのprimeURSはPUNCおよび乾燥した3つのB遺伝子のための人間の3つの主要なUTRのreftionからの7つのAのマイクロRNAシグナルのターゲットであり、7つのAマイクロRNAを模倣させなさい。ハウスキーピングとランダムシーケンスURSのシグナルはそうではありません。このビデオを見れば、コットの作り方、マイクロRNA模倣体のトランスフェクション、および生細胞での3つの主要なUTRレポーターコンストラクトの確立方法と、ルミノメーターでシグナルを読み取ってシグナルのロックダウンを測定する方法について十分に理解できるはずです。
この研究は、3' UTRとの相互作用を通じた遺伝子発現調整におけるマイクロRNA(miRNA)の役割に焦点を当てています。これらの相互作用をヒト細胞で検証するために、新しいルシフェラーゼアッセイシステムであるLightSwitchが開発されました。
Functional validation of microRNA target interactions is critical for de-risking therapeutic hypotheses in early discovery. The LightSwitch Luciferase Assay System enables quantitative, reproducible measurement of miRNA-3'UTR effects in adherent cells, supporting target confidence and predictive modeling. This approach aids in prioritizing targets with mechanistic evidence before advancing to lead identification or phenotypic screening campaigns.
The method fits within the early discovery continuum, connecting computational target prediction to functional validation before lead identification or assay development stages.