シロイヌナズナ根重力屈性反応の高分解能時間経過画像を収集するためにフラットベッドスキャナを使用して

このプロトコルは、市販のフラットベッドスキャナを使用して、重力刺激に応答するシロイヌナズナ実生の画像を迅速に収集するためのプロセスを説明します。この方法は、下流の分析アルゴリズムのために適した高解像度画像の安価な大容量の捕捉を可能にする。

このビデオの全体的な目標は、モデル植物のオプシスにおける根の熱帯反応の高解像度画像キャプチャのスキャナーベースの方法を説明することです。このプロトコルを開始するために、指定された種子ストックからの種子を透明な培地を含むペトリ皿に植える種子が指定された期間発芽した後、ペトリ皿を成長チャンバーから取り出し、スキャンのために準備し、次いで垂直向きのフラットベッドスキャナーに入れる。その後、プレートを90度回転させ、指定された時間だけスキャンします。

画像はコンピューターまたはデータストレージデバイスに保存され、後で画像処理に使用されます。画像取得の前に、Bスキャンした2つの植物組織を含むagaプレートを準備します。まず、AGAプレートの蓋と側面に溜まった結露をキムワイプで吸収します。

次に、Triton X 100をたっぷりと塗って、将来の結露を防ぎます。最後に、プレートをマイクロポアテープで包んで蓋を固定し、換気が画像取得を開始できるようにして、このプロセスを終了します。画像を目的の場所に保存するためのフォルダを設定します。

各フォルダ名は、スキャンする情報に関連するメタデータのコンパイルで構成されます。この例では、一意の ID の年齢、サイズ、およびシード ストックがフォルダー名に含まれるデータです。このメタデータは、コピーしてフォルダ名に貼り付けることができます。

このプロトコルは、複数のスキャナーを使用して画像を収集することを前提としており、複数のスキャナーを 1 台のコンピューターに接続する手順を提供します。そのため、画像を保存するためのフォルダが3つ設定されています。次のステップは、指定された収集時間にタイマーを設定することです。

この時点ではまだかなりの準備が必要ですので、タイマーを少し余裕を持ってセットしてください。次に、最初のスキャナーの電源を入れ、ビュースキャンプログラムを開きます。[入力]タブで、ソースを正しいスキャナーに設定し、[切り抜き]タブの下の[自動繰り返し]ドロップダウンボックスを[なし]に設定します。

プレビュー領域を最大に設定し、プレビューを押します。関心領域をキャプチャするクロップボックスを選択し、プレビュー領域をクロップボックスに設定します。その後、画像を再度プレビューします。

収集したデータを目的の場所に保存するには、出力タブを押して、各スキャナーに対応する以前に作成したフォルダー名を見つけます。次のスキャナーの電源を入れ、 view スキャン。他の 2 つのスキャナーの指示を設定し、データを保存する正しいフォルダーを選択していることを確認します。

また、各タブを調べて、すべてのスキャナー設定が希望どおりであることを確認することも重要です。私たちのラボでは、次の設定が行われている画像収集のタイプに最適であることがわかりました。ただし、画像コレクションの種類が異なれば、他の設定が必要になる場合があります。

すべての設定にチェックを入れたら、入力タブを選択し、3つのスキャナーすべてで自動繰り返しドロップダウンボックスを連続に設定します。準備したプレートを苗を水平に向け、背景のフェルト側をプレートに一時的に配置して、スキャナーの安定性を確保します。パートナーと一緒にこのプロトコルを実行する場合、1人がプレートを90度回転させ、すぐにフェルトの視覚背景、次に他の人がスキャンボタンを押し、両方がバンジーコードでスキャナーに背景を固定します。

スキャナー 2 と 3 に対してこのプロセスを繰り返します。各画像を完全にスキャンするには、約2〜3分かかりますが、最終的な画像は図のように表示されます。画像が保存されているフォルダをチェックして、すべてが適切に保存されていることを確認することをお勧めします。

指定された時間スキャンの間、スキャナーを邪魔のない領域に保管するのが理想的です。また、理想的な表現型応答を確保するために、スキャン領域の環境条件を考慮することも賢明です。次の画像は、このビデオで説明されている方法を使用して収集されたものの例です。

パネルAとB、CとDは、1回のスキャン期間の最初と最後の画像です。AとBは、スキャンされた領域全体を示しています。CとDはスキャンされた領域のトリミングされた領域であり、1つのプレートを示していますが、いくつかの不整合が観察される可能性があります。

図Aは、発芽と成長軌道の変動を示しています。画像Bはプレートが結露を蓄積する可能性があることを示しており、画像CとDは、苗の堅調な成長と実行全体の画像品質により、良好な結果であると考えられています。このホワイトペーパーで概説されている手順は、比較的手頃な価格でありながら、ハイスループットと高解像度であるという点で、ルートイメージングの世界における独自のニッチに適合します。

このアプローチのさらなる利点は、特定の研究グループのイメージングニーズに合わせて簡単にカスタマイズできることです。この方法は、他のイメージング用にもカスタマイズされています。