Name: ジェネラリストの腸内で代謝的に活性な細菌の同定ハスモンヨトウリットラリス DNAを安定同位体を経由して使用するプロービング 13 C-グルコース (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-11-13T20:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 11 s
Description: 学ぶ安定同位体プロービング法でSpodoptera littoralisの腸内で代謝的に活性な細菌を同定する方法。密度勾配遠心分離とピロシーケンスにより細菌の系統と機能を結びつけ、昆虫の腸内微生物生態学研究に応用できる。

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私たちは、実験室での支援をアンジェリカベルクに感謝します。この作品は、マックスプランク協会および微生物コミュニケーション（JSMC）のためのイエナ大学によってサポートされ、融資された。

1。昆虫飼育<ol><li> ハスモンヨトウの卵のクラッチを購入するか、入手し、独自の飼育からサ ​​キシマスオウノキ 。孵化するまで室温（RT）での滅菌ペトリ皿で​​それらを維持する。 </li><li>次のように飼育昆虫人工飼料を準備します。 <ol><li> 100mlの水に一晩500グラムのグランド白い豆を浸す。 </li><li> H 2 Oを蒸留千ミリリットルに9.0グラムのアスコルビン酸および75グラム寒天を追加し、後でそれを沸かす。 </li><li>混合物を冷却するしましょう​​、それを（白いワックス状固体混合物に）固化する際に使用するまで4℃で保管してください。 </li></ol></li><li>照明の16時間と闇の8時間と長日体制の下で23〜25℃で人工飼料に清潔なプラス​​チックの箱とリア、それらを新たに孵化した幼虫を転送します。幼虫はすべて6幼虫齢​​を経るまで、毎日食べ物を変更します。 </li></ol>代謝的に活性な腸細菌におけるDNAの2。13 C標識<ol><li>蒸留し、脱イオン水（のddH 2 O）と完全に13 C標識グルコースの186.1ミリグラムを溶解し、SIP実験用人工飼料を100グラムとよく混ぜる。人工飼料に10 mMの最終13 C-グルコース濃度を確認してください。これは、S.の腸内でその場でのグルコース濃度を模倣するシャオら （提出）に応じて綿植物上の幼虫の摂食をサキシマスオウノキ 。 </li><li>新鮮な13 C-グルコースを含む滅菌プラスチックペトリ皿（シャーレにつき1幼虫）の飼育箱からの転送9月15日、健康な二齢幼虫を人工飼料をスパイク。説明したように、対照群を供給するための、天然のグルコース（12 C-グルコース）を同量含有する人工飼料を使用する。 </li><li>潜伏期間（1日）の間、頻繁に人工飼料を新たにする。ステップ1.3のように、飼育条件を使用してください。 </li><li>後で処理（DNA抽出）のために各治療から9幼虫を収集します。各3個人によって構成されている複製、治療ごとに少なくとも3回の反復を行います。 </li></ol> 3。昆虫解剖<ol><li>清潔で、エタノール70％（ツール= Vannasはさみ、ピンセット、高級替刃で、メス）で作業の最初に解剖ツールを消毒。 </li><li>柔らかピンセットで虫を取り、蒸留水で表面的に彼らの皮膚を洗浄する。それらを麻酔するために、少なくとも30分間氷上に置きます。 </li><li>まだそれらを殺すために1時間0℃で行われ、それらを麻酔している間。数分間のエタノール（70％）でそれらを浸漬することによって表面的に死んだ虫を駆除。 </li><li> pHを7.4に調整し、約15ミリリットルの滅菌1×PBSペトリ皿（1×PBS = 137mMのNaCl、2.7mMのKCl、4.3のNa 2 HPO 4、1.47 mMのKH 2 PO 4の上に堆積されたボリュームに昆虫切開を行うオートクレーブ）。完全solutを中に浸漬し、全昆虫の体を持っていることの確認してください全体解剖期間中にイオン。 </li><li>頭に開始し、肛門に仕上げて、右と昆虫の左側に沿って皮膚を切開することによって解剖を開始します。肌全体、マルピーギ細管、および脂肪体を取り外します。腸を切開する前に、新鮮な緩衝液に変更します。セクションの腸前後、中、そして必要なときに後腸。冷凍庫に組織を保存（-80〜-20℃）までのDNA抽出</li></ol> 4。 DNA抽出および増幅<ol><li> 1.5ミリリットルの滅菌遠心管中昆虫組織を置き、真空濃縮器装置中で45℃ですべてのサンプルを乾燥させる。滅菌プラスチック乳棒で乾燥させた組織をつぶす。 </li><li>土壌DNA抽出に適したキットを用いてゲノムDNAを抽出する。キットの反応チューブに乾いたティッシュを転送し、製造業者によって示される指示に従ってください。 </li><li>分光光度計を使用して、最終的な溶出したDNAの濃度を測定する。 </li><li>付くYA真正細菌の一般的なプライマー27F（5 - AGAGTTTGATCCTGGCTCAG -3）を使用した診断PCR法を用意することで昆虫の腸からの微生物メタゲノムDNAの抽出成功と1492r（5 - GGTTACCTTGTTACGACTT -3）。 PCR反応は以下のように設定します。 <ol><li> 1×緩衝液を含有する50μlの反応混合物を設定し、1.5のMgCl 2、10 mMの4種のデオキシヌクレオシド三リン酸（dNTP）のTaq DNAポリメラーゼ2.5 Uの各プライマー、0.5 mMおよび抽出されたDNAを鋳型として60ngの。 </li><li>次のようにサーモサイクラーを用いてPCR反応を実行する：3分94℃での初期変性、続いて35サイクル：45秒、30秒、55℃でのアニーリング、および1分間72℃、伸長94℃ 。 10分間72℃での最終伸長工程を使用してください。 </li><li> 1％アガロース電気泳動、エチジウムブロマイド（EB）染色ゲル（1μlのEBで1×TAE緩衝液と染色100mlにアガロース1gを溶かす）に成功したPCR増幅を確認してください。目の寄託5μLEのPCR産物+ゲルポケットに6Xローディング色素1μlの。 （1×TAEでpHを8に調整し、40mMトリス - 塩基、20mMの氷酢酸、1mMのEDTAを=）。 </li><li> CAの300 V、115ミリアンペア時1xTAE緩衝液を使用したゲルを実行します。電気泳動チャンバー内の20分。ゲルドキュメンテーション室（デジタルカメラやコンピュータに接続されているUVトランスイルミネーター）を使用してゲルを観察し、また、ロードされた遺伝子マーカーを使用して、最終製品のサイズを比較して、アンプリコンの正確な大きさは約1.5kbである必要があります。 </li></ol></li><li>優先的に、急速冷凍条件でPCR産物を格納-80°C、使用するまで。 </li></ol> 5。 DNA分離 - 塩化セシウム勾配超遠心<ol><li>次のように超遠心分離のための勾配のための試薬を準備<ol><li>徐のddH 2 Oに塩化セシウムの603.0グラムに溶解することにより7.163 M塩化セシウム（CsClの）溶液を調製し、500ミリリットルの最終容量に埋める。 </li><li>正確にデ三連による3桁のバランスに1.0ミリリットル分量を計量することにより準備された塩化セシウム溶液の密度をtermine。これは通常、室温で1.88及び1.89グラム/ mlの範囲である。 </li><li> 1 Mトリス-HCl（pH8.0）、0.5 M EDTA 1mlの液（pH 8）、決勝でのKCl、3.75gの50mlのを組み合わせることによって、勾配緩衝液（100mMトリス、100mMのKCl及び1mM EDTA）を調製のddH 2 Oを使用して500ミリリットルの容量フィルター（0.22μm）を、このソリューションを殺菌し、オートクレーブ。 </li></ol></li><li> DNA分離<ol><li>点4.3のように測定扱わ昆虫の個々のDNA濃度を、決定すると、一緒に複製するように対応し、それぞれの1は、同じようにプールしたサンプルに寄与することを確実にするために彼らのDNA濃度を正常化するもの昆虫プール。 DNAの500〜5,000 ngの（再度の最終濃度を測定）の最終濃度は、超遠心分離工程21に適している。 </li><li>グラデーションメディアを設定するには、定量化されたDNAを、勾配バッファANを組み合わせるD一緒に7.163 M塩化セシウム水溶液4.8ミリリットルの滅菌15ミリリットルのスクリューキャップチューブ中の6.0ミリリットルの混合量（勾配中期DNA混合物の生成）する。 </li><li>慎重に注射器と針を用いて（チューブ首の付け根まで記入）5.1ミリリットル超遠心管に準備された勾配、中のDNAの混合物を配置します。気泡をポンプまたは形成することは避けてください。基準傾きとして各遠心実行で（代わりにDNAののddH 2 Oを使用して）1つ以上の空白グラデーションが含まれています。 </li><li>各必須勾配媒体後の重量を10mg以内に平衡管ペアは、それぞれの超遠心管に充​​填される。 &quot;チューブトッパー」でチューブをシールし、シールは漏れのないチューブを反転させて、手で適度な圧力を加えていることを確認してください。 </li><li>超遠心分離のために5.1ミリリットル超遠心管を保持するための8ウェルを備えたほぼ垂直ローターを使用してください。慎重にローター井戸をシールし、MAに応じて超遠心機にローターを読み込むnufacturerの指示に従ってください。超遠心分離条件を設定します（177,000 XG前後）5万でスピン、20℃の温度、超遠心分離、真空で40時間の時間を実行している。ブレーキなしの最大加速と減速を選択します。 </li><li>一度終了し、慎重に鉗子を使用して遠心ローターからチューブを取り外します。チューブ内に形成された勾配を乱すことなく、ラックに配置します。任意の拡散を最小限に抑えるために、できるだけ早く勾配分画のサンプルを処理する。 </li></ol></li><li>分別によって等密度別居勾配からのDNAの検索<ol><li>同じように超遠心チューブトップ置​​換法から形成された勾配を分離勾配分画を、実行するために、正確なHPLCポンプシステムを使用しています。 1Lの変位をddH 2 Oで満たされたボトルにHPLCポンプ（100％流量勾配）を接続し、しっかりと注射針23のG 1で開いたポンプチューブに取り付ける。十分なBを追加それを濃い青色を与えることのddH 2 Oに青色色素をromophenol。これは、勾配媒体とのddH 2 Oの変位との間の界面の可視化を容易にする</li><li> 850μlの/分の流速、ポンプを設定し、青色のddH 2 Oの一滴まで、システムを平衡化することは、注射針の外に出る。 </li><li>慎重にクランプスタンドに超遠心分離管を固定し、長い針での注射器23のG 1とチューブの底に穴を開け。チューブの上部にポンプチューブに取り付けられた針を挿入することにより、超遠心管にポンプを接続し、直接、滅菌1.5ml微量遠心管に下から滴を集める。約425分あたりのμLとグラデーション当たり12画分の合計額、分数ごとに30秒を収集します。最後の画分（画分12）は、通常の変位のddH 2 Oが含まれ、廃棄されるべきであることに注意してください。 </li><li>分別後、MEステップ5.1.2で説明したように化学天秤を使用して、すべての分離された画分の密度をASURE。 </li><li>第一のDNAの少量の沈殿のためのキャリアとして1μlのグリコーゲン（のddH 2 O中に20μg/μL、オートクレーブ処理）を添加することにより、（425μL程度）各分画からDNAを沈殿させる。反転によりよく混ぜる。 </li><li>ポリエチレングリコール（PEG）溶液（ポリエチレングリコール6000 150gを500 mLの全量のddH 2 O中のNaCl 46.8gの溶解する。濾過し、滅菌し、オートクレーブ2倍量（850μl）を添加する。PEG溶液が30である％PEG 6000および1.6 MのNaCl）と、10回転倒再び混ぜる。 </li><li> （必要であれば一晩）、DNAを沈殿させ、少なくとも2時間、室温で管を残す。 </li><li>室温で30分間13,000×gで沈殿物を遠心分離する。目に見えるペレットを形成すべきである。 </li><li>慎重にピペットで上清を除去し、70％エタノール500μlでペレットを洗浄。同じ下遠心分離機再び10分間の条件。 </li><li>慎重に上清を廃棄し、室温で15分間、ペレットを空気乾燥させます。 </li><li>のddH 2 O30μlの中で乾燥させたDNAペレットを再溶解し、ゆっくりとチューブをタップしてよく混ぜる。長期間の保管が必要な場合は、ステップ4.3ストア-20℃または-80の下のサンプルのように、それぞれの勾配分でDNAを定量化する。 </li></ol></li></ol> 6。パイロによるDNAの特徴付け<ol><li> 13 C標識DNAが周囲に1.720〜1.735グラム/ mlの密度を持っているのに対し、非標識のネイティブ（12℃）のDNAは、1.705グラム/ミリリットルから1.720グラム/ mlまで密度範囲を占めていることを確認してください。ネイティブおよび環境試料から抽出された13 C標識DNAの両方は、いくつかの勾配画にまたがることに注意してください。光DNAが留分9月11日、フラクション4-6に関連付けられる重いDNAと関連していると期待しています。 </li><li>シングル「コンパイルされた「代表端数ACを作成するために、キーの分画を組み合わせ密度分解、DNAの特定のピークの割り当てにコーディング。あるいは、このような濃度勾配ゲル電気泳動（DGGE）23変性などの同位体比質量分析（IRMS）を用いて分離された画分を調べるための他の手段22又はフィンガープリント法は、配列決定の前に適切な画分を選択するのを助けることができる。 </li><li>個々の勾配のコンパイルされた、重い、中、軽留分からPCR増幅した細菌の16S rRNA遺伝子のピロシーケンスを実行します。この方法を使用して、SIPインキュベートした試料における系統および代謝的に活性な細菌種の相対存在量を同定することは可能である。次のようにパイロシーケンシングを実行します。 <ol><li>チタン試薬とロシュ454 FLX機器を用いてアンプリコンピロシーケンスを実行します。 </li><li> 24,25は目で拡張（5 - - GAGTTTGATCNTGGCTCAG -3）Gray28Fを設定フュージョンプライマーを用いて多重化するためのバーコードアンプリコンを準備し、Gray519r（GTNTTACNGCGGCKGCTG -3 5）EそれぞれのプライマーアダプターA / Bおよびサンプル固有の多重化識別子（MID）。 </li><li>シーケンシングライブラリーを生成するために、ホットスタートTaqポリメラーゼを用い、30サイクルの一段階PCRを適用する。 </li><li>サプライヤーとのプロトコルに基づいてアンプリコンの配列を決定し、で説明したように順方向（Gray28F）から読み込み延長<a href="http://www.researchandtesting.com/">http://www.researchandtesting.com/</a> 。 </li></ol></li></ol> 7。パイロシーケンシングデータ解析<ol><li>生のシーケンスは「微生物生態学への定量的な洞察力」、QIIMEのソフトウェア·パイプライン26で454パイロシーケンシングによって生成された読み取り分析する。次のように処理を実行します。 <ol><li>最初は、process_sff.pyスクリプトFASTA、QUALとフローグラムのファイルに454-機械生成SFFファイルを変換します。 </li><li> （check_id_map.pyに基づいて）マッピングファイルを検証し、多重化されたが、生物学的なSAMへの読み込み割り当てるples split_libraries.pyスクリプトで。低品質の50のスライディングウィンドウサイズと25の平均品質のカットオフパラメータで終わるトリム、データセットから短い曖昧な配列（長さ&lt;200 bp）をも排除する。 </li><li> denoise_wrapper.pyを使用して454のデータをノイズ除去。 </li><li>次に、複数のOTUピッキング法（pick_otus.py 97％の配列類似カットオフした）を使用した高品質の操作的分類単位（OTUs）に読み込み、クラスター化。 </li><li> pick_rep_set.pyを使用して、各OTUからの代表的な配列を選択してください。 </li><li> assign_taxonomy.pyに基づいた代表的な配列セットに分類を割り当てます。0.80に設定されたレコードの割り当て最小自信を持ってリボソームデータベースプロジェクト（RDP）分類器を使用してください。 </li><li>アルゴリズムPyNast（align_seqs.pyを使用してプリアライメントGreengenesコア16S配列に対して設定された代表シーケンスを揃える75最小配列同一性パ​​ーセントを設定した）。 </li><li>さらに、identify_chimeric_seqs.pyを実行することで、さらなる分析からキメラを枯渇。 </li><li>系統樹（make_phylogeny.py）を構築する前にlanemaskテンプレート（filter_alignment.py）と（系統発生推論には有用ではない）、全てのギャップ位置を削除します。 </li><li>最終的に、それぞれの試料中の細菌の系統型の発生を記述し、make_otu_table.pyでOTUテーブルを生成。細菌豊かさと活性を比較するためのヒートマップを構築するために、OTU表を使用します。 </li><li>必要に応じて、それぞれ、サンプル内および間でαおよびβの多様性を計算する。同様にして、希薄曲線（シーケンシング深さに対する多様性のグラフ）および微生物群集の関係を表すプリンシパル座標分析（PCoAの）プロットを調製することもできる。 </li></ol></li></ol>

<ol><li>Pais, R., Lohs, C., Wu, Y. N., Wang, J. W., Aksoy, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+obligate+mutualist+Wigglesworthia+glossinidia+influences+reproduction%2C+digestion%2C+and+immunity+processes+of+its+host%2C+the+tsetse+fly%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The obligate mutualist Wigglesworthia glossinidia influences reproduction, digestion, and immunity processes of its host, the tsetse fly.</a> Appl. Environ. Microbiol. 74, 5965-5974 (2008).</li>
<li>Freitak, D., Heckel, D. G., Vogel, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dietary-dependent+trans-generational+immune+priming+in+an+insect+herbivore%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Biol.+Sci%22%5BJournal%5D)">Dietary-dependent trans-generational immune priming in an insect herbivore.</a> Proc. Biol. Sci. 276, 2617-2624 (2009).</li>
<li>Dillon, R. J., Vennard, C. T., Charnley, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Note%3A+Gut+bacteria+produce+components+of+a+locust+cohesion+pheromone%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A Note: Gut bacteria produce components of a locust cohesion pheromone.</a> J. Appl. Microbiol. 92, 759-763 (2002).</li>
<li>Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nutritional+interactions+in+insect-microbial+symbioses%3A+Aphids+and+their+symbiotic+bacteria+Buchnera%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Nutritional interactions in insect-microbial symbioses: Aphids and their symbiotic bacteria Buchnera.</a> Annu. Rev. Entomol. 43, 17-37 (1998).</li>
<li>Reichardt, N., Barclay, A. R., Weaver, L. T., Morrison, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+stable+isotopes+to+measure+the+metabolic+activity+of+the+human+intestinal+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of stable isotopes to measure the metabolic activity of the human intestinal microbiota.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 8009-8014 (2011).</li>
<li>Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+probing+-+linking+microbial+identity+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable isotope probing - linking microbial identity to function.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 499-504 (2005).</li>
<li>Gil, R., Latorre, A., Moya, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+endosymbionts+of+insects%3A+insights+from+comparative+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial endosymbionts of insects: insights from comparative genomics.</a> Environ. Microbiol. 6, 1109-1122 (2004).</li>
<li>Brune, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBrune%2C+A+%22Encyclopedia+of+Insects%22">Encyclopedia of Insects</a>. VH, R. esh, Cardé, R. T. , Elsevier. 1132(2005).</li>
<li>Breznak, J. A., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+microorganisms+in+the+digestion+of+lignocellulose+by+termites%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Role of microorganisms in the digestion of lignocellulose by termites.</a> Annu. Rev. Entomol. 39, 453-487 (1994).</li>
<li>Broderick, N. A., Raffa, K. F., Goodman, R. M., Handelsman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Census+of+the+bacterial+community+of+the+gypsy+moth+larval+midgut+by+using+culturing+and+culture-independent+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Census of the bacterial community of the gypsy moth larval midgut by using culturing and culture-independent methods.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 293-300 (2004).</li>
<li>Funke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+hydrolysis+of+quorum-sensing+molecules+in+the+gut+of+lepidopteran+larvae%5BTitle%5D)+AND+%22Chembiochem%22%5BJournal%5D)">Rapid hydrolysis of quorum-sensing molecules in the gut of lepidopteran larvae.</a> Chembiochem. 9, 1953-1959 (2008).</li>
<li>Tang, X. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complexity+and+variability+of+gut+commensal+microbiota+in+polyphagous+lepidopteran+larvae%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Complexity and variability of gut commensal microbiota in polyphagous lepidopteran larvae.</a> PloS One. 7, (2012).</li>
<li>Amann, R. I., Ludwig, W., Schleifer, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+identification+and+in-situ+detection+of+individual+microbial-cells+without+cultivation%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol.+Rev%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic identification and in-situ detection of individual microbial-cells without cultivation.</a> Microbiol. Rev. 59, 143-169 (1995).</li>
<li>Olsen, G. J., Lane, D. J., Giovannoni, S. J., Pace, N. R., Stahl, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+ecology+and+evolution+-+a+ribosomal-rna+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial ecology and evolution - a ribosomal-rna approach.</a> Annu. Rev. Microbiol. 40, 337-365 (1986).</li>
<li>Pilloni, G., von Netzer, F., Engel, M., Lueders, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electron+acceptor-dependent+identification+of+key+anaerobic+toluene+degraders+at+a+tar-oil-contaminated+aquifer+by+Pyro-SIP%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Electron acceptor-dependent identification of key anaerobic toluene degraders at a tar-oil-contaminated aquifer by Pyro-SIP.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 78, 165-175 (2011).</li>
<li>Lu, Y. H., Conrad, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+stable+isotope+probing+of+methanogenic+archaea+in+the+rice+rhizosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">In situ stable isotope probing of methanogenic archaea in the rice rhizosphere.</a> Science. 309, 1088-1090 (2005).</li>
<li>Radajewski, S., Ineson, P., Parekh, N. R., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable-isotope+probing+as+a+tool+in+microbial+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Stable-isotope probing as a tool in microbial ecology.</a> Nature. 403, 646-649 (2000).</li>
<li>Lueders, T., Pommerenke, B., Friedrich, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable-isotope+probing+of+microorganisms+thriving+at+thermodynamic+limits%3A+Syntrophic+propionate+oxidation+in+flooded+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable-isotope probing of microorganisms thriving at thermodynamic limits: Syntrophic propionate oxidation in flooded soil.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 5778-5786 (2004).</li>
<li>Kunapuli, U., Lueders, T., Meckenstock, R. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+stable+isotope+probing+to+identify+key+iron-reducing+microorganisms+involved+in+anaerobic+benzene+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">The use of stable isotope probing to identify key iron-reducing microorganisms involved in anaerobic benzene degradation.</a> ISME J. 1, 643-653 (2007).</li>
<li>Fuhrer, T., Fischer, E., Sauer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Experimental+identification+and+quantification+of+glucose+metabolism+in+seven+bacterial+species%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Experimental identification and quantification of glucose metabolism in seven bacterial species.</a> J. Bacteriol. 187, 1581-1590 (2005).</li>
<li>Dunford, E. A., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+Stable-Isotope+Probing+%28DNA-SIP%29%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">DNA Stable-Isotope Probing (DNA-SIP).</a> J. Vis. Exp. (42), (2010).</li>
<li>Yamasaki, S., Nomura, N., Nakajima, T., Uchiyama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-independent+identification+of+candidate+dehalorespiring+bacteria+in+tetrachloroethylene+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Sci.+Technol%22%5BJournal%5D)">Cultivation-independent identification of candidate dehalorespiring bacteria in tetrachloroethylene degradation.</a> Environ. Sci. Technol. 46, 7709-7716 (2012).</li>
<li>Lueders, T., Manefield, M., Friedrich, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+sensitivity+of+DNA-+and+rRNA-based+stable+isotope+probing+by+fractionation+and+quantitative+analysis+of+isopycnic+centrifugation+gradients%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Enhanced sensitivity of DNA- and rRNA-based stable isotope probing by fractionation and quantitative analysis of isopycnic centrifugation gradients.</a> Environ. Microbiol. 6, 73-78 (2004).</li>
<li>Ishak, H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+diversity+in+Solenopsis+invicta+and+Solenopsis+geminata+ant+colonies+characterized+by+16S+amplicon+454+pyrosequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial diversity in Solenopsis invicta and Solenopsis geminata ant colonies characterized by 16S amplicon 454 pyrosequencing.</a> Microb. Ecol. 61, 821-831 (2011).</li>
<li>Sun, Y., Wolcott, R. D., Dowd, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tag-encoded+FLX+amplicon+pyrosequencing+for+the+elucidation+of+microbial+and+functional+gene+diversity+in+any+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Tag-encoded FLX amplicon pyrosequencing for the elucidation of microbial and functional gene diversity in any environment.</a> Methods Mol. Biol. 733, 129-141 (2011).</li>
<li>Kuczynski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+QIIME+to+Analyze+16S+rRNA+Gene+sequences+from+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Using QIIME to Analyze 16S rRNA Gene sequences from microbial communities.</a> Curr. Protoc. Microbiol. Chapter 1, Unit1E 5(2012).</li>
<li>Dillon, R. J., Dillon, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut+bacteria+of+insects%3A+nonpathogenic+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Entomol%22%5BJournal%5D)">The gut bacteria of insects: nonpathogenic interactions.</a> Annu. Rev. Entomol. 49, 71-92 (2004).</li>
<li>Neufeld, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+stable-isotope+probing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">DNA stable-isotope probing.</a> Nat. Protoc. 2, 860-866 (2007).</li>
<li>Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+probing+-+linking+microbial+identity+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable isotope probing - linking microbial identity to function.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 499-504 (2005).</li>
</ol>

我々は、開示することは何もありません。

ほとんどの昆虫の消化管は、豊かで複雑 ​​な微生物群集を保有。通常、10 7 -10 9原核細胞は、ほとんどの場合、宿主自身の細胞をより多かっ、そこに留まる。このように、昆虫の腸は共生27を義務づけるための病因から、微生物関係のさまざまな側面を表現する、多様な微生物活動のための「ホットスポット」である。多くの研究が昆虫の腸の微生物コミュニティの驚くべき多様な説明してきたが、腸内細菌叢の代謝活性の特徴付けは稀である。安定同位体プロービングの方法は、今の栽培とは独立して、さらには生体内での複雑な細菌叢の背景からのアクティブなメンバーと区別するための可能性を提供する。私たちは、昆虫のモデル系、綿の葉のワーム（ スポドプテラリットラリス ）で腸内細菌叢を研究するためにこの貴重なツールを適用した。グルコースはコットンリーフワームの腸内の支配的な糖であるので、このデモでは、我々はLARを与え人工飼料でVAEは、腸内細菌叢に、代謝活性細菌を追跡するために、13 C-グルコースの余分な生理的用量でスパイク。ネイティブグルコースを確...

昆虫、細菌の共生アソシエーションは昆虫種7多数のために知られている。これらの共生協会では、微生物は、昆虫の成長と発展に重要な役割を果たしている。微生物は、必須アミノ酸4の合成、およびホストへアクセスできなく食物の消化を含む昆虫再生1、フェロモン生合成3、栄養に貢献することが示されている。腸の細菌団体の広大な様にもかかわらず、はるかに少ない彼らは昆虫の賛成で遊ぶ機能的役割についてはほとんど知られていない。シロアリのみの場合には、リグノセルロースの共生消化は、原核生物、原生動物、および真菌によって行う、8,9広く研究されている。これとは対照的に、少しはコットンリーフワーム、すなわち 、 ハスモンヨトウのサキシマスオウノキ。また、原因植物宿主の彼らの頻繁なシフトに、一般的なジェネラリスト昆虫の消化管に存在する共生関連についてはほとんど知られていないIST昆虫とその消化管関連細菌群集は永続的にその食性は植物化学物質の過多で植物を消費するにリンクされ、新たな課題にさらされている。この他に、鱗翅目における腸環境は、 それ自体が高いため、腸pH 10の細菌の増殖のための過酷な環境を表す。特にSの場合、 サキシマスオウノキ 、それはカリフォルニア 、前腸内の10.5の範囲である。腸内の9のpHにほぼ7後腸11。一方、細菌群集はSの腸に関連するサキシマスオウノキは簡単です。唐、Freitak ら 12は、この虫に関連する細菌群集の唯一のメンバーとして7種類の細菌種の合計に属する36系統型の最大値を報告した。この他にも、複雑な飼育手順は、実験室での昆虫成長のために必要ありません。さらに、この昆虫の短いライフサイクルは、マルチグラムを容易にするenerational研究、腸管微生物の相互作用を研究するための理想的なモデルシステムにこの種を回す。 PCRベースのシーケンシング技術の出現により、いくつかの生物（ すなわち 、人間、昆虫、または海洋生物）の腸の生物相を扱う多くの研究が増加している。また、結果は、従来のように腸保有菌の分離と栽培から独立しています。細菌のほぼ99％が耕作されず、腸内で優勢な環境条件のシミュレーションが12困難である。 PCRを用いて、16S rRNA遺伝子断片（細菌の間で広く使用される系統発生遺伝子マーカー）を選択的に、腸管細菌群集との混合DNA鋳型から増幅され、配列決定し、クローン化することができる。この情報により、ユーザは、公開データベース13,14からの配列情報を取得した後、細菌の種を同定することができる。それにもかかわらず、配列決定は、細菌を記述するために近づくコミュニティは、コミュニティ内の個々の種の本質的な代謝の貢献に関する情報の不足のために不十分なままです。 （SIP）をプロービング安定同位体は、有望な文化のない手法である。これは、しばしば特定の代謝活動にリンクされた微生物の系統発生を分析するために、環境微生物学で使用される。これは、リン脂質由来の脂肪酸、DNA、RNAおよび5のような微生物のバイオマーカーへの基材から、安定同位体標識された炭素原子を追跡することによって達成される。核酸を考慮すると、方法論は、密度勾配超遠心分離することにより、非標識DNA 6から13 C標識DNAまたはRNAの分離に基づいている。原因のDNAラベルと代謝活性の間のこの直接の接続に、核酸の下流分子解析は、種を識別し、代謝活動に関する情報を提供しています。さらに、DNA-SIP及びパイロシーケンシングの組み合わせによって適用されるPilloni、フォンNetzer ら 15は 、重い13 C標識DNA画分に存在する細菌種の特定の単純で敏感な同定を可能にする。これまで、この技術は、好気性および嫌気性条件下16,17 18,19の下で、土壌中の生物地球化学的プロセスに関与する細菌群集を記述するために適用されている。難消化性炭水化物に反応して、人間の腸内細菌叢の異なる系統発生のグループの代謝活動を説明しライハルトら 5によって報告されるように環境科学での使用のほかに、技術は医学に適用されている。 ここでは、「ラベル」に、腸内の代謝活性のある細菌種のDNAを13 C-グルコースを使用しています。グルコースは、例外が20知られているが、広範なエントナー·（ED）経路に沿ってほとんどの細菌種によって利用糖である。この関心と確立された経路に沿って炭素源の代謝物との間のリンクを提供して信頼性の代謝プローブとして13 C-グルコースの使用を正当化する。科学的な質問、他の基質、 すなわち 13 C-メタン、13 CO 2、又は13 CO 2雰囲気下で昇植物に依存して、代謝活性をアドレス指定するために使用することができる。 この時点で、我々はジェネラリスト昆虫の消化管細菌群集の代謝特性評価、すなわち、Sに適用されるプロトコルを提示サキシマスオウノキ （ 鱗翅目、ヤガ科 ）。さらに、技術が順番に高い分解能と精度で昆虫の腸細菌群集の同定を可能にするパイロシーケンシングに結合した。メイン基板として、13 C-標識されたグルコースは、実験中に使用した。

<table><tbody><tr><td>デュモン#5ミラーフィニッシュ鉗子</td><td>ファインサイエンスツール</td><td>11251-23</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>バンナススプリングシザー</td><td>ファインサイエンスツール</td><td>15000-00</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>速度真空濃縮器 5301</td><td>Eppendorf Germany</td><td>5305 000.304</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>プラスチック乳棒</td>Carl <td>Roth GmbH Co.ドイツ</td><td>P986.1</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>NanoVue分光光度計</td><td>GEヘルスケア、英国</td><td>28-9569-58</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>Mastercycler pro/thermocycler</td><td>エッペンドルフ ドイツ</td><td>6321 000.515</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>Agagel Standard Horizontal Gel Electrophoresis Chamber</td><td>Biometra</td><td>販売終了</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>超遠心分離機(オプティマL-90K)</td><td>ベックマン</td><td>A20684</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>超遠心ローター(NVT 90)</td><td>Beckman</td><td>362752</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>HPLCポンプ</td><td>Agilent</td><td>1100</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>クイックシール、ポリアロマーチューブ</td><td>ベックマン</td><td>342412</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>トランスイルミネーター UVstar 15&nbsp;</td><td>バイオメトラ</td><td></td><td>&nbsp;</td></tr></tbody></table>

ジェネラリストの腸内で代謝的に活性な細菌の同定<em&gt;ハスモンヨトウリットラリス</em&gt; dnaを安定同位体を経由して使用するプロービング<sup&gt; 13</sup&gt; c-グルコース

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

ほとんどの昆虫の根性が共生非病原性細菌の複雑な共同体が生息している。そのような微生物群集内では、相利共生又は細菌種を同定することができる。後者のものは、特に必須アミノ酸4の合成を含む免疫応答2、フェロモン産3、ならびに栄養を、昇圧、 すなわち昆虫再生1に助け、昆虫に複数の機能を果たすことが観察されている。 により、これらの団体の重要性に、多くの努力が、個々のメンバーにまで社会を特徴づけるために行われてきた。しかしながら、これらの努力のほとんどは、いずれかの栽培方法に基づいて、または最終同定のために配列決定した16S rRNA遺伝子断片の生成に依拠した。残念ながら、これらのアプローチは、腸内に存在する細菌種を特定しないのinformatありません微生物の代謝活性へのイオン。 昆虫の腸内で代謝的に活性な細菌種を特徴づけるために、我々は、ユニバーサル基質として13 C-グルコースを用いたin vivoで （SIP）をプロービング安定同位体を使用した。これは彼らの特定の代謝活性のための微生物系統発生の連結を可能にする有望な文化のない手法である。これは、DNAやRNAなどの微生物のバイオマーカー5の中に基質から安定な同位体標識された炭素原子を追跡することが可能である。 13 Cの取り込みは、非標識（12 C）標識されたものと比較してDNAの濃度を増加させるDNAに同位。最後に、13 C-標識されたDNAまたはRNAは、12 C-標識されていない同様のものを6から密度勾配超遠心分離によって分離される。分離された核酸のアイソトポマーのその後の分析は、分子種の代謝活性とアイデンティティとの間の接続を提供する。 ここでは、ジェネラリスト昆虫（我々のモデル系）、 スポドプテラ·リトラリス （ 鱗翅目、ヤガ科 ）の腸内で代謝活性細菌を特徴づけるために使用されるプロトコルを提示する。 DNAの系統解析は、昆虫の腸内細菌集団の同定を高い分解能と精度を可能にピロシーケンスを使用して行った。メイン基板として、13 C-標識されたグルコースは、実験で使用した。基板は、人工飼料を使用して、昆虫に供給した。

昆虫の腸に存在する代謝活性のある細菌の十分なラベリングを実現するために、昆虫は1ラベルのない軽いから簡単にラベルされた重い画分の分離を可能にするのに十分な、以前に最適化された期間、13 Cが豊富な基質にさらされている必要があります。この例では、13 C-グルコースは、1日目（ 図1A）のために10mMの最終濃度で人工飼料に添加した。正常なグルコース（ 図1B）の同量制御昆虫の人工飼料で供給した。前述したように、（より軽いから重い）DNA画分の分離は、プロセス全体の基礎である。したがって、実行される最初のステップは、目的の組織からDNAを抽出であり、この場合には、細菌群集は、昆虫の腸に関連付けられている。その品質を確認するためには、すべての任意のDNAが析から得られたかどうかを判断するために電気泳動ゲルを実行することが重要ですゼット組織。 図1Cには、正のDNA抽出を確認し、画像の上部にあるゲノムDNAの強いバンドが観察される。また、細菌のDNA（ 図1D）の存...

ハスモンヨトウのサキシマスオウノキの腸に関連するアクティブ細菌群集は、ピロシーケンスに結合された安定同位体プロービング（SIP）により決定した。この方法論を使用して、コミュニティ内の代謝的に活性な細菌種の同定は、高分解能かつ高精度に行った。

ジェネラリストの腸内で代謝的に活性な細菌の同定<em&gt;ハスモンヨトウリットラリス</em&gt; DNAを安定同位体を経由して使用するプロービング<sup&gt; 13</sup&gt; C-グルコース

Guts of most insects are inhabited by complex communities of symbiotic nonpathogenic bacteria. Within such microbial communities it is possible to ...

本実験の全体的な目的は、昆虫の腸内に存在する代謝活性を持つ細菌を系統遺伝学的に特性解析するための効率的な手法を詳述することである。まず、昆虫に$^{13}\text{C}$標識グルコースを投与し、腸内の代謝活性細菌のDNAを同位体濃縮させることでこれを実現する。次のステップでは、腸内に存在する細菌コミュニティのDNAを抽出する。第3のステップは、C 13を取り込んだ代謝活性種からDNAを分離することです。次に、パイロシーケンシングを用いて、存在する種の系統分類学的同定および定量を行います。これにより、昆虫の腸内に存在するコミュニティを構成する代謝活性細菌種を特定します。多細胞生物の腸は、微生物の代謝能力を利用して複雑な有機物を溶解または可溶化させ、最終的に昆虫宿主の栄養源として利用できるようにするという、巧妙な仕組みです。このシステムを理解するためには、まずどのような微生物が存在しているのかを分析し、次にどの微生物がどのような代謝活性を持っているのかを分析する必要があります。これらのデータがあれば、分解微生物と昆虫宿主の間における代謝物および分解産物のフラックスを再構築することができます。この手法は、微生物生態学分野における重要な疑問、特に微生物が宿主とどのように相互作用しているかという点に答えるのに役立ちます。その意味で、これらの生物が宿主に対してどのような機能を果たしているかをより深く知り、明確に定義することが可能になります。また、この手法は、一般的に活性を維持している腸内細菌に関する知見を得るためにも有用です。グルコースの追跡と同様に、セルロースを標識して、特定の栄養素の消化プロセスに関与する活性細菌を特定するなど、他の炭素源に対しても実施することが可能です。飼育容器、卵、およびシャーレは、孵化するまで室温で保持します。その後、孵化したばかりの幼虫を清潔なプラスチック容器に移し、16時間の明期と8時間の暗期からなる長日条件下、23〜25 °Cで人工飼料を用いて飼育します。数日後、飼育容器から健康な2齢幼虫を9〜15匹選び、新鮮なC 13 glucoseを含む個別のシャーレに移します。スパイク添加人工飼料を用い、処理あたり少なくとも3個の幼虫を含む反復区を3回以上設ける必要がある。対照群の給餌には、綿などの天然餌と同量の天然グルコースを含む人工飼料を使用する。その後24時間にわたって観察を行う。人工飼料は頻繁に更新してください。まず、幼虫をソフト鉗子で蒸留水のプールに移し、大きなゴミを取り除きます。その後、新しい清潔なシャーレに移して、昆虫を麻酔し、安楽死させます。それらを氷上に置き、その後クーラーで温度を−5 °Cまで下げます。次に、死滅した昆虫を70% ethanolで消毒し、解剖のためにPBSに浸します。器具類も同様に70% ethanolで洗浄してください。左右の側面に沿ってクチクラに切開を入れます。頭部から開始し、肛門まで切開してください。外骨格全体、マルピーギ管、および脂肪体をすべて除去します。次に、腸管を開く前に、バッファーを他の組織から分離した腸管に交換します。研究目的に応じて、腸管全体、または中腸や後腸などの部位別に処理を行います。腸組織をPBSを除いた状態で小さな滅菌チューブに移し、冷凍庫で保存します。DNA抽出の前に、組織の大きさに応じて、真空濃縮装置を用いて45°Cで30分から90分間サンプルを乾燥させます。次に、乾燥させた組織を滅菌プラスチック製ペッスルで破砕し、土壌DNA抽出用キットを用いてゲノムDNAを抽出します。次に、分光光度計を用いて最終的に溶出したDNAの濃度を測定します。細菌共通プライマーである27 Fおよび1,492 Rを用いた診断的PCRアッセイを行い、昆虫の腸管から微生物メタゲノムDNAが正常に抽出されたことを確認します。診断のため、各PCR産物5 µLを1%アガロースゲル上で、300 V、115 mAの条件で約20分間電気泳動します。アンプリコンの正しいサイズは1.5 kilobasesです。各実験反復に対応する抽出DNAを集めます。C 13 glucoseを含むものと含まないものは分けて管理してください。各サンプルがプールに等量寄与するように、DNA濃度を標準化します。超遠心分離工程には、最終濃度として500から5,000 nanogramsのDNAが適しています。滅菌済みの15 milliliterスクリューキャップチューブを用い、分光光度計で想定濃度を再確認してください。密度勾配溶液を調製します。定量したDNAを4.8 millilitersの塩化セシウム溶液と混合します。その後、勾配バッファーを6 milliliters加えて全量を調整します。混合物を5.1 milliliterの超遠心管に注意深く分注します。シリンジと針を用いて、チューブのネックの底部まで満たし、ポンピングや気泡の混入を避けてください。各ランにおいて、DNAを含まないブランクグラジエントを少なくとも1本含めてください。リファレンスグラジエントとして使用するため、チューブをペアで選択し、重量差が10 mg以内になるように調整します。各チューブにチューブトッパーを取り付け、チューブを逆さまにして手で適度な圧力をかけ、液漏れがないことを確認します。8ウェルの準垂直ローターを使用してください。ローターのウェルを慎重に密封し、製造元の指示に従ってローターを超遠心機に設置します。真空条件下、20 °C、50,000 RPMで40時間、DNAを遠心沈殿させます。加速は最大に設定し、減速はブレーキなしを選択してください。2日後、ピンセットを用いて遠心機ローターからチューブを慎重に取り出します。形成された勾配を乱さないようにラックに配置し、直ちにチューブを処理します。まず、流速 850 µL/min で HPLC の平衡化を行います。次に、超遠心管をクランプスタンドに固定し、シリンジに取り付けた23ゲージの1インチ針でチューブの底部を貫通させます。グラジエント（密度勾配）を乱さないよう、コントロールマイナーを用いてチューブ上部を慎重に貫通させ、事前に十分な練習を行い、PSAの回収を確実に成功させます。続いて、ポンプチューブに接続した針を、液体が入っていないチューブ上部に挿入し、底部から滴下する液体を滅菌済みの1.5 milliliterマイクロフュージチューブに直接回収します。30秒ごとに1フラクションとして回収し、1フラクションあたり425 µLとします。この例では、各グラジエントから12個のフラクションを回収します。次に、分析天秤を用いて、分離された各フラクションの密度を測定します。その後、テキストプロトコルを参照し、24時間かけてDNA回収およびパイロシーケンシングを行ってください。10 millimolarのC 13 glucoseをssop liters.Larvaの飼料に添加しました。対照群の昆虫の餌には、同量の通常のglucoseを添加しました。次に、昆虫の腸内細菌叢からDNAを抽出しました。電気泳動ゲルにおいて、上部にゲノムDNAの強いバンドが確認されたことで、DNA抽出の成功が確認された。診断的PCRにおいて、細菌ユニバーサルプライマーを用いたところ、細菌DNAの存在が示された。代表的なSIP勾配に対して直接定量パイロシーケンシングを行い、種系統およびそれらの相対的な存在量を明らかにした。平均長404 bpの高品質リードが合計120,045本生成され、OTUが算出された。パイロシーケンシングのプロファイルにより、対照群と比較して、標識サンプルではenterococcusやpantoを含む特定の種の存在量が増加していることが示されました。したがって、これらの細菌は代謝活性があると考えられ、さらなる研究に値します。そのため、本手順を実施する際は、CYP解析に適切な対照を組み込むことが重要です。これにより、背景の影響やヘアフラッシュにおけるコンタミネーションを差し引き、細菌の多様性と存在量の出現または消失が、質量そのものによるアーティファクトではないことを確認できます。この手順や、蛍光in situハイブリダイゼーションのような手法を用いることで、さらなる疑問への回答を得ることが可能です。その場合、昆虫の腸管内における細菌の局在や配置について検討することになります。

identification-metabolically-active-bacteria-gut-generalist

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

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学ぶ安定同位体プロービング法でSpodoptera littoralisの腸内で代謝的に活性な細菌を同定する方法。密度勾配遠心分離とピロシーケンスにより細菌の系統と機能を結びつけ、昆虫の腸内微生物生態学研究に応用できる。

ジェネラリストの腸内で代謝的に活性な細菌の同定

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