Protein WISDOM: A Workbench for <em>In silico</em> <em>De novo</em> Design of BioMolecules

James Smadbeck; Meghan B. Peterson; George A. Khoury; Martin S. Taylor; Christodoulos A. Floudas

doi:10.3791/50476

JoVE Journal
Biology

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Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules

プロテインWISDOM：ベンチ用インシリコでデノボデザイン

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10:58 min

July 25, 2013

DOI: 10.3791/50476-v

James Smadbeck¹, Meghan B. Peterson¹, George A. Khoury¹, Martin S. Taylor¹, Christodoulos A. Floudas¹

¹Department of Chemical and Biological Engineering,Princeton University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

私たちは、タンパク質設計のいくつかの重要な領域に取り組むことができる計算de novoタンパク質設計法を開発しました。これらの手法を普及させるために、タンパク質設計のためのオンラインツールであるProtein WISDOMを紹介します(http://www.proteinwisdom.org)。構造テンプレートから始めて、安定性を高めるための単量体タンパク質の設計と、結合親和性を高めるための複合体の設計を行うことができます。

次の実験の全体的な目標は、フォールディング、結合、または機能特性を改善するためのタンパク質またはペプチドを設計することです。これは、タンパク質または複雑な構造をアップロードし、突然変異および生物学的制約を定義することによって達成されます設計目標を第2のステップとして定義するために、配列選択の最適化が実行され、これにより、安定性および相互作用特性が改善された多数の可能なタンパク質またはペプチド配列が生成されます。次に折ります。

特異性および/または近似結合親和性の計算は、設計されたタンパク質またはペプチドの所望の改善された特性を検証するために、設計された配列に対して実行されます。この手順を通じて生成された構造の計算解析に基づいて、設計されたシーケンスの改善された特性を示す結果が得られます。このプロトコルは、プリンストン大学のフルート奏者であるクリス・ドールズ教授の研究室で開発されました。

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