Name: 全タンパク質の抽出および2次元ゲル電気泳動法のためのバークホルデリア種 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-10-15T17:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 31 s
Description: 学ぶ Burkholderia からの全タンパク質抽出と2次元ゲル電気泳動法によるプロテオーム解析。この手法は細菌の病原性メカニズム解明と治療標的の探索に貢献します。

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この作品は、（BV）はブリティッシュコロンビア大学からの学生の身分および嚢胞性線維症カナダ、（DPS）は健康の研究のカナダの協会からの補助金によって支えられている。私たちは、プロトコルの初期準備のためにジャクリーンチョンに感謝します。

1。培養増殖（日1 2） <ol><li>一晩37℃の回転装置で、スナップトップ15ミリリットルチューブにルリア·ベルターニ（LB）ブロス3ミリリットル：スターターカルチャーを育てる。 OD 0.6の600に一晩成長を希釈します。 250mlのエルレンマイヤーフラスコ中のLBブロス100mlにこの希釈液1mlを加える。バッチ培養においては、より良好な近似のために、固定相（SP）内に16時間、250rpmで振盪しながら37℃でインキュベートし、感染条件等のrpoS、クォーラムのような固定相信号因子の制御下で、その細菌の病原性因子を確実にするために検出、発現される。あるいは、初期のSPまたは中期又は後期対数期で増殖させた細菌は、細菌の適応期についての情報を得るために使用することができる。 </li><li> 16時間後、OD 600を測定し、文化が同一条件下で以前に構築成長曲線と比較することによって、SPに達していることを確認してください。 </li></ol> 2。タンパク質抽出（3日目） <ol><li&gt;一晩冷蔵庫にあらかじめすべてのメディアとソリューションを冷やす。すべての手順は、アイスバケット内チューブを用いて実施されるべきである。 Prechill微量とベックマン·コールター高性能遠心分離機（または同等品）を4℃にし、内側の回転子（ローター= JA-20、遠心分離機= J2-HS）。 </li><li>新鮮な0.1Mのフッ化フェニルPMSF（ &#39;注意&#39;のPMSFは、ユースフェイスシールドと手袋、有毒で腐食性のある）である（ &#39;注意&#39;アセトンアセトン1ml中の0.0174グラムを溶解することにより、アセトン（PMSF、174.19グラム/モル）の溶液を調製毒性や可燃性）フェイスシールドと手袋を使用しています。 </li><li> 0.1ミリリットルの0.1MのPMSF、0.5M EDTAを0.1ミリリットル、およびPBSを9.8ミリリットル：PBS / EDTA / PMSFソリューションを構成する。 16時間の文化のODをチェックし、それが、SPであるべき場所程度である。 </li><li>細菌培養の35ミリリットルを取り、4℃で20分間4500×gでオークリッジ遠心管と遠心分離機に文化を転送</li><li>廃棄物容器に上清を除去し、冷却されたPBSを35ミリリットルを加え、ペレットを再懸濁。 4℃で20分間4500×gで再び遠心分離</li><li>冷PBS 1mlに再懸濁上清を取り除きます。 4℃で14,000×gで微量で高い上2ミリリットルエッペンドルフ遠心1分を無菌への転送削除し、上清を捨てる。 </li><li> PBS / EDTA / PMSF溶液1 mLを加え2 mlのペレットを、転送が約0.5 mlのガラスビーズ（滅菌済み）を含む（Oリング付き）スクリューキャップ付試験管に懸濁する。冷室で1分間、4℃でガラスビーズとビーズのbashこれらを含むチューブに再懸濁ペレットを追加します。各BASH後に氷上でサンプルを入れて、この3回行います。 </li><li>微量での1分間の14,000×gで遠心分離する。上清を除去し、滅菌5ミリリットルのポリスチレンチューブに入れて。 </li><li>収率は同じチューブにPBS / EDTA / PMSF溶液1mlを加え高めるために再びガラスビーズを含んでいる。 1分間4℃でビーズBASHチューブ。この2Xは氷のAFにサンプルを入れてくださいTERの強打。遠心分離器に1分間14,000×gで遠心分離し、上清を除去し、ステップ2.8から上清に追加。ポリスチレンチューブから新しい滅菌2ミリリットルエッペンドルフチュー​​ブに上清を1ミリリットルの注射器および0.20μmのフィルターを使用してください。 </li><li>この時点でサンプルが必要になるまでは200μgのピアースマイクロBCAタンパク質抽出キット、アリコートが-80℃で凍結する必要があります使用して、タンパク質の量についてアッセイされるべきである。 </li></ol> 3。サンプル調製（4日目） <ol><li> 25ミリリットル補水のストック溶液を調製（8 M尿素、2％CHAPS、2％IPGバッファー、ブルー0.002％ブロモフェノール）-20℃および2.5ミリリットル分量を保存する7mgのジチオスレイトール（DTT、154.2グラム/モル）を再水和のストック溶液2.5mlアリコートに使用直前に追加します。 </li><li>プロセスは、ステップ3.1で作成補水原液を450μLの最後の再懸濁したキットを2次元クリーンアップ使用してステップ2.10からサンプルを解凍した。 </li></ol> 4。最初のフォーカシング次元等電点電気泳動（IEF）（4日目） このセクションのすべての手順がたEttan IGPhor IEFシステムを使用している。 <ol><li>ストリップ洗浄液できれいなストリップ保有した後、ミリQ水で洗浄し、乾燥させるために上下逆さまのまま：IPG最初の次元のストリップを設定します。ゲルストリップホルダー番号に各サンプルを割り当てます。 </li><li> （ - ）から2番目のより広い領域での再水和ステップからサンプルをロードします。パッケージの外にゲルストリップを引っ張ってきれいな鉗子を使用してください。ゲルストリップから保護層を取り出します。 （+）端から端 - （）の行は、からの道に沿って湿ったストリップを得るために、ゆっくりとスライド運動でダウン粗い面を取り除きます。 </li><li>バーンアウトを防ぐために、電極の上に、ゲルストリップの下に滅菌水で湿らせた吸い取り紙を置きます。精製水とエタノールとのラウンドの間に、ピンセットを洗浄します。すべての気泡を除去するドライアウトを防止するためにミネラルオイルを薄く重ねる。マシン上のゲルストリップホルダーを並べる。 </li><li> rehyd 20℃で12時間を実行配給、8000 Vで4000 Vで200 Vで1時間、500 Vで1時間、千Vで1時間、0.5時間、12時間は、24時間は300 Vで保持し、この時点で取り出すことができる。 </li><li> IEFが終了した後IPGストリップは、将来の分析のためにミネラルオイルで被覆されたサランラップで-80℃で凍結されていない限り、それは、二次元SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動を行うことが推奨される。代替的に、DTTによるアクセスポイントへのストリーキングを回避するために、それはIPGはヨードアセトアミドを含有する緩衝液で前に第二次元にストリップの第二の平衡工程を含むことが可能である。 </li></ol> 5。二次元SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動（5日目） このセクションのすべての手順がたEttan DALTsix電気泳動装置を使用しています。 <ol><li>ゲルキャスター装置を組み立てるために、徹底的にすべてのコンポーネントをきれいにしていることを確認したゲルキャスターレベルであり、結合灰色のゴムはシリコンゲルで潤滑されている。黒の摩擦を入れる底部の三角形のストッパーBER。その後、交互に正面を向いてガラスの短い板をセパレータとガラス板を配置します。セパレータは表裏にあることを確認してください。フィラー（約5枚）で、残りのスペースを埋めるため、トップが平坦である。外側に赤いチップを用いてフロントパネルを置く。各側面を締めと下のネジを締めクランプを使用してください。 </li><li>ゲルの準備：含む真空先端をフラスコに、（ &#39;注意&#39; Duracryl有毒用フェイスシールドと手袋である）、トリス緩衝液、1.5MのpHは8.8、およびミリQ水143.3ミリリットルの147ミリリットルをDuracrylの297.3ミリリットルを追加します。攪拌棒。上部のふたを入れて、20分間の真空で、中程度の速度で溶液を混合する。真空は、溶液を脱ガスするために使用される。ミリQ水2mlに、APSの0.2グラム：過硫酸アンモニウム溶液（APS、218.8グラム/モル）の新鮮な10％​​にする。 </li><li>ゲルキャスターにゲル混合物を添加する：真空が完了したら、10％ドデシル硫酸ナトリウムを6ml（SDS、228.38グラム/モル）を添加フラスコの側に溶液中でより多くの気泡を入れないようにします。 、APSを追加炒め、0.25ミリリットル、N、N、Nを追加 &#39;、N&#39;-テトラメチルエチレンジアミン（TEMED、116.20グラム/モル）（&#39;注意 &#39;TEMEDが可燃用フェイスシールドと手袋です）と攪拌する。 </li><li>装置の背面に挿入された漏斗を通してゲルキャスターにゲル混合物を注ぐ。ショートプレートの下インチまで注ぐ。ゲルの上に水飽和ブタノール1.5ミリリットルを加え、脱水症状を避けるために、サランラップでトップを包む。フル重合を確実にするために1時間を待ちます。 </li><li>ゲルが終了したら（フラスコを確認してください）​​、シンクによってゲルキャスターを分解：ゲルのチェック。温水でガラス板を洗浄しながら、ゲルの整合性をチェックし、水がプレートを入力することができません。ブタノールを注ぐ、ブタノールを取り除くために水で2回ゲルの上部をすすぐ。再び水でトップを満たし、ゲルはすぐに使用されていない場合は放置します。 </li><li>ストリップを製造する：から平衡化緩衝液を調製する冷凍庫（6 M尿素、75mMのトリス-HCl、8.8、29.9％SDS、0.002％ブロモフェノールブルー）。これは-20℃で予め調製し、10ミリリットルずつに保存することができ平衡化緩衝液10mlに0.1gのDTTを溶解する。一本のチューブは、2つのIPGストリップを使用することができる。バッファにダウンストリップ面のゲルを置き、30分間放置します。これはどちらの端を覚えておいてください。 </li><li>電気泳動ユニット（2-D分離装置）を調製する：1×泳動緩衝液（25mMトリス塩基[121.1グラム/モル]、192 mMのグリシン[288.38グラム/モル]、および0.1重量/容量％SDS [288.38 4.5 Lを追加走行タンクへg /モル]）。このバッファは、3回まで使用することができる。電気泳動装置の電源を入れます。水冷マシン内の水位を確認し、それが低ければ水でそれを埋める。 10℃であるべきである指定された温度をチェックするためにプレスモード、マシンの電源を入れ</li><li> 2Xランニングバッファー1リットルとバッファを実行しているの1X 1リットルを加えて、4℃で保管しagarosの重量0.25グラム：アガロースシーリングソリューションを作るEおよび1Xランニングバッファー50mlに溶解する。 15秒ごとのパルス。 </li><li>電気泳動装置の設定：各ストリップを取り出し、清潔な紙タオルで両側に余分なバッファを削除するためにピンセットを使用してください。ストリップに触れないでください。ゲルの上に水を捨て、1×ランニングバッファーでゲルトップを並べる。清潔なピンセットを使用し、ゲル側が手前に向けて、長いプレートの上部にストリップを配置。それを潤滑するストリップに1Xバッファーを追加します。さらに下にプラスチック製のストリップを使用して、ストリップをスライドさせます。ストリップとゲルの間にあるすべての気泡を除去。 </li><li>それを密封するためにストリップの上部にアガロースシーリングソリューションを追加します。ストリップの残りの部分についても同じ手順を繰り返します。ゲル槽にゲルクレードルと下にゲルを含有するガラス板を置きます。外室に1Xバッファレベルを確保するために、上部チャンバーに入れる前に指定された一番下の行にある。 </li><li>ガラス板の上に上部バッファーチャンバーフレームを置き、それがすべてのWAであることを確認一番下の押下により、Yダウン。漏斗を使用して、中央の行まで上室に2倍のランニングバッファーを追加します。漏斗を使用して、一番上の行に到達するまで、外室に1Xランニングバッファーを追加します。上部の蓋を置き、電気泳動装置とパワーパックをオンにします。 </li><li> 、52 Vで一晩96ミリアンペア、5 W.電流は上部近くの銀線上に気泡を探すことによって起こっているかどうかを確認して実行します。大手行が下から1cmになるまで、ゲルを実行します。 </li><li>タンパク質はまた、製造業者の説明書に従って、機器や他の企業、例えばBIORAD又はホーファーからの試薬を用いて分析することができる。 </li></ol> 6。ゲルの可視化のためのゲルの銀染色（日5-6） <ol><li> （プラスチック製バケツに800ミリリットルのエタノール、200ミリリットルの酢酸、およびヒュームフード内のミリQ水1000ml）定着液1を準備します。溶液を6ゲルに適しています。すべてのマシンの電源をオフにして、電気泳動装置およびPUの全体中央部分を取り出すシンクでそれを事前にチェック！また、流しに白いスタンドを置く。ランニングバッファー2Xを含むトップトレイを引き出します。 </li><li>装置を分解し、固定液1にガラス板からゲルを取り除く。ゲルは、それらがガラス板から除去されるときに角部を切断することによって同定することができる、角の数は、キャスター中のゲル順序に対応する切断。 </li><li>少なくとも1時間に4℃で一晩のためにロッカー上定着液やジェルの入った容器を置きます</li><li> 50％グルタルアルデヒド、600mlのエタノール、四チオン酸カリウム5gの（302.46グラム/モル）、酢酸ナトリウム（82.03グラム/モル）、およびミリQ水136 gの溶液2（20ミリリットルを固定するためにゲルを転写2000ミリリットル）、1時間ロッカー上に置きます。 </li><li>ゲルはミリQ水で15分間ずつ4倍洗う。 </li><li> 30分、または最大48時間、硝酸銀溶液（2000ミリリットルの硝酸銀（169.87グラム/モル）、ホルムアルデヒドを500μl、およびミリQ水の4グラム）でゲルを染色する。 </li><li> 1用の洗浄ジェル分Milli-Q水である。 </li><li> 5〜30分間（2,000 mlの炭酸ナトリウムを60g（105.99グラム/モル）、ホルムアルデヒド300μlを、チオ硫酸ナトリウム（158.11グラム/モル）の15 mgの、およびミリQ水）現像剤溶液に転送されるまでゲルを染色する。 </li><li> 10分間（2000ミリリットルにTris塩基（121.14グラム/モル）、酢酸40ミリリットルの100グラム、およびミリQ水）停止液にゲルを置く。 </li><li> （長期保存が所望される場合、グリセロールまたは400 mlの40ミリリットル、およびミリQ水1,600 ml）を記憶するために、グリセロール溶液にゲルを転写で10分間、次いでゲル乾燥機を使って乾燥させる。 </li><li>ゲルは、光トランスイルミ又はゲルイメージャーを用いて撮影されたスキャナ/濃度計などの撮像システムを用いて染色した後に可視化することができる。そのようなBIORADからPDQUEST 2-D解析などの画像解析ソフトウェアは、サンプル中のタンパク質の定量的および定性的情報を得るために使用することができる。 </li></ol> 7。質量分析のためのゲル銀染色</P&gt; <ol><li> 50％メタノール中でゲルを固定し、1時間5％酢酸。 </li><li>一晩に少なくとも10分間、50％メタノールで洗浄する。 </li><li> 10分間蒸留水3Xで洗う。 </li><li> 15分間、0.02％チオ硫酸ナトリウム（158.11グラム/モル）の2倍に増感する。 </li><li> 10分間冷蔵蒸留水の3倍で洗って3倍。 </li><li> 4℃で1時間、少なくとも20分間冷蔵1％硝酸銀溶液（169.87グラム/モル）でゲルを沈める</li><li>蒸留水で1分間洗浄2X。トレイ/バケットを変更します。 </li><li> 2％の炭酸ナトリウム、無水0.04％ホルムアルデヒド（105.99グラム/モル）で開発し、それは非常に迅速な黄色になる際に捨て、3つのバッチを持っており、5分毎に変更する準備ができて。 </li><li> 1％酢酸に保管し、次いで5％酢酸で洗浄する。 </li><li>使用前にUSPグレードのエタノールと空気乾燥で1.5ミリリットルのエッペンドルフチュー​​ブ（スポットカットアウトを取得し保持する）をすすぐ。 </li><li> 100％メタノールできれいに鉗子、かみそりの刃と表面。 </li><li>エタノールで手袋の表面をスプレー。 </li><li>流フードやきれいな空気領域内の物品のスポット。スポットはまた、自動スポットカッターを用いて切除することができる。 </li><li>氷上でエッペンドルフチュー​​ブや船に入れたり、冷蔵庫に保管してください。 </li></ol>

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</ol>

著者は、彼らが競合する経済的利益を持っていないことを宣言します。

タンパク質の調製のための方法は、再現性よくバークホルデリアタンパク質の大部分を抽出することができることが記載されている。これは、 図1に示すように、LB又はYEMブロス中で増殖させた同一の細菌培養物を使用して、異なる日に実施された2つの独立した調製物から同一のタンパク質プロファイルを得ることによって実証される。しかし我々はプレート上で増殖させた細菌のためにこの方法をテストしていません。抽出は、液体培地中で増殖させた細菌のための効率的であった。この方法は、プロテオミクスツールを使用して、さらなるタンパク質の特徴づけのために使用した、我々のグループは正常に（のiTRAQ）プロテオーム技術15,23,24相対的および絶対的定量のために2-Dゲル電気泳動および同位体タグを用いたプロテオームの変化を研究している。後者の場合、タンパク質は、15のiTRAQ実験でのPMSFの干渉を避けるために、PBS中の0.5 M EDTAを含む緩衝液中に抽出した。 それは、REMにとって重要であるタンパク質抽出処理...

バークホルデリア属以上 62種、ニッチの広い範囲から単離されたグラム陰性菌を含み、それは、2つの主要なクラスター1,2に分割される。最初のクラスタは、ヒト、動物およびphytotrophic生物を含み、ほとんどの研究は、それらの臨床的重要性は、この群の病原性種に焦点を当てている。最も病原性のメンバーはBである。疽菌とB （それぞれ類鼻疽及び鼻疽を引き起こす） 鼻疽菌 3,4および嚢胞性線維症（CF）および慢性肉芽腫症（CGD）の病気を引き起こす日和見病原体5（バークホルデリア·セパシア複合体、BCCの17定義された種）、1。 30以上の非病原性の種と第二のクラスタは、植物が、環境に関連する細菌が含まれており、ホスト2に対して潜在的に有益であると考えている。 数多くの合併症はFRをemergeこのような理由例6-9のほとんどで根絶するのは難しいことの抗生物質に固有または獲得抵抗性の患者、病気の蔓延や治療の失敗の間に病原体の伝達などのバークホルデリア属の病原性メンバーとOM細菌感染。そのため、細菌感染の確立のための基礎をより明確に理解を得ることは、これらの生物によって引き起こされる疾患の治療に不可欠である。感染の確立への洞察を得るために、病因に関連する細菌成分について鋭意検討が必要とされている。プロテオミクスアプローチを用いてバークホルデリア生物のプロテオーム解析に焦点を当てた研究は、細菌病因に関与ならびにそれらのプロテオームの変化は10-16プロファイルされているタンパク質を記載している。 高濃を含む溶解緩衝液中で超音波処理および凍結融解サイクルを用いてタンパク質抽出法尿素のentration、洗剤および両性電解質と組み合わせた尿素は、 バークホルデリアプロテオミクス研究10-13に適用されている。尿素は、タンパク質変性のための非常に効率的であるが、それによって（カルバミル化反応）アーティファクト17を形成し、アミノ酸基と反応することができるイソシアン酸アンモニウムを用いて水溶液中で平衡を確立することができる。したがって、シアン酸捕捉剤として機能するキャリア両性電解質を含み、かつ37℃で17以上の温度を避けることをお勧めします。さらに、タンパク質の定量化と溶解緩衝液の任意の化学的干渉を防止するために、同一の溶解緩衝液は、試料および標準は、同じ背景10を有するように、標準曲線を作成するために使用することができる。他の方法は、熱の潜伏期間17,18とアルカリ性の緩衝液や洗剤の使用を含む、しかし、これらの条件は、プロテオームの変化を誘発する可能性があり、いくつかの界面活性剤は、PRと互換性がありませんoteomicsアプリケーションは、その後の界面活性剤除去工程は、17,18が含まれている場合を除きます。 適切な抽出および定量化の後、各々のタンパク質の全体的なタンパク質発現は、二次元（2-D）ゲル電気泳動のようなプロテオミクスアプローチを用いて研究することができる。この技術は、第一、第二次元におけるアクリルアミドゲル電気泳動によってそれらの分子量に応じてその後O&#39;Farell 19で説明した第一の次元で等電点電気泳動による等電点に係るタンパク質の分離にある、とした。 、その分解能と感度に、この技術は、複雑な生物学的供給源19,20からのタンパク質の分析と検出するための強力なツールです。この分離技術は、転写後の修正またはタンパク質分解処理によって引き起こされるタンパク質のアイソフォームを解決する大きな利点をもつタンパク質中心のアプローチでは、現在提供されています。量的変化ゲル20の染色後、対応するスポットの強度を比較することによって検出することができる。しかし、この技術は、非常に大きいタンパク質、膜タンパク質、極端に塩基性および酸性または疎水性タンパク質の同定に適していない、やや面倒で時間のかかる技法20である。より堅牢かつ客観利用可能になると、このようなタグ付け同位体コード親和性（ICAT）21によるシステイン標識、及びアミノ基のような差動安定同位体標識法によって定量的比較のために使用することが可能である新規ペプチド中心のアプローチ（非ゲルベース）相対と絶対定量（のiTRAQ）22用のタグ付け同位体で標識する。シングルプロテオミクス技術の使用は、十分な情報を与えるかもしれない、したがって二つの相補的なプロテオミクスアプローチの使用は、プロテオームの中で最も完全な評価の変更が必要である。それにもかかわらず、2-Dゲル電気泳動は、広く使用され、日常的に定量するために適用することができる異なる生物においていくつかのタンパク質の発現をtitative。 ここでは、全細胞タンパク質の抽出およびGEヘルスケア2次元電気泳動原則と方法ハンドブック80から6429-60AC 2004から適応し、最適化したバークホルデリア属のための2次元ゲル電気泳動の手順を説明します（ <a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a> ）。タンパク質抽出を、5mMのEDTA（エチレンジアミン四酢酸）及び1mMのPMSF（フッ化フェニルメチル）を含有するPBSの存在下でガラスビーズをビーズビーターを用いて行った。この手順では、最小限の劣化によるタンパク質の定量化を可能にし、これまでに報告15,23,24などのプロテオミクスアプローチの修正可能です。 2-Dゲル電気泳動を24 cmの長さに固定化pHを4-7勾配およびタンパク質を用いて行ったが、その等電点に従って分離した。その後、タンパク質は、それらのmolecに従って分離されたSDS-ポリアクリルアミドゲルによってウラル重さ。さらに、我々は、タンパク質スポットを視覚化するための銀染色法、および質量分析のために互換性のある銀染色法を記載した。一緒に、これらの手順は、病因に関与し得るバークホルデリア種からの重要なタンパク質の同定を可能にすることができる。

<table><tbody><tr><td colspan="4">試薬</td></tr><tr><td>フェニルメタンスルホニルフッ化物(PMSF)</td><td>シグマ</td><td>P7626</td><td></td></tr>有毒で腐食性の<tr><td>アセトン</td><td></td><td>フィ</td><td>ッシャーA18-1</td></tr>可燃性<tr><td>PBSバッファーバイオ</td><td>サイエンス</td><td>R028</td><td></td></tr>エ<tr><td>チレンジアミン四酢酸(EDTA)</td><td>フィッシャーBP118-500</td><td></td><td>有毒</td></tr><tr><td>ガラスビーズ(0.1mm)</td><td>BioSpec Products</td><td>11079101</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene Oak Ridge 遠心分離管、ポリカーボネート (50 ml)</td><td>VWR</td><td>21009-342</td><td></td></tr><tr><td>MicroBCA タンパク質抽出キット</td><td>Pierce</td><td>23235</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuge Tubes 2.0 ml 円錐形 スクリューキャップ キャップ付き キャップとOリング</td><td>Fisher</td><td>02-681-375</td><td></td></tr><tr><td>2-D クリーンアップキット</td><td>GE Healthcare</td><td>80-6484-51</td><td></td></tr><tr><td>尿素</td><td>Invitrogen</td><td>15505-050</td><td>刺激性</td></tr><tr><td>CHAPS</td><td>アマシャム バイオサイエンス</td><td>17-1314-01</td><td></td></tr><tr><td>ジチオスレイトール (DTT)</td><td>MPBiomedical, LCC</td><td></td><td>856126 刺激性</td></tr><tr><td>イモビリン ドライストリップ pH 4-7 24 cm</td><td>アマシャム バイオサイエンス</td><td>176002-46</td><td></td></tr><tr><td>デュラクリル</td><td>プロテオミクス ソリューション</td><td>80-0148</td><td>非常に有毒で発がん性物質</td></tr><tr><td>過硫酸アンモニウム</td><td>Fisher</td><td>BP179-100</td><td>可燃性、毒性、腐食性</td></tr><tr><td>N,N,N',N'-テトラメチルエチレンジアミン (TEMED)</td><td>Invitrogen</td><td>15524-010</td><td>可燃性</td></tr><tr><td>ドデシル硫酸ナトリウム (SDS)</td><td>Fisher</td><td>BP166-500</td><td>急性毒性、可燃性</td></tr><tr><td>アガロース</td><td>Invitrogen</td><td>15510-027</td><td></td></tr><tr><td>エタノール</td><td>フィ</td><td>ッシャーHC1100-1GL</td><td>可燃性、有毒</td></tr><tr><td>な酢酸</td><td>フィ</td><td>ッシャーA491-212</td>可燃性<td>、腐食性</td></tr><tr><td>グルタルアルデヒド</td><td>フィ</td><td>ッシャーG151-1</td><td>非常に有毒で腐食性、環境に危険です</td></tr><tr><td>テトラチオン酸カリウム</td><td>シグマ</td><td>P2926</td><td>刺激性酢</td></tr><tr><td>酸ナトリウム</td><td>EM科学</td><td>7510</td><td></td></tr><tr><td>硝酸銀</td><td>シグマ</td><td>209139</td>腐食性<td>、環境に危険</td></tr><tr><td>ホルムアルデヒド</td><td>シグマ</td><td>252549</td><td>有毒</td></tr>な<tr><td>チオ硫酸ナトリウム</td><td>シグマ</td><td>S7026</td><td></td></tr><tr><td>トリスベース</td><td>EMD</td><td>9230</td><td></td></tr><tr><td>グリシン</td><td>MPBiomedical、LCC</td><td></td> 808831 <td></td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>MPBiomedical、LCC</td><td>800688</td><td></td></tr><tr><td>メタノール</td><td>フィ</td><td>ッシャーA412-4</td>可燃性<td>、有毒、健康被害</td></tr>炭酸<tr><td>ナトリウム無水EMD</td><td></td><td>SX0400-3</td><td>有毒</td></tr><tr><td>鉱物油</td><td>ACROS</td><td>415080010</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">Equipment</td></tr><tr><td>JA-20超遠心ローター</td>ベ<td>ックマンコールター</td><td>334831</td><td></td></tr><tr><td>ミニビーズビーターBiospec</td><td>製品</td><td>3110BX</td><td></td></tr><tr><td>Ettan IPGphor II等電点電気泳動システムおよびアクセサリ</td><td>GE Healthcare</td><td>80-6505-03</td><td><a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a</td></tr><tr><td>>Ettan DALT大型縦型電気泳動システム</td><td>GE Healthcare</td><td>80-6485-27</td><td><a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a></td></tr></tbody></table>

全タンパク質の抽出および2次元ゲル電気泳動法のための<em&gt;バークホルデリア</em&gt;種

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

細菌種の細胞内タンパク質レベルの調査は、これらの生物によって引き起こされる疾患の発症機序を理解するために重要である。ここでは、リン酸緩衝生理食塩水、エチレンジアミン四酢酸及びフェニルメチルスルホニルフルオリドの存在下でガラスビーズを用いた機械的溶解に基づいて、 バークホルデリア種からのタンパク質抽出のための手順を記述している。この方法は、異なる増殖条件のために、異なるバークホルデリア種のために使用することができ、それは、他の細菌のプロテオミクス研究に使用するのに適している可能性が高い。タンパク質抽出に続いて、二次元（2-D）ゲル電気泳動プロテオーム技術がこれらの生物のプロテオームのグローバル変化を研究するために記載されている。この方法では、分子量に基づいて分離を行い一次元で等電点電気泳動による等電点に応じてタンパク質の分離、で構成されています第二次元におけるアクリルアミドゲル電気泳動による。分離されたタンパク質の可視化は銀染色によって実施される。

2別の機会に同じ細菌培養から抽出したタンパク質プロファイルの比較解析が成功したタンパク質抽出を示す同様のパターンバンディングを示した。抽出された高分子量のタンパク質は、10〜150 kDaの範囲であった。 バークホルデリアmultivoransから全細胞タンパク質抽出の1に示す代表的なクマシーブルー染色ゲル（BCCの部材） 図1bまたは酵母/マンニトール（YEM）ブロスで成長した臨床分離株固定相から回収した。 2-Dゲル電気泳動分析のために、 疽菌からの全タンパク質200μgの（ 図2）を用いた。この病原体は、疾病管理予防のための25の米国センターによるB型生物兵器剤として認識されているので、タンパク質調製手順は、標準的な操作手順に応じてバイオセーフティレベル3の封じ込め実験室で実施した。タンパク質は、再水和溶液に再懸濁し、24 cmの長さに固定化pHを4-7勾配及びタンパク質はそれらの等電点（pI）に従って分離して適用...

バークホルデリア属のメンバーは、臨床的に重要な病原体である。我々は、機械的破壊、およびその後のプロテオーム解析のための2-Dゲル電気泳動を用いて、全細菌タンパク質抽出するための方法を記載している。

The investigation of  the intracellular protein levels of bacterial species is of importance to  understanding the pathogenic mechanisms of diseases ...

この手順の最終的な目的は、細菌プロテオームの2次元マップを作成することです。まず、細菌を培養してタンパク質を回収します。次に、回収したタンパク質をpHに基づいて1次元で分離します。一次元分離後の等電点電気泳動により、タンパク質は第二次元において分子量に基づいてさらに分離されます。最後に、第二次元ゲルを染色し、タンパク質を可視化します。最終的に、二次元電気泳動を通じてタンパク質発現の違いを示す結果を得ることができます。この手法は、どのような条件下でどのタンパク質が産生されるか、また細菌の分離株間でタンパク質産生にどのような違いがあるかといった、細菌の病原性研究における重要な疑問を解決するのに役立ちます。これらの情報は、病原性に関与している可能性のある候補タンパク質の同定に寄与します。100 mLのbur cold dairy培養物を定常期まで増殖させた後、35 mLを遠心チューブに移し、4,500 G、4 °Cで20分間遠心分離します。ペレットを35 mLの冷PBSに懸濁し、遠心分離を繰り返します。ペレットを1 mLの冷PBSに懸濁した後、溶液を滅菌済みの2 mLマイクロチューブに移し、再度遠心分離を行います。1 mLの冷PBSで洗浄を繰り返し、4 °C、14,000 Gで1分間遠心分離した後、上清を捨て、1 mLのPBSEDTAPMSF溶液を加えます。溶解したペレットを、約0.5 mLの滅菌済みガラスビーズを含む2 mLスクリューキャップチューブに移します。次に、細胞を破砕するため、コールドルーム内でミニビードビーターを1分間×3回使用し、各サイクルの後にサンプルを氷上に置きます。その後、1分間遠心分離し、上清を滅菌済みの5 mLポリスチレンチューブに移します。収量を増やすため、PBS-EDTA-PMSFを追加し、ビード破砕をさらに2回繰り返します。サンプルを回収します。次にタンパク質量を測定した後、200 µgずつ分注し、1次元電気泳動に使用するまで-80 °Cで保存します。等電点電気泳動（IEF）は、まずストリップクリーニング溶液を用いてストリップホルダーを洗浄することから始めます。続いて、ストリップをmilli Q水で洗浄します。その後、逆さまにして乾燥させ、乾燥後に各サンプルにゲルストリップホルダー番号を割り当てます。あらかじめ調製した200 µgのタンパク質サンプルをストリップホルダーの側方ウェルにロードし、清潔なピンセットを用いてピペットでサンプルをホルダーに沿って分配します。パッケージからゲルストリップを取り出します。次に、ゲルストリップから保護層を取り除き、粗い面を下にして、陰極側から陽極側へゆっくりと滑らせるように配置してストリップを濡らします。焼き切れを防ぐため、滅菌水で湿らせたブロッティングペーパーを電極の上およびゲルストリップの下に配

total-protein-extraction-2-d-gel-electrophoresis-methods-for

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

免疫学と感染症

我々は、2次元アガロースゲル分析は、UV照射後に発生する複製の中間体の構造を識別するために使用できるようにするための手順を示します。...

のUV -誘発複製中間体の可視化 E.大腸菌二次元アガロースゲル分析を用いた

ツールと化学が順次電気を必要とせずにサンプルからのタンパク質に続いて核酸を分離するために記述されています。このツールは、分離化学を固相抽出の原則に基づいている間に転送ピペット内に保持されて吸着剤から構成されています。隔離された高分子は、免疫系とPCRベースのアッセイにより分析することができます。...

電気鉛フリー、シーケンシャル核酸およびタンパク質の分離

このビデオでは、ヒト非機能性下垂体腺腫(NFPA)の腫瘍組織から得られた複雑なタンパク質混合物から個々のタンパク質を分離する二次元ゲル電気泳動法を実演します。タンパク質は、最初の次元では電荷に基づいて分離され、さらに2番目の次元では分子量に基づいて分離されます。...

二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動:電荷と分子量に基づく複雑なタンパク質混合物中のタンパク質の分析のための分離技術

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コンセンサス脳由来のタンパク質、2D-DIGEとミニ2DEイムノ両方を使用して、ヒトおよびマウスの脳プロテオーム研究のための抽出プロトコール

タンパク質共発現は、タンパク質複合体のin vitro再構成に対する強力な代替手段であり、in...

タンパク質の共発現の多面的メリットで<em&gt;エシェリヒア·コリ</em

セルベースの​​システムにおけるマラリアのタンパク質の発現は、依然として厳しいです。我々は、HeLa細胞からマラリアrhoptry組換えタンパク質を発現するための2つのステップと、一段階IVT（ インビトロ翻訳 ）無細胞発現系を示します。我々はrhoptryタンパク質を精製するのNi-樹脂親和性に基づく精製システムを使用しています。...

の発現のためのHeLaベースの無細胞発現系<em&gt;マラリア原虫</em&gt; Rhoptryタンパク質

グラム陰性細菌は、2つの空間的に分離された膜を生成する。外膜は、内膜から、ペリプラズムとペプチドグリカン層によって分割される。これらの微生物の二重二重層を単離する能力は、その生理学と病因を理解するために重要であった。...

アシネトバクターバウマンニの技術的調整によるグラム陰性細菌の細胞エンベロープの内膜および外膜分画への分離

このプロトコルは、タンパク質毒性抗菌剤による処理後の 大腸菌 からの凝集および可溶性タンパク質の抽出と可視化を記述する。この手順に従うと、異なる細菌株および/または治療間 のインビボで のタンパク質凝集形成の定性的比較が可能となる。...

タンパク質毒性ストストレスマによる 大腸菌 治療後のタンパク質凝集体の抽出と可視化

このプロトコールは、サイズ排除クロマトグラフィー、培養上清から 結核菌 群細胞外小胞を富化するための容易で再現性のある技術を記載する。...

結核 菌サイズ排除クロマトグラフィーによる細胞外小胞濃縮

このプロトコルは、等電点に基づく分取等電点フォーカシング(IEF)を使用して、不溶性細胞壁および膜タンパク質を単純な画分(1〜5タンパク質)に分離し、続いて分子量による分離を行います。得られた画分は、それ以上の精製を行わずに、免疫学的およびプロテオミクス分析に直接使用できます。...

下流のタンパク質分析のための結 核菌 からの細胞壁および細胞膜タンパク質の分離と分画

学ぶ Burkholderia からの全タンパク質抽出と2次元ゲル電気泳動法によるプロテオーム解析。この手法は細菌の病原性メカニズム解明と治療標的の探索に貢献します。

全タンパク質の抽出および2次元ゲル電気泳動法のための

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